genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8209313--8209510	27	7.3	27	82	2	191	29	21	8	41	1.81
8209293--8209467	81	2.2	81	88	0	251	30	19	9	40	1.83
8209319--8209478	81	2.0	81	92	0	266	29	20	8	42	1.80
8209327--8209510	81	2.3	81	87	1	253	29	20	7	41	1.80
8209515--8210023	27	18.9	27	88	0	689	34	21	19	24	1.96
8210601--8210702	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
8210839--8210956	6	19.0	6	71	13	87	20	16	15	48	1.81
8210839--8210927	31	2.9	31	88	3	126	21	14	15	48	1.81
8210861--8210952	43	2.1	43	89	0	139	20	17	15	46	1.84
8210893--8210974	25	3.3	25	86	5	105	20	19	13	46	1.83
8212321--8212472	27	5.6	27	85	3	189	42	20	8	28	1.81
8212329--8212500	27	6.3	27	83	4	85	41	18	8	30	1.81
8212526--8212664	27	5.1	27	83	1	154	29	24	6	39	1.80
8212321--8212547	110	2.1	110	83	3	262	40	18	9	31	1.83
8212507--8212689	81	2.3	81	81	0	224	32	21	7	37	1.82
8212674--8213002	27	12.3	27	86	3	353	33	19	20	26	1.97
8213429--8213493	22	3.0	22	82	8	87	20	24	21	33	1.97
8213652--8213753	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
8213890--8214007	6	19.0	6	72	16	89	19	17	15	47	1.83
8213890--8213970	31	2.6	31	94	2	135	19	16	16	48	1.82
8213890--8214025	25	5.4	25	76	15	111	19	18	13	47	1.82
8213913--8214003	43	2.1	43	91	0	146	20	18	15	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8213944--8214025	25	3.3	25	89	5	114	20	20	13	45	1.85
8213962--8214034	25	2.5	31	69	28	79	19	20	13	46	1.83
8217186--8217227	20	2.1	20	95	0	75	33	9	9	47	1.68
8217440--8217481	18	2.3	19	79	4	50	14	21	11	52	1.73
8219777--8219829	27	2.0	27	84	0	70	45	11	15	28	1.80
8223516--8223695	28	6.6	27	91	3	279	30	28	12	27	1.93
8223516--8223695	55	3.3	55	94	1	299	30	28	12	27	1.93
8223516--8223695	83	2.2	82	92	1	297	30	28	12	27	1.93
8232688--8232975	27	10.6	27	96	1	486	30	29	13	26	1.94
8235826--8235856	9	3.4	9	95	0	53	48	9	19	22	1.78
8240923--8240964	20	2.1	20	100	0	84	33	9	33	23	1.87
8251334--8251375	21	2.0	20	86	4	57	35	0	21	42	1.53
8262788--8262976	29	6.6	29	78	3	195	26	13	32	27	1.93
8262788--8262942	57	2.7	58	82	2	195	27	13	32	27	1.94
8262752--8262971	86	2.6	86	85	0	307	28	13	31	26	1.94
8267328--8267552	29	7.9	28	79	12	203	27	14	33	25	1.94
8267333--8267552	57	3.9	57	80	7	198	27	14	33	25	1.94
8267328--8267557	86	2.7	86	89	0	345	26	14	33	25	1.94
8270550--8270616	13	5.2	13	85	0	80	19	31	31	17	1.95
8270550--8270616	26	2.6	26	85	0	89	19	31	31	17	1.95
8279010--8279148	48	2.9	48	80	1	145	33	15	21	28	1.94
8282091--8282143	15	3.5	15	76	5	54	13	13	11	62	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8282086--8282143	30	1.9	30	86	6	82	12	12	15	60	1.59
8284734--8284844	38	2.9	38	87	0	159	28	16	25	29	1.96
8287509--8287693	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
8287490--8287693	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
8289453--8289616	45	3.8	44	80	5	165	29	26	18	26	1.98
8297547--8297586	20	2.0	20	95	0	71	27	5	47	20	1.70
8297916--8297953	16	2.4	16	90	0	67	50	13	21	15	1.78
8298176--8298255	29	2.8	28	81	7	99	23	13	35	27	1.93
8303682--8303808	43	3.0	43	81	4	159	24	18	26	29	1.98
8304198--8304224	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
8305445--8305508	28	2.3	28	91	0	101	32	7	28	31	1.85
8314642--8314716	20	3.8	20	89	6	102	38	8	18	34	1.80
8314649--8314701	11	5.2	11	76	15	60	37	7	18	35	1.80
8314782--8314956	24	7.2	24	88	1	235	28	22	21	28	1.99
8322738--8322784	20	2.3	20	89	7	69	40	10	19	29	1.85
8322833--8323011	24	7.5	24	94	0	304	29	23	21	25	1.99
8323094--8323150	20	2.9	21	87	10	77	40	8	19	31	1.82
8323200--8323343	24	6.0	24	90	2	209	30	23	20	25	1.99
