genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14806219--14806390	27	6.3	27	80	4	159	41	17	9	31	1.81
14806384--14806471	27	3.3	27	91	0	149	36	19	19	25	1.95
14806881--14806972	33	2.8	33	85	3	114	27	22	23	26	2.00
14813814--14813961	79	1.9	80	87	4	219	25	21	27	25	2.00
14813814--14813984	79	2.2	79	84	6	213	26	21	26	25	2.00
14813814--14813961	40	3.7	40	87	5	219	25	21	27	25	2.00
14816761--14816964	40	5.1	40	88	4	252	26	28	22	22	1.99
14820930--14821139	105	2.0	106	89	0	323	28	23	19	29	1.98
14824603--14824817	40	5.4	40	89	2	292	25	28	23	22	1.99
14830177--14830288	56	2.0	56	96	0	206	40	20	4	34	1.73
14830797--14830967	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
14830789--14830964	46	3.8	46	78	10	205	29	27	20	22	1.98
14832433--14832586	24	6.4	24	92	0	245	27	20	21	29	1.98
14832636--14832702	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
14839427--14839511	27	3.2	27	81	3	109	35	18	20	25	1.95
14839430--14839512	26	3.2	25	81	8	94	34	19	19	26	1.95
14841112--14841347	40	5.9	40	77	5	185	25	27	22	25	2.00
14841653--14841730	29	2.7	29	84	7	97	28	32	15	24	1.95
14841712--14841814	43	2.4	43	93	0	179	24	36	15	23	1.93
14843668--14843746	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
14843864--14844321	47	9.7	47	99	0	880	29	30	8	31	1.87
14846741--14846840	27	3.8	27	77	6	98	19	21	23	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14848250--14848427	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
14860815--14860897	31	2.7	31	94	1	141	28	24	18	28	1.98
14861115--14861312	26	7.8	26	86	3	280	27	21	22	28	1.99
14861115--14861312	75	2.6	77	89	6	305	27	21	22	28	1.99
14861362--14861448	20	4.3	20	91	2	131	32	18	9	40	1.82
14861484--14861531	25	1.9	25	86	0	69	31	14	18	35	1.91
14862250--14862609	27	13.3	27	78	2	256	30	8	20	39	1.83
14862290--14862609	54	5.9	54	80	3	288	30	7	20	41	1.80
14862333--14862595	81	3.3	81	85	1	350	29	7	20	41	1.81
14862587--14862717	27	4.9	27	88	0	190	40	8	21	29	1.82
14862577--14862762	81	2.3	81	80	0	219	37	8	20	33	1.83
14862546--14862730	27	6.9	27	81	2	156	36	8	21	34	1.83
14862561--14862717	54	2.9	54	88	1	217	38	8	21	31	1.83
14862815--14862874	27	2.2	27	100	0	120	16	38	30	15	1.89
14870892--14871017	46	2.7	46	95	2	218	21	20	26	30	1.98
14871242--14871279	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
14872752--14872815	30	2.2	29	88	2	92	35	20	18	25	1.95
14878102--14878354	55	4.8	52	77	8	210	35	17	25	21	1.95
14878107--14878307	108	1.8	110	86	4	291	34	17	24	23	1.96
14878547--14878577	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
14882735--14882873	44	3.1	45	84	7	203	23	20	30	25	1.99
14883125--14883155	10	3.1	10	100	0	62	38	0	29	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14885329--14885487	54	2.9	54	86	0	192	30	21	8	38	1.84
14885329--14885460	27	4.9	27	87	0	174	28	21	9	40	1.83
14885383--14885733	27	13.2	27	72	12	136	38	19	8	33	1.83
14885329--14885485	81	1.9	81	81	0	188	30	21	8	39	1.84
14885453--14885554	45	2.3	45	82	0	123	41	18	8	31	1.81
14885505--14885649	55	2.7	53	83	7	166	40	20	8	29	1.83
14885505--14885675	82	2.1	81	89	5	256	41	20	8	29	1.82
14885793--14885858	27	2.4	27	92	0	105	34	22	28	13	1.92
14886685--14886807	52	2.4	51	94	2	212	26	23	23	26	2.00
14886685--14886807	26	4.8	26	88	1	178	26	23	23	26	2.00
14886952--14887043	42	2.2	42	86	0	130	31	14	18	35	1.90
14893505--14893672	44	3.8	44	85	3	214	23	21	29	25	1.99
14893510--14893672	45	3.7	45	86	3	217	23	21	29	25	1.99
14895844--14895876	16	2.1	16	88	5	50	15	9	27	48	1.74
14897739--14897935	27	7.3	27	86	3	245	29	24	7	38	1.82
14897739--14897935	80	2.4	80	88	1	277	29	24	7	38	1.82
