genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  42  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14211468--14211639	93	1.8	93	89	0	272	29	30	18	21	1.97
14216983--14217087	46	2.3	46	95	1	185	31	29	19	20	1.96
14221339--14221483	27	5.4	27	88	0	227	27	20	9	42	1.83
14221318--14221502	81	2.3	81	81	2	221	32	20	7	39	1.81
14221480--14221638	27	6.0	27	83	4	153	40	21	8	29	1.83
14221485--14221638	54	2.9	54	83	3	179	40	21	9	28	1.83
14221485--14221661	81	2.2	80	84	4	223	41	20	10	28	1.84
14221627--14221868	27	9.0	27	88	2	301	36	17	20	25	1.94
14221536--14221869	27	12.4	27	84	4	275	37	18	17	26	1.93
14222072--14222141	25	2.8	25	91	0	104	28	24	22	24	1.99
14222097--14222168	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
14222362--14222436	31	2.4	31	93	0	123	30	20	24	25	1.98
14224714--14224871	27	5.8	28	84	2	119	31	22	6	38	1.81
14224714--14224880	54	3.1	54	85	1	147	30	23	7	38	1.82
14224744--14224899	54	2.9	54	88	3	233	31	20	6	41	1.77
14224744--14224881	27	5.1	27	90	0	222	28	21	7	42	1.80
14224822--14224995	27	6.4	27	78	5	118	36	21	6	35	1.80
14224738--14224926	54	3.5	54	83	2	200	33	20	6	39	1.78
14224723--14224926	81	2.5	81	81	0	237	34	20	5	39	1.77
14224876--14225013	27	5.2	27	80	5	129	41	22	6	29	1.79
14225005--14225110	27	3.9	27	92	0	176	34	17	23	23	1.96
14225004--14225138	27	5.0	26	86	5	155	33	19	22	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14225005--14225125	54	2.2	54	89	5	183	33	19	23	24	1.97
14225343--14225410	25	2.8	25	88	2	102	25	26	23	25	2.00
14231725--14231785	30	2.1	29	93	3	104	36	21	16	26	1.94
14236904--14236929	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
14237575--14237721	42	3.5	42	80	4	145	18	21	17	42	1.89
14241239--14241554	138	2.3	138	84	1	411	29	15	25	29	1.96
14243464--14243584	39	3.1	39	92	0	197	22	24	28	23	1.99
14247031--14247078	23	2.0	25	84	8	64	47	6	14	31	1.69
14247219--14247261	21	2.1	21	86	4	61	32	0	6	60	1.23
14250748--14250782	17	2.0	18	88	5	54	54	2	8	34	1.46
14251803--14251840	20	1.9	20	88	0	58	50	0	7	42	1.31
14254521--14254641	55	2.3	55	91	4	194	31	1	2	64	1.16
14256134--14256175	18	2.4	18	92	4	68	21	28	9	40	1.84
14259397--14259547	27	5.5	27	92	3	248	30	28	14	26	1.95
14259397--14259547	55	2.7	55	95	0	266	30	28	14	26	1.95
14262874--14262993	39	3.1	38	92	4	188	21	31	25	20	1.98
14274297--14274550	126	2.0	126	86	1	348	29	16	16	37	1.91
14274608--14274731	34	3.7	33	83	6	151	41	16	0	40	1.54
14274775--14274850	34	2.2	34	81	9	91	48	23	1	26	1.59
14277493--14277561	32	2.2	32	94	0	120	24	28	20	26	1.99
14277741--14277799	26	2.2	27	82	8	68	35	20	22	22	1.96
14282804--14282867	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14283061--14283151	23	3.9	23	92	5	139	28	23	23	25	1.99
14283204--14283270	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
14283204--14283259	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
14283307--14283354	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
14288571--14288644	37	2.0	37	94	0	130	20	33	12	33	1.89
14290405--14290472	32	2.1	32	94	0	118	26	27	20	25	1.99
14292561--14292646	31	2.8	31	80	5	113	24	29	17	29	1.97
14292865--14292934	25	2.8	26	84	6	99	25	21	24	28	1.99
14293065--14293112	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
14294662--14294686	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14296066--14296181	47	2.5	47	81	0	142	31	9	31	26	1.88
14298840--14298869	11	2.7	11	94	0	51	20	43	16	20	1.88
14300581--14300618	20	1.9	20	88	0	58	47	0	26	26	1.52
14302684--14302825	40	3.6	40	88	4	200	28	26	21	23	1.99
14310449--14310478	12	2.5	12	100	0	60	30	43	26	0	1.55
14310993--14311067	34	2.2	33	81	11	89	28	25	21	25	1.99
