genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12526202--12526232	6	5.2	6	96	0	53	35	0	64	0	0.94
12526324--12526364	6	6.7	6	97	2	73	17	17	31	34	1.93
12526713--12526745	9	3.7	9	88	12	50	21	0	0	78	0.75
12537092--12537137	22	2.0	23	84	12	60	39	13	4	43	1.63
12539573--12539800	48	4.8	48	79	3	235	26	17	28	26	1.98
12539566--12539803	96	2.5	96	90	1	370	27	17	28	27	1.97
12541870--12542040	93	1.8	93	88	0	261	29	28	21	21	1.98
12541862--12542037	46	3.8	46	77	10	169	30	28	20	21	1.98
12543622--12543661	21	1.9	21	84	0	53	12	42	25	20	1.86
12544902--12544952	25	2.0	25	96	0	93	60	9	7	21	1.53
12545405--12545492	46	1.9	46	92	0	140	27	30	22	19	1.98
12549581--12549751	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
12549573--12549748	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
12552139--12552227	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
12552139--12552221	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
12552150--12552227	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
12556196--12556235	21	1.9	21	89	0	62	10	42	27	20	1.83
12557475--12557550	25	3.0	25	100	0	152	60	11	7	19	1.55
12559991--12560036	20	2.2	20	80	3	56	56	10	4	28	1.53
12560345--12560420	38	2.0	38	97	0	143	43	28	3	23	1.72
12566553--12566936	198	2.0	194	91	2	615	28	29	15	26	1.96
12567306--12567409	54	1.9	54	88	3	156	55	3	0	40	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12571007--12571036	14	2.1	14	93	0	51	46	13	0	40	1.43
12573763--12573834	9	8.0	9	71	10	58	77	4	2	15	1.03
12573763--12573834	18	4.1	18	74	13	69	77	4	2	15	1.03
12573763--12573834	16	4.1	17	73	18	67	77	4	2	15	1.03
12573763--12573857	5	18.6	5	72	12	61	74	4	3	17	1.11
12573890--12574035	5	25.5	6	70	19	57	73	1	2	22	1.04
12573897--12574044	10	13.0	11	69	17	72	75	1	2	20	1.01
12573906--12574044	16	8.8	15	75	12	111	75	1	2	20	0.98
12573894--12574045	30	5.1	29	69	23	102	74	1	2	21	1.02
12573916--12574042	44	2.8	45	77	17	138	74	1	2	21	1.01
12573897--12574043	48	3.0	49	76	17	123	74	1	2	21	1.01
12573918--12574041	63	2.0	64	85	7	173	74	1	2	21	1.02
12573903--12574045	43	3.2	43	75	17	132	75	1	2	20	0.98
12576933--12576980	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
12577019--12577075	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
12577017--12577079	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
12577133--12577276	24	6.0	24	90	8	222	29	20	22	27	1.99
12577470--12577533	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
12578772--12578890	42	2.8	41	74	17	102	26	25	17	30	1.97
12589083--12589120	19	2.0	19	85	10	51	21	2	0	76	0.91
12589085--12589135	6	8.2	6	75	16	50	19	3	0	76	0.94
12597591--12597620	14	2.1	14	93	0	51	46	13	0	40	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12608910--12609056	59	2.5	60	92	2	233	32	22	14	30	1.93
12608961--12609130	57	2.9	57	80	5	155	31	22	15	30	1.95
12615753--12615856	27	3.9	26	80	8	104	29	27	6	35	1.83
12615980--12616051	27	2.7	27	88	0	81	33	27	9	29	1.89
12620612--12620640	13	2.1	14	93	6	51	13	0	27	58	1.36
12624315--12624465	75	2.0	75	97	0	284	31	23	15	30	1.95
12626527--12626718	40	4.8	40	77	0	204	27	26	20	25	1.99
12626527--12626719	80	2.4	80	88	0	287	26	26	20	25	1.99
12634596--12634787	40	4.8	40	80	0	222	27	27	20	24	1.99
12634568--12634788	80	2.8	79	88	2	309	27	27	20	24	1.99
12637475--12637512	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
12644460--12644497	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
12657235--12657327	28	3.2	27	77	16	87	33	10	21	34	1.88
12657235--12657360	60	2.1	61	81	1	146	34	12	22	30	1.91
12659548--12659592	23	2.0	22	87	12	65	33	8	4	53	1.52
12662686--12663015	48	6.9	48	80	7	330	28	17	28	25	1.97
12662690--12663015	144	2.3	144	83	4	399	28	17	28	25	1.97
