genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95382745--95382859	58	2.0	58	98	0	221	32	26	15	26	1.96
95398405--95398482	21	3.7	21	92	0	120	8	2	47	41	1.49
95400183--95400208	11	2.4	11	100	0	52	38	0	42	19	1.51
95407972--95408014	20	2.1	20	86	4	59	62	0	20	16	1.32
95408769--95408793	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
95409351--95409528	27	6.6	27	80	3	178	28	15	26	29	1.96
95409348--95409528	82	2.2	81	80	4	204	28	15	26	29	1.96
95426020--95426090	32	2.2	32	94	0	124	28	15	26	29	1.96
95426020--95426109	32	2.8	32	90	5	121	28	15	27	27	1.96
95438114--95438139	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
95448178--95448268	47	1.9	47	100	0	182	35	18	21	24	1.96
95452141--95452177	18	2.0	19	94	5	67	27	16	2	54	1.56
95456070--95456230	56	2.9	56	81	1	189	26	14	26	32	1.94
95458569--95458933	48	7.7	48	73	12	222	27	18	29	23	1.98
95466072--95466293	40	5.6	40	80	3	243	24	26	23	25	2.00
95468408--95468450	16	2.7	16	88	0	68	53	13	18	13	1.73
95468408--95468445	8	4.8	8	84	9	51	50	13	21	15	1.78
95468717--95468836	29	4.2	29	88	3	154	28	15	31	24	1.96
95468674--95468836	58	2.8	57	78	10	161	28	15	31	23	1.96
95470668--95470789	58	2.1	59	86	4	167	37	20	16	25	1.93
95477645--95477814	43	4.0	43	77	7	184	19	27	32	20	1.96
95477653--95477808	85	1.8	85	87	0	231	18	28	32	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95477891--95478194	43	7.1	43	76	8	237	19	31	27	20	1.97
95477891--95478134	85	2.9	86	80	8	250	20	33	27	19	1.96
95478013--95478392	199	1.9	200	85	3	534	17	29	31	21	1.96
95478218--95478732	43	12.1	43	77	6	487	17	33	30	19	1.95
95478206--95478718	85	6.0	83	77	7	494	17	32	30	19	1.95
95478212--95478733	170	3.1	169	83	5	662	17	32	30	19	1.95
95479731--95479879	39	3.8	39	89	0	199	29	28	19	22	1.98
95479699--95479871	78	2.2	77	80	4	177	28	29	19	22	1.98
95481729--95481826	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
95481757--95481839	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
95481729--95481840	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
95489906--95490013	52	2.1	52	92	1	182	40	21	5	32	1.76
95491088--95491199	39	2.9	39	83	0	152	26	29	20	23	1.99
95493295--95493421	43	3.0	42	71	10	114	18	29	29	22	1.97
95493256--95493421	85	1.9	86	85	3	228	18	31	28	21	1.97
95500673--95500704	14	2.3	14	94	0	55	31	43	15	9	1.78
95505300--95505331	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
95513461--95514318	26	33.0	26	99	0	1689	38	26	4	30	1.76
95521040--95521236	99	2.0	98	97	1	376	25	28	12	33	1.92
95535976--95536023	25	1.9	25	87	8	71	16	35	14	33	1.89
95536177--95536564	42	9.1	43	80	8	289	16	28	35	20	1.94
95536177--95536419	85	2.8	86	82	4	269	16	27	35	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95536342--95537290	43	22.6	42	72	11	501	18	29	31	20	1.96
95536341--95536660	42	7.5	43	75	7	269	16	29	32	20	1.95
95536359--95537290	170	5.6	168	74	10	678	18	30	31	19	1.96
95536547--95536775	115	2.0	116	85	0	316	18	28	31	20	1.96
95536684--95537290	43	14.3	43	76	7	524	19	30	30	19	1.96
95536684--95537290	85	7.1	86	78	5	524	19	30	30	19	1.96
95536711--95537287	128	4.5	127	77	8	428	18	30	31	19	1.96
95561635--95561755	58	2.1	59	84	1	154	34	21	17	26	1.95
95564169--95564255	44	2.0	44	95	0	156	37	21	18	21	1.94
95567430--95567464	18	1.9	18	100	0	70	42	0	28	28	1.56
95567525--95567710	43	4.3	43	82	4	214	24	19	16	39	1.91
95567525--95567790	86	3.1	85	82	4	284	25	16	17	40	1.90
95567562--95567790	43	5.3	43	82	0	224	25	16	17	40	1.90
95567766--95567815	25	2.0	25	96	0	91	30	16	18	36	1.92
95567791--95567912	43	2.8	43	83	4	165	27	13	18	40	1.88
95567680--95567893	111	1.9	111	85	1	295	28	14	17	39	1.89
95567642--95567920	154	1.8	154	80	0	333	28	14	17	39	1.89
