genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57456680--57456740	28	2.3	26	82	5	68	40	1	1	55	1.19
57458709--57458821	15	7.3	15	65	13	59	55	14	29	0	1.45
57458693--57458839	45	3.3	45	71	18	121	55	12	31	0	1.42
57458709--57458842	30	4.4	30	70	11	110	55	11	31	0	1.41
57462076--57462129	19	2.8	19	88	0	90	35	9	16	38	1.81
57462065--57462136	38	2.0	34	82	15	83	36	9	16	37	1.82
57466845--57466902	21	2.8	21	89	2	91	31	1	5	62	1.27
57466861--57466935	29	2.6	29	81	8	73	28	2	5	64	1.29
57467289--57467324	15	2.3	16	90	4	56	22	0	11	66	1.22
57471835--57471885	6	8.3	6	89	6	68	78	0	21	0	0.75
57471836--57471896	17	3.8	17	75	18	67	75	0	24	0	0.80
57473140--57473433	44	6.7	44	88	0	419	27	17	25	29	1.97
57473487--57473604	50	2.4	50	78	2	112	23	22	24	28	1.99
57473797--57473907	44	2.5	45	86	5	156	32	19	17	30	1.95
57473925--57474049	45	2.8	45	92	0	196	28	24	24	23	2.00
57474599--57474652	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
57474588--57474659	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
57476937--57477014	29	2.7	29	95	0	147	66	8	2	21	1.32
57481165--57481295	50	2.6	50	87	0	190	27	19	29	23	1.99
57481274--57481317	22	2.0	22	90	0	70	29	20	25	25	1.99
57485662--57485996	27	12.4	27	78	10	245	42	18	14	24	1.88
57485650--57485981	54	6.1	54	77	7	291	41	18	15	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57485661--57485930	82	3.3	81	85	3	366	40	17	15	26	1.89
57485650--57485981	107	3.1	108	83	6	379	41	18	15	24	1.89
57485892--57486008	54	2.2	54	83	4	146	47	19	12	20	1.82
57485918--57486011	27	3.5	27	88	2	109	47	20	13	18	1.82
57486147--57486248	26	3.9	26	81	2	125	19	24	19	36	1.95
57486147--57486248	52	2.0	52	90	3	161	19	24	19	36	1.95
57491587--57491627	20	2.0	21	85	4	57	4	43	0	51	1.23
57492300--57492630	27	12.3	27	75	5	249	40	18	17	24	1.91
57492300--57492630	54	6.1	55	77	5	302	40	18	17	24	1.91
57492300--57492657	81	4.4	80	78	8	300	41	18	16	24	1.90
57492516--57492661	27	5.4	27	78	4	116	43	18	15	21	1.87
57492844--57492935	26	3.5	26	82	2	96	14	18	25	42	1.87
57493052--57493124	30	2.5	29	86	4	94	21	23	26	28	1.99
57498401--57498479	36	2.2	35	86	2	104	43	29	12	15	1.83
57508317--57508354	17	2.2	17	86	9	51	50	15	5	28	1.66
57516225--57516343	45	2.6	45	85	0	130	46	16	17	19	1.85
57516328--57516434	45	2.4	45	84	3	135	42	17	18	21	1.90
57518737--57518779	18	2.4	18	88	7	61	32	16	18	32	1.93
57520162--57520188	6	4.5	6	100	0	54	70	0	0	29	0.88
57525200--57525254	16	3.4	16	92	0	92	38	7	25	29	1.83
57525236--57525362	44	2.9	44	92	3	211	32	4	24	38	1.76
57525510--57525545	18	2.0	18	100	0	72	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57525464--57525580	56	2.1	55	82	4	137	52	3	0	43	1.24
57525607--57525653	18	2.6	18	82	0	58	46	29	10	12	1.76
57526033--57526065	16	2.1	16	88	11	50	9	6	12	72	1.26
57526650--57526693	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
57528842--57528867	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
57528900--57528939	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
57531728--57531768	14	3.0	13	89	7	55	65	0	19	14	1.26
57531725--57531758	7	4.9	7	86	13	52	67	0	17	14	1.23
57531725--57531768	21	2.1	21	91	0	70	63	0	20	15	1.31
57533016--57533702	45	15.3	45	74	6	482	32	18	22	26	1.97
57533013--57533740	179	4.1	178	87	1	974	32	17	22	26	1.97
57533013--57533744	268	2.7	267	89	1	1061	32	17	22	26	1.97
57533013--57533740	89	8.1	89	87	1	981	32	17	22	26	1.97
57533726--57534144	132	3.2	132	94	2	727	30	20	22	27	1.98
57533956--57534320	176	2.1	176	96	1	669	29	20	22	27	1.98
57533824--57534452	308	2.0	308	97	0	1179	29	19	23	27	1.98
