genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79950219--79950265	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
79954163--79954197	6	5.8	6	100	0	70	17	0	68	14	1.21
79958849--79958942	25	3.8	25	69	10	77	25	19	23	31	1.98
79961157--79961213	25	2.3	25	90	0	87	21	19	22	36	1.95
79962522--79962564	21	2.0	21	90	0	68	11	30	20	37	1.89
79967125--79967440	43	7.3	43	86	1	418	29	30	18	21	1.97
79968003--79968034	16	1.9	17	93	6	57	81	0	0	18	0.70
79971543--79971573	14	2.1	15	94	5	55	35	45	0	19	1.51
79972486--79972681	82	2.4	82	86	5	279	32	28	16	22	1.96
79972486--79972681	41	4.8	41	82	2	223	32	28	16	22	1.96
79972760--79972843	40	2.1	40	86	0	114	26	15	17	40	1.89
79977449--79977491	21	2.0	21	95	0	77	39	11	2	46	1.53
79984458--79984501	21	2.1	21	84	12	56	22	0	18	59	1.38
79985326--79985513	74	2.5	74	99	0	367	35	19	12	31	1.90
79986500--79986638	32	4.4	32	85	4	183	37	18	22	21	1.94
79986640--79986705	26	2.5	26	90	0	105	39	24	19	16	1.92
79986807--79986941	24	5.6	24	80	0	117	45	21	6	26	1.76
79987006--79987102	27	3.6	27	84	1	124	27	23	17	30	1.97
79991361--79991432	24	3.0	24	79	6	74	37	20	23	18	1.94
79991479--79991539	26	2.3	26	83	5	70	34	26	24	14	1.94
79995115--79995172	27	2.1	27	90	0	89	29	13	29	27	1.94
80000479--80000528	23	2.2	23	88	0	73	24	16	18	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80000926--80000955	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
80011214--80011253	6	6.5	6	88	5	62	22	17	12	47	1.81
80011233--80011433	45	4.5	45	94	0	321	18	22	20	37	1.94
80018698--80018746	20	2.7	18	79	20	57	51	2	2	44	1.24
80019187--80019237	24	2.1	25	85	3	68	39	5	1	52	1.37
80026347--80026394	24	2.0	24	84	8	62	45	0	14	39	1.45
80026894--80026924	15	2.1	15	100	0	62	54	6	6	32	1.51
80027994--80028081	30	3.1	28	74	15	92	42	0	3	54	1.17
80027984--80028088	55	1.9	54	90	5	167	41	0	3	54	1.18
80029596--80029649	21	2.6	20	85	8	81	25	9	35	29	1.87
80030461--80030489	13	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
80051743--80051768	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
80052573--80052599	14	1.9	14	100	0	54	0	18	0	81	0.69
80054359--80054411	27	2.0	26	81	7	61	41	5	5	47	1.51
80055950--80055974	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
80060025--80060077	18	3.0	18	78	13	56	39	1	1	56	1.21
80060429--80060536	51	2.1	51	96	0	198	29	28	0	41	1.56
80060551--80060602	10	5.1	10	81	4	59	28	0	0	71	0.87
80060538--80060602	31	2.1	31	97	0	121	32	0	0	67	0.91
80061683--80061707	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
80062359--80062393	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
80062795--80062979	71	2.6	71	92	0	307	38	3	14	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80062978--80063030	23	2.7	18	75	25	61	50	20	0	28	1.48
80062985--80063065	23	3.2	23	79	20	99	45	24	0	29	1.53
80063000--80063251	30	8.6	29	89	6	366	43	26	1	28	1.63
80062999--80063251	89	2.9	88	89	5	395	43	26	1	28	1.62
80063246--80063481	55	4.3	55	95	2	438	37	12	6	44	1.68
80063465--80063489	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
80068430--80068504	14	5.4	14	86	0	78	30	9	8	52	1.62
80068417--80068460	7	6.3	7	83	0	52	31	27	0	40	1.56
80068421--80068504	21	4.0	21	84	0	60	29	13	7	50	1.68
80068462--80068504	7	6.1	7	100	0	86	27	0	13	58	1.37
80070223--80070359	63	2.2	63	81	1	148	32	30	6	29	1.83
80074423--80074472	18	2.8	18	76	11	57	50	14	4	32	1.61
80083105--80083285	29	6.3	26	67	17	85	58	4	2	35	1.31
80083101--80083176	27	2.8	26	80	11	75	60	6	1	31	1.30
80083016--80083276	10	27.9	9	65	19	74	60	3	2	33	1.26
80083101--80083200	18	5.4	18	71	16	73	60	6	1	33	1.28
