genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22680839--22680898	30	2.0	30	96	0	111	36	35	0	28	1.58
22681843--22681903	10	6.0	10	72	11	52	60	1	3	34	1.23
22681845--22681898	20	2.6	21	80	8	67	62	0	3	33	1.12
22682334--22682403	31	2.3	31	80	5	79	24	7	1	67	1.24
22685886--22685929	23	1.9	23	86	9	63	40	6	13	38	1.71
22686013--22686062	25	2.0	25	96	0	91	34	20	22	24	1.97
22711798--22712007	45	4.8	45	78	10	195	30	27	16	24	1.97
22721555--22721624	19	4.1	18	70	22	60	22	2	20	54	1.58
22721555--22721627	32	2.3	32	81	9	87	24	2	19	53	1.58
22727149--22727277	47	2.7	48	83	8	156	27	17	30	25	1.97
22730620--22730853	56	4.2	56	84	1	299	34	22	14	29	1.93
22730620--22730853	112	2.1	112	88	1	344	34	22	14	29	1.93
22730813--22731008	43	4.5	43	87	1	275	30	25	15	28	1.96
22731129--22731280	43	3.5	43	89	1	216	30	25	17	26	1.97
22730843--22731411	285	2.0	285	92	3	939	28	25	17	29	1.97
22734654--22734862	89	2.3	89	86	1	285	36	18	21	23	1.95
22736216--22736269	12	4.5	11	80	11	54	74	0	1	24	0.92
22755188--22755233	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
22757554--22757599	6	7.3	6	83	9	56	76	0	2	21	0.90
22757554--22757610	19	2.9	19	82	7	62	75	1	1	21	0.98
22762263--22762344	28	2.9	28	87	0	110	29	25	10	34	1.90
22766391--22766463	35	2.1	35	89	5	112	34	20	15	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22768197--22768227	13	2.4	13	94	0	53	16	32	32	19	1.94
22774408--22774446	6	6.5	6	100	0	78	0	15	0	84	0.62
22774394--22774486	12	7.8	12	80	6	64	11	8	1	78	1.01
22774413--22774458	18	2.6	18	89	0	65	4	10	2	82	0.89
22774394--22774486	6	15.5	6	81	8	55	11	8	1	78	1.01
22786739--22786866	68	1.9	69	90	1	204	51	3	3	40	1.39
22786839--22786882	17	2.5	17	82	14	54	52	0	2	45	1.13
22790014--22790072	25	2.4	24	83	10	75	16	8	6	67	1.38
22795016--22795194	48	3.7	47	78	3	178	32	26	18	21	1.97
22802258--22802448	48	4.0	48	76	4	125	32	26	16	23	1.96
22807460--22807529	22	3.4	21	66	29	53	30	14	24	31	1.94
22807464--22807543	40	2.0	40	97	0	151	32	13	25	28	1.94
22808224--22808261	12	3.1	12	88	11	51	60	0	26	13	1.33
22813677--22813747	21	3.3	21	64	21	56	50	15	4	29	1.63
22814197--22814283	46	1.9	45	88	2	129	54	10	3	32	1.51
22814854--22814928	31	2.4	31	86	0	96	40	6	9	44	1.63
22816771--22816810	3	13.3	3	89	0	62	5	0	27	67	1.11
22819010--22819054	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
22823606--22823650	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
22827453--22827582	64	2.0	64	100	0	260	38	12	4	44	1.63
22837221--22838165	52	18.2	52	96	1	1740	34	15	23	27	1.94
22838128--22838237	37	3.0	37	89	2	170	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22853389--22853426	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
22859967--22860023	18	3.1	18	76	14	71	43	3	0	52	1.18
22861420--22861487	34	2.0	33	91	2	109	35	10	20	32	1.86
22861937--22862016	23	3.5	22	83	8	97	33	17	15	33	1.91
22864047--22864079	2	17.0	2	87	6	50	54	0	0	45	0.99
22865290--22865337	19	2.6	19	80	3	53	47	6	0	45	1.27
22870076--22870396	46	6.8	47	71	12	171	27	18	29	24	1.98
22879159--22879197	20	2.1	19	85	9	53	51	17	28	2	1.59
22887761--22887859	27	3.7	27	81	5	94	40	18	12	29	1.86
22887856--22888038	27	6.8	27	87	3	226	28	24	7	39	1.81
22887856--22888038	80	2.3	81	87	2	253	28	24	7	39	1.81
22887799--22888239	27	16.3	27	77	7	126	35	21	8	34	1.84
22887856--22888065	80	2.6	80	83	2	197	30	22	7	39	1.82
22888017--22888268	81	3.1	79	73	8	204	37	21	9	31	1.86
22888031--22888268	54	4.4	55	77	6	198	38	20	10	31	1.85
22888017--22888245	27	8.4	27	78	5	158	37	20	9	32	1.84
22889410--22889457	25	1.9	25	86	0	69	37	22	14	25	1.92
22889500--22889540	20	2.0	20	95	0	73	34	9	21	34	1.87
