genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13598670--13598784	43	2.7	42	82	6	142	29	16	25	28	1.97
13601815--13601849	18	1.9	18	94	0	61	11	42	28	17	1.83
13612826--13612885	29	2.1	29	100	0	120	36	13	10	40	1.78
13618792--13618896	42	2.5	42	83	7	140	24	19	25	30	1.98
13620113--13620146	13	2.5	13	90	4	50	58	0	0	41	0.98
13624412--13624440	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
13625373--13625411	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
13625584--13625622	16	2.6	15	84	11	53	51	0	0	48	1.00
13625611--13625693	10	8.2	11	80	15	99	54	0	0	45	0.99
13625591--13625686	19	5.1	19	86	9	110	52	0	0	47	1.00
13626517--13626590	33	2.2	34	74	18	82	43	4	0	52	1.20
13626523--13626630	31	3.4	33	81	8	118	50	4	0	45	1.22
13626621--13626678	11	5.5	11	70	25	54	62	6	3	27	1.37
13626584--13626799	15	14.9	14	71	19	99	62	3	3	31	1.29
13626694--13626799	3	34.0	3	70	23	69	63	0	4	31	1.21
13626688--13626851	12	13.4	12	72	17	92	60	0	4	33	1.22
13626673--13626856	20	9.1	20	72	17	114	61	0	4	33	1.21
13626675--13626779	22	5.0	22	78	18	100	61	0	4	32	1.23
13626664--13626796	61	2.3	58	77	13	139	63	1	4	30	1.23
13626667--13626807	13	10.3	14	70	20	59	63	1	4	30	1.24
13630657--13630695	18	2.1	19	90	4	62	61	0	33	5	1.18
13653126--13653201	38	2.0	38	92	0	125	34	17	13	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13656183--13656297	27	4.3	26	81	9	133	35	21	23	19	1.96
13656183--13656295	55	2.1	54	83	8	142	35	21	23	19	1.96
13656399--13656456	26	2.2	27	78	9	66	31	8	24	36	1.85
13664020--13664131	27	4.2	27	78	17	126	37	20	21	20	1.94
13664027--13664132	55	2.0	53	85	10	144	37	18	21	21	1.94
13664236--13664298	26	2.4	26	92	7	101	28	7	25	38	1.84
13679477--13679556	27	3.0	27	72	3	72	20	20	20	40	1.92
13679544--13679634	32	2.8	32	77	6	94	25	19	19	35	1.96
13679845--13679902	25	2.2	26	78	6	64	22	20	25	31	1.98
13684522--13684690	48	3.5	50	82	6	172	27	21	28	22	1.99
13685875--13685939	28	2.3	28	89	0	103	18	20	44	16	1.87
13688449--13688576	47	2.8	45	79	11	134	26	17	30	25	1.98
13688499--13688670	46	3.7	45	75	11	134	26	20	29	23	1.99
13690206--13690310	53	2.0	53	84	0	138	38	18	24	19	1.93
13693636--13693731	47	2.0	47	93	0	165	38	8	23	29	1.84
13699906--13699996	40	2.3	41	84	7	116	32	25	15	26	1.95
13703264--13703292	15	1.9	15	100	0	58	34	17	13	34	1.89
13707142--13707183	21	2.0	21	95	0	75	42	9	30	16	1.80
13715261--13715293	17	1.9	17	88	11	50	21	0	12	66	1.23
13718560--13718824	47	5.7	47	77	16	266	22	20	28	28	1.98
13718560--13718825	93	2.8	93	97	1	489	22	20	28	28	1.98
13730907--13731079	46	3.7	46	78	7	197	23	20	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13730904--13731074	93	1.8	93	92	0	288	22	21	27	28	1.99
13736592--13736735	40	3.6	40	87	0	191	25	23	26	25	2.00
13738722--13738784	31	2.0	31	100	0	126	36	12	6	44	1.68
13739745--13739865	58	2.1	59	87	3	174	25	20	4	48	1.69
13741056--13741102	23	2.0	23	100	0	94	29	0	29	40	1.57
13741987--13742160	88	2.0	83	86	7	242	38	16	8	36	1.79
13742181--13742360	10	19.6	9	67	20	72	64	1	2	31	1.15
13742246--13742346	18	5.4	18	75	15	73	64	0	3	30	1.18
13742440--13742480	17	2.3	18	87	4	57	21	4	0	73	1.02
13742635--13742691	22	2.6	22	81	8	62	24	3	0	71	1.01
13742634--13742689	25	2.1	27	83	6	71	26	3	0	69	1.04
13742707--13742897	90	2.1	90	84	3	251	31	8	21	37	1.84
13746159--13746522	182	2.0	182	94	0	638	31	15	28	24	1.95
13747315--13747429	56	2.1	56	94	0	203	20	20	26	33	1.96
13747798--13748042	124	2.0	124	98	0	472	26	17	28	27	1.98
13750686--13750796	51	2.2	53	91	4	183	36	6	18	38	1.76
13751254--13751331	29	2.7	28	80	11	95	25	14	30	29	1.94
13752000--13752299	150	2.0	150	98	0	573	27	12	23	37	1.90
