genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30066914--30066974	24	2.5	24	89	2	95	40	3	21	34	1.69
30072622--30072708	42	2.1	42	93	0	147	13	5	47	33	1.67
30072742--30073266	96	5.4	96	79	4	462	23	4	47	24	1.70
30072742--30073266	48	10.8	48	78	7	327	23	4	47	24	1.70
30072742--30073269	144	3.6	144	82	2	464	23	4	47	24	1.70
30073037--30073341	75	4.1	75	70	6	231	23	4	47	24	1.70
30073181--30073275	24	3.7	26	66	18	74	23	5	49	22	1.70
30073351--30073437	27	3.5	26	68	18	67	24	3	43	28	1.70
30073262--30075051	144	12.4	144	84	2	1717	19	4	50	25	1.67
30073426--30073509	21	3.7	21	68	17	60	16	3	55	23	1.56
30074626--30074709	21	3.7	21	71	17	69	16	1	58	23	1.45
30074599--30074685	27	3.5	26	71	18	76	18	3	51	26	1.62
30074620--30074693	21	3.1	24	69	21	73	20	2	54	22	1.57
30074626--30074706	24	3.4	24	64	24	62	16	1	58	24	1.46
30074866--30074949	21	3.7	21	69	17	69	14	3	58	23	1.52
30074839--30074925	27	3.5	26	71	18	76	18	4	51	25	1.65
30074938--30075039	48	2.2	45	83	10	141	19	3	49	27	1.66
30073262--30075051	240	7.5	240	87	0	1916	19	4	50	25	1.67
30073262--30075063	96	18.8	96	82	1	1658	19	4	50	25	1.67
30075974--30076063	1	90.0	1	95	0	144	0	0	4	95	0.26
30080544--30081026	43	11.2	43	72	10	342	21	22	20	34	1.96
30080541--30081228	87	7.8	87	75	11	547	21	22	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30080544--30081228	130	5.2	130	77	7	696	21	23	20	34	1.96
30081034--30081192	44	3.6	44	73	6	153	20	22	21	35	1.96
30080844--30081216	187	2.0	189	94	1	660	20	24	20	34	1.97
30081078--30081228	43	3.5	43	71	5	151	21	21	21	35	1.96
30081312--30081435	64	1.9	64	93	0	212	37	12	17	32	1.87
30083223--30083257	9	3.8	9	88	3	52	8	0	2	88	0.61
30083543--30083590	21	2.2	21	92	3	78	37	16	12	33	1.86
30088812--30088865	3	17.7	3	88	3	81	35	3	0	61	1.14
30089110--30089163	3	18.0	3	81	14	67	31	0	1	66	1.02
30089279--30089348	11	6.6	11	71	14	58	34	4	7	54	1.47
30089287--30089348	20	3.0	22	86	6	76	33	3	6	56	1.41
30089279--30089344	31	2.2	31	81	8	73	33	4	7	54	1.49
30089396--30089426	16	1.9	16	93	0	53	35	3	9	51	1.51
30089719--30089779	30	2.0	29	81	12	70	31	11	4	52	1.58
30090013--30090046	14	2.4	14	95	0	59	20	14	5	58	1.57
30094752--30094812	30	2.1	29	87	9	88	32	1	8	57	1.38
30094843--30094887	23	2.0	23	86	0	63	26	15	15	42	1.87
30097596--30097647	26	2.0	26	92	0	86	44	1	1	51	1.23
30097622--30097673	21	2.4	22	87	6	79	40	1	3	53	1.30
30097596--30097726	53	2.6	51	79	10	137	41	3	2	51	1.32
30103703--30103810	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
30108059--30108104	18	2.4	20	82	7	60	47	2	23	26	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30108235--30108315	37	2.2	37	93	0	135	40	4	17	37	1.71
30112656--30112695	14	2.5	17	73	23	50	20	55	12	12	1.69
30116044--30116251	91	2.3	91	93	0	344	46	3	4	46	1.39
30116166--30116226	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
30116084--30116226	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
30116388--30116422	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
30116388--30116442	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
30116658--30116726	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
30116658--30116726	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
30121724--30121756	3	11.0	3	93	0	57	30	0	3	66	1.06
30121896--30121957	26	2.4	25	81	8	61	24	6	4	64	1.37
30127031--30127138	40	2.7	40	79	1	119	43	27	14	13	1.84
30137526--30138539	47	21.6	47	98	0	1947	29	29	8	32	1.87
30138764--30138855	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
30138745--30138905	40	4.1	40	79	10	170	24	27	22	25	2.00
