genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19494283--19494342	30	2.0	30	90	6	95	13	15	13	58	1.64
19496766--19497034	46	5.8	44	73	14	195	21	20	28	29	1.98
19496818--19496973	47	3.3	47	75	15	187	21	19	30	29	1.97
19496766--19497027	93	2.8	93	89	0	407	22	20	28	29	1.98
19500219--19500411	43	4.5	43	85	0	233	26	33	19	20	1.97
19500665--19500753	31	2.9	30	79	15	94	67	2	4	25	1.21
19500674--19500720	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
19504174--19504226	26	2.1	26	92	3	90	64	7	16	11	1.48
19504940--19504980	21	1.9	22	90	5	66	12	24	21	41	1.87
19507311--19507491	86	2.1	86	98	1	355	40	4	7	47	1.52
19507558--19507711	51	3.0	51	96	2	276	46	18	7	28	1.75
19507657--19507767	33	3.4	34	82	10	115	44	17	7	31	1.76
19520813--19520856	20	2.2	20	100	0	88	45	4	9	40	1.56
19521464--19521496	17	2.0	16	94	5	57	75	0	0	24	0.80
19522968--19523041	29	2.6	28	80	17	91	60	2	1	35	1.19
19526611--19526665	24	2.3	22	80	17	65	29	0	3	67	1.08
19529035--19529197	80	2.0	80	98	0	317	38	10	20	30	1.86
19546691--19546721	15	2.0	16	93	6	55	45	22	0	32	1.53
19552067--19552228	87	1.9	87	84	2	218	25	24	20	29	1.99
19552028--19552495	214	2.2	214	89	3	697	26	22	20	30	1.98
19552079--19552491	44	9.5	44	72	12	257	27	22	20	30	1.98
19561178--19561297	61	2.0	61	91	0	195	21	29	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19569393--19569498	53	2.0	53	96	0	194	27	21	33	17	1.96
19578631--19578674	23	1.9	24	81	9	56	36	0	25	38	1.56
19583953--19584107	58	2.7	59	79	2	152	29	19	22	29	1.98
19588470--19588812	40	8.6	40	88	3	424	26	27	20	25	1.99
19588744--19588821	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19592761--19593356	300	2.0	300	93	0	1030	26	24	18	30	1.98
19596610--19596793	40	4.6	40	81	7	187	27	26	21	25	1.99
19596608--19596793	80	2.3	79	82	11	211	27	26	20	24	1.99
19601042--19601079	15	2.5	15	87	8	51	52	10	21	15	1.72
19604032--19604946	93	9.8	93	99	0	1785	28	30	18	22	1.97
19605481--19605703	116	1.9	116	95	0	401	26	22	11	38	1.89
19606029--19606152	64	1.9	64	100	0	248	34	21	7	36	1.81
19609329--19609500	43	4.0	43	81	10	183	25	20	28	25	1.99
19609387--19609577	43	4.6	41	75	8	147	26	19	28	24	1.99
19614353--19614398	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
19622313--19622358	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
19626651--19626763	43	2.6	43	83	8	115	26	20	30	23	1.98
19626683--19626763	43	1.9	42	89	2	126	24	22	32	20	1.98
19632375--19632428	27	2.0	27	100	0	108	33	7	29	29	1.85
19634126--19634152	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
19638015--19638039	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
19644110--19644149	20	2.0	20	86	13	57	25	0	17	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19650304--19650352	24	2.0	24	100	0	98	24	8	24	42	1.81
19653056--19653368	56	5.6	56	100	0	626	23	21	10	43	1.84
19664546--19664647	37	2.8	37	90	0	168	25	31	18	24	1.98
19665095--19665152	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
19667265--19667364	50	2.0	50	100	0	200	36	22	6	36	1.79
19668364--19668704	40	8.5	40	85	3	366	25	27	22	24	2.00
19669010--19669088	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
19669070--19669171	43	2.4	43	98	0	195	27	34	15	22	1.95
19671038--19671116	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
19671234--19671341	49	2.2	47	91	4	171	31	28	7	32	1.85
19671613--19671670	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
19679606--19679736	45	3.0	45	87	5	180	25	23	27	23	2.00
19684215--19684245	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
19684212--19684251	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
19684489--19684686	108	1.8	110	87	4	303	23	26	15	34	1.94
