genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86092049--86092082	8	4.2	8	88	11	52	26	8	2	61	1.40
86092113--86092157	23	2.0	23	86	0	63	17	2	11	68	1.29
86092295--86092607	109	2.9	109	92	0	511	30	15	19	34	1.93
86093671--86093703	6	5.7	6	96	3	59	51	12	0	36	1.39
86098498--86098614	30	3.9	29	77	11	94	44	3	21	30	1.69
86098513--86098614	30	3.4	30	83	2	125	44	3	21	30	1.70
86098612--86098648	17	2.2	17	95	0	65	18	0	0	81	0.70
86106038--86106103	32	2.3	28	82	15	73	24	3	19	53	1.60
86116792--86116849	24	2.4	23	81	13	64	43	0	1	55	1.10
86116805--86116855	24	2.3	21	76	23	52	39	0	1	58	1.09
86119467--86119500	15	2.3	15	89	0	50	58	8	14	17	1.61
86120128--86120191	30	2.1	31	82	5	76	43	7	10	37	1.69
86121721--86122035	129	2.5	129	86	3	431	23	19	23	33	1.97
86126015--86126043	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
86126440--86126479	16	2.5	17	80	11	50	20	0	7	72	1.08
86131598--86131701	54	1.9	54	98	0	199	39	18	23	19	1.92
86144252--86144320	34	2.0	34	100	0	138	40	14	20	24	1.90
86144628--86144657	6	5.0	6	100	0	60	33	50	16	0	1.46
86146469--86146508	20	2.1	19	85	4	53	60	0	10	30	1.30
86151157--86151212	19	2.9	19	71	10	51	17	0	5	76	0.96
86151766--86151831	26	2.4	27	78	12	73	36	3	0	60	1.12
86152869--86152901	16	2.1	16	88	11	50	42	0	9	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86153416--86153460	22	2.0	22	100	0	90	22	28	13	35	1.92
86153850--86153882	17	1.9	17	93	0	57	51	0	6	42	1.26
86156590--86156620	5	6.2	5	100	0	62	19	38	19	22	1.93
86157264--86157326	30	2.1	30	87	0	90	26	3	14	55	1.54
86158629--86158754	28	4.5	28	89	0	180	30	12	26	30	1.93
86159925--86159971	23	2.1	23	88	4	69	25	14	12	46	1.80
86161273--86161303	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
86164653--86164727	18	4.2	18	85	0	105	33	16	24	26	1.95
86171097--86171133	10	3.5	11	85	14	51	56	0	2	40	1.13
86172378--86172410	16	2.1	16	88	11	50	42	0	9	48	1.35
86173326--86173358	17	1.9	17	93	0	57	51	0	6	42	1.26
86177070--86177132	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
86178076--86178126	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
86178865--86178894	15	1.9	15	93	6	51	43	3	0	53	1.17
86179792--86179832	16	2.3	18	84	12	50	17	7	0	75	1.02
86183066--86183103	19	2.0	20	89	5	60	34	5	13	47	1.65
86184520--86184553	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
86189332--86189366	13	2.5	15	90	9	56	51	0	0	48	1.00
86189305--86189381	35	2.2	35	78	15	81	53	0	2	44	1.14
86189484--86189519	17	2.1	17	89	0	54	44	0	0	55	0.99
86189636--86189682	20	2.4	21	79	13	64	25	8	4	61	1.43
86193117--86193180	29	2.3	28	81	10	69	57	0	6	35	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86201100--86201173	37	2.0	37	100	0	148	29	27	16	27	1.97
86203090--86203125	16	2.1	16	90	10	54	55	0	0	44	0.99
86203702--86203737	16	2.1	16	90	10	54	44	0	0	55	0.99
86214789--86214835	25	1.9	24	83	12	60	31	6	2	59	1.34
86218677--86218873	98	2.0	98	92	0	331	37	24	9	28	1.87
86220323--86220435	19	5.8	19	91	4	190	37	15	9	38	1.80
86220323--86220434	40	2.8	40	97	2	210	37	14	9	38	1.79
86220316--86220435	59	2.1	56	90	6	188	37	15	9	38	1.79
86220485--86220542	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
86220754--86220785	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
86220880--86221064	50	3.7	50	99	0	361	26	23	32	16	1.96
86222573--86222675	44	2.3	44	80	15	115	33	21	14	31	1.93
86222625--86223158	132	4.0	132	93	0	915	29	23	17	29	1.97
86222593--86223082	44	11.1	44	64	8	140	30	22	18	29	1.97
86228050--86228267	98	2.2	98	100	0	436	34	26	11	28	1.90
86228957--86229154	72	2.8	71	76	10	208	26	20	24	28	1.99
86229976--86230017	13	3.3	13	80	6	50	16	2	30	50	1.58
86230146--86230234	14	6.4	14	71	11	58	21	1	30	47	1.58
