genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36012098--36012144	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
36016941--36016975	17	2.0	18	94	5	63	20	0	28	51	1.47
36017044--36017262	41	5.4	41	89	5	311	19	22	23	34	1.97
36017044--36017292	41	6.1	41	85	7	303	18	22	23	34	1.96
36023663--36023703	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
36025135--36025209	37	2.0	37	97	0	141	28	26	17	28	1.98
36028587--36028658	28	2.5	28	76	14	76	45	20	16	16	1.85
36029120--36029144	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
36031125--36031182	32	1.9	30	86	10	82	79	3	5	12	1.02
36031125--36031185	25	2.6	23	77	10	59	77	3	4	14	1.07
36031720--36031761	21	2.0	21	90	4	68	80	2	0	16	0.81
36033701--36033733	16	2.1	16	94	0	57	18	30	24	27	1.98
36041601--36041652	11	4.9	11	83	9	72	28	28	0	42	1.56
36041595--36041652	20	2.7	21	86	10	82	31	27	0	41	1.56
36041623--36041665	22	2.0	22	85	0	59	27	27	0	44	1.55
36041595--36041659	11	6.1	11	72	13	55	29	29	0	41	1.56
36041678--36041709	15	2.1	15	94	0	55	21	6	0	71	1.07
36042814--36042839	7	3.7	7	100	0	52	26	0	11	61	1.30
36043457--36043499	18	2.4	18	88	0	59	16	30	11	41	1.83
36043884--36044383	116	4.3	116	94	0	847	40	3	8	47	1.51
36047465--36048136	126	5.3	126	92	1	1089	27	21	17	33	1.96
36047465--36048136	252	2.7	252	95	1	1213	27	21	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36048212--36048420	96	2.2	97	82	9	248	41	17	1	39	1.61
36059109--36059148	19	2.1	19	85	0	53	7	20	5	67	1.34
36059164--36059228	15	4.1	15	75	16	60	43	1	1	53	1.19
36059196--36059233	17	2.2	17	86	9	51	42	2	2	52	1.29
36060237--36060303	30	2.2	30	83	0	89	34	31	10	23	1.89
36063822--36063972	43	3.5	43	77	6	162	29	23	16	29	1.96
36074089--36074310	111	2.0	111	100	0	444	33	11	15	39	1.83
36074615--36074720	51	2.1	51	98	0	203	37	4	9	48	1.57
36083369--36083427	27	2.2	27	96	0	109	28	33	20	16	1.95
36090053--36090083	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
36091942--36091989	24	2.0	24	100	0	96	50	8	8	33	1.63
36092535--36092745	94	2.2	93	83	5	262	34	18	20	27	1.96
36092449--36092891	44	9.7	44	66	14	162	33	17	20	29	1.95
36092406--36092983	232	2.5	231	81	3	617	33	17	20	28	1.95
36092751--36093227	94	5.1	94	78	3	431	33	17	18	30	1.94
36092724--36093235	188	2.7	187	77	4	485	33	17	18	29	1.94
36092587--36093191	138	4.3	138	70	11	399	33	17	19	29	1.95
36093719--36093760	14	3.1	14	86	10	52	66	11	21	0	1.23
36095078--36095106	9	3.3	9	95	4	51	10	0	0	89	0.48
36095078--36095110	8	4.2	8	84	7	50	12	0	0	87	0.53
36095076--36095110	15	2.3	15	90	9	54	14	0	0	85	0.59
36099727--36099771	22	2.0	22	82	0	54	35	17	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36101182--36101234	26	2.0	26	100	0	106	22	18	15	43	1.87
36103057--36103123	28	2.3	29	87	2	100	56	10	2	29	1.48
36103380--36103434	21	2.7	21	72	13	60	34	1	5	58	1.32
36103377--36103434	20	2.8	21	75	12	66	36	1	5	56	1.32
36109130--36109154	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
36111168--36111226	30	2.0	30	100	0	118	27	13	23	35	1.92
36112026--36112507	236	2.0	237	95	0	867	29	17	17	35	1.93
36114291--36114344	21	2.6	21	96	0	99	40	3	22	33	1.71
36116111--36116330	39	5.3	44	80	9	196	25	7	6	60	1.49
36117652--36117676	12	2.1	12	100	0	50	68	8	8	16	1.38
36118892--36118944	20	2.7	20	84	0	70	18	32	30	18	1.96
36119760--36119906	52	2.8	52	79	9	156	31	24	17	27	1.97
36139827--36139866	20	2.0	20	85	9	55	75	0	0	25	0.81
36139834--36139876	13	3.4	13	77	6	52	76	0	0	23	0.78
36139818--36139874	22	2.7	22	76	20	59	73	0	0	26	0.83
36151894--36152040	43	3.4	43	78	5	136	27	15	25	31	1.96
