genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084663--2084883	47	4.7	47	76	13	160	23	28	19	28	1.98
2084722--2084834	46	2.4	46	85	7	140	24	28	16	30	1.97
2089422--2089482	30	2.0	30	83	0	77	37	6	24	31	1.81
2095437--2095606	47	3.7	46	72	15	149	21	29	20	28	1.98
2101177--2101227	25	2.0	25	84	0	66	39	13	11	35	1.82
2108514--2108581	17	4.1	16	75	16	50	73	0	7	19	1.06
2117586--2117674	30	3.0	30	77	8	92	57	14	16	11	1.65
2117586--2117665	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
2117597--2117674	15	5.2	15	74	9	61	56	14	16	12	1.68
2120464--2120600	46	3.0	46	98	0	265	28	25	21	24	1.99
2125287--2125333	14	3.3	15	82	8	53	44	6	2	46	1.40
2125465--2125489	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2125469--2125506	18	2.2	17	86	9	51	26	0	2	71	1.00
2125482--2125553	29	2.6	29	77	18	73	37	1	5	55	1.32
2127419--2127462	17	2.8	16	86	6	63	20	0	0	79	0.73
2128155--2128218	21	3.0	20	73	15	58	18	35	18	26	1.94
2128863--2129671	2	404.5	2	100	0	1618	0	0	49	50	1.00
2129883--2129924	17	2.6	16	82	10	50	45	14	9	30	1.77
2131056--2131088	17	2.0	17	94	5	59	36	0	0	63	0.95
2131350--2131447	49	2.0	49	89	0	151	39	14	21	24	1.90
2135924--2136075	40	3.8	40	87	2	198	25	27	21	25	1.99
2138770--2138921	40	3.8	40	86	3	234	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138750--2138920	80	2.2	80	91	1	272	26	28	21	23	1.99
2142415--2142512	49	2.0	49	88	4	144	37	14	23	24	1.92
2143482--2143930	225	2.0	225	98	0	862	29	22	15	32	1.95
2148920--2148970	20	2.6	19	87	6	66	37	7	5	49	1.56
2152692--2152737	21	2.2	21	100	0	92	54	10	4	30	1.55
2156087--2156114	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
2161509--2161783	137	2.0	137	96	0	505	46	21	9	22	1.79
2165473--2165679	47	4.4	47	89	2	308	31	9	30	28	1.89
2165798--2165876	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
2171890--2171996	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
2173958--2174112	28	5.5	28	70	3	130	18	19	33	29	1.95
2173956--2174142	57	3.2	57	89	3	286	18	17	34	28	1.94
2177601--2177783	91	2.0	91	96	0	339	29	16	19	33	1.94
2178014--2178212	99	2.0	99	97	0	371	39	12	14	34	1.83
2178341--2178619	139	2.0	140	95	1	506	24	12	22	40	1.89
2178818--2179005	93	2.0	94	96	1	351	37	5	23	33	1.78
2179318--2179444	64	2.0	64	98	0	245	28	17	23	30	1.97
2179565--2179643	28	2.8	28	88	0	113	34	10	25	30	1.89
2195120--2195279	80	2.0	80	97	0	302	35	11	18	34	1.87
2196794--2196868	25	2.9	26	82	4	98	32	14	10	42	1.80
2199224--2199255	13	2.5	13	89	0	55	46	9	9	34	1.68
2200356--2200505	43	3.5	43	74	9	119	26	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205707--2205761	5	10.8	5	81	14	60	18	0	1	80	0.81
2205718--2205761	6	7.3	6	83	16	56	18	0	0	81	0.68
2205718--2205769	24	2.1	25	86	10	72	21	0	0	78	0.74
2205708--2205769	25	2.5	23	82	12	70	19	0	1	79	0.82
2210478--2210559	28	3.0	27	82	7	94	23	25	19	31	1.98
2218697--2219175	247	1.9	247	99	0	949	31	13	24	30	1.93
2219124--2219208	40	2.2	39	82	6	100	27	21	28	23	1.99
2221959--2222048	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
2221959--2222073	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
2237583--2237616	5	6.6	5	86	6	50	17	0	2	79	0.86
2237584--2237616	16	2.1	16	94	0	57	15	0	3	81	0.80
2243257--2243386	26	5.1	26	88	1	194	27	23	22	26	2.00
2243257--2243386	52	2.6	51	95	3	228	27	23	22	26	2.00
2243436--2243510	20	3.8	20	87	6	102	33	18	10	37	1.86
2243538--2243585	25	1.9	25	86	0	69	29	16	20	33	1.95
2252103--2252179	38	2.0	38	89	0	118	32	25	12	28	1.93
2254058--2254086	13	2.2	13	100	0	58	13	24	31	31	1.94