19684442--19684697	55	4.8	54	79	9	244	22	25	16	36	1.94
19696025--19696478	227	2.0	227	97	0	854	27	17	21	34	1.95
19722050--19722087	7	5.4	7	100	0	76	13	15	13	57	1.65
19725213--19725659	50	8.9	50	76	3	387	26	18	25	29	1.98
19725264--19725445	101	1.8	101	88	0	283	26	19	23	30	1.98
19725217--19725653	151	2.9	151	89	1	644	26	18	25	29	1.98
19725415--19725604	101	1.9	101	85	0	263	27	21	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19725857--19725886	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
19732190--19732574	50	7.7	50	73	10	259	24	18	26	30	1.98
19732346--19732526	101	1.8	100	91	1	299	25	19	24	29	1.99
19732190--19732583	151	2.6	151	89	1	569	24	18	26	30	1.98
19737987--19738160	49	3.6	49	80	8	178	28	21	27	22	1.99
19740508--19740678	45	3.8	44	78	7	157	19	17	13	49	1.80
19745372--19745504	55	2.4	55	86	3	180	21	21	30	27	1.98
19750456--19750604	29	5.2	29	87	0	210	28	29	14	26	1.95
19754311--19754414	53	2.0	51	94	5	183	35	7	19	37	1.80
19755433--19755603	93	1.8	92	92	3	290	21	19	29	29	1.98
19755437--19755610	46	3.8	45	79	15	187	20	19	29	29	1.97
19770193--19772915	546	5.1	550	78	8	2503	36	11	15	36	1.84
19772902--19772928	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
19773008--19773073	33	2.0	33	93	0	114	27	4	10	57	1.52
19776010--19776078	32	2.2	32	83	0	84	17	39	24	18	1.92
19787163--19787311	43	3.5	42	85	2	192	30	13	24	31	1.93
19798935--19798977	18	2.4	18	84	3	52	67	2	16	13	1.33
19801441--19801616	46	3.8	45	77	10	185	21	19	29	30	1.97
19801438--19801608	93	1.8	93	91	0	279	21	19	29	29	1.98
19804539--19804626	30	3.0	30	80	11	92	10	14	15	59	1.61
19804548--19804627	15	5.4	15	78	12	85	10	15	13	61	1.57
19809573--19809641	26	2.5	26	82	13	77	76	4	17	1	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19811341--19811458	40	3.0	40	76	5	132	29	20	21	28	1.98
19811512--19811643	40	3.3	40	76	0	138	27	20	21	31	1.98
19811698--19811738	21	2.0	21	85	9	57	43	4	2	48	1.37
19811894--19811943	14	3.6	14	81	2	66	22	0	28	50	1.49
19812002--19812034	14	2.3	15	89	5	50	15	0	45	39	1.46
19811995--19812034	21	1.9	21	89	0	62	15	2	42	40	1.60
19812459--19812505	21	2.2	21	88	0	67	19	2	34	44	1.62
19817326--19817439	43	2.7	43	88	0	147	24	13	28	33	1.93
19818173--19819624	545	2.6	549	80	6	1700	38	10	15	35	1.82
19820753--19820802	25	2.0	25	100	0	100	56	20	20	4	1.58
19820918--19821332	91	4.5	91	98	0	785	40	10	8	40	1.70
19822730--19822815	44	2.0	44	93	4	147	45	11	15	27	1.80
19823851--19823895	23	2.0	23	86	0	63	42	17	11	28	1.84
19824278--19824334	30	1.9	30	85	0	78	22	35	28	14	1.93
19825147--19825209	32	2.0	32	100	0	126	46	3	9	41	1.52
19838360--19838410	6	8.5	6	80	8	59	17	5	0	76	0.98
19838377--19838429	17	2.9	17	86	10	70	20	5	0	73	1.03
19838361--19838410	23	2.1	24	85	3	66	18	6	0	76	0.99
19838364--19838420	29	1.9	30	82	10	73	21	7	0	71	1.08
19841642--19841710	35	2.0	34	97	0	120	36	10	26	26	1.88
19843696--19843961	46	5.7	46	80	9	247	28	18	30	22	1.98
19845387--19845435	12	4.2	11	84	7	53	16	4	4	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19845387--19845435	18	2.8	17	85	14	64	16	4	4	75	1.11
19845652--19845690	19	2.0	21	85	10	55	25	5	7	61	1.44
19848771--19848795	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
19850284--19850598	50	6.3	50	73	10	266	31	25	17	25	1.97
19850284--19850598	150	2.1	151	93	0	542	31	25	17	25	1.97
19851154--19851212	30	2.0	30	86	0	82	25	27	8	38	1.84
19853511--19853549	15	2.6	15	92	8	62	51	15	17	15	1.77
19856695--19856833	70	2.0	70	92	0	233	20	22	20	35	1.96
19873465--19873859	50	7.9	50	77	5	366	30	25	17	27	1.97
19873468--19873853	151	2.6	151	97	0	709	30	25	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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