genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23095482--23095510	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
23101728--23101867	39	3.6	39	83	0	190	36	14	12	37	1.83
23101732--23101878	78	1.9	78	88	0	222	36	13	12	37	1.82
23113829--23113876	20	2.3	21	79	17	55	43	2	14	39	1.57
23121929--23121982	17	3.3	17	70	17	51	53	5	0	40	1.24
23130551--23130711	42	3.8	41	76	9	153	33	14	23	27	1.94
23131671--23131706	17	2.2	17	90	5	56	50	0	5	44	1.25
23140327--23140367	19	2.2	18	91	4	64	73	4	2	19	1.13
23140327--23140381	20	2.9	19	84	7	67	72	7	1	18	1.16
23140474--23140522	20	2.4	21	87	12	68	61	0	2	36	1.08
23141587--23141624	18	2.1	19	85	5	51	39	26	10	23	1.87
23141897--23141928	16	2.0	16	93	0	55	21	25	28	25	1.99
23144229--23144262	6	5.7	6	92	0	59	52	17	14	14	1.74
23149510--23149638	49	2.6	49	81	3	152	26	18	28	26	1.98
23149460--23149638	50	3.7	50	76	8	156	27	18	27	26	1.98
23150328--23150389	30	2.1	30	93	0	106	12	3	25	58	1.50
23150872--23150911	21	2.0	21	90	5	64	12	40	25	22	1.89
23172297--23172330	15	2.3	15	100	0	68	52	5	5	35	1.50
23177659--23177778	46	2.6	46	78	5	143	19	23	12	45	1.84
23177784--23177909	45	2.8	45	88	0	180	21	23	17	38	1.93
23177934--23178074	33	4.3	33	71	10	108	22	24	20	31	1.98
23181077--23181115	19	2.0	20	85	10	53	51	2	0	46	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23191754--23191870	58	2.0	58	96	0	216	25	11	32	29	1.92
23202514--23202564	23	2.2	24	82	10	61	62	1	1	33	1.17
23204112--23204189	29	2.7	29	90	5	115	29	3	15	51	1.61
23204440--23204520	36	2.2	36	88	0	117	27	7	20	44	1.78
23204458--23204518	18	3.4	18	75	8	70	27	8	21	42	1.81
23207059--23207185	25	5.2	26	67	11	81	39	19	23	17	1.92
23213915--23214070	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
23221246--23221401	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
23227822--23227868	7	6.7	7	80	0	58	27	0	25	46	1.53
23227817--23227868	14	3.7	14	84	0	68	28	0	23	48	1.51
23227906--23228020	7	16.1	7	72	8	90	20	0	39	39	1.59
23234024--23234067	22	2.0	22	86	0	61	43	0	0	56	0.99
23249717--23249836	29	4.2	29	85	4	147	25	14	31	29	1.94
23254508--23254646	37	3.8	37	95	0	233	26	31	17	23	1.97
23254765--23255426	49	13.6	49	90	5	1024	29	29	8	33	1.86
23254765--23255426	96	6.8	96	91	4	1017	29	29	8	33	1.86
23261365--23261648	95	2.9	96	81	5	304	23	28	19	29	1.98
23261366--23261684	50	6.6	49	77	9	286	23	27	19	28	1.98
23261414--23261680	95	2.8	93	79	6	272	23	27	19	28	1.99
23261366--23261687	144	2.2	142	81	7	364	23	27	19	28	1.98
23266455--23266514	16	3.8	16	90	0	93	36	1	36	25	1.66
23266452--23266514	32	2.0	32	93	0	108	36	1	36	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23266728--23266769	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23266737--23266778	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23266808--23266876	33	2.1	33	91	0	111	52	11	1	34	1.47
23269123--23269155	16	2.1	16	94	0	57	63	15	15	6	1.49
23272094--23272321	46	5.0	46	91	1	323	39	14	24	21	1.91
23275287--23275549	49	5.6	50	74	17	199	21	28	20	29	1.98
23279851--23279894	18	2.4	18	88	3	70	38	0	0	61	0.96
23279995--23280206	23	8.9	23	78	15	170	34	4	4	56	1.40
23279988--23280192	48	4.2	49	77	15	171	34	4	3	56	1.39
23280326--23280366	7	5.6	7	88	2	55	34	0	2	63	1.08
23280319--23280366	16	3.2	15	88	5	62	33	2	2	62	1.18
23280326--23280374	14	3.4	14	88	5	62	32	0	2	65	1.04
23283038--23283079	20	2.2	19	86	4	57	14	2	42	40	1.58
23283038--23283095	20	2.9	19	80	14	55	13	3	39	43	1.61
23283099--23283144	21	2.2	21	84	0	56	23	2	23	50	1.61
23283171--23283258	35	2.5	34	83	8	106	25	2	23	48	1.62
23283312--23283362	20	2.5	21	87	3	77	21	5	33	39	1.78
