genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16917705--16917737	12	2.8	12	100	0	66	48	6	9	36	1.60
16918357--16918389	15	2.1	16	88	11	50	24	0	0	75	0.80
16922265--16922325	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
16923425--16923501	27	2.9	27	79	11	86	20	20	20	37	1.94
16923490--16923618	54	2.4	54	80	7	145	27	10	21	41	1.85
16923521--16923651	27	4.9	25	78	6	109	28	9	21	40	1.85
16944189--16944222	17	2.0	17	88	0	50	32	2	14	50	1.58
16944640--16945109	100	4.7	100	98	0	886	26	20	26	27	1.99
16945615--16945645	15	2.1	15	100	0	62	19	6	32	41	1.77
16958785--16959101	46	6.8	46	78	7	329	29	26	21	23	1.99
16958792--16959055	93	2.8	93	91	1	404	28	26	21	23	1.99
16961479--16961576	40	2.5	40	80	5	108	33	25	15	25	1.95
16961973--16962038	28	2.3	29	86	2	89	30	27	3	39	1.72
16968139--16968172	17	1.9	18	94	5	61	64	17	5	11	1.45
16975462--16975633	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
16975455--16975630	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
16981783--16981851	9	7.4	9	78	3	66	55	18	1	24	1.51
16987006--16987183	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16987027--16987182	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16995068--16995245	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
16995068--16995245	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
16997262--16997300	11	3.5	11	89	6	53	56	23	0	20	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16997269--16997337	9	7.4	9	79	9	68	53	21	1	23	1.54
16998709--16998831	41	3.0	41	98	0	237	42	21	2	33	1.66
17001574--17001611	20	1.9	20	89	10	60	42	7	10	39	1.69
17009094--17009265	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
17009118--17009301	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
17013342--17013422	28	2.9	28	75	5	83	27	16	32	24	1.96
17013722--17014409	27	25.6	27	78	5	526	38	21	10	29	1.86
17013722--17014409	81	8.5	80	84	3	688	38	21	10	29	1.86
17013722--17014401	54	12.6	54	80	4	635	38	21	10	29	1.86
17014363--17014436	27	2.7	27	79	8	87	40	16	12	31	1.85
17016303--17016336	13	2.6	13	95	0	59	11	20	47	20	1.81
17017760--17017876	43	2.8	42	80	5	137	29	25	15	29	1.96
17023494--17023526	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
17024593--17024657	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
17024763--17024852	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
17024763--17024877	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
17027342--17027380	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
17029526--17029587	25	2.5	25	94	0	106	40	8	6	45	1.59
17035762--17035797	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
17044192--17044261	25	2.8	25	93	0	113	27	22	24	25	2.00
17050075--17050171	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
17051898--17051941	12	3.7	12	84	9	63	70	6	6	15	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17052047--17052353	154	2.0	153	99	0	605	31	22	13	32	1.93
17054626--17054722	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
17060774--17060843	25	2.8	25	91	0	104	27	21	24	27	1.99
17060889--17060927	10	3.8	10	86	6	60	30	15	17	35	1.91
17060888--17060928	21	2.0	21	100	0	82	29	14	17	39	1.89
17066024--17066249	32	7.0	32	74	13	194	32	8	23	34	1.86
17066039--17066262	65	3.4	65	96	0	394	32	9	24	33	1.88
17066069--17066252	33	5.6	33	79	7	223	33	10	23	33	1.88
17066043--17066300	130	2.0	130	86	3	367	33	10	24	31	1.89
17071037--17071158	43	2.9	42	80	7	156	29	23	14	31	1.95
17072697--17072769	38	1.9	38	85	0	101	52	4	13	30	1.59
17078286--17078343	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
17078791--17078891	37	2.7	37	90	0	166	23	18	31	25	1.98
17087518--17087580	31	2.0	31	87	0	90	26	23	12	36	1.91
17087795--17087887	47	2.0	47	95	0	168	31	21	22	24	1.98