12670854--12670975	50	2.5	48	80	10	142	27	23	13	35	1.92
12675143--12675216	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
12675531--12675801	40	6.7	41	86	2	139	25	22	26	25	2.00
12675531--12675833	80	3.8	80	84	2	333	24	22	28	24	1.99
12675613--12675846	40	5.8	40	89	0	324	23	21	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12677731--12678219	47	10.4	47	97	0	906	31	8	30	29	1.87
12678338--12678416	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
12684148--12685025	47	18.7	47	100	0	1756	27	29	19	23	1.98
12689627--12689793	46	3.6	45	74	7	122	25	27	17	29	1.97
12701714--12702044	48	6.8	49	77	7	248	26	17	30	24	1.97
12701764--12702029	98	2.8	98	84	3	326	27	17	30	24	1.97
12701713--12702044	146	2.3	144	83	5	411	26	17	30	24	1.97
12717950--12717987	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
12717964--12717988	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
12718013--12718053	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
12718016--12718055	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
12718073--12718158	9	9.6	9	79	5	66	27	9	20	41	1.83
12719184--12719252	33	2.1	33	97	0	129	43	4	13	39	1.63
12719949--12720011	9	6.8	9	77	13	56	23	38	1	36	1.65
12719948--12719994	10	4.9	10	84	2	53	25	34	0	40	1.56
12722407--12722651	49	4.9	49	83	4	294	26	18	26	28	1.98
12729643--12729672	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
12730896--12731170	137	2.0	138	86	0	390	32	27	17	22	1.96
12737236--12737745	48	10.6	48	94	0	867	34	8	27	29	1.86
12737720--12737773	27	2.0	27	100	0	108	29	14	33	22	1.94
12737672--12737820	75	2.0	75	95	0	271	31	10	30	28	1.90
12737747--12737871	48	2.6	48	94	0	223	32	8	29	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12737632--12737869	123	1.9	123	95	0	431	33	9	29	28	1.88
12738041--12738143	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
12743766--12743832	23	2.8	23	82	10	73	35	20	19	23	1.95
12743781--12743832	24	2.2	23	86	3	68	36	21	21	21	1.95
12748628--12748679	19	2.8	18	77	13	52	73	1	19	5	1.14
12748618--12748711	42	2.2	42	81	7	109	67	2	21	9	1.30
12748640--12748708	19	3.4	19	71	19	59	66	2	18	11	1.35
12750947--12751028	40	2.0	40	90	0	128	24	13	20	41	1.88
12752267--12752480	47	4.6	46	76	13	197	23	28	18	28	1.98
12752267--12752480	94	2.3	94	92	0	347	23	28	18	28	1.98
12755736--12755761	5	5.2	5	100	0	52	80	19	0	0	0.71
12757862--12758069	103	2.0	103	97	0	389	43	14	15	26	1.85
12766226--12766277	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
12766271--12766309	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
12773394--12773571	27	6.6	27	83	3	196	29	27	15	27	1.96
12773415--12773570	82	1.9	81	87	6	226	29	27	15	27	1.96
12784114--12784204	34	2.6	34	84	6	112	28	23	25	23	1.99
12784914--12785145	127	1.8	126	88	0	356	34	15	17	31	1.92
12785825--12785897	30	2.4	30	84	4	94	58	1	6	32	1.33
12785870--12785980	30	3.0	41	66	27	118	60	6	5	27	1.43
12785840--12785980	71	2.0	71	97	0	264	59	4	6	29	1.43
12787843--12787929	44	2.0	44	82	8	106	28	27	14	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12787879--12788165	133	2.2	133	85	0	387	28	27	16	27	1.97
12791265--12791337	30	2.4	30	84	4	94	58	1	6	32	1.33
12791634--12791958	166	2.0	166	98	0	632	48	16	14	20	1.81
12796637--12796891	55	4.8	53	79	8	252	36	16	24	21	1.94
12796644--12796844	108	1.8	110	89	4	318	34	17	24	22	1.96
12797083--12797113	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
12801629--12801832	86	2.4	85	81	5	250	28	26	16	28	1.97
12801629--12801832	43	4.8	42	78	6	203	28	26	16	28	1.97
12801867--12801909	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
12803210--12803240	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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