genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25500564--25500633	26	2.7	26	86	0	95	34	18	10	37	1.84
25503425--25503474	16	3.2	16	80	8	50	0	30	0	70	0.88
25504869--25504908	19	2.0	19	85	9	53	35	0	0	65	0.93
25505212--25505239	4	7.0	4	100	0	56	0	75	0	25	0.81
25508706--25508743	18	2.1	18	100	0	76	15	42	26	15	1.87
25512570--25512610	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
25513784--25513962	46	3.9	47	78	10	181	22	29	18	29	1.97
25513793--25513965	93	1.9	92	83	10	228	23	29	19	28	1.98
25515324--25515373	18	2.9	17	78	3	55	74	8	0	18	1.06
25529554--25530346	397	2.0	396	99	0	1559	33	15	20	30	1.94
25535245--25535279	18	1.9	18	94	0	61	31	22	14	31	1.94
25538025--25538100	28	2.7	28	81	0	80	30	27	11	30	1.92
25538949--25539025	31	2.5	31	97	0	145	10	27	40	22	1.86
25540043--25540172	54	2.4	54	100	0	260	28	23	22	25	1.99
25544634--25544830	42	4.7	42	78	2	191	30	27	14	26	1.95
25544819--25544942	37	3.4	37	82	6	146	26	26	19	27	1.99
25547569--25547645	28	2.8	28	79	0	82	31	28	9	31	1.88
25549840--25549888	6	8.0	6	88	2	53	73	0	6	20	1.04
25552256--25552332	28	2.8	28	79	0	82	31	28	9	31	1.88
25554527--25554575	6	8.0	6	88	2	53	73	0	6	20	1.04
25562686--25562806	47	2.6	46	77	5	125	32	23	16	27	1.96
25562780--25562911	52	2.5	52	85	3	158	29	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25564359--25564476	42	2.8	42	81	2	130	28	16	25	28	1.97
25568305--25568514	40	5.2	40	79	4	154	36	16	25	21	1.94
25568316--25568513	80	2.5	80	78	4	229	37	15	24	22	1.93
25570769--25570807	19	2.1	19	90	0	60	48	5	15	30	1.66
25573116--25573312	81	2.4	81	84	6	233	34	17	25	22	1.96
25573117--25573312	41	4.9	41	79	6	206	34	17	25	22	1.96
25573731--25573779	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
25574057--25574117	7	8.6	7	80	3	59	22	1	26	49	1.59
25574136--25574180	7	6.4	7	92	0	72	15	0	48	35	1.45
25574065--25574204	7	19.7	7	76	8	68	18	0	38	42	1.56
25574129--25574205	21	3.6	21	85	1	82	16	0	42	40	1.49
25574522--25574566	22	2.1	21	83	4	54	46	2	0	51	1.13
25574553--25574609	22	2.7	20	77	22	62	63	1	1	33	1.15
25574608--25574691	40	2.1	40	90	0	132	44	17	21	16	1.87
25577844--25577907	33	1.9	33	87	6	94	17	21	15	45	1.85
25577935--25578370	242	1.8	241	96	0	809	33	17	15	33	1.91
25583799--25583838	21	1.9	21	85	10	55	27	20	47	5	1.70
25584072--25584131	31	1.9	32	86	3	86	16	6	16	60	1.56
25584074--25584151	31	2.5	31	80	2	84	17	5	17	58	1.56
25584203--25584381	43	4.2	43	93	0	268	26	29	17	25	1.98
25585368--25585417	24	2.1	23	82	10	57	36	2	2	60	1.20
25585387--25585546	62	2.7	59	80	13	177	41	0	4	53	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25585724--25585754	16	1.9	16	93	0	53	32	29	0	38	1.57
25589789--25589953	19	8.4	19	78	9	109	52	3	5	39	1.40
25589759--25589967	10	21.5	10	65	21	70	55	2	4	38	1.33
25589841--25589954	20	5.8	20	82	4	99	54	1	7	36	1.38
25589842--25589953	38	2.9	39	82	4	120	53	1	7	37	1.39
25590183--25590225	20	2.2	20	91	0	68	37	4	4	53	1.43
25590195--25590313	51	2.4	50	77	13	120	41	4	1	52	1.30
25590295--25590350	16	3.4	16	79	13	53	32	3	0	64	1.11
25590275--25590347	18	4.0	19	70	25	50	38	4	0	57	1.18
25591726--25591975	32	7.8	32	77	6	184	16	40	14	28	1.88
25591724--25591880	48	3.2	47	80	10	174	17	42	13	26	1.86
25591822--25591897	18	4.4	18	75	9	70	18	35	15	30	1.92
25591709--25591988	16	17.4	16	71	13	155	16	40	15	28	1.88
25601079--25601133	28	1.9	29	88	3	85	18	45	21	14	1.85
25602491--25602598	45	2.4	45	83	4	139	34	28	13	23	1.93
25612611--25612664	25	2.2	23	77	9	54	33	3	0	62	1.12
25612637--25613267	154	4.1	153	89	4	911	27	5	7	58	1.48
