genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26345817--26345885	36	1.9	36	85	5	95	21	42	5	30	1.76
26354112--26354272	81	2.0	80	98	0	304	51	4	11	31	1.60
26358570--26358695	10	13.2	9	72	15	76	62	3	0	32	1.19
26358630--26358695	27	2.4	27	83	14	82	59	1	0	39	1.07
26363614--26363681	18	3.8	18	71	7	59	36	2	1	58	1.22
26367238--26367330	43	2.2	44	90	3	145	51	12	6	29	1.65
26367343--26367387	19	2.4	19	84	0	63	51	17	2	28	1.58
26371977--26372074	43	2.3	44	91	3	155	48	12	6	32	1.65
26372091--26372130	19	2.2	18	90	4	62	42	17	2	37	1.63
26374530--26374569	21	1.9	21	84	0	53	42	2	0	55	1.13
26382136--26382378	119	2.0	121	92	4	413	29	15	16	39	1.89
26388149--26388219	18	3.9	18	86	0	97	29	19	14	36	1.91
26396735--26396780	21	2.2	21	96	0	83	39	10	28	21	1.87
26405135--26405213	30	2.6	32	75	17	78	27	13	12	45	1.80
26408756--26408821	18	3.8	18	88	5	93	36	25	7	30	1.84
26417041--26417168	62	2.1	62	95	0	229	10	13	42	33	1.79
26425788--26425839	25	2.1	25	96	0	95	42	7	13	36	1.73
26428992--26429113	50	2.4	50	97	0	235	31	17	27	24	1.97
26431922--26432172	55	4.7	53	75	10	210	36	17	23	23	1.95
26431926--26432126	108	1.8	110	87	4	300	34	17	23	23	1.96
26432365--26432395	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
26454319--26454415	36	2.7	36	80	3	115	32	21	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26454355--26454579	76	3.0	76	79	0	252	34	21	19	24	1.96
26454290--26454497	112	1.9	112	79	0	236	36	22	18	23	1.95
26458660--26458833	49	3.6	49	76	1	170	27	14	29	28	1.95
26458655--26458885	98	2.4	98	83	1	275	26	15	29	29	1.96
26460720--26460807	25	3.6	24	75	15	81	19	23	23	32	1.97
26474676--26474756	41	2.0	41	100	0	162	14	30	4	49	1.65
26476278--26476388	38	3.0	38	89	7	160	28	4	1	64	1.23
26476359--26476383	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
26478353--26478378	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
26485514--26485548	18	1.9	18	88	0	52	54	2	0	42	1.15
26496380--26496469	44	2.0	45	89	2	137	26	22	14	36	1.92
26498115--26498140	13	2.0	13	100	0	52	15	30	46	7	1.74
26501013--26501379	47	7.8	46	71	11	192	28	19	28	23	1.98
26501020--26501382	94	3.8	94	73	9	310	28	19	27	24	1.99
26501250--26501388	49	2.8	49	77	10	151	29	20	25	23	1.99
26501016--26501382	141	2.6	142	77	9	376	28	19	27	23	1.99
26510445--26510506	30	2.1	30	90	6	99	43	16	25	14	1.86
26510454--26510514	30	2.0	30	90	0	95	42	14	26	16	1.87
26511303--26511343	20	2.0	20	100	0	82	14	9	19	56	1.66
26512595--26512646	26	2.0	26	85	10	72	17	17	23	42	1.89
26512699--26512783	25	3.4	25	82	6	84	17	27	24	30	1.97
26515279--26515491	40	5.4	40	88	3	272	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26517879--26518049	67	2.6	67	81	9	190	33	16	27	22	1.95
26524975--26524999	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
26531960--26531989	6	5.0	6	95	0	51	0	33	20	46	1.51
26534365--26534413	22	2.2	22	85	7	64	61	14	10	14	1.57
26558494--26558532	13	3.0	13	92	0	60	17	30	38	12	1.88
26558867--26558896	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
26567474--26567790	48	6.6	48	88	1	402	30	16	27	25	1.96
26568038--26568066	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
26570644--26570711	35	1.9	35	88	5	102	29	13	33	23	1.93
26570998--26571043	6	7.8	6	85	4	58	78	0	4	17	0.91
26573221--26573292	35	2.1	35	94	0	126	16	26	29	27	1.97
26576432--26576456	13	1.9	13	100	0	50	56	8	4	32	1.47
26579881--26579965	44	1.9	44	97	0	161	25	14	22	37	1.92
26585878--26585911	17	2.0	17	100	0	68	35	11	23	29	1.90
26590597--26590630	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
26597189--26597334	43	3.4	43	90	1	215	13	23	34	29	1.92
