genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86351326--86351364	20	2.0	20	89	0	60	46	20	0	33	1.51
86353397--86353601	40	5.1	40	84	4	236	26	27	20	24	1.99
86360534--86360735	47	4.3	47	83	2	217	32	27	15	24	1.95
86360807--86360843	18	2.1	18	100	0	74	21	24	10	43	1.84
86361326--86361356	16	1.9	16	93	0	53	54	16	0	29	1.42
86364271--86364301	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
86370982--86371027	22	2.1	22	88	11	69	32	0	2	65	1.05
86371051--86371090	21	2.0	20	90	5	62	42	0	2	55	1.13
86371000--86371158	61	2.6	59	82	4	185	43	0	3	52	1.24
86371329--86371376	16	3.0	16	81	0	60	27	20	4	47	1.68
86371331--86371400	32	2.2	32	87	5	106	31	24	2	41	1.69
86374850--86374888	20	2.0	19	89	0	51	30	15	20	30	1.93
86375061--86375098	14	2.7	15	88	8	53	23	21	5	50	1.69
86380213--86380769	189	3.0	186	79	6	611	33	19	20	27	1.96
86385911--86385948	14	2.7	15	88	8	53	23	21	5	50	1.69
86391063--86391619	189	3.0	186	79	6	611	33	19	20	27	1.96
86393396--86393525	24	5.4	24	73	12	97	30	5	4	59	1.40
86393396--86393571	26	7.3	22	70	17	95	28	5	4	60	1.39
86393396--86393484	46	2.0	44	86	4	124	29	2	5	62	1.30
86397817--86397886	34	2.1	34	100	0	140	52	24	2	20	1.59
86398849--86398888	21	1.9	21	100	0	80	30	35	20	15	1.93
86403666--86403700	17	2.0	18	88	5	54	14	31	0	54	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86417530--86417680	78	1.9	78	97	0	284	39	23	15	21	1.92
86418619--86418836	108	2.0	108	100	0	436	37	17	27	17	1.92
86419178--86419401	40	5.7	40	84	6	253	25	27	21	25	1.99
86419178--86419401	118	1.9	120	82	7	287	25	27	21	25	1.99
86419442--86419519	37	2.1	37	95	2	140	32	23	11	33	1.90
86422197--86422307	40	2.8	40	84	1	107	26	28	22	22	1.99
86422220--86422364	40	3.6	40	85	4	175	24	26	23	25	2.00
86429115--86429217	37	2.8	37	93	0	179	26	32	18	23	1.97
86429448--86429909	48	9.6	48	94	0	791	30	27	7	34	1.85
86435831--86436003	43	4.0	43	74	11	131	23	16	27	33	1.95
86435835--86435962	42	3.0	42	72	17	120	22	14	27	35	1.94
86438902--86439079	48	3.7	48	87	3	268	26	25	19	28	1.99
86441931--86442098	46	3.7	46	76	10	150	25	28	19	26	1.99
86441931--86442046	44	2.6	44	84	6	144	24	30	19	25	1.98
86443747--86443904	86	1.8	86	90	0	253	26	13	21	38	1.90
86448908--86449057	67	2.2	66	81	8	169	32	17	28	22	1.96
86448932--86449115	67	2.8	64	80	8	212	29	17	29	23	1.97
86453402--86453758	93	3.8	93	98	0	678	28	27	20	23	1.99
86453448--86453709	47	5.6	47	75	15	283	29	26	19	24	1.99
86453397--86453755	46	7.7	46	74	15	337	28	27	20	23	1.99
86470776--86470946	86	2.0	86	97	0	324	21	11	28	38	1.89
86476778--86477074	148	2.0	148	98	0	576	38	9	19	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86482549--86482684	68	2.0	68	97	0	254	34	12	21	31	1.91
86483925--86483992	28	2.4	29	83	9	79	25	16	30	27	1.96
86485095--86485382	144	2.0	144	100	0	576	38	11	12	36	1.80
86485645--86485761	58	2.0	58	96	3	218	27	7	20	44	1.78
86487495--86487558	30	2.2	29	91	2	101	34	20	17	28	1.95
86503136--86503332	49	4.1	49	86	7	260	27	28	10	32	1.89
86506682--86506721	21	1.9	21	84	0	53	27	10	25	37	1.88
86507226--86507344	28	4.2	28	89	0	166	27	15	32	24	1.95
86517830--86518814	40	24.6	40	97	1	1798	24	20	27	27	1.99
86520873--86520905	16	2.1	16	100	0	66	24	0	24	51	1.48
86522276--86523140	453	1.9	453	92	0	1444	28	13	21	36	1.92
86527622--86527799	27	6.6	26	79	7	142	26	15	27	30	1.96
86527622--86527799	54	3.3	54	76	10	166	26	15	27	30	1.96
86527650--86527799	55	2.8	54	83	4	167	27	15	28	28	1.96
86527623--86527778	82	1.9	81	84	6	208	26	16	27	30	1.96
86527619--86527799	82	2.2	81	80	4	204	26	16	27	30	1.96
86527704--86527810	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
86529949--86530244	50	5.9	50	75	3	227	26	17	24	31	1.97
