genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25102380--25102420	22	1.9	21	85	5	55	31	2	2	63	1.20
25108081--25108157	29	2.7	28	84	7	93	23	15	31	29	1.95
25115840--25116923	47	23.1	47	97	0	1909	31	11	30	25	1.92
25116759--25116880	22	5.3	22	65	24	63	33	11	28	26	1.91
25116897--25117033	46	3.0	46	89	0	202	35	8	30	26	1.85
25120000--25120129	39	3.3	38	87	7	165	26	28	22	23	1.99
25120000--25120182	40	4.6	39	79	9	185	25	27	22	23	2.00
25125247--25125452	102	2.0	102	91	0	331	29	22	22	25	1.99
25136290--25136373	28	3.0	28	81	10	98	29	29	14	26	1.95
25136592--25136622	16	1.9	16	93	0	53	19	25	16	38	1.92
25145325--25145424	39	2.5	40	93	1	166	26	22	26	26	2.00
25145277--25145447	40	4.3	40	80	6	179	25	21	26	25	2.00
25152810--25153631	40	20.6	40	97	1	1499	22	24	27	25	2.00
25158206--25158297	43	2.2	42	82	3	114	27	18	22	31	1.97
25162867--25162978	57	2.0	57	94	0	197	33	15	21	29	1.94
25165048--25165265	40	5.5	40	88	2	264	24	23	27	24	2.00
25165956--25166131	56	3.1	56	98	0	343	44	9	23	22	1.81
25167579--25168173	47	12.6	47	92	3	797	33	9	30	26	1.89
25168024--25168145	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
25175904--25176059	27	5.7	27	84	4	161	30	28	14	26	1.95
25175904--25176080	55	3.3	54	80	4	187	30	27	15	27	1.96
25175925--25176079	82	1.9	80	84	5	204	30	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25179588--25179939	50	7.3	49	83	8	399	24	30	16	28	1.97
25183774--25183856	41	2.0	41	95	0	148	27	24	15	32	1.95
25192671--25192712	22	1.9	22	85	0	57	45	2	19	33	1.63
25193158--25193307	42	3.5	42	81	3	158	29	16	24	30	1.97
25193198--25193311	43	2.7	41	80	6	129	29	17	25	27	1.97
25203141--25203188	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
25203233--25203293	20	3.0	20	95	0	104	31	11	22	34	1.90
25203342--25203415	23	3.2	23	96	0	139	29	20	21	28	1.98
25203620--25203700	31	2.6	30	84	9	108	34	16	25	23	1.95
25204433--25204457	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
25211268--25211323	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
25211263--25211323	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
25211372--25211491	23	5.0	24	86	9	149	28	20	22	28	1.99
25211684--25211764	31	2.6	31	80	5	101	37	14	24	23	1.93
25214169--25214195	8	3.4	8	100	0	54	48	11	0	40	1.39
25216698--25216739	6	6.8	6	91	2	57	57	0	26	16	1.40
25227760--25227832	26	2.8	26	87	0	101	26	21	23	28	1.99
25227882--25227928	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
25233524--25233562	5	7.6	5	83	16	53	58	0	0	41	0.98
25233559--25233590	9	3.7	9	91	8	57	78	0	9	12	0.97
25233562--25233599	17	2.2	17	90	0	58	78	2	10	7	1.04
25240613--25240697	42	2.0	42	95	0	152	34	14	11	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25240715--25240799	28	3.0	28	91	0	143	36	12	18	31	1.89
25249147--25249194	18	2.7	18	77	3	53	27	2	6	64	1.28
25255137--25255166	15	2.0	15	93	0	51	33	13	23	30	1.93
25255291--25255450	56	2.9	56	84	5	182	21	17	31	29	1.96
25265418--25265460	11	3.7	11	79	11	50	9	13	11	65	1.48
25269837--25269881	23	2.0	23	95	0	81	37	20	4	37	1.73
25271295--25271412	50	2.5	48	81	13	122	28	17	30	22	1.97
25276839--25276900	29	2.1	29	100	0	124	35	33	6	24	1.81
25278930--25278968	3	13.0	3	83	0	51	61	0	7	30	1.24
25285725--25285957	117	2.0	117	93	1	396	40	24	11	23	1.87
25286487--25286540	27	2.0	27	92	0	90	25	18	18	37	1.94
25286684--25286850	27	6.2	27	86	4	205	31	8	19	40	1.81
25302406--25302673	49	5.7	45	77	11	204	27	18	29	24	1.98
25302406--25302671	96	2.8	94	81	8	301	27	18	28	24	1.98
25302406--25302671	47	5.6	48	77	14	200	27	18	28	24	1.98
25309980--25310052	37	2.0	37	100	0	146	58	16	5	19	1.56
25310102--25310155	3	18.3	3	77	11	58	62	0	5	31	1.18