80083726--80083789	21	2.9	21	75	13	58	40	1	3	54	1.25
80083780--80083828	20	2.4	21	82	3	55	40	0	6	53	1.26
80090221--80090263	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
80090229--80090278	22	2.3	22	79	6	57	58	6	18	18	1.59
80091977--80092023	19	2.6	18	86	6	76	57	2	0	40	1.11
80095470--80095499	13	2.4	12	94	5	51	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80095510--80095576	20	3.4	19	80	15	75	41	0	5	52	1.26
80095661--80095699	9	4.3	9	80	0	51	33	2	10	53	1.48
80096177--80096220	21	2.0	22	86	4	63	18	4	11	65	1.40
80098516--80098679	74	2.2	75	80	5	190	27	15	21	35	1.94
80099025--80099074	22	2.3	22	86	6	66	24	0	38	38	1.56
80099066--80099100	13	2.7	13	90	0	52	17	0	48	34	1.47
80099240--80099348	14	7.8	14	75	11	71	22	0	41	36	1.54
80099240--80099348	21	5.2	21	72	11	71	22	0	41	36	1.54
80101559--80101593	17	2.1	17	89	10	54	28	0	5	65	1.15
80101808--80101894	43	2.0	43	97	0	165	39	24	3	33	1.72
80102394--80102441	9	5.3	9	82	9	62	47	25	0	27	1.52
80102400--80102461	18	3.4	18	77	16	74	50	20	0	29	1.49
80102394--80102450	27	2.1	27	96	0	105	49	22	0	28	1.50
80102394--80102465	27	2.7	27	91	4	101	48	22	0	29	1.51
80102457--80102532	39	1.9	40	91	2	127	36	14	9	39	1.78
80102524--80102560	9	4.1	9	96	0	65	40	21	2	35	1.68
80102664--80102721	9	6.1	9	76	11	53	46	20	3	29	1.67
80105599--80105670	27	2.7	27	71	2	74	37	0	2	59	1.12
80111040--80111348	153	2.0	153	100	0	618	42	9	5	41	1.62
80114846--80114894	24	2.0	25	84	11	66	53	2	2	42	1.24
80114871--80114931	31	1.9	33	87	12	92	50	3	0	45	1.17
80114871--80114934	33	1.9	33	84	12	87	51	3	0	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80114930--80114967	19	2.0	19	89	0	58	55	0	10	34	1.34
80114999--80115053	26	2.1	27	86	3	76	38	1	3	56	1.28
80115024--80115057	18	1.9	17	88	5	50	29	0	2	67	1.05
80115131--80115190	28	2.1	28	81	6	68	23	1	3	71	1.10
80118797--80118822	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
80119721--80119755	17	2.0	18	88	5	54	42	25	0	31	1.55
80122221--80122260	20	2.0	20	95	0	71	37	25	7	30	1.83
80122642--80122676	17	2.1	16	89	5	52	48	0	5	45	1.26
80123235--80123266	11	2.9	11	90	0	55	28	31	0	40	1.57
80123221--80123266	22	2.0	23	87	4	67	28	28	0	43	1.55
80123292--80123339	24	2.0	25	87	4	71	39	0	2	58	1.10
80128839--80128920	43	1.9	43	90	5	130	21	19	29	29	1.98
80128869--80129547	126	5.4	126	94	0	1155	25	21	20	32	1.97
80129581--80129809	94	2.4	95	84	2	289	37	18	3	40	1.68
80129581--80129855	94	2.9	93	75	8	268	40	17	3	38	1.67
80136717--80136762	20	2.3	20	84	0	56	36	6	15	41	1.73
80139926--80140012	28	3.1	28	86	0	120	33	10	17	39	1.83
80141251--80141755	262	1.9	262	97	0	947	35	12	18	33	1.88
80150716--80150786	27	2.6	29	93	6	121	40	12	0	46	1.42
80151038--80151076	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
80151122--80151159	3	12.3	3	88	5	58	31	2	2	63	1.22
80151158--80151210	3	17.7	3	100	0	106	0	0	32	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80157709--80157746	19	2.0	19	85	10	51	60	7	0	31	1.25
80157777--80157900	12	11.2	12	68	19	74	0	32	0	66	0.97
80157812--80157925	4	27.2	4	70	22	67	0	30	0	68	0.96
80157862--80157926	14	4.6	14	78	17	57	0	30	0	69	0.89
80157861--80157913	5	11.0	5	77	20	51	0	33	0	66	0.92
80157811--80157907	34	2.7	38	85	9	132	1	31	0	67	0.98
80157778--80157912	19	6.9	21	74	24	109	0	31	0	67	0.96
80157967--80158042	27	2.8	27	85	0	107	15	28	28	26	1.96
80158107--80158180	28	2.7	28	91	6	116	47	0	9	43	1.36
80158353--80158463	55	2.0	55	91	0	177	32	14	13	39	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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