genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24316152--24316194	22	2.0	22	86	9	61	25	4	37	32	1.77
24317686--24317741	14	3.6	16	69	16	55	23	7	1	67	1.24
24326682--24326746	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
24326678--24326746	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
24330633--24330677	23	2.0	23	100	0	90	48	8	0	42	1.34
24330634--24330683	23	2.2	23	92	0	82	52	10	0	38	1.35
24337856--24337881	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
24338738--24338812	23	3.3	23	88	0	114	46	12	1	40	1.49
24349334--24349369	11	3.3	11	88	0	54	16	2	0	80	0.83
24349335--24349369	16	2.2	16	89	0	52	17	2	0	80	0.84
24357479--24357715	118	2.0	118	97	0	447	27	18	14	39	1.90
24375040--24375179	48	2.9	48	88	0	199	27	25	21	25	1.99
24380732--24380871	40	3.5	39	75	13	133	26	27	21	25	1.99
24398361--24398411	25	2.0	25	92	0	84	27	13	17	41	1.87
24400857--24401012	43	3.6	42	81	9	181	29	28	18	23	1.98
24401439--24401463	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
24426721--24426913	44	4.5	44	81	4	187	31	24	18	24	1.98
24429057--24429119	30	2.1	30	84	0	81	36	12	20	30	1.90
24430077--24430151	33	2.3	33	90	0	123	49	17	13	20	1.79
24433313--24433449	48	2.9	48	91	0	220	35	28	18	16	1.93
24438401--24438595	48	4.1	48	87	0	273	35	30	16	16	1.92
24438417--24438492	24	3.2	24	63	20	59	36	28	17	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24446962--24447139	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24446963--24447118	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24446959--24447139	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24456363--24456415	6	8.7	6	78	2	52	35	18	15	30	1.92
24457233--24457288	26	2.1	27	83	9	80	53	14	14	17	1.73
24457240--24457291	26	2.0	26	96	0	95	48	15	13	23	1.80
24463640--24463707	34	2.0	34	91	0	109	45	27	2	23	1.67
24464199--24464252	20	2.7	20	100	0	108	11	31	42	14	1.81
24465393--24465548	42	3.7	42	81	5	154	32	23	14	29	1.94
24465393--24465548	84	1.9	84	83	2	206	32	23	14	29	1.94
24484732--24484821	46	2.0	46	88	4	137	62	10	3	24	1.42
24486432--24486530	36	2.8	36	90	3	155	25	30	13	31	1.93
24490421--24490451	14	2.2	14	100	0	62	48	0	0	51	1.00
24490528--24490558	16	1.9	16	93	0	53	25	0	3	70	1.02
24490570--24490630	18	3.3	18	76	17	61	42	6	0	50	1.28
24491529--24491592	27	2.2	29	78	10	69	26	3	7	62	1.38
24491736--24491774	19	2.1	19	90	0	60	23	20	10	46	1.81
24495713--24495761	18	2.8	17	87	6	62	36	26	22	14	1.92
24496411--24496461	26	2.0	26	88	0	75	19	9	3	66	1.36
24498088--24498140	16	3.3	16	78	0	61	43	5	18	32	1.74
24501861--24501900	20	2.0	20	85	4	55	30	0	5	65	1.14
24501961--24502021	31	2.0	31	93	0	104	44	6	21	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24506611--24506666	23	2.4	23	85	8	69	33	12	14	39	1.83
24506776--24506805	12	2.5	12	94	0	51	70	13	0	16	1.18
24506794--24506850	19	3.1	19	85	7	73	56	3	0	40	1.17
24507357--24507412	29	2.0	27	82	6	67	30	3	12	53	1.55
24508303--24508334	15	2.2	15	94	5	57	25	0	0	75	0.81
24527014--24527081	33	2.1	33	97	0	127	29	14	17	38	1.90
24531025--24531073	18	2.7	18	75	15	55	53	0	4	42	1.20
24533425--24533452	13	2.2	13	100	0	56	53	0	0	46	1.00
24533752--24533791	21	2.0	20	85	5	53	25	5	2	67	1.23
24535026--24535071	19	2.5	19	86	10	60	43	4	2	50	1.34
24535585--24535652	35	1.9	35	90	0	109	32	10	11	45	1.74
24540531--24540561	14	2.2	14	94	0	53	25	16	48	9	1.76
24542361--24542401	3	13.7	3	85	10	57	29	4	0	65	1.13
24542424--24542496	31	2.4	31	97	0	137	27	2	15	54	1.54
24542489--24542849	3	118.3	3	65	16	66	28	9	2	59	1.42
24542486--24542597	20	5.6	20	66	13	59	26	7	1	64	1.29
24542502--24542548	11	3.8	12	81	13	51	31	14	0	53	1.42
24543048--24543315	125	2.1	125	82	5	310	30	14	17	36	1.90