23283847--23283883	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
23285994--23286070	40	1.9	40	91	0	127	36	32	15	15	1.89
23296332--23296357	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
23296496--23296543	25	1.9	25	91	0	78	20	10	0	68	1.18
23306519--23306600	41	2.0	41	95	0	146	32	7	23	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23309677--23309702	11	2.4	11	100	0	52	38	0	30	30	1.58
23311688--23311955	45	5.9	44	82	3	293	24	30	18	26	1.98
23311688--23311955	90	2.9	89	84	3	338	24	30	18	26	1.98
23311686--23311955	135	2.0	140	83	6	356	24	30	18	26	1.98
23315743--23315777	6	5.8	6	96	0	52	17	8	40	34	1.80
23319126--23319755	44	13.7	44	67	14	259	35	17	17	28	1.94
23319214--23319574	50	7.6	50	71	14	323	36	17	16	29	1.92
23319171--23319701	94	5.6	94	94	0	857	35	18	17	29	1.94
23319641--23319752	43	2.6	44	81	5	120	33	19	19	27	1.96
23319451--23319932	231	2.1	233	86	5	658	35	19	17	27	1.95
23319545--23319838	137	2.1	137	81	4	315	35	19	17	27	1.95
23319711--23319940	94	2.4	94	81	4	259	35	18	17	28	1.94
23319905--23320001	44	2.2	44	84	0	122	35	14	19	30	1.92
23319357--23320054	325	2.1	322	81	5	814	35	17	18	28	1.94
23321691--23321765	39	1.9	39	83	0	96	18	4	9	68	1.34
23321755--23321803	26	2.0	26	84	8	66	28	0	8	63	1.23
23322511--23322559	23	2.2	22	92	3	80	22	6	0	71	1.08
23327523--23327569	23	2.0	23	100	0	94	53	12	4	29	1.58
23342108--23342136	13	2.2	13	100	0	58	37	0	17	44	1.49
23348116--23348162	19	2.6	18	86	6	60	27	14	8	48	1.73
23376473--23376683	40	5.3	41	77	6	202	39	17	27	16	1.90
23376473--23376683	80	2.6	80	84	3	255	39	17	27	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23377402--23377446	20	2.1	22	84	8	58	17	11	2	68	1.29
23377692--23377726	12	2.8	13	83	16	56	54	0	5	40	1.24
23384434--23384766	40	8.4	39	83	4	373	28	28	21	20	1.98
23384434--23384766	79	4.2	79	81	6	361	28	28	21	20	1.98
23384409--23384766	119	3.0	119	86	2	470	29	27	22	21	1.99
23384434--23384783	39	8.9	39	84	3	387	29	28	21	20	1.98
23386867--23386961	12	8.1	13	72	19	59	34	23	0	42	1.54
23386871--23386959	17	5.1	18	80	11	89	33	22	0	43	1.53
23388132--23388177	3	15.7	3	78	13	51	58	2	0	39	1.10
23388132--23388178	13	3.7	13	82	2	60	57	2	0	40	1.11
23389281--23389334	27	2.0	26	82	3	63	29	22	20	27	1.98
23389993--23390050	27	2.1	28	83	3	73	22	24	20	32	1.98
23389914--23390066	66	2.3	67	92	5	258	19	29	21	29	1.98
23397854--23398332	20	24.1	19	66	14	137	37	19	27	15	1.91
23397886--23398332	40	11.2	40	85	1	540	38	19	27	15	1.91
23401943--23401972	15	2.0	15	93	0	51	23	23	0	53	1.46
23403441--23403599	27	5.9	27	80	12	159	35	22	23	19	1.96
23403459--23403599	54	2.6	55	88	7	209	35	23	22	18	1.96
23405901--23406085	79	2.3	81	80	7	200	24	22	28	24	1.99
23405901--23406085	40	4.7	40	79	6	198	24	22	28	24	1.99
23408358--23408465	26	4.2	26	89	2	164	36	24	7	32	1.83
23409444--23409501	25	2.4	24	78	16	66	67	0	25	6	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23412192--23412385	50	3.9	50	80	3	203	25	19	25	29	1.99
23413689--23413758	35	2.0	35	94	0	122	14	21	32	31	1.93
23420492--23420521	13	2.4	12	89	10	51	90	0	10	0	0.47
23420455--23420541	36	2.4	35	81	9	86	75	5	9	9	1.17
23421291--23421361	35	2.0	35	89	5	108	16	23	30	28	1.97
23429411--23429448	19	2.0	20	89	5	60	34	18	13	34	1.89
23430664--23430688	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
23430663--23430696	14	2.4	14	85	0	50	8	8	0	82	0.85
23431702--23431739	20	1.9	20	88	0	58	55	18	2	23	1.55
23432053--23432156	46	2.3	46	88	3	147	29	25	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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