genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94802513--94802596	27	3.1	27	83	6	82	38	23	20	17	1.93
94802755--94802819	22	3.0	22	76	13	62	33	23	23	20	1.97
94803245--94803440	27	7.3	27	87	0	250	24	20	19	34	1.96
94803422--94803491	27	2.7	26	72	2	68	32	8	24	34	1.86
94803471--94803818	81	4.3	80	82	5	252	32	9	20	37	1.85
94803543--94803818	27	10.2	27	88	0	408	31	9	19	39	1.83
94807918--94807962	17	2.8	15	81	15	54	51	4	0	44	1.21
94813883--94813923	20	2.0	20	100	0	82	29	17	24	29	1.97
94818559--94818621	18	3.6	17	83	10	74	77	0	6	15	0.96
94818554--94818621	5	13.2	5	74	20	52	77	0	5	16	0.95
94818559--94818621	11	5.9	11	73	14	60	77	0	6	15	0.96
94818574--94818619	6	7.5	6	87	4	65	80	0	4	15	0.86
94818580--94818619	13	3.2	13	92	3	64	82	0	2	15	0.77
94818553--94818619	19	3.5	19	76	15	68	79	0	5	14	0.92
94830642--94830679	17	2.2	17	95	0	67	26	7	5	60	1.46
94832089--94832169	40	2.0	40	97	0	153	33	6	24	35	1.81
94832477--94833028	275	2.0	276	93	1	955	28	20	22	29	1.98
94847004--94847029	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
94847515--94847692	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
94847516--94847671	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
94847512--94847692	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
94855579--94855756	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94855580--94855735	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
94855576--94855756	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
94855661--94855767	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
94863768--94863945	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
94863769--94863924	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
94863765--94863945	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
94871910--94871967	19	2.9	19	75	14	64	39	8	12	39	1.73
94876096--94876228	46	2.9	47	84	3	162	33	25	20	20	1.97
94881579--94881611	12	2.8	12	100	0	66	45	0	6	48	1.27
94891457--94891489	11	2.9	11	95	4	57	3	15	0	81	0.80
94906104--94906159	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
94906102--94906180	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
94906102--94906173	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
94906102--94906196	17	4.8	22	84	12	79	36	10	14	37	1.81
94915930--94916091	89	1.8	87	82	5	209	29	19	24	26	1.98
94916124--94916418	78	3.8	78	86	1	412	31	17	24	26	1.97
94916358--94916631	45	6.1	45	78	6	277	30	15	28	25	1.96
94916984--94917055	18	3.9	19	85	10	96	37	11	13	37	1.81
94916989--94917055	17	3.8	17	86	7	89	37	11	13	37	1.82
94916994--94917055	18	3.4	18	93	4	99	37	11	14	37	1.82
94917322--94917357	17	2.1	17	90	10	56	33	0	0	66	0.92
94918339--94918514	88	2.0	88	98	0	343	42	8	12	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94920881--94920932	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
94922851--94922902	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
94931676--94931860	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
94931677--94931860	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
94931677--94931893	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
94951336--94951471	41	3.4	40	90	9	215	45	6	24	23	1.76
94951443--94951489	24	2.0	24	91	0	76	53	4	23	19	1.63
94951372--94951488	39	3.0	38	76	10	110	46	6	23	23	1.76
94960192--94960235	21	2.1	21	100	0	88	38	0	18	43	1.50
94963876--94963916	12	3.5	12	81	15	50	46	14	2	36	1.58
94965304--94965421	40	3.0	40	85	0	155	32	12	22	32	1.92
94968669--94968717	10	4.9	10	79	18	57	18	6	4	71	1.23
94969411--94969444	18	1.9	18	88	5	52	29	8	5	55	1.54
94972407--94972445	19	2.1	19	85	9	53	23	15	10	51	1.73
94986288--94986407	48	2.5	48	85	2	154	35	15	21	28	1.93
