Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  130  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
42084668--42084712
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0
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2.4
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0
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135
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0
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3.2
42
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193
22
30
19
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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25
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1.9
22
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2.0
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2.1
21
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15
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20
18
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0
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2.0
20
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52
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12
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5
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32
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21
28
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42142548--42142661
50
2.3
51
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1
149
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24
27
1.95
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19
2.3
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7
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24
1.9
24
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4
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15
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2.5
31
83
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88
49
12
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28
1.72
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2.0
26
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73
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13
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2.7
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90
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67
36
0
2
60
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
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2.0
566
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32
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0
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42197491--42197530
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15
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1.68
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21
2.0
20
85
5
53
60
0
2
37
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
42200274--42200321
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2.0
24
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0
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52
0
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41
1.27
42207438--42207507
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51
61
0
1
37
1.05
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2.0
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0
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2.0
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8
61
11
12
7
68
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3.8
19
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19
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42
0
0
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15
0
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16
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12
51
1.69
42238600--42238865
105
2.5
105
88
2
383
34
15
22
28
1.94
42238810--42238886
33
2.3
32
84
6
100
32
19
23
24
1.97
42239831--42239926
42
2.3
42
81
0
111
17
32
31
18
1.95
42240223--42240262
21
1.9
21
84
0
53
22
15
40
22
1.91
42240258--42240305
21
2.3
20
80
13
53
18
20
39
20
1.92
42241533--42241567
17
2.0
17
88
5
52
77
2
2
17
1.02
42243375--42243623
50
4.8
50
85
4
284
20
29
24
26
1.99
42243374--42243623
100
2.4
104
88
6
357
20
29
24
26
1.99
42243718--42243749
13
2.5
13
94
0
55
56
12
0
31
1.37
42243961--42244018
30
1.9
30
89
0
89
31
24
3
41
1.71
42252555--42252671
9
12.6
9
87
7
162
35
33
9
22
1.86
42252678--42252738
17
3.4
17
68
12
50
52
13
1
32
1.50
42252695--42252758
20
3.3
20
68
12
62
45
15
4
34
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
42252672--42252784
37
3.1
37
94
1
192
47
15
4
32
1.65
42252825--42252883
24
2.5
24
88
0
91
30
25
0
44
1.55
42255917--42255942
9
2.9
9
100
0
52
34
0
23
42
1.54
42257117--42257151
14
2.5
14
95
0
61
40
5
20
34
1.76
42258566--42258603
15
2.6
15
83
4
51
15
0
34
50
1.45
42258823--42258887
28
2.4
28
90
7
100
67
0
3
29
1.05
42262765--42262816
21
2.4
21
80
3
59
9
11
44
34
1.73
42263074--42263108
18
2.1
17
89
10
54
42
0
28
28
1.56
42263342--42263466
63
2.0
63
98
0
241
29
26
19
24
1.98
42264763--42264824
22
2.8
21
80
11
63
45
1
29
24
1.63
42264763--42264824
11
5.5
11
77
9
54
45
1
29
24
1.63
42266559--42266600
22
1.9
22
85
9
59
0
33
0
66
0.92
42272791--42272820
12
2.5
12
94
0
51
33
0
0
66
0.92
42279350--42279460
23
5.0
23
86
7
142
33
24
23
18
1.97
42280623--42280648
3
8.7
3
100
0
52
65
0
0
34
0.93
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17
3.1
17
85
8
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57
2
0
40
1.10
42280778--42280816
14
2.8
14
92
0
69
56
2
0
41
1.13
42280769--42280828
31
1.9
31
89
3
93
56
3
0
40
1.16
42292296--42292456
9
17.8
9
67
17
84
62
2
1
33
1.16
42292298--42292458
10
16.6
10
65
19
58
62
2
1
33
1.16
42292390--42292437
14
3.3
14
76
18
53
68
0
0
31
0.90
42292379--42292492
30
4.0
29
71
20
80
64
3
0
31
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
42292382--42292455
30
2.4
30
80
14
89
66
1
0
32
1.00
42292408--42292468
21
2.9
21
74
16
63
63
1
0
34
1.04
42292296--42292456
19
8.9
18
67
16
84
62
2
1
33
1.16
42292889--42292926
14
2.7
14
84
8
51
50
5
0
44
1.24
42302752--42302799
18
2.9
15
75
19
51
39
0
2
58
1.10
42303648--42303688
4
10.2
4
100
0
82
24
0
24
51
1.49
42307642--42307702
22
2.8
23
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13
60
40
1
0
57
1.08
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2.0
27
88
0
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30
13
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1.74
42314128--42314414
146
2.0
146
95
1
513
36
17
19
26
1.94
42316083--42316135
21
2.5
21
84
0
70
28
35
9
26
1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313