genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84015659--84015698	14	2.6	14	85	14	53	55	5	2	37	1.35
84019008--84019073	31	2.1	31	85	0	87	19	15	19	45	1.85
84024419--84024458	20	2.0	20	85	0	53	32	12	2	52	1.52
84029975--84030014	3	13.3	3	94	0	71	67	2	0	30	1.04
84031669--84032223	44	12.8	44	73	15	428	26	22	19	31	1.98
84031678--84032223	90	6.3	89	76	14	570	26	22	19	31	1.98
84031768--84032227	170	2.7	169	95	1	805	26	23	20	30	1.98
84031522--84032055	260	2.1	260	91	0	854	26	22	20	31	1.98
84043885--84043921	3	12.3	3	94	0	65	67	2	0	29	1.04
84049565--84049595	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
84049846--84049917	31	2.3	31	80	0	90	20	13	18	47	1.82
84051467--84051507	22	1.9	22	85	14	59	48	2	0	48	1.14
84065193--84065236	21	2.0	23	86	8	65	65	2	0	31	1.05
84067131--84067160	11	2.7	11	94	0	51	53	0	0	46	1.00
84069078--84069108	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
84069162--84069198	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
84073009--84073049	4	10.0	4	84	5	55	73	0	0	26	0.84
84082414--84082485	31	2.4	31	85	2	92	45	12	19	22	1.83
84082477--84082532	29	1.9	29	88	0	85	41	12	26	19	1.87
84082416--84082635	30	7.3	30	79	4	185	39	13	23	24	1.90
84100889--84100936	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
84101161--84101220	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84110127--84110174	24	2.0	24	95	0	87	58	18	0	22	1.39
84111798--84111849	15	3.3	15	76	23	61	9	28	5	55	1.55
84111806--84111876	18	4.1	17	77	14	65	7	26	5	60	1.45
84112022--84112082	30	2.0	30	90	0	95	27	14	26	31	1.95
84114057--84114102	22	2.1	22	95	0	83	34	19	8	36	1.83
84120833--84120894	30	2.1	30	81	6	72	46	12	8	32	1.71
84139556--84139606	20	2.5	20	81	6	59	43	13	13	29	1.83
84139984--84140018	16	2.1	17	89	5	54	80	5	2	11	1.00
84141609--84142545	6	156.2	6	99	0	1865	33	0	16	50	1.46
84145003--84145058	23	2.5	22	73	18	53	55	5	0	39	1.23
84146755--84146788	15	2.3	15	100	0	68	32	32	5	29	1.81
84151557--84151604	23	2.1	23	88	7	71	37	35	8	18	1.81
84154821--84154859	7	5.6	7	96	0	69	46	0	30	23	1.53
84154814--84154872	21	2.8	21	78	0	73	52	0	32	15	1.43
84154814--84154866	14	3.8	14	84	0	52	50	0	32	16	1.46
84157779--84158292	44	11.0	44	67	18	238	27	19	19	33	1.96
84157765--84158292	142	3.7	142	92	0	851	27	19	18	34	1.95
84157920--84158106	98	1.9	98	83	2	241	27	20	19	32	1.97
84163574--84163650	38	2.0	38	100	0	154	38	5	33	22	1.76
84171898--84171929	15	2.0	17	88	11	50	62	9	0	28	1.26
84172192--84172288	24	4.2	23	63	15	56	61	6	7	24	1.45
84172182--84172318	69	2.0	69	98	0	265	59	6	7	26	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84173960--84173994	12	2.8	12	91	4	52	51	0	2	45	1.16
84176951--84176984	12	2.8	12	95	0	59	17	26	5	50	1.69
84178949--84179000	16	3.3	15	81	5	59	15	23	0	61	1.33
84186625--84186804	10	18.8	9	69	19	73	60	0	5	33	1.24
84186634--84186684	21	2.5	21	77	3	59	58	0	1	39	1.09
84186625--84186796	48	3.5	48	78	12	149	59	0	5	34	1.24
84186677--84186727	19	2.7	19	81	0	66	64	1	3	29	1.22
84186654--84186808	29	5.4	28	70	18	81	61	0	5	32	1.24
84186780--84186814	17	1.9	19	88	11	56	65	0	5	28	1.15
84187249--84187344	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
84193428--84193490	31	2.0	32	96	3	119	31	9	15	42	1.79
84199570--84199632	31	2.0	32	96	3	119	31	9	15	42	1.79
84200113--84200220	9	11.3	10	67	16	52	36	1	1	60	1.18
84200141--84200232	19	5.0	18	76	11	71	34	1	1	63	1.09
84200168--84200232	19	3.4	18	81	10	76	35	0	0	64	0.94
84200143--84200246	9	11.4	9	73	17	81	31	0	0	66	1.05
84202895--84203883	165	6.0	165	98	0	1899	24	25	16	33	1.96
84206765--84206805	23	1.9	22	85	14	59	58	7	26	7	1.51
