genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73497085--73497201	43	2.7	43	81	4	137	21	29	12	36	1.90
73505218--73505269	21	2.5	21	83	0	68	32	17	25	25	1.97
73506595--73506655	20	3.1	18	84	15	77	42	21	29	6	1.78
73513465--73513494	13	2.3	13	94	0	51	10	23	0	66	1.21
73517117--73517278	48	3.4	48	86	0	207	27	19	27	24	1.99
73524099--73524216	48	2.5	48	88	1	175	25	22	27	23	2.00
73525720--73525797	41	1.9	41	94	0	138	43	3	17	34	1.68
73533828--73534050	40	5.6	40	84	3	218	24	21	27	26	1.99
73533903--73534085	79	2.3	80	80	1	208	25	20	27	26	1.99
73540308--73540555	72	3.4	72	92	2	417	34	16	18	31	1.93
73540434--73540677	122	2.0	125	86	4	343	36	18	14	30	1.90
73540559--73540969	72	5.7	72	87	3	542	34	19	15	31	1.92
73540559--73540969	145	2.8	142	88	5	567	34	19	15	31	1.92
73553079--73553105	11	2.5	11	100	0	54	33	18	18	29	1.95
73564300--73564361	32	1.9	32	100	0	124	29	33	9	27	1.88
73569088--73569114	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
73570656--73570689	15	2.3	15	100	0	68	32	23	14	29	1.94
73572399--73572467	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
73572399--73572467	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
73575113--73575222	33	3.3	33	71	15	93	32	10	16	40	1.81
73575169--73575373	51	4.0	51	98	1	385	28	8	18	44	1.78
73576726--73576912	76	2.5	76	100	0	374	40	22	11	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73585016--73585045	14	2.1	14	100	0	60	33	6	20	40	1.78
73586817--73586860	23	1.9	23	95	0	79	13	25	4	56	1.56
73586859--73586938	28	2.9	28	80	10	92	25	26	15	33	1.95
73592450--73592500	20	2.4	21	83	12	68	66	0	33	0	0.92
73594774--73594919	41	3.6	41	82	4	188	34	20	19	26	1.96
73602817--73602917	41	2.5	41	90	1	159	36	20	16	25	1.94
73606111--73606181	36	2.0	36	91	0	115	25	12	15	46	1.81
73606110--73606166	19	3.1	19	71	19	66	24	12	17	45	1.83
73606386--73606480	48	2.0	48	89	0	145	18	16	22	42	1.89
73612289--73612327	16	2.4	16	91	4	60	41	5	33	20	1.74
73612303--73612398	44	2.1	46	88	7	144	31	4	29	35	1.76
73612555--73612589	18	2.0	17	88	5	52	54	2	0	42	1.15
73612544--73612838	61	4.9	61	72	12	259	50	4	1	44	1.29
73612544--73612838	120	2.5	120	98	0	572	50	4	1	44	1.29
73618504--73618816	160	2.0	160	93	0	536	47	15	23	14	1.81
73620599--73620658	31	2.0	31	93	6	106	38	3	13	45	1.60
73623449--73623508	29	2.1	29	96	0	111	46	5	8	40	1.56
73632728--73632793	29	2.3	29	83	0	78	21	21	22	34	1.96
73635732--73635774	23	1.9	22	85	4	59	65	6	6	20	1.41
73640709--73641076	184	2.0	184	98	0	709	30	20	12	36	1.90
73641055--73641578	262	2.0	262	98	0	1012	31	24	8	35	1.85
73642141--73642363	119	1.9	120	82	6	283	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73642122--73642365	40	6.1	40	83	6	273	26	27	21	24	1.99
73645636--73645749	57	2.0	57	96	0	210	23	20	18	37	1.94
73648599--73648675	38	2.0	38	97	0	145	24	35	12	27	1.92
73649334--73649511	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
73649334--73649511	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
73667335--73667440	56	1.9	56	92	3	178	39	25	19	15	1.91
73681767--73681809	15	2.9	15	92	0	68	16	13	13	55	1.69
73685127--73685205	27	2.9	27	98	0	149	30	7	17	44	1.77
73690628--73690720	28	3.3	28	92	3	152	35	27	6	30	1.82
73690826--73690915	28	3.2	27	82	7	110	20	25	22	32	1.98
73690826--73690915	27	3.2	28	81	7	112	20	25	22	32	1.98
73695272--73695366	40	2.4	39	79	10	104	27	26	16	29	1.97
73705562--73705948	49	8.0	49	96	2	719	31	29	7	32	1.85
73705558--73705948	96	4.1	96	97	2	705	30	29	7	31	1.85
73707380--73707404	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
73709846--73709961	40	2.9	40	85	0	133	25	30	21	23	1.99