57533956--57534364	176	2.3	175	92	0	541	30	20	22	26	1.98
57534132--57534470	132	2.6	132	98	0	651	29	19	24	26	1.98
57533824--57534551	308	2.4	308	91	1	1059	29	19	23	26	1.98
57534483--57534731	44	5.8	42	70	8	144	30	21	21	26	1.98
57534485--57534721	127	1.9	127	84	3	325	29	21	21	27	1.98
57536095--57536200	3	36.0	3	77	17	107	31	0	2	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57537376--57537437	21	3.0	20	73	17	65	54	6	1	37	1.36
57540640--57540677	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
57542107--57542244	33	4.2	33	78	0	132	16	16	18	48	1.81
57546332--57546357	13	2.0	13	100	0	52	0	0	15	84	0.62
57547103--57547204	51	2.0	51	92	3	170	29	22	14	33	1.94
57547295--57547430	43	3.2	42	75	6	114	29	23	19	27	1.98
57562248--57562277	16	1.9	15	93	6	51	30	0	26	43	1.55
57566803--57566844	12	3.4	12	84	12	50	73	2	2	21	1.06
57571832--57571876	16	2.9	16	83	3	56	73	2	0	24	0.95
57583446--57583481	18	2.0	18	100	0	72	66	0	0	33	0.92
57583446--57583491	18	2.6	18	89	0	56	65	0	0	34	0.93
57584666--57584743	37	2.1	38	85	7	106	61	0	3	34	1.14
57584666--57584786	43	3.0	39	79	19	108	58	1	5	33	1.32
57586545--57587120	50	11.7	49	72	6	349	23	22	23	31	1.99
57586562--57587141	100	5.9	100	88	2	769	23	23	22	30	1.99
57587138--57587927	128	6.2	128	94	0	1219	25	19	21	32	1.97
57587158--57587880	44	17.0	42	66	14	183	26	20	21	32	1.97
57588377--57588433	24	2.4	24	76	5	62	26	22	17	33	1.96
57589279--57589345	7	10.7	6	80	15	57	5	13	1	79	0.99
57589782--57589816	7	5.0	7	92	0	61	2	0	11	85	0.69
57589782--57589824	22	2.0	22	95	4	79	4	0	9	86	0.71
57594791--57594863	37	2.0	37	84	10	96	61	2	5	30	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57596038--57596145	55	2.0	55	94	0	189	18	22	45	13	1.85
57597645--57597711	18	3.5	18	72	20	55	47	0	0	52	1.00
57597641--57597687	9	5.6	9	78	14	55	51	0	0	48	1.00
57597641--57597691	25	2.1	24	88	3	75	49	0	0	50	1.00
57598917--57598941	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
57600289--57600435	79	1.9	78	84	1	195	29	14	10	44	1.79
57604368--57604406	21	1.9	20	84	5	51	30	0	5	64	1.15
57606934--57606981	21	2.3	21	85	0	60	66	10	2	20	1.32
57614429--57615008	205	2.8	202	73	18	505	26	17	20	35	1.95
57621857--57622037	91	2.0	91	98	0	353	44	11	10	33	1.75
57627242--57627412	9	18.6	9	67	18	50	65	2	2	29	1.19
57627353--57627412	10	6.3	10	71	11	54	71	0	3	25	1.01
57627309--57627421	47	2.4	47	78	10	115	66	1	3	28	1.18
57627309--57627409	18	5.4	19	72	12	66	67	1	3	26	1.19
57627673--57627711	16	2.4	16	82	0	51	41	0	0	58	0.98
57627693--57627749	19	3.1	19	73	14	57	38	1	0	59	1.08
57640470--57640548	30	2.6	30	87	0	113	18	27	15	37	1.91
57648094--57648129	16	2.2	17	90	5	56	47	0	11	41	1.39
57655523--57655586	21	2.9	23	75	17	64	43	4	3	48	1.39
57656489--57656627	59	2.3	59	80	9	138	33	3	17	45	1.66
57659315--57659711	40	9.9	40	81	2	429	21	27	16	33	1.95
57662065--57662098	16	2.2	16	89	5	52	50	14	8	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57685975--57686847	437	2.0	438	99	0	1712	35	14	20	29	1.92
57687685--57687720	4	8.8	4	87	6	54	22	2	0	75	0.94
57687684--57687721	17	2.2	17	95	0	67	21	2	0	76	0.91
57688718--57688762	23	1.9	24	90	4	74	37	0	2	60	1.09
57688829--57689038	68	3.1	68	93	1	352	45	8	5	40	1.56
57688927--57688966	9	4.7	9	90	3	57	55	7	0	37	1.29
57689027--57689068	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
57689042--57689102	22	2.8	22	82	0	68	49	1	1	47	1.21
57689571--57689620	4	12.2	4	80	19	59	24	0	2	74	0.93
57695596--57695654	23	2.5	23	86	2	82	38	10	22	28	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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