genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81868895--81869318	192	2.2	193	98	0	814	50	2	3	44	1.30
81869213--81869247	18	1.9	18	100	0	70	62	0	0	37	0.95
81868798--81869377	294	2.0	291	85	6	777	49	3	2	44	1.34
81869844--81869934	25	3.6	25	81	8	103	61	14	7	16	1.55
81885375--81885452	6	12.5	6	75	12	50	15	2	6	75	1.11
81885386--81885452	25	2.6	25	77	9	64	16	1	7	74	1.11
81887930--81887956	13	2.1	13	100	0	54	29	7	22	40	1.81
81891807--81891904	42	2.3	42	87	3	135	31	20	18	29	1.96
81893679--81893734	21	2.8	20	71	10	51	41	5	16	37	1.71
81909158--81909225	35	1.9	35	100	0	136	44	11	8	35	1.72
81912317--81912353	19	1.9	19	88	0	56	10	2	8	78	1.06
81920050--81920607	129	4.3	129	97	0	1026	31	19	23	25	1.98
81920050--81920776	387	1.9	383	81	6	885	31	18	24	25	1.98
81920601--81920888	44	6.6	43	70	7	181	28	18	26	27	1.98
81922330--81922355	11	2.4	11	100	0	52	46	0	0	53	1.00
81928871--81928935	22	3.0	22	79	0	67	44	18	20	16	1.87
81928952--81929034	32	2.6	32	84	0	112	37	19	21	21	1.94
81929040--81929089	26	1.9	26	95	0	91	36	26	20	18	1.95
81929080--81929141	27	2.3	26	76	15	65	32	19	25	22	1.97
81929217--81929362	24	6.1	24	86	0	184	45	22	6	25	1.77
81929380--81929520	27	5.3	26	78	9	99	26	21	17	34	1.96
81929399--81929523	27	4.6	27	82	0	142	27	21	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81929377--81929523	54	2.7	54	73	3	145	27	21	17	34	1.95
81929874--81929915	17	2.5	17	92	0	75	28	45	19	7	1.76
81929874--81929914	9	4.8	9	79	8	50	26	46	19	7	1.76
81936083--81936197	33	3.4	33	86	2	149	40	37	7	13	1.74
81937121--81937162	21	2.0	21	90	9	68	23	9	4	61	1.45
81939273--81939320	22	2.1	23	85	11	64	29	4	27	39	1.75
81949201--81949241	21	2.1	19	86	9	55	9	17	2	70	1.25
81952140--81952202	26	2.4	26	78	0	72	74	1	3	20	1.04
81952164--81952202	20	1.9	21	89	5	62	74	2	0	23	0.94
81952158--81952202	6	7.2	6	80	9	54	75	2	0	22	0.91
81961087--81961161	37	2.0	37	92	0	123	38	20	28	13	1.90
81965765--81965883	38	3.0	38	75	12	141	52	3	6	36	1.44
81967751--81967890	69	2.0	69	98	0	271	26	8	22	42	1.82
81968718--81968783	21	3.2	20	71	12	62	40	0	3	56	1.15
81969507--81969546	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
81969618--81969686	36	1.9	36	82	11	88	43	7	4	44	1.51
81979274--81979346	36	2.0	36	91	0	119	32	10	20	35	1.88
81980739--81980782	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
81980738--81980793	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
81980751--81980816	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
81980782--81980826	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
81981426--81981492	4	17.0	4	80	9	57	26	0	2	70	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81981426--81981490	25	2.5	26	78	7	80	26	0	3	70	1.01
81990680--81990753	36	2.1	36	100	0	148	37	8	10	43	1.69
81991314--81991368	26	2.2	26	83	9	69	47	1	0	50	1.11
81991382--81991427	18	2.6	18	86	10	67	45	0	2	52	1.13
81991431--81991479	21	2.3	21	85	0	62	51	0	2	46	1.12
81994621--81994681	6	10.2	6	94	0	86	9	0	22	67	1.20
81994621--81994681	12	5.1	12	95	0	95	9	0	22	67	1.20
81994621--81994681	18	3.4	18	93	0	95	9	0	22	67	1.20
81999621--81999658	18	2.1	19	85	5	51	47	15	13	23	1.81
82006198--82006301	41	2.5	41	93	3	174	26	20	30	22	1.98
82006144--82006301	82	1.9	82	83	12	209	28	18	28	24	1.98
82006298--82006347	26	1.9	26	95	0	91	38	4	20	38	1.71
82007005--82007043	20	1.9	21	89	5	62	69	0	5	25	1.09
82007851--82007927	37	2.1	37	81	9	88	64	5	1	28	1.22
82007789--82008034	9	27.0	9	70	14	100	61	4	2	31	1.30
82007843--82008004	19	8.7	19	62	24	51	62	3	2	30	1.25
