genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17243719--17243743	7	3.6	7	100	0	50	52	0	16	32	1.44
17245563--17245732	85	2.0	85	96	0	313	50	8	15	25	1.72
17245929--17246134	102	2.0	102	99	0	403	46	6	13	33	1.70
17245945--17246106	50	3.2	49	65	17	132	50	6	13	30	1.66
17246442--17246475	12	2.8	12	95	0	59	82	2	14	0	0.79
17249658--17249687	15	2.0	15	93	0	51	43	6	3	46	1.46
17251682--17251721	22	1.9	20	90	10	62	37	0	17	45	1.49
17253409--17253573	81	2.0	82	98	1	323	36	9	13	40	1.77
17254472--17254644	46	3.7	46	78	13	201	21	20	27	29	1.98
17254469--17254639	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
17254869--17254906	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
17255185--17255360	86	2.0	86	95	0	316	33	7	19	39	1.80
17265875--17265928	22	2.5	21	78	3	54	68	1	9	20	1.27
17271924--17272148	40	5.7	40	85	6	262	25	27	21	24	1.99
17271924--17272148	119	1.9	120	81	8	280	25	27	21	24	1.99
17279709--17279933	40	5.7	40	87	6	289	26	27	21	24	2.00
17279709--17279933	119	1.9	120	84	8	307	26	27	21	24	2.00
17286015--17286960	40	23.6	40	97	0	1727	27	29	20	22	1.99
17293745--17293798	6	9.2	6	79	4	56	14	5	1	77	1.03
17293769--17293817	18	2.6	18	83	6	53	14	4	6	75	1.14
17300922--17301144	40	5.6	40	84	4	270	24	22	26	26	2.00
17300926--17301144	83	2.7	78	84	10	255	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17304383--17304452	26	2.7	25	78	8	77	27	22	24	25	2.00
17310442--17310481	21	2.0	21	85	5	55	32	22	35	10	1.87
17317173--17317369	49	4.0	50	83	3	245	26	24	21	26	1.99
17317177--17317367	100	1.9	100	94	0	337	27	24	21	26	1.99
17323070--17323315	49	5.0	49	82	3	312	27	26	19	26	1.99
17323070--17323313	100	2.5	100	85	2	321	27	25	19	26	1.99
17323562--17323618	27	2.1	28	86	3	80	38	15	5	40	1.70
17324933--17324987	24	2.3	25	81	6	60	40	20	21	18	1.92
17334879--17334923	22	2.0	22	91	0	72	35	26	20	17	1.95
17338680--17338718	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
17338770--17339095	23	14.1	23	95	0	580	26	19	21	32	1.97
17339312--17339371	31	1.9	31	93	0	102	36	16	21	25	1.94
17346915--17346962	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
17347010--17347065	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
17346999--17347065	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
17347114--17347186	24	3.0	24	84	6	94	27	20	21	30	1.98
17347141--17347314	87	2.0	87	100	0	348	25	17	28	28	1.97
17347465--17347528	31	2.1	30	91	2	101	39	15	21	23	1.92
17353219--17353289	36	2.0	36	82	0	88	23	26	25	23	2.00
17353433--17353578	53	2.7	53	87	5	213	27	19	15	37	1.92
17353433--17353578	27	5.5	27	86	5	199	27	19	15	37	1.92
17357099--17357201	35	2.9	35	82	0	134	42	16	10	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17358882--17358921	13	3.1	13	96	0	71	17	32	35	15	1.91
17360382--17360460	31	2.5	31	85	4	106	20	17	13	48	1.81
17360382--17360460	6	12.8	6	70	19	56	20	17	13	48	1.81
17360435--17360469	18	1.9	18	88	0	52	20	20	14	45	1.85
17362414--17362616	27	7.5	27	88	1	282	40	21	6	31	1.79
17362414--17362677	81	3.3	81	84	6	252	39	21	7	31	1.81
17362437--17362671	27	8.7	27	83	5	176	40	21	7	30	1.81
17362437--17362724	27	10.7	26	79	5	147	39	21	7	31	1.81
17362717--17362902	54	3.5	54	85	0	248	37	18	20	24	1.94
17362717--17362903	27	7.0	27	85	0	223	36	18	20	24	1.94
17363148--17363199	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
17377044--17377275	49	4.6	51	83	5	296	25	17	27	30	1.97
17377148--17377231	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
17386353--17386414	6	10.2	6	73	16	56	17	17	14	50	1.79
17392764--17392873	48	2.3	48	87	1	159	37	23	12	26	1.91
17394961--17394989	8	3.6	8	100	0	58	13	0	51	34	1.42
