genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28723720--28723843	28	4.4	28	71	14	87	27	20	25	26	1.99
28726316--28726346	16	1.9	16	93	0	53	35	6	0	58	1.24
28735628--28735710	43	2.0	42	97	0	148	21	18	25	33	1.95
28740191--28740236	24	2.0	24	84	12	62	34	10	17	36	1.85
28740483--28740530	24	2.0	24	95	0	87	52	12	22	12	1.73
28740540--28740566	13	2.1	13	100	0	54	44	14	25	14	1.84
28746720--28746768	24	2.0	24	88	0	71	40	16	18	24	1.90
28750053--28750087	14	2.5	14	95	0	61	25	11	28	34	1.91
28761728--28762657	50	18.7	47	97	1	243	27	28	14	29	1.95
28761823--28762653	50	16.6	50	100	0	1662	27	28	14	29	1.95
28762668--28762794	47	2.7	47	75	16	138	22	28	19	29	1.98
28763759--28763841	28	3.2	28	62	19	70	49	6	4	39	1.49
28764790--28765167	131	2.9	131	96	0	675	32	19	19	28	1.96
28767944--28768012	27	2.6	27	79	4	77	59	4	2	33	1.32
28769975--28770271	44	6.6	44	72	9	186	29	19	18	32	1.96
28769996--28770268	140	2.0	139	82	0	339	29	20	18	32	1.96
28770157--28770353	44	4.5	44	74	6	141	29	21	18	30	1.97
28770146--28770353	88	2.4	88	82	4	233	29	21	17	31	1.96
28770455--28771182	86	8.4	86	73	5	466	27	21	19	31	1.97
28770507--28771194	44	15.9	43	69	12	318	27	21	19	31	1.97
28770461--28771195	130	5.7	127	84	2	833	27	21	19	31	1.97
28770501--28771195	260	2.7	259	87	1	989	27	21	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28771174--28771469	44	6.7	44	73	11	176	26	26	16	30	1.97
28771172--28771446	89	3.1	89	68	10	254	26	26	17	29	1.98
28775660--28775852	26	7.4	26	65	12	74	27	7	5	59	1.46
28775858--28775924	24	3.0	22	75	22	61	29	7	1	61	1.32
28775803--28775910	24	4.5	24	70	19	73	29	9	2	58	1.44
28782968--28783083	40	2.9	39	86	10	155	36	16	10	37	1.83
28783939--28783977	17	2.3	17	86	8	53	0	30	0	69	0.89
28783948--28784041	4	22.8	4	71	18	52	2	24	4	69	1.18
28783948--28784031	25	3.4	24	72	15	73	1	26	3	69	1.12
28784183--28784213	8	3.9	8	91	0	53	58	0	0	41	0.98
28786345--28786414	25	2.6	27	77	6	72	61	5	4	28	1.38
28786421--28786512	23	3.9	22	72	18	62	61	6	5	26	1.42
28786449--28786492	23	1.9	23	90	0	70	70	2	4	22	1.17
28786422--28786492	23	3.0	22	76	17	63	66	5	4	23	1.31
28792521--28792565	21	2.1	21	87	0	63	55	11	0	33	1.35
28804244--28804268	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
28805497--28805738	28	8.5	28	88	3	358	49	25	0	25	1.51
28805497--28805738	57	4.2	56	90	4	376	49	25	0	25	1.51
28809251--28809520	46	5.8	45	75	10	176	24	19	31	24	1.98
28812286--28812322	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
28816103--28816149	3	15.7	3	95	0	67	27	34	0	38	1.57
28816204--28816298	45	2.1	45	96	0	172	21	18	15	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28816213--28816308	45	2.1	45	90	0	147	22	19	14	42	1.88
28818992--28819030	15	2.5	15	83	4	51	58	2	5	33	1.33
28821590--28821662	26	3.0	25	76	9	78	36	17	23	21	1.94
28824576--28824705	47	2.8	47	85	0	161	23	14	27	33	1.94
28832637--28832836	98	2.1	97	99	0	391	35	14	7	43	1.73
28832844--28832899	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
28840020--28840855	52	16.1	52	99	0	1654	34	23	7	34	1.83
28847059--28847089	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
28849562--28849598	13	3.1	13	81	18	53	72	0	5	21	1.04
28854941--28855052	15	7.5	15	74	4	73	45	17	3	33	1.66
28854967--28855052	5	17.2	5	78	4	66	43	18	3	34	1.67
28854962--28855058	20	5.1	20	69	12	60	41	19	5	34	1.74
28854961--28855052	25	3.5	25	76	13	94	43	18	4	33	1.70
28854941--28855048	55	2.0	55	92	0	180	46	17	3	32	1.66
28854941--28855043	30	3.6	29	75	12	106	45	17	3	33	1.67
28858769--28858913	54	2.7	54	78	7	143	19	28	19	32	1.96
28858757--28858922	27	6.1	27	74	5	129	19	27	18	35	1.94
