genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  264  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80852697--80853124	87	4.9	87	92	0	712	32	23	22	21	1.98
80852854--80852985	43	3.0	43	64	10	106	31	21	21	25	1.98
80869195--80869271	35	2.2	34	80	13	86	28	2	1	67	1.12
80890580--80890612	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
80891379--80891426	20	2.4	20	96	0	87	39	4	25	31	1.74
80897205--80897247	18	2.4	18	80	0	50	11	37	2	48	1.52
80899074--80899120	20	2.3	21	82	17	64	36	0	8	55	1.31
80899074--80899125	19	2.7	20	85	14	65	32	0	7	59	1.26
80901006--80901034	10	2.7	11	89	10	51	34	0	0	65	0.93
80901009--80901062	10	5.9	10	77	16	55	37	0	1	61	1.07
80901910--80901976	26	2.6	25	79	9	64	56	2	0	40	1.14
80901909--80901976	25	2.6	25	77	11	66	55	4	0	39	1.20
80904947--80904990	21	2.1	21	86	0	61	15	4	45	34	1.67
80905673--80905702	4	7.5	4	92	0	51	70	3	0	26	1.03
80905783--80905824	19	2.2	19	83	8	50	66	0	11	21	1.23
80905840--80905882	4	10.8	4	79	0	50	67	0	4	27	1.10
80911258--80911369	24	4.4	27	75	10	89	32	20	25	21	1.98
80913321--80913364	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
80913409--80913502	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
80913504--80913680	51	3.5	51	73	12	184	32	26	15	24	1.96
80917297--80917347	23	2.3	21	78	12	57	35	23	21	19	1.96
80917302--80917346	23	2.0	23	86	0	63	40	22	20	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80918343--80918382	6	6.7	6	83	11	55	0	20	0	80	0.72
80918343--80918382	18	2.2	18	91	8	64	0	20	0	80	0.72
80918404--80918458	20	2.7	21	80	11	69	1	16	5	76	1.06
80918485--80918548	8	7.9	8	76	23	55	60	0	1	37	1.06
80918497--80918552	5	11.4	5	96	3	105	60	0	0	39	0.97
80924821--80925016	25	7.8	25	71	10	96	35	17	26	20	1.95
80924820--80924917	24	4.0	25	74	9	85	34	20	26	18	1.95
80935674--80935926	114	2.2	114	99	0	497	48	11	5	33	1.63
80935977--80936018	21	2.0	21	90	0	66	30	14	9	45	1.77
80935973--80936019	21	2.2	21	80	3	58	34	17	8	40	1.79
80937932--80937960	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
80949932--80950033	20	5.1	20	78	2	75	40	18	26	14	1.89
80950496--80950545	24	2.1	24	92	0	82	40	4	24	32	1.73
80955830--80955876	24	2.0	24	83	8	60	51	2	6	40	1.39
80955894--80955957	32	1.9	35	84	9	89	50	3	9	37	1.51
80956317--80956392	36	2.1	36	80	11	84	51	1	9	38	1.42
80955892--80956717	420	2.0	407	94	3	1463	54	7	10	28	1.60
80956939--80956975	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
80956942--80956983	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
80957249--80957298	24	2.1	24	92	0	82	40	4	24	32	1.73
80980563--80980625	30	2.1	30	96	0	117	26	9	12	50	1.71
80983860--80983901	22	1.9	22	95	0	75	33	28	9	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80984315--80984343	15	1.9	15	100	0	58	37	41	6	13	1.72
80986696--80986801	41	2.6	41	96	0	194	29	23	19	27	1.98
81000419--81000495	33	2.4	32	82	4	91	46	16	9	27	1.77
81000485--81000551	34	1.9	35	84	3	91	43	13	10	32	1.78
81005533--81005610	30	2.5	30	81	10	86	33	1	6	58	1.31
81005626--81005687	22	2.9	23	82	15	64	61	4	6	27	1.41
81006613--81006676	26	2.3	29	79	17	73	32	7	0	59	1.26
81009725--81009789	26	2.5	26	100	0	130	38	10	6	44	1.64
81010222--81010256	16	2.1	17	89	5	54	42	8	0	48	1.33
81012979--81013017	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
81013243--81013340	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
81013245--81013333	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
81021519--81021560	19	2.3	19	84	8	52	19	4	7	69	1.31
81022323--81022377	11	4.8	12	78	14	55	25	29	0	45	1.54
81022322--81022377	22	2.5	23	82	11	71	25	28	0	46	1.53