14897967--14898088	27	4.6	27	81	4	149	42	20	9	27	1.82
14897934--14898089	54	2.9	52	80	8	172	40	19	11	28	1.86
14897967--14898105	27	5.2	27	76	9	124	42	19	8	29	1.81
14897967--14898173	54	3.8	53	78	8	159	42	18	8	30	1.81
14898082--14898171	27	3.3	27	76	22	89	43	16	7	32	1.77
14898094--14898179	27	3.1	27	80	14	104	39	15	9	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14898233--14898324	27	3.4	27	85	8	116	34	19	26	19	1.96
14899123--14899233	26	4.3	26	90	0	168	28	21	24	25	1.99
14899123--14899338	52	4.4	52	78	13	269	27	22	23	25	2.00
14899174--14899300	67	1.9	67	96	0	236	31	18	25	24	1.98
14899241--14899338	26	3.8	26	91	1	155	24	25	24	25	2.00
14899238--14899338	51	2.0	51	94	3	177	24	24	23	26	2.00
14899556--14899634	31	2.5	31	89	0	122	32	17	22	26	1.96
14904722--14904779	30	1.9	30	85	0	80	41	8	20	29	1.82
14910533--14910733	108	1.8	110	88	4	309	22	24	17	35	1.95
14910486--14910740	55	4.8	53	79	9	220	21	24	16	37	1.93
14917647--14917691	23	1.9	24	86	4	65	22	26	11	40	1.87
14917760--14918014	55	4.8	54	80	7	256	21	25	16	36	1.94
14917807--14918007	108	1.8	110	89	2	316	22	25	17	34	1.95
14919288--14919315	11	2.5	11	100	0	56	53	17	0	28	1.44
14919789--14919863	27	2.8	27	89	0	96	30	13	18	37	1.89
14919815--14920183	27	13.7	27	83	5	399	31	8	19	39	1.83
14923685--14923715	16	1.9	16	93	0	53	32	19	6	41	1.77
14932206--14932329	29	4.3	29	80	1	124	33	25	12	28	1.93
14932545--14932583	16	2.4	16	91	0	60	15	15	15	53	1.73
14936069--14936128	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
14936167--14936218	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
14936843--14936934	27	3.4	27	89	0	121	27	22	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14942426--14942458	15	2.2	15	100	0	66	36	18	24	21	1.95
14942595--14942652	27	2.2	26	84	3	71	34	20	22	22	1.97
14942695--14942746	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
14946187--14946390	53	3.8	53	75	3	174	36	18	22	22	1.95
14956768--14956811	20	2.2	21	88	8	65	72	2	4	20	1.13
14964536--14964856	161	2.0	161	98	0	624	39	26	9	24	1.85
14968534--14968575	20	2.1	20	100	0	84	11	38	9	40	1.75
14971541--14971778	49	4.8	49	79	8	266	30	26	18	25	1.98
14971695--14971771	26	3.1	26	65	24	74	32	27	15	24	1.95
14980692--14980717	10	2.6	10	100	0	52	30	11	7	50	1.67
14982579--14982654	35	2.2	35	95	0	134	35	17	26	21	1.95
14985304--14985364	30	2.0	30	83	0	77	32	22	3	40	1.70
14990916--14991035	50	2.3	52	88	2	181	37	12	15	34	1.86
14991060--14991140	39	2.1	39	85	0	108	49	13	8	28	1.71
14991130--14991163	9	3.8	9	88	0	50	70	8	2	17	1.25
14991944--14992227	6	46.8	6	75	14	262	47	14	19	19	1.83
14992040--14992199	85	1.9	85	100	0	143	46	15	19	19	1.84
14992345--14992410	27	2.5	26	85	7	87	37	24	21	16	1.93
14992369--14992426	27	2.1	27	81	6	64	36	29	18	15	1.92
14992583--14992641	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
14992732--14992811	27	3.0	26	85	3	97	36	20	22	21	1.95
14993010--14993205	27	7.3	27	86	0	212	26	18	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14993009--14993170	54	3.0	54	88	3	236	24	19	19	37	1.94
14993026--14993205	54	3.3	53	88	4	236	26	17	19	37	1.93
14993210--14993538	27	12.2	27	83	3	394	40	9	22	27	1.85
14993210--14993537	81	4.0	81	86	3	446	40	9	21	27	1.85
14996758--14996836	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
14996955--14997355	47	8.4	47	85	3	532	27	30	9	32	1.88
14997012--14997351	96	3.5	96	97	0	635	28	29	9	32	1.88
14998157--14998287	66	2.0	66	96	0	244	41	25	9	23	1.83
15000652--15000834	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
15001143--15001221	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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