26602911--26603098	27	7.0	27	81	0	214	38	20	10	30	1.86
26602911--26603092	54	3.4	54	82	3	240	39	19	10	30	1.85
26605743--26605866	46	2.7	46	93	0	203	40	13	23	22	1.90
26605839--26605894	28	2.0	28	92	0	94	44	12	21	21	1.85
26605799--26605940	74	1.9	74	95	0	257	40	15	23	20	1.90
26605757--26605987	120	1.9	121	90	0	365	40	15	23	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26605867--26606045	93	1.9	93	87	2	261	41	16	23	18	1.90
26605867--26606045	46	3.9	46	89	1	250	41	16	23	18	1.90
26606892--26606967	27	2.8	27	83	0	80	34	18	19	27	1.95
26606918--26606970	27	2.0	27	92	0	88	30	18	24	26	1.98
26606925--26606979	27	2.0	27	85	0	74	32	20	25	21	1.97
26606958--26607030	26	2.8	26	75	4	76	26	17	23	32	1.97
26608512--26608669	43	3.6	44	75	18	152	30	26	19	23	1.98
26615295--26615563	47	5.7	47	76	10	205	30	18	28	22	1.97
26615394--26615563	93	1.8	94	85	8	240	30	18	28	22	1.97
26615341--26615565	47	4.8	47	79	10	221	31	18	28	21	1.97
26615304--26615563	140	1.9	141	84	4	355	31	18	27	22	1.97
26632603--26632733	47	2.8	49	78	10	146	28	22	26	22	1.99
26648695--26648955	40	6.6	40	84	5	334	24	28	21	24	1.99
26648695--26648951	119	2.2	120	85	6	337	24	28	21	25	1.99
26648697--26648955	79	3.3	80	90	4	366	24	28	22	25	1.99
26663135--26663317	79	2.3	80	81	7	212	25	27	22	24	2.00
26663134--26663317	40	4.6	40	80	8	214	25	27	22	24	2.00
26677626--26677726	29	3.4	27	69	26	80	50	16	12	19	1.77
26677604--26677727	60	2.1	59	96	1	230	47	17	12	21	1.81
26684718--26684805	6	14.7	6	82	4	97	75	4	2	18	1.09
26686480--26686522	23	1.9	22	86	13	61	67	0	11	20	1.22
26686818--26686851	15	2.3	15	94	0	59	70	0	29	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26687215--26687388	86	2.0	86	85	2	233	24	23	20	32	1.98
26689023--26689080	29	2.0	29	100	0	116	48	17	6	27	1.72
26693226--26693292	20	3.3	20	89	4	100	34	11	19	34	1.88
26693340--26693415	27	2.9	27	90	2	109	28	23	23	23	1.99
26693659--26693688	7	4.3	7	100	0	60	60	0	13	26	1.34
26701309--26701375	20	3.3	20	87	4	91	35	10	19	34	1.86
26701421--26701494	26	2.8	27	93	4	125	29	24	21	24	1.99
26701421--26701503	26	3.2	26	74	16	73	34	21	19	24	1.96
26701738--26701767	7	4.3	7	100	0	60	60	0	13	26	1.34
26704641--26704680	20	2.0	20	100	0	80	30	30	5	35	1.79
26705398--26705454	30	1.9	30	89	7	89	10	26	38	24	1.88
26711356--26711398	18	2.4	17	81	11	50	32	0	46	20	1.51
26715367--26715527	38	4.2	38	92	0	268	21	22	25	30	1.99
26715521--26715648	46	2.9	45	85	7	149	25	23	28	23	2.00
26734778--26735949	390	3.0	390	93	2	1874	36	14	15	33	1.88
26736321--26736364	22	2.0	22	100	0	88	54	18	4	22	1.61
26738305--26738329	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
26746153--26746190	19	2.0	19	94	0	67	42	13	10	34	1.78
26751652--26751729	34	2.3	34	95	0	138	28	11	29	30	1.92
26755120--26755250	27	4.9	27	89	0	163	28	20	9	41	1.83
26755120--26755250	54	2.4	54	88	0	199	28	20	9	41	1.83
26755228--26755560	27	12.3	27	77	8	201	39	20	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26755120--26755276	54	2.9	54	85	0	152	30	20	8	40	1.83
26755120--26755275	81	1.9	81	82	0	195	30	19	8	40	1.83
26755242--26755447	54	3.8	53	81	3	225	40	19	9	30	1.83
26755242--26755449	81	2.6	81	88	0	292	40	20	9	30	1.83
26755242--26755473	81	2.9	81	85	4	265	41	19	9	29	1.82
26755578--26755654	27	2.9	27	73	7	68	40	19	19	20	1.92
26756689--26756753	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
26757118--26757305	6	30.3	6	71	18	118	21	15	13	48	1.80
26757118--26757291	31	5.6	31	93	0	294	21	16	13	48	1.80
26765897--26765967	26	2.7	26	82	4	70	33	22	12	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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