84208489--84208544	29	2.0	29	85	3	78	30	12	14	42	1.82
84210140--84210358	9	23.9	9	68	19	89	33	2	2	61	1.25
84210248--84210358	17	6.4	16	70	19	64	28	2	2	65	1.20
84210750--84210781	7	4.6	7	100	0	64	12	46	15	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84212647--84212905	85	3.0	85	98	0	500	51	15	15	17	1.77
84214585--84214632	22	2.1	22	92	3	78	64	0	0	35	0.94
84214641--84214666	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
84216510--84216623	61	1.9	60	83	1	147	39	6	11	42	1.66
84217106--84217161	29	1.9	29	85	0	76	28	16	14	41	1.87
84217448--84217569	51	2.4	51	90	4	183	28	27	0	43	1.55
84217584--84217635	10	5.0	10	76	6	50	30	0	0	69	0.89
84217571--84217635	31	2.1	31	94	5	114	33	0	0	66	0.92
84218717--84218741	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
84219393--84219427	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
84219941--84220010	23	3.7	18	79	18	79	50	21	0	28	1.49
84220009--84220390	29	13.1	29	99	0	755	44	24	0	30	1.54
84220386--84220539	55	2.8	55	100	0	308	38	12	5	43	1.66
84220523--84220547	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
84223658--84224001	123	2.8	123	91	0	548	32	22	15	29	1.95
84226491--84226584	47	2.0	48	93	2	163	43	23	15	17	1.87
84226788--84226851	17	3.6	17	72	15	58	45	12	12	29	1.79
84227066--84227111	22	2.1	22	84	8	58	23	26	15	34	1.94
84231629--84231722	47	2.0	48	93	2	163	41	23	18	17	1.90
84231927--84231997	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
84231944--84231997	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
84231926--84231989	17	3.6	17	72	15	58	46	12	12	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84237084--84237218	48	2.8	46	95	2	207	37	5	6	49	1.53
84237096--84237218	25	5.1	25	69	18	107	36	6	7	49	1.56
84237100--84237218	23	5.0	24	72	14	111	36	6	7	49	1.58
84238335--84238387	23	2.3	23	100	0	106	45	26	7	20	1.78
84238373--84238418	22	2.1	21	88	4	65	60	17	4	17	1.51
84240600--84240632	9	3.7	9	95	0	57	33	12	21	33	1.90
84240926--84240985	30	2.0	31	83	9	79	20	38	0	41	1.52
84241240--84241268	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
84253476--84253516	22	1.9	22	85	5	57	63	2	7	26	1.33
84254194--84254264	27	2.6	27	81	0	88	14	36	16	32	1.89
84257322--84257542	72	3.1	71	75	6	214	33	5	12	47	1.66
84257338--84257552	71	3.0	71	73	8	195	34	6	12	46	1.69
84257908--84257963	19	2.9	19	81	0	58	25	1	3	69	1.14
84257920--84257963	19	2.3	19	84	0	61	27	2	4	65	1.23
84258146--84258190	22	2.0	22	82	8	54	57	2	0	40	1.11
84258474--84258500	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
84258605--84258729	34	3.6	35	87	8	184	49	17	0	32	1.52
84258637--84258735	9	11.2	9	73	10	62	48	20	1	30	1.56
84258673--84258765	45	2.1	43	88	7	134	50	18	0	31	1.47
84259509--84259547	18	2.2	18	100	0	78	43	17	5	33	1.72
84262383--84262538	43	3.6	43	76	8	131	30	25	19	25	1.98
84282142--84282175	15	2.3	15	94	0	59	8	0	26	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84284769--84284823	18	3.1	18	75	0	56	43	3	36	16	1.65
84290385--84290650	135	2.0	133	88	7	398	46	9	15	28	1.76
84293963--84294024	3	20.7	3	88	0	61	27	35	8	29	1.85
84295262--84298788	153	23.1	153	85	2	4427	34	10	18	36	1.86
84302455--84302479	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
84312088--84312119	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
84321812--84321931	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
84323062--84323286	40	5.7	40	86	5	296	24	21	27	26	1.99
84323062--84323319	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
84329152--84329199	21	2.3	21	92	0	78	16	27	0	56	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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