genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73892941--73893048	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
73892931--73893054	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
73897623--73897716	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
73897633--73897710	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
73898431--73898486	27	2.1	27	89	0	85	7	51	23	17	1.70
73902237--73902261	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
73904404--73904466	31	2.0	31	100	0	126	30	12	19	38	1.89
73905801--73905850	10	4.8	10	86	13	66	68	0	0	32	0.90
73905817--73905852	12	2.8	13	87	8	56	63	0	0	36	0.94
73905801--73905850	22	2.4	22	87	12	70	68	0	0	32	0.90
73905974--73906008	7	5.0	7	100	0	70	71	0	0	28	0.86
73907549--73907610	3	20.3	3	75	15	56	29	6	3	61	1.37
73907648--73907683	16	2.2	17	95	5	65	50	0	0	50	1.00
73907716--73907775	26	2.3	26	85	5	77	31	3	1	63	1.20
73909826--73909864	8	4.6	8	93	6	60	76	0	12	10	1.01
73909835--73909871	16	2.3	16	85	0	56	78	0	10	10	0.97
73911065--73911158	45	2.1	45	82	4	109	31	23	19	25	1.98
73911507--73912979	88	16.9	88	88	3	2019	31	20	20	27	1.97
73915598--73916118	49	10.8	49	96	1	928	32	8	28	30	1.86
73918103--73918379	120	2.3	121	81	4	310	24	23	27	24	2.00
73918103--73918378	40	6.9	40	83	3	272	24	22	27	25	2.00
73923695--73923730	18	1.9	19	88	5	56	16	11	11	61	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73926819--73926867	13	3.8	13	83	2	64	14	4	2	79	0.97
73926815--73926870	26	2.2	26	93	3	96	14	7	5	73	1.23
73928659--73928695	14	2.6	14	87	12	58	10	8	0	81	0.89
73928664--73928695	13	2.5	13	100	0	64	12	6	0	81	0.87
73935101--73935197	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
73937372--73937402	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
73937463--73937512	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
73937452--73937522	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
73937448--73937508	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
73938438--73938491	12	4.8	11	80	11	56	7	11	5	75	1.16
73938450--73938491	10	3.8	11	84	6	50	7	9	4	78	1.08
73938460--73938498	11	3.2	13	86	13	57	12	5	7	74	1.20
73940217--73940313	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
73949634--73949685	27	1.9	27	96	0	95	21	19	15	44	1.87
73951747--73951780	18	1.9	18	88	5	52	23	20	0	55	1.43
73951738--73951804	29	2.4	28	82	9	84	13	19	0	67	1.23
73953176--73953228	6	8.8	6	75	8	54	5	15	3	75	1.13
73953169--73953227	18	3.3	17	80	15	66	6	15	5	72	1.23
73953804--73954091	90	3.2	90	92	3	458	35	17	17	29	1.93
73953846--73954130	89	3.2	89	92	3	450	34	18	18	29	1.95
73956517--73956543	14	1.9	14	100	0	54	51	29	3	14	1.60
73956987--73957024	14	2.8	14	88	4	60	10	13	0	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73957323--73957366	21	2.1	21	91	0	70	31	4	34	29	1.78
73957348--73957391	22	2.0	23	90	4	72	22	4	31	40	1.74
73957319--73957544	114	2.0	114	99	0	443	34	8	27	28	1.86
73957439--73957504	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
73967381--73967499	43	2.8	43	80	1	132	31	31	15	21	1.95
73971853--73971967	52	2.2	53	82	1	133	30	16	26	26	1.97
73971880--73971967	26	3.4	25	79	13	97	29	18	27	25	1.98
73977004--73977034	7	4.4	7	100	0	62	29	0	29	41	1.56
73977172--73977219	23	2.1	23	96	0	87	27	14	33	25	1.94
73979016--73979106	45	2.0	45	93	0	155	32	13	2	51	1.53
73980052--73980407	49	7.3	49	93	1	576	30	28	9	32	1.89
73986917--73987018	51	2.0	51	88	3	152	24	16	14	44	1.86
73994894--73995134	50	4.7	51	80	4	202	25	23	28	22	1.99
73994894--73995135	100	2.3	103	79	5	249	26	23	28	22	1.99
74002450--74002747	50	5.9	50	83	4	303	25	21	29	22	1.99
74006727--74006777	26	1.9	27	84	4	68	31	21	17	29	1.96