81022336--81022435	51	2.0	51	81	0	119	27	25	1	47	1.59
81024920--81025263	51	6.8	51	81	5	342	30	26	14	28	1.95
81024976--81025216	102	2.4	102	93	0	403	31	26	14	27	1.95
81024921--81025263	153	2.3	150	84	4	420	30	26	14	28	1.95
81024920--81025259	102	3.4	102	85	4	386	30	26	14	28	1.95
81027896--81027935	18	2.2	18	90	0	62	20	30	7	42	1.79
81028490--81028801	22	14.0	21	70	15	164	47	33	0	18	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81028490--81028801	21	14.0	21	75	12	239	47	33	0	18	1.56
81028490--81028801	43	7.0	43	76	12	270	47	33	0	18	1.56
81028542--81028595	28	1.9	28	84	0	72	50	33	3	12	1.59
81028490--81028805	114	2.8	111	81	8	370	47	32	0	18	1.55
81031762--81032039	125	2.2	124	86	2	378	30	23	16	30	1.96
81032514--81032556	15	2.8	15	80	16	52	69	0	0	30	0.88
81032517--81032556	16	2.6	15	80	7	53	70	0	0	30	0.88
81033594--81033642	24	2.0	24	96	0	89	30	6	4	59	1.41
81034016--81034051	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
81038995--81039020	7	3.7	7	100	0	52	26	26	15	30	1.96
81039996--81040051	9	5.9	9	76	23	53	64	1	1	32	1.14
81040006--81040039	9	3.6	10	88	11	54	70	0	0	29	0.87
81039996--81040039	18	2.4	17	88	11	61	68	0	0	31	0.90
81044035--81044089	28	2.0	28	85	7	76	29	1	5	63	1.27
81045133--81045190	28	2.1	28	83	6	73	58	0	5	36	1.20
81049149--81049205	22	2.6	22	77	0	60	38	8	1	50	1.44
81049167--81049216	26	2.0	25	84	4	64	32	10	2	56	1.44
81049428--81049507	39	2.0	41	80	4	92	31	10	2	56	1.46
81049887--81050125	111	2.2	111	100	0	478	28	17	15	37	1.91
81051958--81051992	17	2.1	18	89	10	56	48	0	8	42	1.33
81052600--81052632	15	2.2	15	94	0	57	48	0	0	51	1.00
81053161--81053199	9	4.3	9	87	12	62	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81053217--81053258	18	2.4	18	81	14	52	23	0	2	73	0.94
81058715--81058750	16	2.3	15	86	9	54	36	0	0	63	0.94
81060685--81060732	21	2.4	20	75	6	53	37	4	10	47	1.57
81065389--81065459	36	2.0	36	100	0	142	45	7	2	45	1.45
81067184--81067231	10	5.2	9	78	11	53	81	0	6	12	0.87
81067184--81067231	19	2.6	18	81	12	62	81	0	6	12	0.87
81068056--81068387	44	7.6	45	68	12	224	28	24	17	29	1.97
81067925--81068893	132	7.4	132	91	1	1303	29	23	17	29	1.97
81068872--81069136	44	6.0	44	73	4	228	29	24	16	28	1.97
81068910--81069145	89	2.7	89	80	5	296	29	24	18	27	1.98
81069156--81069205	24	2.1	24	96	0	91	20	28	24	28	1.99
81071491--81071530	18	2.2	18	91	8	64	65	5	15	15	1.44
81081498--81081540	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
81081521--81081553	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
81084226--81084275	20	2.6	17	77	22	55	54	2	0	44	1.11
81084432--81084515	42	2.0	42	100	0	168	35	14	16	33	1.89
81085229--81085326	49	2.0	50	84	8	128	31	5	6	57	1.45
81088175--81088206	17	2.0	17	88	11	50	43	0	0	56	0.99
81090525--81090558	18	2.0	17	88	11	52	67	0	5	26	1.13
81090525--81090559	17	2.0	18	88	5	54	68	0	5	25	1.11
81092840--81092870	15	2.1	15	93	0	53	25	9	25	38	1.86
81095256--81095288	15	2.1	16	94	5	59	42	9	0	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81098469--81098536	13	5.2	13	77	11	68	10	5	8	75	1.20
81098476--81098550	19	3.9	19	81	8	98	10	6	8	74	1.21
81098469--81098553	40	2.1	40	95	0	152	10	5	9	74	1.22
81098480--81098553	9	7.7	9	72	24	62	10	5	9	74	1.21
81101389--81101516	41	3.1	41	89	0	193	22	20	21	35	1.96
81101770--81101808	15	2.5	16	87	4	53	25	2	2	69	1.14
81102414--81102538	61	2.0	62	95	1	225	23	11	9	56	1.64
81105971--81106025	3	19.3	3	81	10	71	36	0	0	63	0.95
81106098--81106157	11	5.6	11	76	9	54	36	1	3	58	1.25
81119142--81119225	33	2.5	33	92	0	132	32	27	11	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313