genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62247921--62247949	15	1.9	15	100	0	58	20	24	34	20	1.97
62247949--62248068	41	2.9	41	83	1	159	31	20	25	23	1.98
62249184--62249663	253	1.9	252	87	3	716	34	11	16	38	1.84
62252880--62252925	21	2.2	21	88	0	65	67	0	0	32	0.91
62274325--62274382	9	6.4	9	91	0	80	24	6	24	44	1.77
62284150--62284179	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
62284321--62284359	9	4.4	9	87	3	53	30	7	25	35	1.84
62295539--62295575	17	2.2	17	100	0	74	10	5	54	29	1.57
62304023--62304128	37	2.8	37	75	5	104	32	22	18	26	1.97
62308194--62308261	34	2.0	34	94	0	118	32	14	20	32	1.93
62308567--62308602	15	2.4	15	86	13	56	66	0	2	30	1.06
62308602--62308628	11	2.5	11	100	0	54	33	0	7	59	1.25
62308772--62308850	30	2.6	30	84	7	106	46	6	18	27	1.73
62308772--62308850	31	2.6	31	86	6	108	46	6	18	27	1.73
62315735--62315840	52	2.0	52	98	0	203	31	21	3	43	1.70
62333253--62333320	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
62333142--62333469	174	1.9	174	98	0	629	30	24	14	30	1.95
62333429--62333500	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
62335829--62336046	40	5.5	40	87	3	289	26	27	22	24	2.00
62338291--62338317	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
62342164--62342233	34	2.0	36	81	15	85	32	0	25	41	1.56
62343961--62344098	40	3.5	40	76	2	134	34	20	31	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62344023--62344081	20	3.0	20	76	18	70	27	20	32	20	1.97
62344023--62344098	39	1.9	39	86	7	109	31	21	30	17	1.96
62349711--62349771	24	2.5	24	86	2	86	18	18	21	42	1.89
62355710--62355747	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
62356373--62356430	30	1.9	30	85	0	80	34	25	5	34	1.78
62360379--62361328	39	24.3	39	97	0	1769	25	20	28	26	1.99
62361569--62361701	66	2.0	66	98	0	257	27	11	20	41	1.86
62362744--62362833	9	9.3	9	75	13	81	45	22	1	31	1.60
62362765--62362817	27	2.0	27	96	0	97	45	22	1	30	1.63
62363295--62363375	40	2.0	40	95	0	144	37	9	27	25	1.88
62364706--62364731	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
62368411--62368458	21	2.3	21	96	0	87	20	20	58	0	1.40
62368752--62368869	43	2.7	43	84	7	150	27	22	19	30	1.98
62371518--62371553	18	2.0	18	100	0	72	61	16	5	16	1.53
62371777--62371819	19	2.2	20	91	4	70	44	6	0	48	1.29
62375919--62376031	42	2.7	42	88	1	165	22	29	24	23	1.99
62380360--62380606	49	5.0	50	79	8	252	25	17	27	29	1.98
62380465--62380548	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
62380363--62380592	100	2.3	98	87	5	311	25	17	26	30	1.97
62389909--62389940	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
62389910--62389940	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
62394327--62394370	5	9.6	5	80	14	51	84	0	0	15	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62394332--62394370	13	3.1	13	89	10	55	84	0	0	15	0.62
62396526--62396601	38	2.0	38	97	0	143	34	17	10	38	1.84
62397271--62397421	51	3.0	50	83	3	180	29	23	19	26	1.98
62397277--62397422	49	2.9	50	85	2	177	28	23	19	27	1.99
62399434--62399473	15	2.7	15	88	0	62	55	10	17	17	1.69
62402254--62402402	51	2.9	51	84	3	185	30	26	18	24	1.98
62404707--62404744	18	2.1	18	100	0	76	18	5	10	65	1.41
62406980--62407155	46	3.8	46	75	15	182	20	18	29	31	1.97
62406977--62407147	93	1.8	93	89	2	272	20	19	29	30	1.97
62416296--62416324	14	2.1	14	100	0	58	51	20	6	20	1.70
62417301--62417344	19	2.2	20	88	4	63	25	22	11	40	1.87
62423240--62423769	140	3.8	139	81	3	562	25	17	24	32	1.96
62423287--62423769	70	6.9	69	78	2	426	25	16	24	32	1.96
62428389--62428418	11	2.7	11	100	0	60	73	0	0	26	0.84
62432789--62432934	68	2.2	64	82	10	170	28	15	28	26	1.96
62435261--62435311	20	2.5	20	80	0	57	25	29	7	37	1.84
