genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29685329--29685400	35	2.1	35	97	0	135	43	6	11	38	1.67
29692007--29692097	34	2.7	33	82	1	110	27	20	24	27	1.99
29714990--29715026	18	2.1	17	90	5	56	83	2	0	13	0.74
29714997--29715026	8	3.6	8	95	4	51	86	0	0	13	0.57
29719018--29720194	44	26.8	44	96	0	2041	26	26	15	32	1.96
29732090--29732151	27	2.2	29	77	11	67	50	3	3	43	1.34
29732246--29732406	33	4.7	33	71	17	98	59	1	5	33	1.28
29732257--29732321	18	3.8	18	70	24	50	61	0	4	33	1.16
29732311--29732350	20	2.0	21	85	14	57	55	0	5	40	1.22
29746540--29746567	6	4.7	6	100	0	56	32	0	14	53	1.41
29750889--29750951	33	1.9	32	90	3	99	39	25	9	25	1.86
29751165--29751320	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
29753329--29753361	6	5.5	6	86	13	50	84	0	0	15	0.61
29754391--29754452	30	2.1	30	82	11	74	58	1	6	33	1.34
29754758--29754792	13	2.6	13	86	4	52	71	14	2	11	1.25
29756131--29756355	45	5.0	43	71	11	141	27	17	18	36	1.94
29756130--29756354	89	2.5	91	79	6	226	27	18	18	35	1.94
29756534--29756827	44	6.6	44	70	8	175	25	27	16	30	1.97
29756377--29756799	178	2.4	176	79	4	424	25	25	18	30	1.98
29772638--29772740	43	2.5	42	87	3	136	13	22	33	30	1.92
29780783--29780842	27	2.2	28	93	3	104	65	11	15	8	1.47
29783601--29783861	47	5.6	45	74	12	190	22	29	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29783597--29783861	94	2.8	92	78	10	288	22	29	20	27	1.98
29786574--29786606	13	2.7	12	90	9	57	24	3	0	72	0.98
29786581--29786620	17	2.3	17	87	12	55	22	7	0	70	1.12
29799484--29800571	89	12.3	89	94	1	1780	34	15	18	31	1.92
29799483--29800621	44	25.7	43	80	2	624	34	15	18	31	1.92
29802513--29802575	26	2.3	28	75	8	67	19	7	7	65	1.44
29802993--29803054	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
29809193--29809225	15	2.1	16	88	5	50	60	0	0	39	0.97
29812120--29812144	9	2.8	9	100	0	50	0	0	8	92	0.40
29812685--29812715	3	10.3	3	92	0	53	29	0	0	70	0.87
29812679--29812717	12	3.2	12	88	0	60	25	0	2	71	0.98
29812822--29812872	25	2.1	22	82	13	57	1	9	11	76	1.10
29816724--29816769	12	3.8	12	88	0	65	50	15	21	13	1.78
29816709--29816769	24	2.5	24	82	10	72	50	14	22	11	1.75
29817802--29817826	9	2.8	9	100	0	50	36	0	16	48	1.46
29818981--29819130	54	2.8	52	82	7	167	28	24	14	32	1.95
29819209--29819254	17	2.7	17	96	0	83	26	8	4	60	1.44
29828002--29828258	133	1.9	134	84	2	338	30	20	22	26	1.98
29828002--29828213	44	4.8	43	76	11	180	28	19	23	27	1.98
29828035--29828317	135	2.1	133	78	5	293	31	19	21	27	1.97
29829811--29829838	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
29829946--29830002	27	2.2	25	82	17	64	5	8	8	77	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29837836--29837990	81	1.9	82	92	6	262	45	9	13	30	1.76
29842193--29842226	13	2.8	12	82	8	50	32	0	0	67	0.91
29844892--29844933	21	2.0	22	85	4	59	28	23	0	47	1.52
29848433--29848486	28	1.9	28	84	0	72	61	7	7	24	1.49
29848543--29848648	56	1.9	55	82	1	131	56	14	5	23	1.59
29849030--29849099	29	2.3	29	90	4	104	34	10	14	41	1.79
29849030--29849109	31	2.6	30	88	5	108	32	8	13	45	1.75
29849030--29849118	29	3.0	29	85	8	90	32	10	13	43	1.77
29851362--29851389	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
29851988--29852114	23	5.5	22	69	16	69	32	4	4	58	1.40
29852702--29852727	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
29857871--29857961	45	2.0	44	81	10	105	38	7	26	27	1.83
29867246--29867276	16	1.9	16	93	0	53	41	25	19	12	1.87
29867855--29867903	25	2.0	25	87	0	71	32	18	14	34	1.91
29887216--29887355	71	2.0	71	94	0	244	33	18	25	22	1.97
29887323--29887367	21	2.1	21	95	0	81	33	15	17	33	1.92
29887323--29887379	21	2.7	21	86	0	69	35	15	15	33	1.90