86230149--86230230	21	3.9	19	74	13	56	21	1	30	46	1.59
86230669--86230908	115	2.1	116	89	3	378	30	18	19	31	1.96
86230770--86231480	261	2.7	261	92	2	1151	27	18	21	32	1.96
86238326--86238396	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86238620--86238653	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
86238720--86239051	42	7.9	41	81	4	189	28	20	20	30	1.98
86238720--86238882	40	3.9	40	79	7	146	31	20	20	26	1.98
86238809--86239095	42	6.8	42	87	4	409	24	21	20	33	1.97
86238722--86239095	84	4.5	83	87	3	464	27	20	20	31	1.98
86239917--86240101	43	4.3	43	87	2	257	21	18	28	31	1.97
86239910--86240101	85	2.3	87	86	4	275	21	19	28	31	1.97
86240357--86240555	41	4.9	41	80	4	206	23	18	26	32	1.97
86240357--86240555	81	2.4	83	82	7	230	23	18	26	32	1.97
86241105--86241158	21	2.6	21	80	11	65	24	0	40	35	1.55
86241101--86241174	14	5.1	14	71	14	53	24	0	40	35	1.55
86241263--86241308	7	6.6	7	84	0	65	21	0	52	26	1.47
86250431--86250475	24	1.9	23	82	13	56	28	6	2	62	1.33
86255518--86255581	31	2.1	31	87	0	92	37	10	7	43	1.69
86259569--86259646	39	2.0	39	94	0	138	48	10	29	11	1.72
86261359--86261729	42	8.8	42	92	1	600	33	21	21	23	1.97
86269349--86269388	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
86269915--86269944	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
86271258--86271309	27	1.9	27	88	0	77	50	9	0	40	1.35
86271377--86271413	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
86272313--86272571	82	3.2	82	97	0	482	35	19	15	29	1.92
86274432--86274513	29	2.9	27	78	8	83	39	2	6	52	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86274697--86274968	43	6.3	43	84	3	271	28	33	18	20	1.96
86274697--86274906	85	2.4	86	84	1	260	27	34	18	19	1.95
86274719--86274948	85	2.7	84	79	5	237	26	33	18	21	1.97
86277433--86277480	7	7.0	7	83	4	53	31	54	2	12	1.49
86278008--86278257	41	6.1	41	88	1	367	28	30	19	21	1.98
86280184--86280222	18	2.1	19	85	4	53	66	0	0	33	0.92
86281227--86281256	14	2.1	14	93	0	51	46	6	30	16	1.73
86286229--86286332	39	2.6	39	87	1	136	26	28	20	24	1.99
86286194--86286411	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
86286343--86286420	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
86301682--86301719	18	2.1	18	100	0	76	39	10	0	50	1.37
86301912--86301979	28	2.4	28	82	7	75	48	8	4	38	1.54
86301942--86302007	28	2.4	28	84	5	80	46	10	9	33	1.70
86301938--86301995	28	2.1	28	90	6	91	46	10	8	34	1.69
86302024--86302136	32	3.5	34	73	20	107	39	16	2	40	1.63
86302026--86302105	36	2.2	37	84	10	103	37	17	2	42	1.63
86303112--86303151	19	2.1	19	85	0	53	65	7	20	7	1.43
86303445--86303575	65	2.0	65	98	0	253	27	23	10	38	1.88
86304164--86304271	51	2.1	51	84	6	148	45	15	6	32	1.72
86304241--86304273	17	1.9	17	93	0	57	51	15	6	27	1.66
86309351--86309395	23	2.0	21	84	16	56	40	6	0	53	1.27
86309324--86309394	31	2.3	31	83	13	85	40	5	0	53	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86311326--86311399	28	2.6	28	89	8	123	27	35	13	24	1.93
86319587--86319615	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
86325453--86325486	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
86328692--86328747	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
86328681--86328747	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
86328797--86329781	24	41.0	24	98	0	1873	29	21	20	28	1.98
86337820--86337886	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
86337936--86338920	24	41.0	24	98	0	1900	29	20	20	28	1.98
86339561--86339586	12	2.2	12	100	0	52	26	0	7	65	1.20
86349217--86349290	28	2.6	28	82	16	107	27	35	13	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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