82007962--82008033	29	2.5	28	86	6	92	62	1	4	31	1.23
82007987--82008043	29	2.0	29	82	6	71	61	3	3	31	1.30
82008421--82008466	20	2.3	20	88	0	65	30	0	6	63	1.20
82008495--82008600	19	5.6	19	73	13	60	33	1	1	62	1.17
82008495--82008595	17	5.4	18	70	23	50	34	1	1	61	1.19
82008495--82008595	38	2.8	36	75	15	93	34	1	1	61	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82008560--82008594	17	2.1	17	94	0	61	34	2	0	62	1.10
82009553--82009681	65	2.0	65	92	0	213	26	15	16	41	1.88
82010512--82010552	6	7.0	6	91	2	57	26	0	4	68	1.10
82014568--82014619	20	2.5	21	73	20	54	48	0	7	44	1.31
82017338--82017367	7	4.3	7	100	0	60	30	56	13	0	1.37
82018625--82018653	13	2.2	13	100	0	58	58	0	0	41	0.98
82019384--82019431	23	2.0	24	84	4	62	43	2	2	52	1.24
82023055--82023668	44	14.1	44	71	10	307	27	22	19	30	1.98
82023009--82023498	173	2.8	173	89	1	741	28	21	18	31	1.97
82023148--82023430	85	3.3	85	73	9	286	29	22	19	28	1.98
82023641--82023709	36	1.9	36	81	0	84	26	17	23	33	1.96
82023697--82023822	51	2.5	51	81	2	137	29	29	11	30	1.91
82023677--82024284	260	2.3	261	86	1	853	28	24	16	30	1.96
82024106--82024361	87	2.8	90	79	5	257	30	21	17	30	1.96
82024205--82024362	51	3.2	51	71	12	157	29	22	17	30	1.96
82024668--82024730	24	2.6	24	82	0	81	30	23	7	38	1.84
82043428--82043613	41	4.5	41	93	1	293	24	23	24	27	2.00
82046565--82046678	21	5.4	21	69	8	70	45	15	21	17	1.85
82046550--82046638	42	2.1	42	85	0	124	47	19	21	12	1.82
82046525--82046662	42	3.3	42	77	6	111	45	17	21	15	1.85
82056459--82056642	38	4.7	37	71	17	140	44	1	3	51	1.27
82056506--82056659	18	8.9	18	66	18	76	42	0	2	54	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82056441--82056800	120	3.0	120	93	1	589	43	1	4	51	1.29
82056729--82056821	27	3.3	29	72	17	79	43	0	3	53	1.16
82057016--82057083	16	4.2	16	96	0	127	36	36	0	26	1.57
82057283--82057326	18	2.4	18	92	0	70	15	20	18	45	1.85
82062398--82062530	66	2.0	66	100	0	266	29	4	28	37	1.77
82072796--82072832	4	9.0	4	88	5	56	72	2	21	2	1.09
82073257--82073326	25	2.7	27	74	14	74	52	0	1	45	1.09
82073214--82073324	36	3.1	36	75	20	101	49	0	2	47	1.15
82073529--82073564	5	7.2	5	100	0	72	80	0	0	19	0.71
82082496--82082633	59	2.3	60	88	3	199	35	13	22	28	1.92
82083289--82083331	22	2.0	22	95	0	77	30	11	9	48	1.71
82084440--82084666	89	2.6	89	85	1	312	28	6	9	55	1.56
82086857--82087156	93	3.1	94	85	5	397	43	1	17	37	1.59
82087907--82088002	40	2.4	41	81	11	110	25	25	25	25	2.00
82088130--82089092	135	7.1	135	86	5	1293	24	11	4	59	1.50
82088488--82088521	17	2.0	17	100	0	68	29	11	5	52	1.61
82088130--82089092	273	3.6	270	90	3	1433	24	11	4	59	1.50
82088624--82088662	17	2.3	17	90	0	60	28	12	0	58	1.34
82088874--82088910	17	2.2	17	100	0	74	10	10	5	72	1.25
82089634--82089725	6	15.7	6	82	6	109	34	15	2	47	1.57
82090530--82090568	3	12.7	3	89	5	60	66	0	2	30	1.05
82092085--82092162	30	2.8	28	71	22	81	23	3	8	64	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82098446--82098562	35	3.3	35	82	1	135	16	11	30	41	1.83
82099976--82100463	250	2.0	250	85	3	669	26	31	13	28	1.94
82104117--82104291	50	3.4	50	82	4	152	28	29	17	25	1.98
82114283--82114789	49	10.6	49	95	3	860	29	29	8	32	1.86
82114283--82114789	145	3.5	143	95	3	862	29	29	8	32	1.86
82118353--82118427	39	1.9	39	88	0	114	37	1	0	61	1.05
82122250--82122293	22	2.0	22	82	8	54	45	9	15	29	1.77
82129363--82129405	21	2.1	21	86	4	61	23	4	0	72	1.04
82134243--82134267	7	3.6	7	100	0	50	28	12	44	16	1.83
82134205--82134317	57	2.0	58	91	5	185	30	14	28	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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