29895675--29895717	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
29895698--29895730	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
29895709--29895803	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
29907304--29907359	21	2.8	20	78	7	51	16	3	0	80	0.85
29907463--29907693	118	2.0	118	92	0	381	29	30	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29908624--29908691	19	3.2	20	80	16	75	82	0	1	16	0.75
29908624--29908692	6	11.7	6	81	15	74	82	0	1	15	0.74
29908624--29908696	25	3.1	22	78	17	85	82	0	2	15	0.79
29908624--29908692	32	2.1	31	75	17	50	82	0	1	15	0.74
29918917--29918943	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
29919219--29919318	49	2.0	49	83	7	123	40	1	15	44	1.53
29920626--29920674	15	3.3	14	81	13	53	42	4	0	53	1.20
29924257--29924355	47	2.1	47	92	0	162	31	19	12	37	1.88
29927033--29927069	19	1.9	19	100	0	74	16	21	18	43	1.88
29929995--29930045	27	1.9	27	84	4	68	62	3	1	31	1.24
29945994--29946087	46	2.0	46	93	0	161	31	12	2	53	1.51
29946016--29946087	24	3.1	24	66	28	64	33	13	1	51	1.50
29946698--29946741	18	2.7	17	80	20	58	45	0	2	52	1.13
29948256--29948293	20	1.9	19	94	5	67	44	0	21	34	1.52
29948254--29948299	21	2.3	19	85	7	65	41	0	23	34	1.55
29952251--29952281	15	2.1	15	93	0	53	25	22	19	32	1.97
29953153--29953192	20	2.0	20	100	0	80	20	5	10	65	1.42
29957058--29957110	26	2.0	26	100	0	106	22	22	11	43	1.85
29962713--29962894	68	2.7	68	86	1	249	35	16	21	26	1.94
29970670--29970694	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
29970854--29970932	9	8.8	9	94	0	113	37	26	10	25	1.87
29971397--29971467	35	2.0	35	97	0	133	28	33	23	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29979660--29979730	35	2.0	35	91	5	117	28	33	23	14	1.94
29984637--29984677	20	2.0	20	100	0	82	31	9	24	34	1.88
29985650--29985701	28	1.9	26	84	7	68	17	3	13	65	1.41
30002137--30002201	28	2.3	29	78	5	71	9	23	3	64	1.37
30007543--30007607	14	4.6	14	74	11	53	33	3	0	63	1.10
30019781--30020331	206	2.7	206	89	0	834	31	17	21	29	1.96
30022046--30022110	14	4.6	14	74	11	53	33	3	0	63	1.10
30022431--30022471	21	2.0	21	90	0	64	21	2	2	73	1.07
30024501--30024598	10	9.4	10	80	16	110	33	27	0	38	1.57
30024502--30024598	32	3.0	32	95	3	169	34	26	0	39	1.57
30024747--30024843	47	2.0	48	90	2	151	34	6	3	56	1.40
30024834--30024858	6	4.2	6	100	0	50	36	0	0	64	0.94
30025794--30025839	7	6.6	7	94	0	83	30	0	10	58	1.32
30026452--30026486	18	1.9	18	94	0	61	28	28	2	40	1.71
30026636--30026680	24	2.0	23	86	8	65	28	33	20	17	1.95
30026923--30027020	26	3.6	27	70	17	85	34	3	5	57	1.36
30026905--30027042	56	2.5	56	92	0	231	39	2	7	51	1.42
30032930--30033128	100	2.0	100	98	0	389	33	20	5	40	1.76
30033109--30033164	26	2.2	26	93	0	94	35	23	7	33	1.82
30033719--30033782	26	2.4	25	90	10	101	39	15	1	43	1.56
30033798--30033846	22	2.2	22	88	0	71	51	32	0	16	1.45
30033836--30033871	6	6.3	6	87	12	58	36	47	0	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30050810--30050892	41	2.0	41	86	4	114	28	19	18	33	1.95
30050915--30051272	51	7.4	48	71	15	215	30	17	17	34	1.93
30050768--30051363	44	12.9	45	71	11	303	30	17	17	34	1.93
30050851--30051320	96	4.9	96	84	1	561	30	17	17	34	1.93
30050851--30051320	191	2.5	191	85	2	604	30	17	17	34	1.93
30054269--30054333	33	2.0	33	93	0	112	32	13	20	33	1.91
30064819--30064863	7	6.6	7	92	5	65	20	0	8	71	1.12
30065901--30065950	13	4.1	12	85	10	57	60	4	0	36	1.16
30065916--30065950	11	3.1	11	84	8	52	62	0	0	37	0.95
30066830--30066888	21	2.9	21	82	10	68	38	1	6	52	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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