74015705--74015803	27	3.7	27	89	4	137	41	25	18	15	1.89
74015705--74015819	27	4.3	27	87	0	131	42	23	17	16	1.88
74017435--74017612	27	6.6	26	80	7	169	27	15	27	29	1.96
74017432--74017612	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
74017517--74017623	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
74019111--74019314	28	7.3	28	84	0	255	21	24	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74019111--74019319	84	2.5	84	90	0	312	22	23	22	31	1.98
74022023--74022206	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
74022023--74022203	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
74024139--74024197	28	2.1	28	81	6	66	30	23	23	22	1.99
74024300--74024350	26	2.0	26	88	0	75	41	29	17	11	1.85
74024531--74024638	27	4.0	26	79	7	108	22	15	17	44	1.86
74028251--74028292	19	2.2	19	87	8	59	45	11	2	40	1.54
74028933--74028996	11	5.8	11	76	7	67	7	0	50	42	1.31
74028932--74028996	22	2.9	22	84	11	87	7	0	49	43	1.31
74033083--74033153	26	2.7	26	77	0	79	26	23	19	29	1.98
74033840--74033999	52	3.0	52	65	16	130	26	10	13	48	1.75
74033793--74033958	52	3.2	51	68	16	149	31	7	12	49	1.67
74033791--74033999	106	2.0	106	95	0	373	29	9	12	48	1.72
74043238--74043305	34	2.0	34	82	5	84	22	26	22	29	1.99
74045567--74045613	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
74047864--74047924	31	1.9	32	86	3	88	39	8	3	49	1.49
74050874--74050924	26	2.0	26	96	0	93	54	9	5	29	1.56
74051197--74051244	24	2.0	24	92	4	80	31	8	16	43	1.78
74053436--74053510	37	2.0	37	94	0	132	34	22	18	24	1.96
74061001--74061058	28	2.0	29	80	9	66	20	5	18	55	1.62
74068123--74068197	40	1.9	38	86	7	107	45	14	12	28	1.80
74074840--74075061	40	5.6	40	83	8	244	25	21	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74074840--74075061	79	2.8	80	81	7	265	25	21	27	26	2.00
74074840--74075096	79	3.2	80	80	8	208	26	21	27	25	1.99
74079541--74079614	27	2.7	28	82	4	96	28	35	12	24	1.91
74084218--74084291	27	2.7	28	82	4	96	27	33	13	25	1.93
74090068--74090985	78	11.8	78	94	1	1540	21	22	25	30	1.98
74090956--74091058	43	2.5	42	83	3	136	13	23	33	29	1.93
74097125--74097257	39	3.4	39	89	0	203	45	21	4	27	1.71
74105756--74105799	19	2.2	20	84	11	56	31	29	2	36	1.70
74105974--74106096	48	2.6	48	88	0	183	29	27	17	26	1.97
74109840--74110003	42	3.9	42	78	1	157	32	24	12	29	1.92
74117072--74117148	19	4.2	19	93	6	140	36	15	10	37	1.82
74117072--74117148	36	2.1	37	95	4	138	36	15	10	37	1.82
74124323--74124368	23	2.0	23	100	0	92	47	8	17	26	1.76
74124817--74124907	44	2.1	44	100	0	182	32	10	21	34	1.89
74125105--74125144	21	2.0	21	90	5	64	30	2	20	47	1.63
74135466--74135508	21	2.0	21	81	0	50	51	11	6	30	1.65
74143768--74144048	145	1.9	145	90	1	447	38	10	10	40	1.73
74146005--74146029	12	2.1	12	100	0	50	16	0	24	60	1.36
74150887--74151048	83	2.0	83	87	2	236	29	17	24	28	1.97
74156788--74156890	46	2.2	48	85	3	138	35	14	23	26	1.93
74163785--74163828	18	2.4	18	85	11	54	38	13	18	29	1.89
74202885--74202928	16	2.8	15	83	10	61	75	6	0	18	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74207384--74207560	50	3.6	49	84	3	212	28	20	28	21	1.98
74207384--74207610	100	2.3	100	83	4	264	28	20	28	22	1.99
74212309--74212523	27	8.0	27	82	0	232	27	12	17	42	1.85
74212309--74212523	54	4.0	54	86	0	268	27	12	17	42	1.85
74217736--74217774	17	2.2	18	86	4	53	7	7	5	79	1.05
74219124--74219152	15	1.9	15	100	0	58	27	13	6	51	1.66
74228019--74228109	45	2.0	45	91	0	146	36	23	14	26	1.93
74232135--74232201	21	3.3	21	68	8	66	32	19	2	44	1.66
74232126--74232206	40	2.0	40	97	0	153	33	20	2	43	1.66
74232126--74232186	19	3.1	19	63	9	50	34	19	3	42	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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