30141392--30141453	20	3.3	20	69	17	69	14	24	0	61	1.33
30141399--30141455	16	3.3	16	68	17	51	15	21	0	63	1.31
30141391--30141462	36	2.0	36	100	0	144	16	25	0	58	1.38
30161418--30161494	40	1.9	40	81	0	91	38	28	14	18	1.89
30164293--30164348	20	2.7	21	83	10	71	35	0	7	57	1.26
30164298--30164348	21	2.5	20	87	6	68	37	0	5	56	1.23
30164336--30164374	11	3.5	11	85	0	60	30	2	0	66	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30166511--30166682	46	3.7	46	89	1	238	41	13	23	22	1.89
30175443--30175531	40	2.3	38	80	7	99	38	35	12	13	1.82
30186498--30186530	17	1.9	17	93	0	57	12	6	6	75	1.16
30195783--30195849	6	12.8	5	77	17	50	76	0	4	19	0.96
30195803--30195854	6	8.8	6	81	12	63	78	0	3	17	0.89
30195783--30195850	12	5.9	11	79	8	66	76	0	4	19	0.95
30195803--30195854	23	2.2	23	86	10	70	78	0	3	17	0.89
30206169--30206222	27	2.0	27	96	0	99	51	5	11	31	1.60
30211667--30211706	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
30215923--30216059	50	2.8	50	84	5	165	30	25	15	28	1.96
30219246--30219360	27	4.3	27	87	3	151	20	21	21	36	1.95
30223431--30223507	27	2.9	28	82	7	97	22	23	18	36	1.95
30224483--30224515	16	2.1	16	100	0	66	36	18	12	33	1.88
30242566--30242602	19	1.9	19	94	0	65	16	10	0	72	1.10
30242639--30242685	23	2.0	23	95	0	85	27	4	23	44	1.72
30243558--30243597	20	2.0	20	90	0	62	20	5	0	75	0.99
30245208--30245241	13	2.6	13	90	0	50	14	32	35	17	1.91
30254216--30254293	25	3.1	25	78	12	88	20	16	26	35	1.94
30257240--30257277	14	2.7	14	84	8	51	42	0	0	57	0.98
30260889--30260939	11	4.5	11	76	16	50	35	7	0	56	1.28
30261798--30261823	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
30263430--30263467	6	6.3	6	87	0	58	15	34	15	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30263430--30263479	18	2.8	18	84	0	64	20	32	12	36	1.89
30263433--30263482	12	4.2	12	84	0	64	22	32	10	36	1.87
30265383--30265426	20	2.2	20	84	8	54	47	4	2	45	1.35
30266261--30266309	21	2.4	21	81	15	59	28	0	6	65	1.16
30267650--30267737	46	1.9	46	90	0	131	27	31	21	19	1.97
30275634--30275688	3	17.7	3	79	3	56	60	1	9	29	1.38
30282798--30282835	17	2.3	17	86	4	51	63	2	0	34	1.09
30282918--30282961	11	4.3	11	83	16	67	54	6	0	38	1.27
30282928--30282992	19	3.5	18	80	12	78	58	4	4	32	1.39
30287032--30287114	27	3.1	27	77	6	98	26	19	26	27	1.99
30288775--30289139	182	2.0	182	97	0	694	21	24	27	25	1.99
30294631--30294716	37	2.3	37	84	4	102	23	20	19	36	1.95
30294833--30294947	28	4.1	28	83	6	117	28	14	15	40	1.87
30301340--30301389	24	2.1	24	100	0	100	24	24	0	52	1.48
30306704--30306742	20	1.9	21	85	15	55	64	7	7	20	1.45
30308415--30308560	27	5.4	27	90	0	211	26	21	9	41	1.84
30308550--30308716	27	6.2	26	74	12	106	39	20	10	29	1.86
30308559--30308714	81	1.9	81	85	7	219	41	18	10	29	1.85
30308612--30308772	54	2.9	54	80	6	164	40	18	8	32	1.81
30308592--30308771	27	6.6	27	78	9	118	41	19	8	30	1.81
30308727--30308778	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
30309645--30309675	16	1.9	16	93	0	53	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30309706--30309775	25	2.8	25	93	0	113	27	24	22	25	2.00
30309705--30309788	25	3.4	24	83	8	98	29	21	22	26	1.99
30309706--30309800	50	1.9	50	80	8	113	29	23	22	25	1.99
30309923--30310015	42	2.2	43	90	1	143	27	10	20	40	1.86
30312203--30312348	27	5.4	27	88	0	166	26	21	9	42	1.83
30312203--30312348	54	2.7	54	83	0	184	26	21	9	42	1.83
30312380--30312502	27	4.6	27	77	4	106	41	19	8	30	1.80
30312480--30312565	27	3.1	27	76	17	95	38	16	10	34	1.83
30313441--30313558	61	1.9	61	92	0	200	18	11	37	33	1.86
30313600--30313691	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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