17395226--17395260	3	11.3	3	87	6	52	0	31	0	68	0.90
17403577--17403601	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
17406200--17406257	30	1.9	30	86	6	82	29	25	6	37	1.82
17409859--17409924	34	1.9	34	93	0	114	33	30	3	33	1.73
17413414--17413465	23	2.3	23	83	9	63	63	3	11	21	1.43
17419733--17419902	43	4.0	43	78	3	164	32	24	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17432840--17433501	40	16.5	40	97	0	1254	24	20	27	27	1.99
17441410--17441707	40	7.5	40	96	1	521	23	23	27	25	2.00
17444060--17444088	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
17447284--17447384	50	2.0	50	98	0	193	40	13	7	37	1.74
17449239--17449317	37	2.1	37	88	4	115	26	31	17	24	1.97
17449436--17450018	47	12.2	47	92	2	932	29	29	8	32	1.88
17449436--17450018	96	6.1	96	92	2	921	29	29	8	32	1.88
17449436--17450018	143	4.1	143	93	1	972	29	29	8	32	1.88
17456003--17456175	43	4.0	43	76	16	162	29	27	18	24	1.98
17457245--17457801	279	2.0	279	98	0	1069	35	19	13	30	1.91
17458876--17459037	38	4.3	38	92	2	272	22	30	24	23	1.99
17463487--17463801	48	6.6	48	76	12	235	27	18	30	24	1.98
17463484--17463802	96	3.4	94	82	7	355	27	18	30	24	1.98
17473043--17473194	43	3.5	43	76	10	157	33	23	15	26	1.95
17475103--17475279	39	4.6	39	74	5	144	18	31	15	33	1.93
17483141--17483219	37	2.1	37	88	4	115	26	31	17	24	1.97
17483339--17484492	47	24.2	47	96	1	1963	29	28	8	32	1.87
17487088--17487801	40	17.9	40	96	0	1223	25	28	22	23	1.99
17487855--17487929	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
17490016--17491032	47	21.6	47	97	0	1890	29	29	8	32	1.87
17492484--17492603	56	2.1	56	96	0	222	22	24	9	44	1.82
17496917--17497093	43	4.1	43	77	14	161	29	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17499515--17499676	38	4.3	38	92	2	263	22	30	23	23	1.99
17504129--17504397	48	5.6	48	78	10	234	27	18	30	23	1.98
17504127--17504444	96	3.4	94	82	7	344	27	18	30	23	1.98
17504177--17504443	48	5.6	45	77	11	209	26	18	30	23	1.98
17513282--17513349	33	2.1	33	94	5	120	27	19	23	27	1.98
17513716--17513867	43	3.5	43	76	10	157	33	23	15	26	1.95
17515799--17515896	39	2.5	39	78	3	99	18	33	17	30	1.94
17515809--17515985	39	4.6	38	75	2	165	19	31	15	33	1.93
17518615--17518806	27	7.1	27	75	7	129	29	14	17	38	1.90
17518615--17518796	54	3.4	53	76	6	159	30	13	17	38	1.88
17518627--17518815	81	2.3	81	86	1	245	28	13	17	40	1.88
17519138--17519210	18	4.1	18	83	3	76	21	19	13	45	1.85
17521797--17521981	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
17521798--17521981	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
17521798--17522014	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
17528449--17528629	56	3.2	56	98	0	344	45	8	23	22	1.80
17534035--17534191	43	3.7	43	93	0	269	12	24	33	30	1.91
17534016--17534204	86	2.2	85	90	1	290	13	23	33	29	1.93
17535728--17535772	20	2.2	20	88	7	65	37	24	28	8	1.86
17536170--17536208	19	2.2	18	86	9	53	41	7	2	48	1.45
17543929--17544091	82	2.0	82	95	0	290	29	30	14	26	1.95
17545565--17545713	75	2.0	75	97	0	280	23	23	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17545887--17546063	90	2.0	90	97	0	336	29	31	19	20	1.97
17556819--17556871	26	2.2	23	90	10	79	45	15	0	39	1.46
17560400--17560471	35	2.1	34	84	7	92	40	26	4	29	1.75
17562680--17562787	40	2.7	40	95	0	189	21	26	20	31	1.98
17565295--17565458	42	3.9	42	83	4	195	30	23	14	31	1.94
17567298--17567525	111	2.1	111	96	0	420	32	18	9	40	1.82
17572584--17572703	43	2.9	41	78	8	116	25	21	24	28	1.99
17572584--17572742	85	1.9	85	80	5	187	27	20	23	28	1.99
17575030--17575067	18	2.1	18	95	0	67	15	13	15	55	1.70
17577333--17577388	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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