genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65840313--65840507	11	18.9	11	68	20	91	37	1	1	60	1.10
65840289--65840494	91	2.3	91	97	2	387	36	0	0	61	1.09
65840376--65840429	28	1.9	28	85	7	74	35	1	0	62	1.06
65840424--65840448	10	2.5	10	100	0	50	20	0	0	80	0.72
65847903--65847957	21	2.7	21	78	13	60	40	9	3	47	1.53
65847908--65847971	22	2.9	22	71	13	60	35	9	3	51	1.50
65848229--65848332	53	2.0	53	98	0	199	20	8	13	57	1.62
65852174--65852228	21	2.7	21	78	13	60	40	9	1	49	1.45
65852713--65852786	37	2.0	37	97	0	139	21	20	16	41	1.90
65853737--65853773	18	2.1	18	100	0	74	54	5	10	29	1.57
65854093--65854119	5	5.4	5	100	0	54	62	18	0	18	1.32
65855062--65855107	24	1.9	24	82	8	58	30	2	4	63	1.26
65855067--65855109	19	2.3	18	76	7	50	27	2	2	67	1.15
65867409--65868015	44	14.0	43	71	14	317	29	21	23	26	1.99
65867540--65867778	127	1.9	127	79	11	274	29	21	23	25	1.99
65867409--65867911	211	2.3	215	92	2	816	28	21	23	26	1.99
65867667--65867822	84	1.8	85	84	9	212	28	20	23	27	1.99
65867749--65868000	89	2.8	88	77	14	218	28	21	25	24	1.99
65867745--65868012	133	2.0	133	98	0	518	29	21	25	24	1.99
65868385--65868421	5	7.4	5	100	0	74	62	18	0	18	1.34
65872880--65873016	27	5.1	26	79	5	139	33	13	27	26	1.93
65872880--65873026	54	2.7	54	78	2	170	32	13	27	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65889647--65889777	40	3.3	40	86	4	160	25	26	22	25	2.00
65891558--65891596	20	2.0	20	94	0	69	25	7	20	46	1.77
65902637--65902723	42	2.1	42	91	0	138	22	25	25	26	2.00
65909300--65909434	65	2.1	65	97	0	252	39	5	13	42	1.66
65910405--65910667	109	2.4	110	87	1	379	34	18	14	31	1.92
65910983--65911024	16	2.6	17	81	7	52	52	4	4	38	1.44
65911188--65911220	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
65912000--65912034	8	4.4	8	96	0	61	25	14	48	11	1.77
65913501--65913634	68	2.0	69	86	1	189	41	4	4	50	1.43
65914740--65914808	34	2.0	34	97	0	129	23	18	26	31	1.97
65915685--65915746	25	2.9	19	73	24	61	4	29	9	56	1.52
65915692--65915742	25	2.0	25	100	0	102	3	31	7	56	1.46
65915729--65915801	25	2.9	25	97	0	137	4	20	21	53	1.62
65915704--65915801	50	2.0	50	84	8	128	4	23	18	54	1.61
65915736--65915814	25	3.2	25	89	3	88	3	22	20	53	1.62
65918850--65918902	15	3.6	15	80	14	74	50	9	0	39	1.35
65918833--65918907	15	4.9	15	73	18	66	48	10	0	41	1.38
65918833--65918907	29	2.5	29	91	6	114	48	10	0	41	1.38
65919784--65919849	18	3.7	18	93	0	114	34	12	10	42	1.77
65920273--65920445	72	2.4	72	82	7	235	26	6	12	54	1.61
65922400--65922463	13	4.9	13	80	0	83	35	23	9	31	1.87
65925751--65925781	16	1.9	16	93	0	53	35	0	3	61	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65929310--65929356	22	2.1	22	100	0	94	36	29	4	29	1.77
65934054--65934097	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
65934142--65934230	45	2.0	45	88	0	133	34	22	16	25	1.95
65934241--65934427	51	3.7	51	76	8	202	31	25	17	26	1.97
65934239--65934423	101	1.8	102	89	3	293	31	24	17	26	1.97
65941557--65941594	20	1.9	20	100	0	76	28	0	21	50	1.49
65944280--65944305	11	2.4	11	100	0	52	30	0	23	46	1.53
65954469--65954506	19	2.0	19	100	0	76	52	15	5	26	1.64
65955978--65956026	22	2.3	20	86	6	62	51	0	2	46	1.12
65956334--65956380	15	2.8	16	81	15	51	51	4	0	44	1.21
65968897--65968948	24	2.2	24	96	0	95	40	1	3	53	1.30
65968908--65968960	24	2.2	24	89	0	79	39	5	9	45	1.60
65973311--65973364	24	2.2	24	90	0	81	38	5	9	46	1.59
65978179--65978225	21	2.2	21	96	0	85	25	12	29	31	1.93
65978470--65978868	202	2.0	200	91	1	654	44	19	12	23	1.85
65986406--65986453	12	3.8	12	84	13	60	77	8	12	2	1.08
65986417--65986470	20	2.6	19	82	8	54	75	7	12	3	1.14
65994079--65994285	93	2.3	91	81	5	224	35	15	19	28	1.93