13759383--13759455	29	2.5	28	86	10	103	27	15	30	27	1.96
13759413--13759914	174	2.9	174	97	0	932	29	14	24	31	1.94
13765982--13766099	38	3.1	38	83	2	146	32	23	21	22	1.98
13766009--13766128	38	3.1	38	85	4	152	29	24	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13765963--13766128	78	2.1	78	80	6	176	32	25	20	21	1.97
13781489--13781676	53	3.5	53	75	11	211	18	25	19	36	1.94
13781493--13781790	108	2.8	108	94	1	499	19	23	19	37	1.94
13781526--13781695	53	3.2	53	74	12	202	19	24	18	37	1.94
13781493--13781797	55	5.7	53	73	8	231	19	23	19	38	1.94
13785579--13785884	49	6.4	49	91	3	489	32	6	30	31	1.84
13785734--13785807	22	3.3	22	65	10	60	29	9	31	29	1.89
13785579--13785884	143	2.1	144	90	3	483	32	6	30	31	1.84
13786003--13786081	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
13817457--13817573	43	2.7	43	81	6	148	30	23	14	30	1.94
13823298--13823348	24	2.1	24	81	0	57	27	0	47	25	1.53
13824721--13824986	47	5.7	47	80	7	240	21	29	20	28	1.98
13824719--13824989	94	2.9	92	81	11	309	21	29	21	28	1.98
13826747--13826782	17	2.1	18	94	5	65	13	38	36	11	1.81
13826999--13827141	27	5.3	27	91	0	223	26	15	20	37	1.93
13826999--13827182	81	2.3	81	83	3	219	27	16	19	36	1.93
13827559--13827642	40	2.1	41	82	10	102	28	17	22	30	1.97
13841928--13841979	26	2.0	26	96	0	95	48	19	9	23	1.78
13843688--13843758	28	2.5	28	81	0	88	35	26	8	29	1.86
13856787--13856840	28	2.0	27	82	7	65	46	3	1	48	1.30
13858528--13858622	26	3.7	26	75	8	68	38	22	20	18	1.93
13858556--13858636	26	3.1	26	87	0	126	35	24	19	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13863239--13863298	31	1.9	31	86	0	84	25	30	11	33	1.91
13866312--13866411	27	3.6	27	88	8	121	32	30	12	26	1.92
13866314--13866411	28	3.5	28	92	2	153	32	29	12	25	1.92
13866858--13866884	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
13869386--13869527	59	2.4	59	87	1	203	38	40	11	9	1.76
13869890--13869953	27	2.4	27	89	0	92	18	37	26	17	1.93
13873360--13873509	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
13873384--13873567	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
13875532--13876252	376	1.9	378	96	0	1329	31	7	19	42	1.79
13876901--13877118	43	5.1	43	81	5	244	27	17	25	29	1.97
13882007--13882038	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
13882249--13882509	50	5.2	50	79	2	308	29	24	17	29	1.97
13884444--13884490	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
13887010--13887050	15	2.7	16	88	11	68	51	14	19	14	1.77
13890530--13890714	50	3.7	50	83	1	219	31	25	16	26	1.97
13890539--13890721	100	1.8	100	91	2	305	30	25	16	26	1.97
13893676--13893715	20	2.0	20	85	0	53	40	10	7	42	1.67
13896365--13896420	19	3.1	19	72	15	64	32	7	17	42	1.77
13896363--13896429	35	2.0	35	88	5	102	31	5	14	47	1.69
13898467--13898717	126	2.0	126	97	0	475	27	25	23	23	2.00
13904689--13905208	47	11.1	47	98	0	968	30	12	31	25	1.92
13905182--13905272	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13905417--13905525	37	2.9	37	93	0	173	24	19	29	26	1.98
13917104--13917183	40	2.0	40	97	0	151	32	20	13	33	1.91
13923337--13923433	40	2.4	41	81	10	103	27	29	16	25	1.97
13923754--13923783	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
13940986--13941042	15	3.7	15	88	6	87	19	12	5	63	1.47
13941080--13941130	12	4.2	12	95	5	93	19	0	7	72	1.08
13941082--13941127	13	3.6	13	97	2	85	13	0	6	80	0.89
13941082--13941130	25	2.0	25	100	0	98	16	0	8	75	1.03
13941772--13941824	27	2.0	27	96	0	97	37	20	3	37	1.71
13943298--13943344	20	2.3	21	82	14	62	74	4	17	4	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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