2256672--2256918	55	4.7	53	80	8	224	21	24	18	36	1.95
2266308--2266492	40	4.7	40	80	7	191	24	21	27	25	1.99
2266361--2266515	79	2.0	79	83	7	199	25	20	27	26	1.99
2270273--2270342	35	2.0	35	97	0	131	40	15	17	27	1.90
2270751--2270906	43	3.6	43	93	0	249	10	23	32	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2270794--2270985	43	4.3	46	80	10	120	16	21	29	32	1.96
2276258--2276405	45	3.3	45	80	7	133	16	20	30	33	1.94
2284833--2284894	31	2.0	31	83	0	79	19	12	35	32	1.90
2293528--2293576	25	2.0	25	83	0	62	40	12	14	32	1.83
2302932--2303008	29	2.7	29	89	0	109	25	15	29	28	1.96
2305606--2305641	18	1.9	19	88	5	56	22	27	36	13	1.92
2310689--2310765	29	2.7	29	93	0	127	24	18	29	27	1.98
2310689--2310799	58	1.9	57	85	1	150	27	16	29	26	1.97
2315585--2315679	42	2.3	42	86	0	127	28	15	26	29	1.96
2321528--2321697	45	3.9	45	86	5	217	25	29	20	24	1.99
2330132--2330227	47	2.0	48	83	4	122	22	16	32	28	1.96
2338422--2338599	27	6.6	27	80	3	160	28	29	15	26	1.96
2338443--2338598	82	1.9	81	85	3	215	27	29	16	26	1.96
2353869--2353924	29	1.9	28	86	13	78	14	37	26	21	1.92
2356631--2356740	51	2.2	51	91	0	184	36	26	9	28	1.87
2357464--2358025	117	4.8	117	87	0	732	42	21	11	24	1.85
2360297--2360393	40	2.4	40	83	13	128	26	26	16	29	1.97
2364475--2364587	40	2.8	40	87	0	145	25	26	23	24	2.00
2368853--2368884	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
2377485--2377524	13	3.1	13	88	0	62	15	32	32	20	1.93
2388185--2388238	29	1.9	27	85	7	72	29	27	3	38	1.74
2404878--2405095	40	5.5	40	87	4	284	22	23	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2407462--2407573	47	2.4	47	92	3	181	29	30	6	33	1.82
2409270--2409343	37	2.0	37	97	0	139	22	31	5	40	1.77
2409462--2409967	265	1.9	262	97	2	960	34	24	8	32	1.86
2411815--2412128	40	7.9	40	88	0	450	24	29	22	22	1.99
2413980--2414141	47	3.4	47	87	0	225	27	31	7	33	1.84
2414262--2414365	47	2.2	47	92	0	181	30	30	7	30	1.85
2420947--2421007	28	2.2	28	90	0	95	34	27	8	29	1.86
2421114--2421203	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
2421114--2421228	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
2423962--2424059	47	2.1	47	100	0	196	37	16	10	35	1.82
2426101--2426167	26	2.5	26	80	7	73	52	1	2	43	1.25
2426418--2426450	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
2426177--2426571	197	2.0	197	96	0	727	37	17	9	35	1.82
2431817--2431882	33	2.0	33	96	0	123	43	12	19	24	1.85
2437639--2437667	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
2441427--2441461	19	1.9	18	88	11	54	45	0	5	48	1.26
2444038--2444080	20	2.2	20	100	0	86	39	9	30	20	1.84
2456505--2456557	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
2456514--2456612	27	3.7	27	82	5	103	40	17	11	31	1.84
2456514--2456620	54	2.0	54	81	7	128	38	18	11	31	1.86
2456609--2456792	27	6.8	27	84	2	208	29	25	7	37	1.83
2456744--2456803	27	2.2	27	81	0	66	33	21	6	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456609--2456792	54	3.4	54	85	3	244	29	25	7	37	1.83
2456785--2456963	27	6.7	27	79	5	175	40	19	8	31	1.82
2456771--2456965	81	2.4	81	86	2	250	38	21	8	31	1.84
2456771--2456993	81	2.8	81	82	8	242	38	20	9	31	1.85
2456833--2456991	54	2.9	54	78	10	150	40	20	8	30	1.82
2457002--2457053	27	1.9	27	88	7	79	38	11	13	36	1.81
2457107--2457195	27	3.3	27	84	3	108	32	20	25	21	1.97
2458441--2458497	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
2458439--2458509	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
2458450--2458504	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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