86530000--86530181	101	1.8	101	84	2	249	28	18	22	30	1.97
86529953--86530238	151	1.9	153	85	2	398	26	17	24	32	1.97
86530442--86530471	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
86535562--86535621	30	2.0	30	100	0	120	43	20	13	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86536201--86536410	28	7.5	28	96	1	359	33	26	11	27	1.92
86536861--86536890	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
86548412--86548527	46	2.4	46	82	5	133	28	22	13	35	1.92
86549676--86549832	43	3.7	42	80	10	160	30	24	19	25	1.98
86558919--86559033	43	2.7	43	81	6	144	33	25	16	25	1.96
86560449--86561153	357	2.0	357	98	0	1365	27	12	25	34	1.92
86579201--86579462	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
86581074--86581177	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
86581074--86581199	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
86582086--86582142	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
86588396--86588473	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
86588426--86588753	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
86591378--86591423	12	3.8	12	78	18	51	41	0	4	54	1.20
86598436--86598583	26	5.8	26	89	1	212	27	22	23	27	1.99
86598633--86598727	20	4.8	20	92	5	151	36	18	8	35	1.82
86598633--86598720	9	8.7	11	75	17	84	36	19	9	35	1.83
86606710--86606857	26	5.8	26	91	1	221	28	22	22	27	1.99
86606969--86607040	25	2.9	25	89	2	101	27	16	22	33	1.95
86607793--86608052	128	2.0	128	98	0	502	30	32	14	23	1.94
86612719--86612980	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
86621149--86621226	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
86621179--86621506	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86623258--86623367	56	1.9	57	87	5	161	25	14	28	31	1.95
86629167--86629250	28	3.2	28	64	25	74	23	14	30	30	1.94
86629119--86629307	50	3.8	50	82	2	220	25	16	26	31	1.96
86631044--86631069	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
86634628--86634748	43	2.8	43	81	9	122	25	21	26	26	1.99
86634686--86634782	43	2.3	43	85	3	124	28	21	27	21	1.99
86640753--86640789	20	1.9	18	89	10	56	54	5	2	37	1.38
86652585--86652626	22	1.9	22	90	0	66	30	9	21	38	1.85
86652710--86652738	15	2.0	15	93	6	51	3	13	0	82	0.79
86657909--86658367	47	9.8	47	97	0	846	32	8	30	29	1.86
86662021--86662355	50	6.7	50	78	7	329	26	17	25	31	1.97
86662021--86662355	101	3.3	99	77	7	318	26	17	25	31	1.97
86662029--86662356	151	2.2	151	91	2	516	26	16	25	31	1.97
86664303--86664333	16	1.9	16	93	0	53	19	12	3	64	1.41
86667175--86667712	27	20.0	27	86	0	466	42	20	12	24	1.87
86667177--86667712	54	9.9	54	85	2	648	42	19	12	24	1.87
86667207--86667712	81	6.3	81	87	0	690	42	20	12	24	1.87
86685743--86685900	68	2.3	68	78	11	169	20	29	15	34	1.94
86687008--86687118	44	2.5	43	81	9	127	34	19	14	31	1.92
86701261--86701293	4	8.2	4	93	0	57	30	21	0	48	1.50
86701263--86701294	16	2.0	16	100	0	64	31	18	0	50	1.48
86701533--86701730	108	1.8	110	85	2	283	24	26	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86701486--86701740	55	4.8	54	76	7	220	22	25	16	34	1.95
86717488--86717656	43	4.0	43	75	10	177	28	27	18	25	1.98
86721868--86722844	120	8.0	120	95	3	1706	24	20	25	29	1.99
86721868--86722707	40	21.0	40	98	0	1594	24	20	25	29	1.99
86722715--86722858	40	3.6	40	93	0	227	25	22	25	27	2.00
86722622--86722807	93	2.0	93	96	0	345	22	21	25	30	1.99
86722582--86722840	133	1.9	133	95	0	464	23	21	25	30	1.99
86724712--86724789	40	2.0	40	100	0	156	41	23	11	24	1.87
86725002--86725057	29	1.9	29	92	0	94	21	26	14	37	1.92
86725045--86725144	29	3.4	29	70	8	94	24	29	11	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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