genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12807640--12807900	122	2.1	123	91	0	416	19	26	20	32	1.97
12807640--12807900	41	6.4	41	90	0	416	19	26	20	32	1.97
12818536--12818654	40	3.0	40	92	0	193	28	19	29	22	1.98
12820986--12821044	10	5.9	10	82	9	59	23	10	1	64	1.34
12827790--12827848	27	2.2	27	90	0	91	28	8	23	38	1.84
12828172--12828244	28	2.6	29	80	2	85	28	30	13	27	1.94
12840147--12840187	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
12843672--12843773	38	2.7	38	96	0	186	18	21	26	33	1.96
12851526--12851551	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
12853185--12853210	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
12858610--12858694	42	2.0	42	90	0	134	23	30	24	21	1.99
12859125--12859167	23	1.9	22	85	4	59	44	27	9	18	1.80
12859376--12859433	18	3.2	18	72	0	62	15	37	5	41	1.70
12860139--12860164	12	2.2	12	100	0	52	30	7	15	46	1.74
12861544--12861571	13	2.2	13	100	0	56	53	14	0	32	1.41
12862798--12862950	43	3.6	41	84	7	180	32	24	17	24	1.97
12869626--12869740	29	4.0	29	83	6	137	28	13	28	28	1.95
12874059--12874094	18	1.9	19	88	5	56	25	19	38	16	1.92
12874174--12874275	29	3.6	28	80	6	107	27	12	29	30	1.93
12874174--12874284	57	1.9	57	83	1	141	27	12	29	29	1.93
12877352--12877486	42	3.1	42	77	11	116	31	21	17	28	1.96
12877330--12877487	43	3.7	42	79	4	138	31	22	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12887777--12887954	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
12887798--12887953	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12895245--12895422	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
12895266--12895421	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12907442--12907638	69	2.8	69	92	3	288	21	30	16	30	1.95
12907479--12907638	69	2.3	69	100	0	320	23	31	14	30	1.94
12907528--12907638	38	3.1	38	60	21	94	24	31	15	28	1.95
12914552--12914714	72	2.3	72	98	0	317	20	31	15	32	1.94
12914552--12914751	72	2.8	71	90	3	271	21	31	16	31	1.95
12938329--12938440	40	2.8	40	85	9	138	27	15	27	29	1.96
12939838--12940781	85	11.1	85	99	0	1861	38	8	26	26	1.84
12942971--12944221	47	26.4	47	94	1	2106	30	11	31	27	1.91
12943823--12943897	23	3.2	23	63	29	59	29	9	32	29	1.88
12944571--12944922	40	8.8	40	91	0	533	23	21	29	25	1.99
12945134--12945242	57	1.9	57	86	1	155	24	18	28	28	1.98
12945423--12945486	32	2.0	32	100	0	128	40	15	12	31	1.85
12948995--12949203	47	4.2	49	82	8	228	29	12	30	28	1.93
12949017--12949203	53	3.7	51	85	5	247	29	12	29	28	1.93
12966108--12966153	19	2.4	20	78	10	60	45	2	2	50	1.26
12967628--12967716	31	3.0	30	74	11	85	33	8	14	42	1.77
12967850--12967914	30	2.2	30	81	10	71	47	7	9	35	1.64
12968095--12968168	30	2.5	30	84	2	87	39	10	9	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12975488--12975611	40	3.1	40	86	3	171	25	22	26	25	2.00
12984542--12985009	49	9.8	49	92	2	731	29	28	8	33	1.86
12984542--12985009	96	4.9	95	92	2	724	29	28	8	33	1.86
12987572--12988516	40	23.4	40	95	1	1622	24	22	25	26	2.00
12990540--12990756	46	4.6	47	78	11	196	27	18	29	23	1.98
12990584--12990802	46	4.7	48	79	8	193	27	19	29	23	1.98
12990540--12990802	140	1.9	141	82	7	338	28	19	28	23	1.98
12997532--12997575	23	1.9	23	81	9	54	36	0	27	36	1.57
13001915--13001954	15	2.6	16	84	4	55	30	10	2	57	1.45
13016831--13017226	132	3.0	133	93	0	632	28	25	19	26	1.99
13021155--13021208	20	2.7	20	82	5	65	24	22	16	37	1.94
13021165--13021228	30	2.1	30	85	5	85	21	21	17	39	1.93
13021155--13021219	20	3.2	20	74	8	60	23	23	15	38	1.92
13027330--13027415	43	2.0	43	97	0	163	20	31	18	29	1.97
13030602--13031010	132	3.1	131	80	4	396	34	16	19	30	1.94
13035034--13035081	20	2.4	20	75	0	60	20	29	18	31	1.97
13035158--13035223	33	2.0	33	96	0	123	28	28	18	24	1.98