94990154--94990232	28	2.8	28	86	0	113	31	13	26	27	1.94
94995040--94995164	40	3.1	40	78	0	142	40	19	18	21	1.91
94995284--94995369	40	2.2	40	91	4	138	29	24	17	29	1.97
94998181--94998262	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
94998838--94998889	21	2.4	21	78	9	52	26	0	25	48	1.52
94998901--94998933	15	2.3	15	89	5	50	24	0	27	48	1.51
94999004--94999058	14	3.9	14	82	2	65	20	0	30	49	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94998952--94999058	7	15.1	7	69	13	58	17	2	36	42	1.64
94999214--94999261	15	3.3	15	79	5	53	20	0	35	43	1.52
94999210--94999258	22	2.3	21	79	10	55	24	0	32	42	1.55
94999253--94999292	21	1.9	21	85	10	55	27	2	37	32	1.70
94999158--94999346	14	13.4	14	68	9	55	22	1	32	43	1.60
94999762--94999822	31	2.0	31	81	12	72	47	16	3	32	1.63
95001590--95001735	51	2.9	50	83	3	195	26	26	21	25	1.99
95002514--95002574	30	2.0	30	90	0	95	29	22	6	40	1.79
95003652--95003676	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
95003773--95003814	16	2.4	18	80	11	52	66	2	2	28	1.16
95007334--95007364	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
95008675--95008708	12	2.8	12	100	0	68	44	0	11	44	1.40
95008876--95008958	43	1.9	43	82	4	105	31	20	20	27	1.97
95009254--95009294	12	3.3	12	90	6	64	48	17	0	34	1.47
95009217--95009294	31	2.9	25	77	18	84	50	19	0	30	1.48
95009493--95009658	43	3.9	43	78	1	154	31	30	13	24	1.94
95009497--95009683	43	4.4	43	77	1	133	32	27	13	25	1.94
95009804--95009850	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
95009794--95009874	31	2.6	32	80	16	100	67	2	2	27	1.15
95015099--95015132	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
95015555--95015646	7	13.0	7	70	15	55	53	29	0	17	1.44
95015555--95015607	14	3.8	14	85	9	72	58	30	0	11	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95015547--95015614	28	2.4	28	85	0	100	63	26	0	10	1.26
95015547--95015614	14	4.9	14	77	0	64	63	26	0	10	1.26
95016221--95016258	14	2.7	15	84	12	53	42	44	0	13	1.43
95016315--95016536	41	5.5	41	88	2	306	27	25	19	26	1.99
95016315--95016536	81	2.8	80	84	4	302	27	25	19	26	1.99
95016529--95016641	41	2.8	40	79	5	127	22	22	21	34	1.97
95016744--95016779	18	2.1	17	94	5	63	63	11	0	25	1.27
95017244--95017297	22	2.4	23	78	9	67	51	1	5	40	1.36
95021539--95021617	39	2.0	39	90	4	124	27	21	21	29	1.99
95027280--95027328	19	2.5	20	84	12	66	61	8	0	30	1.25
95030311--95030357	19	2.5	19	82	3	51	46	6	2	44	1.40
95031600--95031638	16	2.5	15	87	4	51	38	17	7	35	1.79
95031762--95031809	16	2.9	16	84	3	60	50	20	2	27	1.60
95033785--95033825	17	2.5	17	96	4	75	43	4	7	43	1.53
95034392--95034558	66	2.5	66	81	9	182	38	16	16	28	1.90
95036064--95036112	24	2.0	24	100	0	98	22	32	12	32	1.91
95044878--95044919	18	2.3	18	88	8	59	21	47	21	9	1.79
95047593--95047646	28	1.9	28	96	0	99	48	14	0	37	1.45
95049038--95049101	31	2.1	30	97	2	119	18	18	18	42	1.88
95051971--95052020	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
95052096--95052128	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
95061421--95061457	20	2.0	20	84	10	51	5	18	8	67	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95062132--95062180	23	2.1	23	88	0	71	61	2	4	32	1.26
95062203--95062242	19	2.1	19	86	9	55	50	0	5	45	1.23
95062883--95062936	25	2.2	23	78	12	54	29	1	20	48	1.60
95071856--95071897	18	2.3	18	91	0	66	45	0	28	26	1.54
95071856--95071917	9	6.9	9	74	7	54	45	0	29	25	1.54
95071869--95071929	27	2.4	27	81	8	74	39	0	34	26	1.57
95074991--95075021	9	3.3	9	95	4	53	58	0	0	41	0.98
95078243--95078282	16	2.5	16	95	0	71	35	10	5	50	1.58
95078630--95078654	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
95081864--95081910	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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