genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85526114--85526157	6	7.0	6	80	10	52	25	0	0	75	0.81
85526112--85526156	20	2.3	19	88	7	72	24	0	0	75	0.80
85526114--85526168	20	2.8	20	86	8	60	25	1	0	72	0.94
85526112--85526169	14	4.4	13	80	10	55	25	1	0	72	0.94
85527668--85527703	18	2.0	18	94	0	63	25	11	36	27	1.90
85527937--85528088	52	2.9	52	80	6	164	43	2	31	22	1.67
85528347--85528445	47	2.1	47	98	0	189	32	14	21	32	1.93
85529124--85529179	25	2.2	25	78	12	62	55	10	5	28	1.56
85534555--85534613	21	2.8	20	77	7	64	72	1	5	20	1.12
85534705--85534735	16	1.9	16	93	0	53	29	6	16	48	1.70
85542309--85542343	2	18.0	2	88	5	54	48	0	0	51	1.00
85552855--85552886	6	5.3	6	96	0	55	50	12	0	37	1.41
85553327--85553374	23	2.0	24	88	4	71	43	33	6	16	1.73
85553390--85553448	27	2.2	27	84	6	75	40	33	6	18	1.77
85554366--85554395	12	2.5	12	94	0	51	0	36	3	60	1.14
85554527--85554614	41	2.1	41	85	10	117	42	4	1	52	1.29
85554524--85554600	14	5.6	14	70	7	59	38	5	1	54	1.31
85554859--85554903	3	14.7	3	81	4	54	62	2	2	33	1.20
85555625--85555659	17	2.0	18	88	5	54	51	5	2	40	1.40
85567955--85567995	21	2.0	21	100	0	82	39	4	26	29	1.77
85569027--85569058	13	2.5	13	94	0	55	21	25	31	21	1.98
85577322--85577375	20	2.7	20	81	13	58	27	25	33	12	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85577995--85578034	21	2.0	20	85	5	53	70	2	7	20	1.24
85579761--85579834	27	2.8	26	68	15	62	71	8	2	17	1.22
85579800--85579829	16	1.9	15	93	6	51	80	6	0	13	0.91
85587306--85587350	21	2.2	20	88	4	63	28	17	24	28	1.97
85587464--85587606	73	2.0	73	97	0	268	21	24	23	30	1.99
85588251--85588326	3	25.3	3	100	0	152	0	32	0	67	0.91
85588368--85588408	21	2.0	21	95	0	73	31	29	14	24	1.95
85588443--85588513	30	2.3	31	83	7	83	19	9	21	49	1.77
85598873--85598908	19	1.9	18	88	5	54	63	0	0	36	0.94
85603090--85603137	22	2.1	24	78	17	57	43	4	47	4	1.41
85603739--85603796	29	1.9	31	89	6	93	32	5	15	46	1.68
85603989--85604030	21	2.0	21	90	0	66	28	0	0	71	0.86
85604005--85604035	16	1.9	16	93	0	53	22	0	0	77	0.77
85605689--85605783	41	2.3	41	83	3	111	26	18	18	35	1.95
85605828--85605933	43	2.5	43	81	6	124	23	17	22	35	1.95
85613503--85613629	42	3.0	42	85	4	159	29	25	14	30	1.94
85613586--85613710	47	2.7	47	79	6	137	30	24	13	31	1.94
85613736--85613821	31	2.8	31	90	0	136	24	27	20	26	1.99
85613807--85613836	15	2.0	15	93	0	51	23	40	6	30	1.80
85613776--85613867	46	2.0	46	93	0	157	22	30	17	29	1.97
85613822--85613961	31	4.5	31	92	0	226	25	27	19	27	1.99
85613745--85613898	77	2.0	77	98	0	299	23	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85616683--85616734	27	1.9	27	84	0	68	51	19	0	28	1.47
85622587--85622617	14	2.2	14	100	0	62	29	19	16	35	1.93
85625477--85625535	25	2.4	25	82	5	66	38	1	8	50	1.43
85630358--85630426	20	3.3	20	74	9	57	49	7	4	39	1.50
85630379--85630426	22	2.1	24	88	7	73	54	6	4	35	1.45
85633389--85633440	23	2.3	23	93	6	88	53	5	15	25	1.63
85633388--85633425	12	3.2	12	77	7	51	60	2	15	21	1.47
85634586--85634718	51	2.6	52	81	6	153	30	24	16	29	1.96
85636146--85636260	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
85636146--85636279	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
85647192--85647276	25	3.2	25	63	18	64	31	2	10	55	1.47
85647189--85647278	31	3.2	31	64	23	88	31	2	10	56	1.44
85647187--85647324	54	2.6	54	97	0	258	33	2	10	54	1.46
85650322--85650358	16	2.3	16	90	0	56	13	10	0	75	1.04
85658935--85658993	10	6.1	9	77	13	55	55	0	10	33	1.33
85658911--85659006	39	2.5	39	85	8	133	60	0	7	32	1.24
85658945--85659013	31	2.3	29	83	9	86	59	0	8	31	1.28
85658930--85658982	19	2.7	20	73	2	54	54	0	9	35	1.33
85660261--85660300	17	2.4	17	91	0	62	52	2	0	45	1.14
