genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16666730--16666839	28	3.9	29	87	7	136	23	13	30	31	1.93
16672223--16672393	41	4.2	41	87	7	215	37	22	19	19	1.94
16675567--16675915	80	4.4	80	77	6	321	30	8	19	40	1.82
16675571--16675915	27	12.9	27	77	3	142	31	8	19	40	1.82
16675641--16675914	53	5.1	52	82	7	241	30	8	20	40	1.81
16676249--16676322	28	2.6	28	93	0	130	29	35	14	20	1.93
16679149--16679223	27	2.8	27	83	0	78	28	17	20	34	1.95
16679190--16679799	27	22.7	27	81	5	585	32	9	19	39	1.82
16680109--16680200	28	3.3	28	90	0	139	26	36	15	21	1.93
16687122--16687289	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
16687157--16687342	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
16687159--16687342	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
16688495--16688667	56	3.1	56	96	0	310	24	23	8	44	1.80
16695148--16695410	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
16695148--16695410	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
16695342--16695419	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
16702749--16702893	40	3.6	40	87	1	175	24	20	27	26	1.99
16713235--16713287	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
16714762--16714827	32	2.0	33	97	2	125	39	24	6	30	1.79
16716658--16716686	14	2.1	14	100	0	58	20	13	6	58	1.58
16720459--16720611	40	3.8	40	92	0	243	22	26	20	30	1.98
16729215--16730085	40	21.8	40	98	0	1661	20	27	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16731053--16731249	99	2.0	99	98	0	385	29	25	9	35	1.88
16739701--16739776	40	1.9	40	83	5	100	34	22	21	22	1.97
16739873--16740147	41	6.7	41	80	0	244	22	19	26	31	1.98
16739867--16740142	123	2.2	123	80	0	318	22	18	27	31	1.98
16740743--16740790	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
16740548--16741085	271	2.0	272	92	1	891	30	2	24	42	1.67
16741014--16741061	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
16743103--16743424	168	1.9	168	85	2	450	27	10	15	46	1.79
16743351--16743531	93	2.0	90	81	9	210	31	7	16	45	1.74
16743511--16743577	30	2.2	30	94	0	116	29	1	16	52	1.53
16743654--16743901	86	2.9	86	83	4	259	33	9	14	41	1.79
16745937--16746233	128	2.3	128	86	2	389	24	17	29	28	1.98
16745939--16746233	43	6.9	42	89	3	356	24	17	29	27	1.98
16745939--16746249	86	3.6	86	85	4	396	24	18	28	28	1.98
16748910--16749138	54	4.2	54	78	6	223	40	20	20	19	1.92
16748909--16749138	81	2.8	81	77	4	239	40	20	20	19	1.92
16748902--16749135	27	8.7	27	81	7	190	41	20	19	18	1.91
16749475--16749548	28	2.6	28	82	0	94	21	21	22	33	1.97
16750579--16750616	14	2.7	14	95	0	67	39	7	23	28	1.83
16750932--16750970	18	2.2	18	86	9	53	64	2	5	28	1.28
16750990--16751014	13	1.9	13	100	0	50	8	20	0	72	1.10
16751785--16751854	13	5.3	13	82	1	86	38	2	22	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16751769--16751855	39	2.2	38	82	8	102	41	3	19	35	1.69
16752876--16752992	57	2.1	57	93	0	198	23	25	23	27	2.00
16762212--16762275	21	3.3	21	66	28	59	34	6	23	35	1.80
16762197--16762279	37	2.2	37	91	0	139	37	4	24	33	1.77
16767291--16767333	22	2.0	22	90	0	68	55	4	9	30	1.52
16770337--16770465	68	1.9	69	91	1	215	47	10	14	27	1.78
16778167--16778224	25	2.3	25	96	0	107	22	25	18	32	1.97
16778167--16778236	25	2.8	25	91	0	86	22	25	18	32	1.97
16781017--16781050	11	3.2	11	83	8	52	29	11	32	26	1.92
16783727--16783781	25	2.2	25	96	0	101	21	25	18	34	1.96
16783727--16783791	25	2.6	25	90	0	76	23	24	18	33	1.96
16783796--16783871	24	3.1	24	72	10	64	17	23	21	38	1.93
16790544--16790581	20	1.9	20	84	10	51	26	0	10	63	1.27
16802317--16802514	50	3.8	50	85	4	234	26	21	28	22	1.99
16806213--16806261	20	2.5	20	72	0	53	28	28	14	28	1.95
16808817--16809051	102	2.3	102	86	4	323	31	28	13	27	1.94