62436977--62437090	59	1.9	61	84	8	155	28	2	18	50	1.61
62437737--62437797	30	2.0	30	100	0	122	36	18	3	42	1.66
62437772--62437814	22	2.0	22	95	0	77	44	11	4	39	1.62
62439950--62440054	40	2.6	40	93	3	176	21	23	28	25	1.99
62439950--62440086	40	3.5	39	87	6	161	24	22	27	25	2.00
62440313--62440357	22	2.0	21	84	16	56	33	17	13	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62444539--62444602	26	2.6	24	79	18	69	68	3	9	18	1.30
62446047--62446092	19	2.4	19	88	0	65	67	2	4	26	1.21
62455376--62455418	22	2.0	22	95	0	77	44	11	4	39	1.62
62459228--62459489	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
62467725--62467988	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
62467725--62468021	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
62470986--62471125	43	3.3	43	83	0	190	27	29	17	25	1.98
62470985--62471171	43	4.4	41	79	11	137	32	28	16	23	1.96
62472573--62472616	22	2.0	23	86	4	63	40	0	0	59	0.98
62472595--62472634	13	3.1	13	85	7	55	42	0	0	57	0.98
62472703--62472738	16	2.2	17	90	5	56	36	0	0	63	0.94
62472710--62472776	20	3.3	20	77	18	77	38	0	4	56	1.19
62472918--62472957	14	2.8	15	88	7	57	55	2	0	42	1.13
62472934--62472990	23	2.6	23	94	5	100	54	0	0	45	0.99
62472934--62473018	44	1.9	44	83	4	109	50	2	0	47	1.14
62473020--62473073	21	2.6	21	88	5	74	59	0	1	38	1.08
62473023--62473087	22	3.0	22	82	8	73	56	0	3	40	1.15
62473144--62473194	10	5.4	9	78	17	50	74	0	3	21	0.98
62473156--62473183	13	2.2	13	100	0	56	78	0	0	21	0.75
62475056--62475175	46	2.6	44	80	11	127	25	20	29	25	1.99
62482597--62482761	46	3.5	46	77	6	163	29	19	27	23	1.98
62482776--62482955	48	3.8	47	74	12	136	25	17	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62487558--62487792	48	4.9	47	81	5	265	26	28	17	27	1.98
62487556--62487792	96	2.5	96	92	1	377	27	27	17	27	1.98
62492894--62492923	12	2.5	12	100	0	60	30	26	0	43	1.55
62493470--62493512	19	2.4	18	77	11	52	46	0	0	53	1.00
62493638--62493693	19	3.2	19	70	14	57	48	1	0	50	1.11
62493644--62493691	15	2.9	15	77	17	51	54	2	0	43	1.12
62495321--62495359	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
62498188--62498238	24	2.1	24	96	0	93	45	5	5	43	1.52
62498853--62498909	29	2.0	27	83	12	71	36	5	0	57	1.21
62498853--62498907	19	2.9	19	72	17	53	38	3	0	58	1.16
62498849--62498905	10	6.1	10	75	20	52	38	3	0	57	1.16
62499411--62499479	23	3.2	22	75	20	67	57	13	1	27	1.44
62505972--62506438	131	3.6	132	77	4	426	26	21	18	33	1.96
62522422--62522763	39	8.6	39	86	6	408	24	27	21	26	1.99
62522422--62522761	119	2.9	118	88	6	467	24	27	21	26	1.99
62522422--62522763	158	2.2	159	83	9	450	24	27	21	26	1.99
62529372--62529520	44	3.4	44	91	0	226	26	14	30	27	1.95
62529503--62529682	44	4.1	43	63	24	99	32	12	26	28	1.93
62529371--62529552	88	2.1	88	82	2	222	30	13	29	26	1.94
62529490--62529728	130	1.8	130	100	0	478	31	13	27	28	1.94
62530883--62530909	11	2.5	11	100	0	54	40	0	7	51	1.30
62531065--62531139	27	3.2	21	66	25	51	30	5	5	58	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62531073--62531149	21	3.2	23	66	25	59	31	6	6	55	1.51
62531078--62531175	27	3.7	27	71	16	98	35	8	4	52	1.50
62531061--62531163	50	2.1	50	98	0	197	32	7	4	55	1.50
62532153--62532625	131	3.6	132	76	4	402	26	20	18	34	1.96
62544839--62545030	64	3.0	64	89	1	305	30	18	14	36	1.91
62545367--62545982	177	3.5	177	84	3	828	29	18	24	27	1.98
62546140--62546169	15	2.0	15	93	0	51	70	13	3	13	1.30
62554097--62554246	48	3.1	48	82	0	147	24	29	18	28	1.98
62554661--62554710	3	16.7	3	95	0	91	34	2	0	64	1.05
62563166--62563208	21	2.0	21	82	8	52	37	0	27	34	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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