14318016--14318086	24	3.0	24	87	4	99	38	4	43	14	1.64
14318230--14318271	22	2.0	22	85	4	59	0	14	14	71	1.15
14319192--14319231	18	2.2	17	86	8	53	15	17	45	22	1.85
14320647--14320692	21	2.2	21	92	3	76	43	13	19	23	1.86
14325515--14325574	29	2.1	27	77	11	66	26	6	26	40	1.81
14329342--14329366	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14332506--14332632	43	3.0	42	80	4	157	32	25	14	27	1.95
14335007--14335096	45	2.0	45	82	4	110	33	24	18	23	1.97
14338382--14338441	30	2.0	30	93	0	102	50	23	10	16	1.75
14350353--14350401	25	2.0	24	87	0	62	24	16	10	46	1.77
14354110--14354282	93	1.9	93	87	0	256	28	29	20	20	1.98
14358859--14359050	40	4.8	40	81	7	196	25	22	27	25	2.00
14358859--14359043	79	2.3	81	83	7	227	24	23	27	25	2.00
14358912--14359076	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	1.99
14363702--14363817	50	2.4	47	82	5	135	28	21	14	35	1.93
14365158--14365191	17	1.9	18	88	5	52	52	5	20	20	1.67
14365327--14365364	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
14367779--14367855	33	2.4	33	84	2	102	32	22	14	31	1.93
14369246--14369322	15	5.3	14	71	22	61	22	3	1	72	1.08
14369246--14369327	30	2.8	30	80	8	89	20	3	2	73	1.11
14370014--14370121	26	4.2	26	93	0	180	33	7	23	36	1.83
14372336--14372513	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
14372357--14372512	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
14374796--14374871	26	2.8	26	84	4	89	35	22	11	30	1.90
14374975--14375079	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
14376666--14376849	96	1.9	97	87	3	273	28	14	25	32	1.95
14380552--14380670	43	2.8	41	78	7	121	30	24	13	31	1.93
14385713--14385738	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14389714--14389880	90	1.9	90	93	0	289	42	10	16	30	1.82
14391897--14392029	46	2.9	46	89	3	196	31	26	21	20	1.98
14391897--14392071	47	3.7	47	84	5	203	31	27	20	21	1.98
14399757--14399902	49	2.9	50	79	5	188	30	24	18	26	1.98
14403078--14403369	131	2.2	136	81	6	328	27	17	26	29	1.97
14406218--14406299	42	2.0	42	85	0	110	26	15	23	34	1.95
14406252--14406346	50	1.9	50	88	0	145	32	14	15	36	1.89
14417830--14417889	27	2.3	27	79	2	68	21	21	20	36	1.95
14426015--14426252	49	4.8	49	85	2	287	25	17	27	29	1.98
14426008--14426247	99	2.4	100	83	2	304	24	18	27	29	1.98
14429252--14429286	15	2.3	15	95	0	61	5	14	22	57	1.59
14429254--14429318	15	4.4	15	72	16	55	7	15	15	61	1.55
14431439--14431676	49	4.8	49	85	2	278	25	15	27	30	1.96
14437746--14437800	27	2.0	27	100	0	110	40	7	7	45	1.60
14439087--14439128	20	2.0	22	90	9	70	52	11	30	4	1.59
14445417--14445539	47	2.6	48	87	5	189	28	25	19	26	1.99
14446008--14446067	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
14446095--14446179	43	2.0	43	97	0	161	18	18	9	52	1.71
14453039--14453675	46	13.6	46	87	7	808	27	28	22	21	1.99
14453091--14453286	47	4.2	47	77	13	233	29	26	19	25	1.98
14456778--14456860	28	2.9	28	80	8	105	30	33	13	22	1.92
14466154--14466218	28	2.3	28	89	0	94	30	27	9	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14466334--14466397	29	2.2	29	83	8	78	26	23	18	31	1.98
14466840--14466880	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
14467471--14467504	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
14470232--14470383	27	5.6	27	92	3	250	26	14	28	30	1.95
14470232--14470383	55	2.8	55	95	0	268	26	14	28	30	1.95
14487156--14487199	21	2.1	21	100	0	88	40	13	0	45	1.44
14491807--14491888	39	2.1	39	93	0	137	24	29	25	20	1.99
14497454--14497573	39	3.1	38	85	3	177	25	30	22	22	1.99
14511395--14511515	39	3.1	39	92	0	206	23	29	23	23	1.99
14518794--14518833	19	2.1	19	100	0	80	30	32	5	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313