17087786--17087890	24	4.4	24	91	3	167	28	21	20	28	1.99
17087940--17088006	20	3.3	20	85	0	98	34	20	11	32	1.90
17091597--17091910	46	6.7	46	74	11	212	27	17	30	25	1.97
17091597--17091912	47	6.7	48	73	15	177	27	17	30	25	1.97
17103246--17103277	12	2.7	12	90	0	55	28	6	40	25	1.79
17104870--17104953	27	3.2	26	84	1	96	20	21	22	35	1.96
17107242--17107299	27	2.1	29	87	6	84	27	1	18	51	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17107381--17107504	41	3.0	42	82	9	116	21	16	25	36	1.94
17107396--17107516	41	2.9	42	87	3	165	20	18	25	35	1.95
17110690--17110790	30	3.2	30	66	22	80	22	16	16	43	1.87
17110673--17110800	65	2.0	65	98	0	247	24	15	17	42	1.87
17123119--17123776	329	2.0	329	100	0	1316	26	28	19	25	1.99
17129264--17129503	38	6.2	38	80	9	186	23	20	25	31	1.98
17129306--17129509	76	2.7	76	82	3	230	23	19	24	33	1.97
17131503--17131567	28	2.3	28	91	0	103	35	26	7	30	1.84
17131673--17131762	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
17131673--17131788	55	2.1	56	80	7	130	18	23	22	35	1.96
17131750--17131809	27	2.2	28	82	14	72	18	20	18	43	1.88
17132226--17132264	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
17136731--17136914	79	2.3	81	81	7	216	23	23	27	25	2.00
17136730--17136914	40	4.7	40	82	6	216	23	23	27	25	2.00
17136783--17136937	79	2.0	79	82	7	190	25	21	27	25	2.00
17139081--17139244	68	2.5	66	77	10	183	31	15	26	27	1.96
17139223--17139418	50	3.9	49	82	1	221	27	18	25	29	1.98
17143459--17143539	28	2.9	28	75	5	83	27	16	32	24	1.96
17143839--17144526	27	25.6	27	78	5	526	38	21	10	29	1.86
17143839--17144526	81	8.5	80	84	3	688	38	21	10	29	1.86
17143839--17144518	54	12.6	54	80	4	635	38	21	10	29	1.86
17144480--17144553	27	2.7	27	79	8	87	40	16	12	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17146420--17146453	13	2.6	13	95	0	59	11	20	47	20	1.81
17147877--17147993	43	2.8	42	80	5	137	29	25	15	29	1.96
17153612--17153644	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
17154712--17154773	28	2.2	28	91	0	97	32	27	9	30	1.89
17154893--17154972	27	2.9	28	81	5	99	18	25	23	32	1.97
17154893--17154983	27	3.2	28	79	4	85	19	26	21	31	1.98
17157622--17157683	25	2.5	25	94	0	106	40	8	6	45	1.59
17158213--17158393	89	2.0	89	96	0	335	33	14	21	30	1.94
17161268--17161355	6	14.3	6	71	17	65	47	13	18	20	1.82
17161277--17161355	31	2.5	31	87	0	113	48	12	18	20	1.81
17161869--17162039	27	6.3	27	85	2	177	25	19	17	36	1.94
17161870--17162039	54	3.1	54	83	3	216	25	20	17	37	1.94
17161873--17162039	81	2.1	80	84	3	217	25	20	16	37	1.93
17162021--17162308	27	10.7	27	82	5	178	30	9	22	37	1.86
17162058--17162308	27	9.3	27	84	1	272	30	9	21	37	1.86
17164613--17164648	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
17173043--17173112	25	2.8	25	93	0	113	27	22	24	25	2.00
17176836--17176869	8	4.2	8	96	0	59	47	23	0	29	1.52
17178913--17178971	28	2.1	28	100	0	118	20	44	18	16	1.87
17179736--17179767	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
17179863--17179896	12	2.9	12	91	4	52	76	0	23	0	0.79
17181658--17181702	20	2.2	20	88	0	63	22	33	28	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17184452--17184756	40	7.7	40	92	1	454	27	27	22	22	1.99
17190554--17190605	25	2.0	26	85	10	72	76	3	11	7	1.12
17196412--17196471	27	2.3	27	85	2	77	23	23	20	33	1.97
17209650--17209688	15	2.6	15	91	0	60	61	5	0	33	1.18
17220489--17220610	55	2.2	55	78	5	122	26	24	30	18	1.98
17228121--17228812	48	14.5	48	94	1	1122	33	8	28	29	1.86
17231195--17231260	30	2.2	30	97	0	123	24	31	19	24	1.98
17232029--17232193	49	3.5	47	78	10	165	22	29	20	28	1.98
17232631--17232794	85	1.9	85	98	0	319	34	18	10	37	1.85
17232877--17233107	115	2.0	115	99	0	453	37	18	15	29	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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