25322314--25322339	9	2.9	9	100	0	52	30	0	23	46	1.53
25329031--25329360	48	6.9	48	81	6	382	25	28	16	29	1.97
25329031--25329360	144	2.3	144	90	1	509	25	28	16	29	1.97
25330944--25330996	26	2.0	26	96	0	97	30	20	7	41	1.80
25332670--25332705	9	4.0	9	92	0	63	22	30	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25337022--25337186	82	2.0	82	95	0	294	32	18	7	42	1.77
25337510--25337540	10	3.1	10	95	0	53	70	6	0	22	1.09
25338877--25339255	48	7.9	48	79	7	376	25	29	16	28	1.97
25338975--25339242	95	2.8	96	80	9	287	23	28	17	29	1.97
25338872--25339255	143	2.7	144	90	2	601	25	28	16	29	1.97
25339309--25339365	28	2.0	28	100	0	114	28	21	7	43	1.78
25343448--25343479	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
25345386--25345417	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
25347140--25347218	39	2.0	39	97	0	149	31	22	7	37	1.82
25358467--25358549	22	4.0	22	81	15	122	15	30	12	42	1.83
25358473--25358550	39	2.0	39	100	0	156	12	33	10	43	1.77
25358495--25358527	17	1.9	17	100	0	66	6	39	6	48	1.53
25363836--25364301	132	3.5	133	75	5	331	34	18	18	28	1.95
25364958--25365014	27	2.2	26	84	12	73	56	3	15	24	1.56
25365116--25365157	21	1.9	21	90	9	66	64	14	4	16	1.45
25365637--25365663	11	2.5	11	100	0	54	62	0	0	37	0.95
25368397--25368453	28	2.0	29	82	3	71	24	21	35	19	1.96
25371656--25371826	55	3.1	55	88	3	236	43	18	13	24	1.85
25373243--25373305	27	2.3	27	81	13	76	36	3	3	57	1.31
25375388--25375418	16	1.9	16	93	0	53	29	9	0	61	1.28
25378112--25378201	44	2.0	44	100	0	180	37	17	17	26	1.93
25398311--25399034	361	2.0	361	98	0	1405	27	27	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25400212--25400279	34	2.0	34	91	0	109	38	7	20	33	1.81
25402382--25402440	29	2.0	30	86	3	84	28	1	13	55	1.48
25402572--25402648	31	2.5	29	81	10	91	50	10	2	36	1.50
25402577--25402664	31	2.9	29	77	11	79	48	11	3	36	1.56
25415781--25415823	14	3.1	14	75	0	50	51	13	2	32	1.54
25418277--25418319	23	1.9	22	81	13	52	16	6	16	60	1.56
25427943--25427968	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
25429021--25429064	22	2.0	21	86	8	61	65	2	0	31	1.05
25429592--25429617	13	2.0	13	100	0	52	15	0	46	38	1.46
25429577--25429717	30	4.9	30	75	11	152	19	1	47	31	1.58
25429636--25429681	24	1.9	24	90	0	74	19	2	52	26	1.58
25429660--25429728	17	4.3	17	83	14	101	15	0	53	30	1.43
25429675--25429700	13	2.0	13	100	0	52	15	0	46	38	1.46
25444971--25445021	25	2.0	25	100	0	102	64	7	19	7	1.44
25450386--25450431	24	1.9	24	100	0	92	43	8	8	39	1.66
25453693--25453896	46	4.4	46	92	0	345	38	13	24	23	1.91
25463563--25463771	42	5.0	42	84	6	264	36	25	18	19	1.94
25463563--25463771	84	2.5	84	88	2	296	36	25	18	19	1.94
25464672--25464697	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
25471485--25471597	27	4.2	26	83	8	118	37	19	22	21	1.95
25471503--25471597	27	3.4	28	84	11	124	34	20	24	21	1.96
25471485--25471597	55	2.1	54	85	5	147	37	19	22	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25479302--25479414	27	4.2	26	83	8	118	37	19	22	21	1.95
25479320--25479414	27	3.4	28	84	11	124	34	20	24	21	1.96
25479302--25479414	55	2.1	54	85	5	147	37	19	22	21	1.95
25481446--25481568	42	3.0	42	86	3	160	38	26	18	16	1.92
25486084--25486112	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
25486729--25486756	12	2.3	12	100	0	56	50	7	0	42	1.30
25488785--25488855	31	2.4	31	80	4	83	42	9	7	40	1.65
25489270--25489312	23	1.9	22	90	4	68	30	9	18	41	1.82
25492778--25492904	42	3.0	42	83	11	147	29	25	13	30	1.94
25492964--25493143	31	5.8	31	92	2	290	25	27	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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