22889591--22889755	23	7.1	23	90	1	258	27	19	21	31	1.97
22889590--22889755	46	3.6	47	93	3	291	28	19	21	31	1.97
22889970--22890050	31	2.6	30	82	9	99	33	17	24	24	1.96
22893538--22893586	21	2.3	21	85	0	62	26	40	22	10	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22903283--22903318	18	2.0	18	100	0	72	38	0	22	38	1.54
22903854--22904030	27	6.5	27	81	3	176	25	15	29	28	1.96
22903854--22904009	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	28	1.96
22903850--22904030	82	2.2	81	81	2	211	26	16	28	28	1.97
22909681--22909912	49	4.7	49	80	3	266	30	26	17	26	1.97
22911811--22911871	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
22920463--22921498	47	22.0	47	97	1	1912	31	10	31	25	1.90
22921490--22921613	46	2.7	46	89	0	185	34	9	30	25	1.88
22921796--22921906	37	3.0	37	90	0	177	21	18	29	29	1.97
22926414--22926527	43	2.7	41	78	6	120	29	25	17	27	1.97
22928045--22928086	20	2.2	19	87	12	59	16	19	0	64	1.30
22928692--22928783	25	3.7	25	79	2	105	35	17	21	25	1.95
22930522--22930744	111	2.0	111	96	0	410	26	11	25	36	1.90
22939756--22939812	30	1.9	30	82	3	71	35	12	22	29	1.91
22939764--22939820	30	1.9	30	85	0	78	35	12	24	28	1.91
22940159--22940374	93	2.3	93	99	0	423	25	17	31	25	1.97
22940157--22940374	46	4.7	44	81	15	246	26	16	31	25	1.97
22959134--22959248	27	4.3	26	84	5	131	39	22	20	18	1.93
22959352--22959414	28	2.3	28	91	2	101	28	7	28	34	1.85
22963461--22963520	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
22972933--22972962	16	1.9	15	93	6	51	46	23	26	3	1.68
22973380--22973486	27	4.0	26	85	8	135	18	24	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22973380--22973486	54	2.0	53	90	1	169	18	24	21	35	1.96
22975993--22976150	48	3.3	48	92	0	280	33	27	5	34	1.79
22981751--22981853	37	2.8	37	90	0	161	25	32	19	23	1.98
22981994--22982562	48	11.9	48	97	0	1057	30	28	6	34	1.82
22989907--22990007	27	3.7	26	85	6	112	36	21	21	19	1.95
22990125--22990177	25	2.1	26	92	3	90	28	7	26	37	1.83
22994727--22994756	15	2.0	15	93	0	51	23	0	33	43	1.54
22996472--22996688	27	8.1	26	73	10	118	36	21	10	31	1.87
22996598--22996711	27	4.2	27	82	4	131	42	21	7	29	1.79
22996825--22996898	27	2.7	27	76	12	71	39	21	18	20	1.93
22997712--22997781	25	2.8	25	86	0	95	27	21	22	28	1.99
22997994--22998076	31	2.7	31	87	3	125	28	14	26	30	1.95
23001283--23001762	123	3.9	123	95	0	827	18	25	16	39	1.92
23001263--23001803	41	13.2	41	79	3	455	19	24	16	38	1.92
23007876--23008094	48	4.6	48	87	0	294	26	18	29	26	1.98
23011173--23011209	18	2.1	18	100	0	74	27	29	10	32	1.90
23019244--23019465	110	2.0	111	98	1	428	36	7	25	30	1.83
23019676--23019991	159	2.0	159	97	0	596	37	10	22	29	1.88
23020310--23020520	104	2.0	104	98	0	404	32	11	19	36	1.88
23021062--23021284	40	5.6	40	80	8	224	21	21	28	27	1.99
23021062--23021284	80	2.8	79	86	5	290	21	21	28	27	1.99
23036489--23036866	193	2.0	191	91	3	616	35	21	15	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23038315--23038417	51	2.0	51	96	0	188	27	11	18	42	1.85
23047033--23047342	47	6.6	47	89	1	458	32	8	29	29	1.87
23063315--23063362	24	2.0	24	84	4	62	25	2	43	29	1.66
23081736--23081788	27	2.0	27	92	0	88	49	7	16	26	1.73
23081995--23082037	15	2.9	15	82	0	59	55	0	2	41	1.12
23082570--23082598	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
23085556--23085650	47	2.0	47	95	0	172	33	28	17	20	1.95
23088080--23088106	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
23089069--23089192	45	2.8	45	88	2	178	29	28	21	20	1.98
23089185--23089393	38	5.5	38	93	0	355	32	26	22	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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