73710394--73710472	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
73710454--73710556	43	2.4	43	98	0	197	26	34	15	23	1.94
73712410--73712485	37	2.1	37	92	0	125	26	34	18	21	1.96
73712608--73712727	47	2.5	47	83	2	141	29	30	7	32	1.85
73712930--73713231	150	2.0	150	99	0	595	27	22	10	39	1.88
73714292--73714316	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73717320--73717398	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
73717380--73717740	43	8.4	43	99	0	713	27	34	14	23	1.93
73719592--73719667	37	2.1	37	92	0	125	26	34	18	21	1.96
73719788--73720003	47	4.6	47	88	1	297	29	30	7	32	1.86
73725523--73725556	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
73726927--73726953	12	2.2	12	100	0	54	14	14	0	70	1.17
73730753--73730807	22	2.3	23	81	12	67	56	7	1	34	1.38
73739693--73739747	25	2.1	25	87	12	76	67	3	0	29	1.08
73741361--73742032	132	5.1	132	90	0	1013	25	23	21	30	1.99
73741732--73741938	44	4.7	44	66	12	111	24	24	19	31	1.98
73741797--73742427	316	2.0	316	100	0	1262	28	21	19	31	1.97
73743346--73743497	78	1.9	79	90	1	243	12	28	13	45	1.79
73754466--73754520	25	2.1	25	87	12	76	67	3	0	29	1.08
73760264--73760409	42	3.5	42	81	6	161	34	24	17	22	1.96
73760390--73760464	26	2.9	26	91	0	123	26	36	20	17	1.94
73760441--73760629	41	4.6	41	89	0	279	26	23	18	31	1.97
73760959--73761019	30	2.1	29	81	9	70	34	22	4	37	1.76
73776141--73776187	19	2.5	20	86	6	62	42	10	21	25	1.85
73778143--73778225	26	3.2	26	76	8	73	65	8	6	20	1.42
73779237--73779276	20	2.0	21	85	5	55	10	22	17	50	1.76
73781781--73781844	21	2.9	21	73	15	58	43	3	6	46	1.44
73795351--73795600	28	8.9	28	92	1	385	26	12	26	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73805422--73805471	24	2.1	24	81	7	57	20	24	10	46	1.81
73805490--73805552	33	1.9	33	83	6	83	23	15	7	52	1.69
73819777--73819983	44	4.5	44	71	13	164	30	17	19	31	1.96
73819919--73820136	44	4.7	44	69	13	150	29	20	22	27	1.99
73819775--73820141	143	2.6	142	85	1	466	31	18	20	28	1.97
73821745--73821784	15	2.7	15	85	11	55	30	10	0	60	1.30
73821745--73821785	16	2.6	16	88	7	57	29	12	0	58	1.34
73821900--73821946	22	2.1	22	88	4	67	17	2	4	76	1.04
73823269--73823305	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
73826174--73826222	23	2.1	23	92	7	82	51	16	4	28	1.63
73828426--73828455	11	2.7	11	94	0	51	50	6	20	23	1.71
73838667--73838913	50	4.8	50	81	6	239	22	27	21	28	1.99
73845075--73845207	50	2.7	49	80	4	151	22	29	21	26	1.99
73849019--73849229	84	2.5	84	96	0	377	35	24	17	22	1.95
73848978--73849229	42	6.0	42	80	8	269	35	25	17	22	1.95
73849229--73849376	50	3.0	49	78	6	154	27	28	19	25	1.99
73850018--73850626	304	2.0	304	100	0	1218	31	19	11	37	1.87
73852259--73852325	33	2.0	33	97	0	125	46	25	8	19	1.79
73860066--73860135	25	2.8	25	77	12	72	44	17	11	27	1.82
73863720--73863774	24	2.3	24	81	6	58	69	1	0	29	0.99
73866221--73866273	10	5.2	10	78	17	56	50	0	3	45	1.19
73866172--73866282	31	3.4	31	80	7	123	53	0	3	43	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73866235--73866293	23	2.5	24	75	13	59	55	0	5	38	1.22
73877471--73877502	16	1.9	17	93	6	57	81	0	3	15	0.82
73882767--73882827	25	2.4	25	83	0	68	39	16	21	22	1.92
73883886--73883939	5	11.0	5	98	2	101	40	0	0	59	0.98
73884926--73885040	22	5.1	22	72	8	88	16	23	19	40	1.90
73884915--73885040	47	2.7	47	87	6	179	16	23	19	41	1.90
73887020--73887073	16	3.0	19	73	15	60	46	18	0	35	1.50
73888783--73888821	18	2.2	18	90	0	60	61	7	7	23	1.49
73888914--73888960	17	2.8	17	90	3	69	42	6	0	51	1.27
73888923--73888967	17	2.6	17	89	3	54	42	8	0	48	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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