13037576--13037643	21	3.2	21	65	8	57	58	7	22	11	1.57
13037554--13037650	42	2.3	42	91	1	151	56	5	23	14	1.58
13037654--13037703	18	2.8	18	87	0	73	58	0	28	14	1.37
13037647--13037728	24	3.4	24	77	0	101	60	0	26	12	1.31
13039348--13039401	20	2.7	20	73	0	54	20	25	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13042523--13042573	20	2.6	21	81	12	63	19	33	31	15	1.93
13049290--13049342	27	2.0	26	96	0	88	26	7	39	24	1.82
13053172--13053275	46	2.2	47	91	3	174	26	30	7	34	1.85
13058732--13058988	55	4.8	55	74	12	209	34	15	27	22	1.95
13064173--13064358	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
13064226--13064391	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
13072141--13072325	79	2.3	81	84	7	236	24	23	27	25	2.00
13072142--13072325	40	4.6	40	82	9	207	24	23	27	25	2.00
13072301--13072470	85	2.0	85	96	2	315	25	17	27	29	1.97
13090507--13090806	47	6.4	47	93	0	492	33	8	29	28	1.86
13095440--13095563	62	2.0	62	98	0	239	54	16	14	14	1.72
13100092--13100150	26	2.3	26	83	13	70	66	1	10	22	1.31
13102777--13102810	17	2.0	17	88	11	52	5	5	29	58	1.45
13105571--13105701	65	2.0	65	100	0	262	33	21	10	34	1.88
13110278--13110453	68	2.6	68	79	13	177	21	28	16	34	1.95
13114721--13114888	42	4.0	42	79	6	160	32	24	15	27	1.95
13115557--13115634	39	2.0	39	97	0	147	44	15	17	21	1.86
13117094--13117153	23	2.6	23	91	0	102	20	35	31	13	1.91
13117230--13117296	29	2.3	29	94	0	125	20	43	20	14	1.88
13117277--13117366	40	2.2	40	88	0	126	12	42	22	23	1.87
13119935--13119959	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
13122597--13122642	20	2.2	21	84	3	58	30	21	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13124893--13124956	30	2.2	29	83	8	76	14	25	1	59	1.44
13127315--13127461	67	2.3	63	79	11	154	21	29	17	30	1.96
13128142--13128202	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
13129383--13129427	19	2.4	19	96	0	81	17	2	4	75	1.07
13131968--13132065	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
13131996--13132078	27	3.0	27	85	5	87	31	12	24	32	1.91
13131968--13132079	28	4.0	27	81	6	89	29	12	25	33	1.92
13134276--13134324	20	2.4	21	86	3	64	30	22	26	20	1.98
13139120--13139268	42	3.5	43	82	9	139	30	23	17	28	1.97
13139162--13139270	42	2.6	42	89	2	166	33	23	14	28	1.94
13146248--13146284	16	2.3	16	100	0	74	27	16	21	35	1.94
13146837--13146883	23	2.0	23	87	4	67	25	6	0	68	1.13
13146837--13146883	24	2.0	23	87	8	67	25	6	0	68	1.13
13153390--13153442	8	6.6	8	80	6	63	83	0	16	0	0.66
13153391--13153442	22	2.4	21	80	3	59	82	0	17	0	0.66
13153399--13153446	14	3.6	14	75	13	57	79	0	20	0	0.74
13153397--13153445	17	2.9	17	84	3	64	79	0	20	0	0.73
13163936--13164029	31	3.0	31	82	0	107	26	27	30	14	1.95
13164170--13164234	31	2.1	31	100	0	130	23	9	18	49	1.76
13171631--13171769	75	1.9	75	81	3	172	45	10	12	32	1.75
13175518--13175556	20	2.0	19	85	14	53	41	10	23	25	1.86
13176165--13176246	18	4.5	19	90	6	118	19	29	32	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13188104--13188181	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
13188134--13188635	174	2.9	174	98	0	959	29	14	25	30	1.95
13192655--13192707	25	2.2	25	80	9	67	18	7	11	62	1.52
13194452--13194604	42	3.6	42	83	3	191	31	16	24	27	1.97
13199567--13199671	30	3.6	30	80	14	123	30	16	28	24	1.96
13203791--13203833	16	2.7	16	96	0	77	48	13	23	13	1.79
13204048--13204104	29	2.0	29	96	0	105	26	15	31	26	1.96
13204056--13204143	30	3.0	30	86	1	115	28	14	30	26	1.95
13205230--13205264	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
13209332--13209427	42	2.3	42	89	1	140	31	15	23	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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