25612637--25613267	311	2.1	301	89	4	951	27	5	7	58	1.48
25613234--25613258	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
25613873--25613923	3	17.0	3	87	0	75	1	60	0	37	1.08
25613922--25613994	3	24.7	3	94	2	130	1	32	0	65	1.01
25614120--25614180	27	2.3	27	85	0	77	16	36	26	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25616093--25616280	59	3.2	57	84	5	236	52	7	6	32	1.58
25618211--25618257	18	2.6	17	83	12	58	65	0	0	34	0.93
25621170--25621257	45	2.0	45	90	4	142	47	11	7	32	1.68
25628511--25628595	42	2.0	42	97	0	161	40	16	22	21	1.91
25633522--25633566	22	2.1	21	87	4	63	22	8	4	64	1.40
25640958--25641001	21	2.0	22	86	4	63	43	0	20	36	1.52
25641490--25641537	25	1.9	25	83	8	62	16	16	20	45	1.85
25642942--25643106	75	2.2	76	84	5	210	31	21	21	24	1.98
25645952--25645989	13	2.9	13	88	0	58	10	34	39	15	1.82
25654169--25654278	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
25655356--25655407	26	2.0	26	85	7	70	53	38	0	7	1.30
25655361--25655413	26	2.0	26	82	7	63	52	41	0	5	1.25
25655841--25655870	13	2.2	14	94	5	53	13	6	0	80	0.91
25656562--25656770	3	72.0	3	66	15	55	22	6	2	68	1.24
25656559--25656585	14	1.9	14	100	0	54	29	7	0	62	1.22
25656591--25656661	8	8.9	8	80	10	74	15	4	0	80	0.86
25656733--25656770	14	2.6	15	83	8	60	31	5	2	60	1.33
25656796--25656841	4	12.0	4	77	9	51	28	2	0	69	1.00
25656796--25656841	19	2.4	19	85	7	58	28	2	0	69	1.00
25656831--25656887	17	3.6	16	73	23	50	33	5	1	59	1.30
25657208--25657328	3	40.3	3	71	9	86	28	6	0	64	1.24
25657226--25657324	42	2.4	42	83	8	130	27	7	1	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25657208--25657328	54	2.2	56	83	12	155	28	6	0	64	1.24
25657620--25657670	16	3.4	16	73	13	54	45	0	0	54	0.99
25658903--25659212	46	6.7	46	95	0	514	22	23	14	39	1.91
25661506--25661625	51	2.4	51	85	2	161	40	12	20	25	1.88
25668222--25668271	16	3.1	17	80	8	59	42	0	0	58	0.98
25669145--25669264	51	2.4	51	88	2	170	40	12	21	25	1.89
25670925--25670990	5	13.4	5	76	17	59	16	3	0	80	0.84
25670922--25670980	10	5.7	10	79	15	66	16	3	0	79	0.86
25670922--25670987	22	3.3	20	82	16	75	16	3	0	80	0.84
25673387--25673480	20	4.7	20	79	9	75	51	13	5	29	1.64
25673379--25673480	40	2.5	40	81	9	118	50	12	4	31	1.61
25674697--25674766	28	2.6	26	80	8	86	48	14	14	22	1.79
25676106--25676319	47	4.6	47	92	0	338	28	30	7	33	1.85
25679532--25679580	25	2.0	25	95	0	89	18	14	8	59	1.59
25681447--25681508	30	2.0	31	93	3	108	25	27	6	40	1.80
25681457--25681503	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
25684703--25684780	15	5.2	15	70	11	70	25	23	7	43	1.80
25684703--25684787	30	2.8	30	96	0	152	24	23	7	44	1.78
25690938--25691009	35	2.1	35	91	0	117	45	12	8	33	1.72
25693824--25693922	17	5.7	17	70	9	65	31	30	19	19	1.96
25697139--25697202	18	3.6	17	75	8	65	20	6	1	71	1.15
25700997--25701047	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25705315--25705365	25	2.0	25	88	0	75	37	15	5	41	1.72
25713965--25713997	12	2.6	13	85	9	50	54	0	0	45	0.99
25714496--25714525	6	5.0	6	95	0	51	0	63	0	36	0.95
25717517--25717567	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
25717711--25717750	20	2.0	20	85	0	53	50	10	10	30	1.69
25717699--25717765	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
25735364--25735456	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
25735364--25735456	36	2.6	36	94	0	168	31	16	24	27	1.96
25738052--25738094	22	2.0	22	86	9	61	55	4	2	37	1.33
25745792--25745846	16	3.5	16	76	14	60	20	5	10	63	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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