8322651--8323343	366	1.9	367	96	0	1291	32	16	21	29	1.96
8328033--8328084	20	2.6	20	78	0	50	38	3	13	44	1.62
8333105--8333173	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
8333096--8333183	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8334910--8335081	46	3.7	46	76	11	190	21	18	29	30	1.97
8339725--8339807	31	2.7	30	80	15	91	67	2	4	25	1.23
8339728--8339774	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
8340234--8340365	70	1.9	69	81	4	158	37	19	5	37	1.75
8340234--8340530	23	12.9	23	73	9	203	38	21	5	33	1.77
8341935--8341969	7	5.0	7	92	0	61	31	0	25	42	1.55
8343820--8343971	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
8343820--8343996	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
8346563--8346631	8	8.9	8	96	3	124	37	0	0	62	0.96
8346926--8346978	22	2.3	23	87	3	72	15	0	47	37	1.45
8346916--8346953	14	2.7	14	87	0	58	10	2	47	39	1.52
8346967--8347057	22	4.2	22	69	18	73	25	0	26	48	1.52
8347022--8347151	66	2.0	66	87	0	188	23	1	29	46	1.61
8347025--8347175	66	2.3	65	80	6	153	23	1	31	43	1.62
8348476--8348640	90	1.8	90	82	2	215	27	24	18	29	1.98
8363526--8363564	18	2.2	18	95	0	69	46	7	7	38	1.61
8364997--8365029	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
8367940--8368006	5	12.4	5	75	17	55	76	0	5	17	0.99
8369588--8369765	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
8369609--8369764	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
8378161--8378337	27	6.6	27	77	8	128	30	27	15	27	1.96
8378161--8378337	55	3.3	53	79	10	180	30	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8378182--8378335	82	1.9	80	84	5	202	30	26	15	27	1.96
8380371--8380502	54	2.4	54	83	0	174	31	21	15	30	1.95
8381358--8381413	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
8385089--8385330	40	6.1	40	85	2	294	24	27	23	24	2.00
8393667--8393719	26	2.0	26	82	7	63	39	15	15	30	1.87
8398100--8398270	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	21	1.98
8398091--8398266	46	3.8	46	77	7	185	30	28	19	21	1.97
8398365--8398434	35	2.0	35	97	0	131	27	22	17	32	1.96
8399693--8399784	42	2.2	43	82	3	107	32	23	13	30	1.93
8416556--8416605	22	2.2	23	83	16	61	66	0	2	32	1.03
8418993--8419030	19	2.0	19	89	0	58	31	18	7	42	1.79
8423858--8423972	43	2.7	43	82	4	144	32	13	22	31	1.93
8423915--8424030	58	2.0	58	96	0	214	29	18	24	27	1.98
8424818--8424879	27	2.3	27	97	2	115	33	4	37	24	1.77
8426448--8426623	46	3.8	46	80	4	201	22	20	27	29	1.98
8440591--8440693	43	2.4	43	80	4	111	28	21	24	26	1.99
8444703--8444789	42	2.1	42	100	0	174	29	6	19	43	1.77
8446364--8446518	43	3.7	42	75	11	120	27	17	25	30	1.97
8446367--8446522	84	1.9	84	83	0	204	27	17	25	30	1.97
8452499--8452569	34	2.1	33	86	2	97	25	23	23	26	2.00
8453272--8453317	24	1.9	24	86	8	67	10	21	19	47	1.80
8454126--8454181	28	2.0	27	93	3	94	46	0	42	8	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8457819--8457847	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
8465585--8465639	21	2.5	22	85	2	76	14	34	32	18	1.91
8481956--8482364	47	8.6	47	92	2	656	28	30	8	32	1.86
8481956--8482364	96	4.3	96	93	3	679	28	30	8	32	1.86
8481959--8482364	143	2.9	141	91	2	668	29	30	8	32	1.87
8490442--8490651	39	5.3	39	90	2	289	24	26	23	26	2.00
8490442--8490703	78	3.3	78	84	7	275	24	25	23	26	2.00
8490444--8490703	118	2.2	120	83	10	322	23	25	23	26	2.00
8498472--8498735	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
8510604--8510628	13	1.9	13	100	0	50	12	32	32	24	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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