95572118--95572245	47	2.7	47	87	0	166	32	28	16	22	1.96
95575649--95575704	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
95584320--95584371	26	2.0	26	100	0	104	46	19	19	15	1.85
95586796--95586834	19	2.1	19	85	0	51	71	0	23	5	1.05
95587718--95588101	206	1.9	206	91	3	639	30	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95589725--95589780	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
95589871--95589900	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
95590320--95590349	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
95590398--95590449	21	2.5	20	82	14	61	25	9	0	65	1.23
95591517--95591551	18	2.1	17	89	10	54	14	34	31	20	1.92
95592196--95592545	131	2.7	130	79	3	344	34	18	19	26	1.95
95592846--95592885	18	2.2	18	86	0	53	65	15	5	15	1.44
95595707--95595737	16	1.9	16	93	0	53	38	19	0	41	1.51
95599962--95600015	22	2.4	23	81	12	67	11	1	11	75	1.11
95599978--95600009	16	2.0	16	93	0	55	9	0	9	81	0.88
95600360--95600709	176	2.0	175	81	5	411	28	23	17	30	1.97
95601882--95602041	53	3.0	53	82	8	180	13	21	17	46	1.83
95613060--95613742	231	3.0	231	96	0	1244	49	7	11	31	1.66
95614725--95614756	16	2.0	16	93	0	55	6	0	15	78	0.95
95616769--95617326	279	2.0	279	95	0	992	28	22	15	34	1.94
95616390--95617838	791	1.8	789	93	0	2353	34	16	14	35	1.89
95619470--95619513	20	2.3	19	88	11	63	50	0	6	43	1.29
95619470--95619513	19	2.2	20	84	11	56	50	0	6	43	1.29
95617048--95619967	512	5.7	512	91	1	4782	35	15	13	35	1.86
95619803--95620135	166	2.0	166	97	0	621	37	11	16	35	1.84
95620149--95620192	20	2.3	19	88	11	63	50	0	6	43	1.29
95620149--95620192	19	2.2	20	84	11	56	50	0	6	43	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95620635--95621196	280	2.0	281	94	2	997	37	14	12	35	1.84
95620118--95621914	792	2.3	750	85	8	2609	37	14	12	35	1.84
95622466--95622507	18	2.4	18	84	4	59	30	0	9	59	1.29
95620917--95623307	510	4.7	507	81	6	2831	36	14	13	35	1.85
95624332--95624423	27	3.4	27	80	5	114	27	22	9	40	1.85
95624305--95624423	54	2.2	54	83	3	141	29	22	10	37	1.87
95624455--95624550	27	3.6	27	80	8	81	44	22	7	25	1.78
95624481--95624551	27	2.6	27	82	8	90	46	25	4	23	1.70
95625538--95625607	25	2.8	25	84	0	95	28	25	22	22	1.99
95625588--95625634	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
95625755--95625846	42	2.2	42	88	7	134	29	11	21	36	1.89
95625870--95625950	31	2.6	31	90	0	135	32	18	22	27	1.97
95626704--95630167	512	6.6	513	86	6	4826	36	14	13	36	1.85
95629078--95629220	72	2.0	72	94	0	250	30	28	13	27	1.94
95629158--95630162	511	2.0	512	93	0	1735	35	14	14	36	1.86
95629993--95630310	143	2.2	143	98	0	618	45	3	13	37	1.60
95632504--95632577	37	2.0	37	100	0	148	51	8	5	35	1.55
95632683--95632790	50	2.2	50	89	0	162	23	24	14	37	1.92
95635398--95635435	20	1.9	19	85	15	51	7	18	2	71	1.23
95636733--95636915	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
95636769--95636950	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
95645670--95645852	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95645706--95645887	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
95652071--95652135	32	2.0	32	96	0	121	36	18	20	24	1.94
95653132--95653210	19	4.2	19	88	9	117	37	8	16	36	1.80
95653122--95653209	36	2.4	36	78	17	110	38	9	15	36	1.80
95653132--95653227	19	4.9	21	87	8	82	35	9	17	37	1.82
95654184--95654228	22	2.0	22	100	0	90	28	22	17	31	1.97
95658859--95658906	15	3.2	14	80	19	53	81	0	14	4	0.84
95658856--95658900	20	2.2	21	92	7	76	86	0	11	2	0.65
95659849--95660642	84	9.4	84	88	4	1156	30	22	22	24	1.99
95659901--95660459	43	13.3	41	63	21	178	29	23	22	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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