28859330--28859382	25	2.1	25	96	0	97	37	26	0	35	1.57
28862130--28862172	21	2.0	22	90	4	70	30	0	25	44	1.55
28862218--28862286	35	2.0	35	88	5	104	18	2	36	42	1.66
28862212--28862339	35	3.6	35	74	5	98	18	1	36	42	1.60
28862275--28862345	7	10.1	7	78	4	72	18	0	38	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28862625--28862847	114	2.0	113	80	2	250	28	14	23	33	1.94
28862949--28863052	43	2.7	36	76	18	109	35	29	2	31	1.72
28864626--28865066	160	2.7	160	95	2	767	31	9	7	52	1.61
28865081--28865134	27	2.0	27	96	0	99	50	12	0	37	1.41
28865121--28865156	9	4.0	9	88	0	54	44	22	0	33	1.53
28867160--28867455	18	16.1	18	72	11	161	37	14	12	36	1.83
28867160--28867455	36	8.0	36	71	11	179	37	14	12	36	1.83
28867173--28867455	54	5.1	55	74	11	211	36	14	12	36	1.83
28867566--28867671	47	2.3	47	90	1	160	41	23	19	15	1.89
28867586--28867681	47	2.0	47	94	4	167	40	23	20	14	1.90
28867713--28867739	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
28873500--28873545	21	2.2	21	84	7	58	43	17	39	0	1.49
28874041--28874140	43	2.3	43	82	1	130	29	20	25	26	1.99
28878124--28878179	26	2.2	26	100	0	112	42	7	16	33	1.75
28879574--28879627	27	2.0	27	96	0	99	27	3	12	55	1.54
28883461--28883500	21	1.9	21	89	0	62	35	27	25	12	1.92
28884377--28884412	18	2.0	18	94	0	63	61	0	8	30	1.26
28888534--28888574	18	2.3	18	82	0	55	12	41	7	39	1.70
28895219--28895274	28	2.0	28	96	0	103	35	16	17	30	1.92
28898218--28898380	82	2.0	83	90	3	258	37	16	20	25	1.93
28904533--28904649	23	5.0	23	71	12	103	17	26	23	33	1.96
28906248--28906543	18	16.1	18	73	8	175	37	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28906341--28906543	72	2.8	72	78	8	218	36	13	12	36	1.84
28908529--28908557	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93
28908649--28908701	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
28913261--28913304	22	2.0	22	95	0	79	27	18	20	34	1.96
28916121--28916278	43	3.7	44	77	12	123	22	18	29	29	1.97
28917482--28917514	17	2.0	17	88	5	50	33	9	0	57	1.30
28917851--28918055	46	4.5	46	86	4	270	21	20	11	46	1.82
28918027--28918150	45	2.8	45	82	2	160	25	20	16	37	1.93
28919836--28919883	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
28920120--28920192	30	2.4	29	79	4	74	28	19	4	47	1.67
28921872--28921914	20	2.1	21	83	12	54	4	23	0	72	1.04
28923797--28923846	21	2.4	21	71	15	50	18	16	20	46	1.85
28927814--28928139	165	2.0	160	84	6	424	39	13	12	34	1.83
28941437--28941469	12	2.8	12	82	17	50	0	18	0	81	0.68
28943307--28943333	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
28943512--28943569	28	2.0	29	86	3	82	46	3	8	41	1.51
28943630--28943654	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
28948383--28948433	24	2.1	24	88	0	75	47	1	11	39	1.52
28952370--28952416	21	2.2	21	96	0	85	0	57	21	21	1.41
28957926--28957996	9	7.6	9	76	9	70	30	1	19	47	1.58
28958310--28958398	45	2.0	45	97	0	169	28	17	12	41	1.86
28958314--28958408	45	2.1	45	90	0	145	31	14	12	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28958355--28959137	241	3.3	241	97	0	1496	32	14	18	34	1.91
28959088--28959187	50	2.0	50	96	0	182	40	10	17	33	1.82
28959602--28959651	23	2.2	23	96	0	91	34	14	16	36	1.88
28962997--28963086	42	2.2	40	82	9	103	21	16	20	42	1.89
28963181--28963234	27	2.0	27	96	0	99	31	3	0	64	1.11
28963288--28963341	21	2.6	21	91	5	83	44	38	0	16	1.48
28963288--28963348	21	2.9	21	87	4	70	45	37	0	16	1.47
28963287--28963410	28	4.4	28	75	12	94	46	37	0	14	1.50
28963455--28963530	7	10.9	7	72	10	57	46	34	1	18	1.58
28963634--28963683	7	7.1	7	81	0	55	54	30	2	14	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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