genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60711372--60711435	32	2.0	32	96	0	119	26	23	12	37	1.90
60715144--60715174	15	2.1	15	100	0	62	48	25	0	25	1.52
60715214--60715402	25	7.6	25	74	5	159	26	14	23	34	1.94
60715214--60715402	50	3.8	50	79	7	204	26	14	23	34	1.94
60715238--60715402	75	2.2	75	79	3	188	27	15	23	33	1.94
60718988--60719858	39	22.3	39	95	2	1536	23	26	20	29	1.99
60721114--60721167	23	2.3	23	84	6	65	3	20	1	74	1.07
60723207--60723276	25	2.8	25	91	4	106	25	22	25	25	2.00
60723324--60723382	21	2.9	21	82	2	66	30	20	11	37	1.89
60723344--60723390	10	4.7	10	89	5	69	31	19	12	36	1.89
60725238--60725276	20	2.0	20	89	0	60	48	15	0	35	1.45
60732923--60733015	48	1.9	48	97	0	177	39	7	22	30	1.82
60733335--60734295	39	24.6	39	94	1	1631	20	18	28	32	1.96
60741915--60742176	39	6.7	39	86	2	269	20	19	29	30	1.98
60741953--60742176	39	5.7	39	89	2	315	20	19	29	30	1.97
60743933--60743962	15	2.0	15	100	0	60	20	26	13	40	1.89
60753782--60753899	29	4.1	29	83	2	103	26	29	15	28	1.96
60763473--60763515	19	2.2	20	87	4	61	46	11	11	30	1.76
60764703--60764743	15	2.7	15	88	11	57	75	0	21	2	0.92
60767245--60767410	35	4.7	35	78	5	156	36	14	19	30	1.91
60768959--60769021	25	2.5	25	89	0	99	31	20	15	31	1.94
60778343--60778403	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60779743--60779799	30	1.9	30	85	0	78	28	22	7	42	1.80
60789350--60789397	21	2.2	22	85	3	62	27	12	20	39	1.89
60789479--60789592	48	2.4	48	82	4	113	21	15	30	32	1.94
60796212--60796336	48	2.6	48	81	0	142	30	16	28	25	1.96
60796250--60796533	48	5.9	48	72	10	213	29	18	28	23	1.98
60796298--60796528	97	2.4	96	83	2	266	29	18	28	23	1.98
60796248--60796527	145	1.9	144	81	6	334	29	17	28	24	1.97
60797699--60797754	21	2.7	21	94	2	96	14	33	30	21	1.93
60801085--60801294	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
60801032--60801294	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
60801033--60801329	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
60806369--60806461	47	2.0	47	100	0	186	29	17	30	23	1.97
60809117--60809326	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
60809064--60809326	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
60809117--60809361	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
60815565--60815788	40	5.6	40	80	8	249	27	26	20	25	1.99
60815565--60815788	83	2.8	79	81	8	254	27	26	20	25	1.99
60820439--60820801	46	7.7	47	74	15	240	28	19	28	23	1.98
60822669--60822900	48	4.9	48	72	10	188	29	17	28	25	1.97
60822669--60822900	95	2.4	96	83	3	306	29	17	28	25	1.97
60825704--60825798	40	2.4	40	82	7	113	26	29	16	27	1.97
60829900--60830007	25	4.4	24	87	5	119	26	24	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60829913--60830007	25	3.8	25	91	0	145	27	24	23	25	2.00
60829913--60830007	50	1.9	50	93	0	163	27	24	23	25	2.00
60830212--60830350	27	5.1	27	83	0	179	23	19	20	35	1.95
60830200--60830313	54	2.1	54	83	3	140	25	19	22	32	1.97
60830212--60830350	54	2.6	54	88	0	197	23	19	20	35	1.95
60830375--60830489	27	4.2	28	83	6	139	29	7	20	42	1.80
60830417--60830530	54	2.1	54	81	3	131	31	6	21	41	1.77
60830510--60830989	27	17.8	27	88	0	681	40	8	22	28	1.82
60830510--60830985	108	4.4	108	96	0	844	40	8	22	28	1.82
60837914--60838086	46	3.7	46	79	4	177	21	21	27	28	1.99
60837910--60838081	93	1.8	93	89	0	272	21	21	29	27	1.99
60841767--60841949	79	2.3	80	82	7	212	24	27	23	24	2.00
60841765--60841949	40	4.7	40	80	7	216	24	27	23	24	2.00
60849684--60849868	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
60849665--60849868	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
60850990--60851113	62	2.0	61	98	1	239	18	20	16	44	1.87