85660272--85660353	27	2.9	30	70	18	84	45	4	2	47	1.37
85668128--85668196	34	2.0	34	100	0	138	23	14	26	36	1.93
85676516--85683397	493	14.1	480	83	5	7902	38	16	16	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85683363--85687668	479	9.0	479	83	3	5175	37	16	17	28	1.91
85693070--85693107	17	2.2	17	100	0	76	28	10	28	31	1.90
85701847--85701877	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
85701864--85701932	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
85706900--85706949	20	2.6	19	84	9	66	56	0	0	44	0.99
85708183--85708234	26	2.0	26	100	0	104	38	11	23	26	1.89
85720819--85721001	48	3.8	48	93	0	303	13	8	48	29	1.72
85720899--85720988	27	3.6	27	64	22	68	15	8	48	26	1.74
85720963--85721042	33	2.4	33	89	0	124	13	5	47	33	1.65
85720962--85721064	33	3.2	31	84	4	109	12	6	47	33	1.68
85722849--85722891	22	1.9	23	95	4	79	23	13	4	58	1.55
85726621--85726653	14	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
85726707--85726738	16	2.0	16	100	0	64	50	0	0	50	1.00
85728592--85728634	3	14.3	3	90	0	68	30	2	2	65	1.18
85728700--85728750	26	1.9	27	88	4	77	47	7	0	45	1.32
85729782--85730029	137	1.8	137	99	0	487	27	24	19	29	1.99
85731808--85731859	9	5.2	11	77	13	51	65	1	0	32	1.04
85734684--85734723	21	1.9	21	85	10	55	27	0	20	52	1.46
85734692--85734770	28	2.8	28	78	3	70	30	2	16	50	1.58
85737367--85737448	43	1.9	43	89	0	128	24	23	1	51	1.56
85742817--85742863	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
85746888--85746918	15	2.1	15	100	0	62	32	0	6	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85753916--85753998	43	1.9	44	90	2	132	46	28	7	16	1.74
85756570--85756599	13	2.3	13	94	0	51	43	26	0	30	1.55
85771404--85771853	225	2.0	225	100	0	900	36	23	15	25	1.93
85771814--85772146	131	2.6	130	87	3	451	35	18	17	28	1.94
85776062--85776096	18	1.9	18	88	11	54	57	20	2	20	1.54
85787842--85787909	33	2.1	32	94	2	118	32	25	14	27	1.95
85792816--85792886	27	2.6	26	77	16	72	49	1	2	46	1.25
85804984--85805034	25	2.0	26	82	14	63	31	1	7	58	1.37
85806977--85807052	39	1.9	39	100	0	152	26	18	15	39	1.91
85813950--85813989	17	2.3	18	91	8	73	45	12	5	37	1.64
85815793--85815838	23	2.0	23	100	0	92	39	8	17	34	1.80
85817952--85817987	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
85817939--85817979	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
85818102--85818236	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
85818476--85818514	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
85819839--85819872	5	6.6	5	93	6	59	61	0	0	38	0.96
85819841--85819873	16	2.1	16	100	0	66	63	0	0	36	0.95
85819965--85820015	21	2.4	22	80	6	61	58	3	0	37	1.16
85820181--85820227	19	2.3	22	79	17	57	38	12	4	44	1.62
85821020--85821044	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
85821390--85821428	19	2.2	19	86	9	55	56	2	5	35	1.35
85821505--85821545	20	2.0	20	85	0	55	46	2	17	34	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85821679--85821725	18	2.7	18	87	6	62	59	0	2	38	1.09
85822302--85822393	47	2.0	47	95	4	168	41	1	17	40	1.57
85827498--85827544	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
85842805--85842838	14	2.5	13	86	9	50	47	2	2	47	1.32
85852047--85852117	28	2.5	29	81	9	83	28	1	2	67	1.13
85857939--85857986	19	2.5	19	93	6	80	20	8	12	58	1.60
85858424--85858461	19	2.0	19	94	0	67	34	0	0	65	0.93
85860824--85860853	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
85862495--85862786	103	2.8	105	76	13	286	28	1	15	55	1.49
85862856--85862910	27	2.0	27	89	0	83	30	34	21	12	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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