65995458--65995498	15	2.9	14	86	10	57	75	0	24	0	0.80
65996354--65996396	22	2.0	21	81	4	50	60	9	4	25	1.47
65996910--65996941	14	2.3	14	94	0	55	43	9	6	40	1.62
66006503--66006543	22	1.9	21	85	5	55	36	12	12	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66012740--66012936	44	4.5	44	68	14	131	27	21	20	30	1.98
66012780--66013671	85	10.3	85	75	8	615	27	22	20	29	1.99
66012683--66013147	129	3.6	129	90	0	696	27	20	20	31	1.98
66012702--66013239	129	4.2	129	85	5	637	27	21	20	30	1.98
66012727--66013239	258	2.0	255	86	4	710	26	21	21	31	1.98
66013031--66014628	44	36.9	43	70	9	588	27	22	20	29	1.98
66012773--66014623	85	21.4	86	72	8	568	27	22	20	29	1.98
66013423--66013895	219	2.2	219	94	0	831	26	23	20	28	1.99
66013473--66014628	391	3.0	390	87	3	1573	27	23	19	29	1.98
66013691--66014060	172	2.1	173	96	0	679	27	23	20	29	1.99
66013864--66014458	218	2.7	218	94	0	1019	27	23	19	29	1.98
66014209--66014675	175	2.7	172	87	3	636	27	22	19	29	1.98
66015882--66015932	6	8.3	6	77	18	52	13	15	0	70	1.17
66015879--66015925	7	7.0	7	85	9	71	14	17	0	68	1.22
66015882--66015924	13	3.3	13	93	0	77	13	16	0	69	1.19
66015879--66015925	20	2.3	20	89	7	69	14	17	0	68	1.22
66015901--66015939	10	3.5	11	86	13	53	10	15	0	74	1.07
66015882--66015932	13	4.2	12	80	14	52	13	15	0	70	1.17
66016736--66016834	9	10.8	9	73	12	67	9	7	5	78	1.07
66020944--66021042	40	2.5	40	80	9	121	23	27	24	25	2.00
66021348--66021426	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
66021408--66021553	43	3.4	43	96	0	274	26	36	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66026988--66027033	24	1.9	24	81	0	56	10	36	6	45	1.65
66028664--66028936	48	5.8	48	85	6	333	26	15	30	27	1.95
66032875--66033052	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
66032876--66033031	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
66032876--66033052	82	2.2	81	85	3	230	25	15	28	29	1.96
66059474--66059673	47	4.2	47	92	3	303	28	29	10	32	1.89
66059474--66059673	96	2.1	94	89	3	303	28	29	10	32	1.89
66063139--66063321	40	4.6	40	83	2	199	24	26	24	24	2.00
66064937--66065004	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
66064826--66065153	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.94
66065106--66065184	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
66066977--66067055	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
66067037--66067139	43	2.4	43	98	0	197	27	35	14	22	1.93
66068719--66068780	5	12.0	5	76	17	56	46	17	1	33	1.58
66068718--66068781	20	3.0	21	88	11	96	48	17	1	32	1.56
66068718--66068781	11	6.1	11	83	8	89	48	17	1	32	1.56
66069339--66069417	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
66074354--66074684	163	2.0	165	86	5	458	39	1	24	34	1.65
66074731--66074788	29	2.0	30	89	3	91	29	1	50	18	1.57
66075685--66075808	40	3.1	40	89	2	194	21	12	25	39	1.89
66082368--66082448	40	2.1	39	95	2	144	23	22	14	38	1.91
66086580--66086642	23	2.7	23	79	20	78	25	31	0	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66086588--66086623	11	3.2	11	96	4	63	19	36	0	44	1.51
66086580--66086639	22	2.6	22	80	19	70	25	33	0	41	1.55
66086580--66086642	11	5.5	11	80	19	60	25	31	0	42	1.55
66086601--66086700	51	2.0	51	85	0	137	26	26	1	47	1.59
66096267--66096342	29	2.7	27	79	15	84	35	1	3	59	1.24
66107311--66107341	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
66116427--66116521	11	8.4	11	72	18	61	5	18	3	72	1.17
66116480--66116519	21	2.0	21	85	14	57	5	17	5	72	1.21
66126430--66126534	20	5.6	19	70	19	62	54	3	0	40	1.25
66126455--66126537	37	2.3	37	86	12	111	54	4	0	40	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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