24549428--24549575	40	3.7	40	89	5	167	25	20	27	26	1.99
24560783--24560890	26	4.2	26	93	0	180	31	5	25	37	1.79
24563532--24563769	117	2.0	118	82	4	284	46	9	15	28	1.77
24563857--24563950	46	2.1	45	80	13	104	61	4	7	26	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24563994--24564035	22	1.9	22	85	9	59	64	7	0	28	1.20
24564147--24564191	22	2.1	22	87	4	65	57	0	4	37	1.19
24564390--24564429	16	2.6	17	81	18	52	55	0	12	32	1.38
24565601--24566603	44	22.7	44	68	8	212	31	20	21	27	1.98
24565592--24565843	133	1.9	133	90	1	407	31	21	20	26	1.98
24565603--24565897	133	2.2	133	83	2	333	31	21	21	25	1.98
24565690--24566238	177	3.1	177	86	0	740	31	20	21	26	1.98
24565824--24566602	44	17.6	45	70	6	338	30	19	21	27	1.98
24566213--24566475	134	2.0	133	79	5	289	30	19	20	29	1.97
24566263--24566610	89	3.9	87	73	9	254	30	19	21	28	1.98
24566627--24566666	20	2.0	20	100	0	80	45	15	5	35	1.68
24567200--24567548	3	113.3	3	65	18	60	28	9	2	59	1.43
24567197--24567282	20	4.2	20	69	14	57	29	6	0	63	1.20
24567229--24567281	23	2.3	23	83	0	61	35	7	0	56	1.28
24567496--24567549	22	2.5	21	82	5	72	29	9	0	61	1.27
24567745--24568013	125	2.2	125	79	6	287	30	14	18	36	1.90
24575235--24575308	37	2.0	37	97	0	139	44	8	8	39	1.64
24575408--24575616	104	2.0	103	88	3	312	21	16	11	49	1.78
24586480--24586533	22	2.5	21	82	5	72	29	9	0	61	1.27
24586729--24586997	125	2.2	125	79	6	287	30	14	18	36	1.90
24594219--24594292	37	2.0	37	97	0	139	44	8	8	39	1.64
24594392--24594600	104	2.0	103	88	3	312	21	16	11	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24610067--24610114	24	2.0	24	100	0	96	29	16	20	33	1.95
24616418--24616706	3	97.3	3	76	9	202	62	2	5	29	1.31
24621337--24621598	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
24629335--24629544	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
24629282--24629544	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
24629335--24629579	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
24632211--24632549	173	2.0	173	98	0	651	30	9	18	41	1.81
24634524--24634562	16	2.5	16	91	4	62	61	0	10	28	1.28
24643010--24643163	74	2.1	73	79	7	159	28	20	18	33	1.96
24647393--24647615	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
24647393--24647615	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
24655370--24655631	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
24661470--24661531	31	2.0	31	93	0	106	37	14	17	30	1.90
24661539--24661579	20	2.2	20	86	8	59	24	14	0	60	1.34
24671346--24671378	6	5.5	6	100	0	66	30	0	0	69	0.88
24673474--24673527	21	2.6	21	93	0	90	29	7	33	29	1.85
24676991--24677031	20	2.0	20	90	0	64	12	26	39	21	1.89
24691314--24691513	48	4.2	48	92	2	332	31	31	6	31	1.82
24691316--24691511	94	2.1	94	98	0	374	31	31	6	31	1.82
24694427--24694475	22	2.2	23	88	3	73	22	44	14	18	1.85
24696574--24696613	13	3.1	13	96	0	71	17	32	35	15	1.91
24702657--24702770	39	2.9	39	83	5	133	26	30	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24702700--24702776	39	2.0	39	94	0	136	27	31	20	20	1.98
24706655--24707054	201	2.0	201	99	0	791	33	23	17	26	1.96
24709411--24709602	39	4.9	40	82	5	155	27	28	22	21	1.99
24709481--24709606	39	3.2	39	94	0	207	26	29	21	22	1.99
24712440--24712649	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
24712387--24712649	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
24712440--24712684	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
24722769--24722941	84	2.1	83	95	1	310	35	18	15	30	1.92
24725576--24725616	18	2.3	18	91	0	64	31	19	9	39	1.84
24725604--24725656	22	2.3	22	78	12	54	30	16	13	39	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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