60855344--60855426	28	3.0	29	87	5	109	26	31	15	26	1.96
60855501--60855537	19	2.0	18	89	5	56	18	40	16	24	1.90
60855510--60855546	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
60858209--60858362	42	3.6	42	79	6	159	29	14	23	31	1.95
60867524--60867730	27	7.6	27	92	3	198	30	28	14	26	1.95
60867524--60867730	55	3.8	55	96	0	351	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60871267--60871363	27	3.5	28	90	2	133	26	13	27	31	1.94
60871295--60871377	27	3.0	27	85	5	78	32	12	24	31	1.91
60871267--60871378	28	4.0	27	81	6	80	30	12	25	32	1.92
60877607--60877763	54	2.9	54	84	5	210	42	14	12	30	1.82
60877657--60877745	19	4.8	19	68	18	71	46	12	14	26	1.80
60882037--60882167	54	2.4	54	87	5	192	42	13	12	30	1.82
60882096--60882134	19	2.1	19	95	0	69	48	12	10	28	1.74
60882889--60882933	21	2.2	20	84	11	56	35	0	4	60	1.17
60886508--60886541	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
60893440--60893501	31	2.0	31	96	0	115	20	19	22	37	1.95
60896010--60896084	37	2.0	37	86	0	105	26	24	10	38	1.88
60899638--60899688	26	1.9	27	92	4	86	47	15	11	25	1.80
60909202--60909253	4	12.8	4	76	11	52	71	1	0	26	0.97
60909205--60909247	13	3.1	13	78	18	50	74	2	0	23	0.93
60909202--60909253	16	3.2	16	86	2	68	71	1	0	26	0.97
60910512--60910552	21	2.0	21	100	0	82	31	4	19	43	1.72
60912325--60912370	18	2.5	19	75	13	51	30	0	15	54	1.41
60912646--60912737	29	3.1	28	76	7	85	22	14	20	42	1.88
60915695--60915777	27	3.0	27	78	3	94	36	13	21	28	1.91
60920513--60920541	14	2.1	14	100	0	58	79	0	0	20	0.74
60923796--60923948	29	5.2	29	78	6	148	35	22	18	24	1.96
60937475--60937506	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60937576--60937645	36	1.9	36	88	0	104	25	11	20	42	1.85
60942601--60942632	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
60946371--60946406	18	1.9	19	88	5	56	63	11	0	25	1.27
60948608--60948705	50	2.0	50	89	0	151	29	15	26	28	1.96
60953873--60953948	26	2.9	26	86	3	100	25	23	22	28	1.99
60953869--60954130	29	9.3	29	77	7	193	26	18	20	34	1.96
60953909--60954130	57	3.9	57	81	4	218	26	18	19	35	1.95
60953899--60954081	86	2.2	84	83	4	217	26	16	21	34	1.95
60953927--60954130	86	2.4	86	80	3	223	27	17	19	34	1.95
60953899--60954130	29	8.2	29	78	5	233	27	17	20	34	1.95
60956050--60956074	6	4.2	6	100	0	50	16	0	36	48	1.46
60956075--60956153	20	3.9	19	79	11	77	13	8	40	36	1.76
60960429--60960495	21	3.2	21	87	8	100	29	7	34	28	1.85
60965669--60965745	37	2.1	37	97	0	145	36	11	35	16	1.86
60966566--60966672	33	3.2	33	91	0	169	34	11	21	32	1.89
60967622--60967669	15	3.3	14	82	8	60	4	20	0	75	0.97
60967594--60967651	21	2.8	20	84	5	71	5	18	1	74	1.10
60967619--60967680	21	3.0	21	85	4	72	6	22	0	70	1.09
60969522--60969574	16	3.4	16	70	15	56	24	28	7	39	1.82
60969521--60969582	31	2.0	31	96	0	115	25	24	9	40	1.85
60980325--60980373	11	4.6	11	73	19	50	53	4	0	42	1.20
60980323--60980388	31	2.1	31	100	0	132	50	3	0	46	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60980327--60980390	17	4.0	16	80	13	78	53	3	0	43	1.16
60986440--60986485	24	1.9	24	82	8	58	28	2	10	58	1.43
61018727--61018767	19	2.2	19	86	0	55	73	0	0	26	0.84
61018776--61018802	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
61019068--61019126	3	18.7	3	79	10	64	62	6	1	28	1.30
61019794--61019882	43	2.1	43	89	4	135	15	35	5	42	1.71
61020596--61020729	55	2.4	55	88	0	205	25	9	15	49	1.75
61020659--61020891	94	2.5	95	90	4	355	24	9	16	50	1.74
61020782--61020849	34	2.0	35	91	2	111	22	11	20	45	1.83
61021262--61021292	7	4.4	7	95	0	53	61	35	0	3	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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