16808765--16809051	51	5.7	51	73	7	172	31	27	13	27	1.94
16808968--16809050	26	3.2	26	65	21	66	33	26	10	28	1.90
16816334--16816667	51	6.6	49	75	10	230	30	26	14	28	1.95
16816329--16816667	102	3.4	102	79	7	370	30	26	14	28	1.95
16816584--16816666	26	3.2	26	65	21	66	33	26	10	28	1.90
16816331--16816667	153	2.2	149	76	8	342	30	26	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16819977--16820110	18	7.3	18	72	9	94	70	2	18	8	1.26
16819977--16820110	6	22.0	6	68	6	72	70	2	18	8	1.26
16820101--16820159	18	3.2	18	78	9	57	64	0	20	15	1.29
16820088--16820159	31	2.3	32	83	7	94	65	0	19	15	1.28
16821935--16821991	20	2.9	20	79	10	73	24	29	17	28	1.97
16833673--16833708	18	2.0	18	100	0	72	27	22	11	38	1.88
16833675--16833714	18	2.2	18	90	0	62	32	20	10	37	1.85
16835734--16835792	30	2.0	30	96	0	109	54	11	5	28	1.58
16836321--16836351	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
16836645--16836704	30	2.0	31	83	9	79	20	38	1	40	1.62
16836987--16837110	61	2.0	61	96	0	230	39	5	5	49	1.50
16841735--16841919	40	4.6	39	83	5	203	23	22	28	25	1.99
16841789--16841952	79	2.1	79	82	6	199	26	20	27	25	1.99
16852881--16852912	8	4.0	8	91	0	55	25	34	37	3	1.72
16853167--16853228	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
16861413--16861519	53	2.0	54	92	1	180	42	31	5	19	1.74
16864515--16864616	51	2.0	51	98	0	195	47	11	20	20	1.81
16867303--16867414	43	2.6	42	82	8	138	28	17	25	28	1.98
16869530--16869572	19	2.4	18	81	11	52	51	0	9	39	1.34
16870060--16870207	74	2.0	74	98	0	287	34	10	26	28	1.90
16871977--16872024	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
16872015--16872151	60	2.3	59	83	8	161	28	21	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16878398--16878455	30	1.9	31	92	3	100	37	10	22	29	1.87
16879217--16879382	47	3.6	47	92	4	284	35	14	25	24	1.93
16879361--16879622	54	4.9	54	84	3	312	35	17	24	22	1.95
16882581--16882688	33	3.3	33	70	10	103	27	22	15	34	1.94
16882607--16882715	33	3.3	32	71	14	105	30	22	14	32	1.94
16886314--16886384	25	2.8	24	85	6	79	42	1	2	53	1.24
16890212--16890533	31	10.4	31	92	0	500	32	25	14	27	1.95
16890740--16890821	24	3.4	24	89	5	112	24	23	23	29	1.99
16891419--16892031	54	11.3	54	74	6	296	33	7	20	38	1.81
16891444--16892031	27	21.7	27	77	7	250	33	7	19	38	1.80
16891536--16891792	134	1.9	134	79	4	286	34	7	18	39	1.78
16894006--16894213	31	6.7	31	97	0	391	28	25	16	28	1.97
16894237--16894328	42	2.2	42	100	0	184	33	20	14	31	1.92
16894476--16894545	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
16894991--16895033	17	2.5	17	96	0	77	23	34	30	11	1.90
16895372--16895449	27	2.9	26	74	14	77	21	17	21	38	1.93
16895490--16895826	27	12.4	27	78	8	200	32	8	19	38	1.83
16895560--16895784	80	2.8	79	83	4	263	30	8	20	41	1.81
16895467--16895799	54	6.1	54	76	6	278	31	8	20	39	1.83
16895777--16895845	27	2.6	27	97	0	129	43	8	17	30	1.79
16895858--16895917	27	2.2	27	87	0	84	31	8	23	36	1.84
16909181--16909257	29	2.7	28	83	2	91	22	16	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16910572--16910728	52	3.0	54	80	8	171	26	15	26	31	1.96
16912500--16912525	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
16912558--16912756	41	4.9	41	90	1	292	32	22	24	20	1.98
16912914--16913011	7	13.4	7	72	8	52	27	1	24	46	1.59
16912922--16913006	21	3.9	21	76	11	89	28	1	25	44	1.61
16912929--16913022	46	2.0	46	95	0	170	29	2	25	42	1.67
16913066--16913140	7	10.7	7	75	11	55	20	0	42	37	1.52
16913072--16913139	21	3.2	22	76	15	72	20	0	42	36	1.52
16913571--16913660	46	2.0	46	84	8	121	37	2	4	55	1.32
16913598--16913660	23	2.7	23	77	18	85	38	0	6	55	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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