36154202--36154261	27	2.3	26	77	5	68	38	10	0	51	1.35
36157030--36157159	66	2.0	66	86	3	181	29	22	16	32	1.95
36156964--36157391	162	2.8	154	80	8	428	26	22	15	34	1.95
36157096--36157391	81	3.7	81	90	0	430	26	23	15	34	1.95
36157096--36157552	81	5.7	80	77	10	241	27	22	15	34	1.94
36157096--36157471	162	2.3	162	82	2	452	26	23	15	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36161378--36161409	16	2.0	16	100	0	64	50	18	12	18	1.78
36161941--36161984	15	2.8	17	80	16	58	38	0	4	56	1.20
36162110--36162161	20	2.6	19	79	14	52	63	0	0	36	0.95
36163554--36163615	29	2.1	30	82	8	74	61	0	9	29	1.28
36163554--36163615	15	4.1	15	82	0	52	61	0	9	29	1.28
36165243--36165284	20	2.0	22	90	9	70	42	0	16	40	1.48
36166000--36166216	113	1.9	113	83	5	278	33	15	26	25	1.95
36166260--36166370	49	2.3	48	84	7	143	33	13	28	24	1.93
36178887--36178982	50	1.9	50	91	0	156	36	16	27	19	1.93
36178887--36178972	25	3.4	25	88	0	136	37	16	27	18	1.92
36178887--36178983	25	3.9	25	87	0	131	36	16	27	19	1.93
36181717--36181946	79	2.9	78	86	1	302	30	21	15	33	1.94
36181911--36182048	40	3.5	40	80	2	161	36	19	11	32	1.88
36183667--36183700	11	3.2	10	88	12	50	70	0	0	29	0.87
36187077--36187221	48	3.0	48	86	3	202	26	17	29	26	1.98
36187194--36187247	26	2.1	26	89	0	81	20	14	37	27	1.92
36187146--36187293	74	2.0	74	89	0	224	23	16	32	27	1.96
36194501--36194592	44	2.1	44	89	0	139	20	19	25	34	1.96
36196481--36196624	73	2.0	73	94	0	252	42	17	9	31	1.80
36205987--36206036	12	4.2	12	86	0	64	48	6	40	6	1.52
36205986--36206045	18	3.3	18	79	6	68	45	5	40	10	1.60
36208454--36208507	17	3.1	17	78	10	56	42	3	0	53	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36208737--36208780	23	1.9	23	81	9	54	15	36	0	47	1.46
36215588--36215638	19	2.6	20	84	9	61	60	5	0	33	1.21
36215608--36215672	28	2.3	28	84	10	80	61	1	0	36	1.05
36215608--36215659	19	2.8	19	85	2	61	61	0	0	38	0.96
36215619--36215674	27	2.0	29	90	10	91	58	1	0	39	1.08
36220515--36220561	23	2.1	23	92	7	80	29	6	0	63	1.19
36227855--36228020	81	2.0	81	89	0	251	30	21	15	32	1.95
36228855--36229020	81	2.0	81	89	0	251	30	21	15	32	1.95
36227854--36229853	1000	2.0	1000	100	0	4000	37	14	13	34	1.85
36232833--36232874	19	2.2	19	86	0	57	52	4	4	38	1.44
36234954--36235008	27	2.0	27	96	0	101	32	27	14	25	1.95
36235553--36235850	90	3.3	90	79	4	264	51	11	6	30	1.64
36239018--36239066	25	2.0	25	91	0	80	24	34	4	36	1.75
36240788--36240843	15	3.7	15	79	9	60	25	25	26	23	2.00
36240877--36241046	22	7.6	22	76	8	114	33	13	20	32	1.92
36240877--36241018	45	3.2	43	77	9	142	33	13	19	33	1.91
36240875--36241021	23	6.6	23	78	11	121	33	13	20	32	1.92
36241209--36241292	29	2.9	29	78	1	98	21	20	34	23	1.97
36241211--36241292	14	5.8	14	77	8	85	20	20	34	24	1.97
36243445--36243483	18	2.1	19	90	4	62	48	5	0	46	1.24
36244096--36244147	20	2.8	18	72	11	50	28	3	1	65	1.21
36244719--36244760	21	2.0	21	81	4	50	26	0	7	66	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36244727--36244775	21	2.3	22	85	3	64	26	2	4	67	1.19
36250217--36250273	28	2.0	28	100	0	114	38	10	7	43	1.66
36254212--36254306	24	3.9	24	75	5	84	37	20	23	18	1.94
36258614--36258674	20	2.9	19	77	20	61	40	0	1	57	1.08
36258621--36258680	22	2.8	22	87	10	88	41	0	0	58	0.98
36258621--36258674	21	2.6	21	91	5	83	40	0	0	59	0.98
36258619--36258683	21	3.2	20	79	18	71	46	0	0	53	1.00
36258739--36258801	21	2.8	21	79	18	65	34	0	3	61	1.12
36258837--36258871	18	1.9	18	88	11	54	57	0	2	40	1.14
36258893--36258936	18	2.3	18	80	7	52	43	0	4	52	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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