genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76747009--76747076	29	2.4	29	92	2	111	42	11	0	45	1.40
76746944--76747083	34	4.4	32	82	10	153	44	13	0	42	1.44
76753487--76753602	54	2.2	54	84	9	159	44	6	19	28	1.76
76754410--76754434	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
76754593--76754672	9	8.9	9	92	0	124	35	26	10	28	1.89
76754674--76754785	37	3.0	37	94	0	197	47	13	6	33	1.68
76754700--76754763	20	3.3	20	70	12	62	45	15	6	32	1.71
76754683--76754780	17	5.4	17	65	13	52	51	12	5	31	1.61
76758353--76758381	13	2.2	13	100	0	58	24	6	13	55	1.63
76758367--76758460	44	2.1	45	96	2	172	20	3	34	42	1.68
76760935--76760977	21	2.0	21	86	0	59	16	23	23	37	1.94
76762448--76762501	27	2.0	27	96	0	99	18	14	27	38	1.90
76764019--76764046	14	2.0	14	100	0	56	7	21	0	71	1.09
76764037--76764107	26	2.8	27	75	10	69	14	25	5	54	1.61
76766867--76767294	219	2.0	217	96	0	793	35	21	9	33	1.85
76773976--76774046	24	3.0	24	66	6	63	21	22	21	35	1.96
76774025--76774084	25	2.5	24	77	2	66	15	30	21	33	1.94
76776428--76776489	26	2.3	27	83	2	81	40	9	14	35	1.79
76776443--76776499	26	2.2	26	84	6	71	43	7	15	33	1.74
76783340--76783737	158	2.5	159	95	1	710	22	19	22	35	1.96
76785632--76785742	49	2.4	47	80	11	122	28	15	8	47	1.73
76791594--76791624	14	2.2	14	94	0	53	19	0	38	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76791668--76791805	70	2.0	70	94	0	240	31	0	20	48	1.50
76791972--76792051	15	5.4	14	76	15	63	20	0	46	33	1.51
76791969--76792051	38	2.2	36	83	10	105	19	0	46	33	1.50
76791969--76792052	7	11.4	7	77	14	71	19	0	46	34	1.50
76792086--76792110	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
76792861--76793520	355	1.9	350	84	5	900	34	14	19	31	1.92
76793868--76793915	14	3.7	14	71	21	50	20	39	0	39	1.53
76793872--76793930	24	2.5	24	91	2	102	27	40	0	32	1.56
76794771--76794815	19	2.3	19	85	11	56	44	0	2	53	1.13
76794877--76794997	12	10.1	12	72	19	67	50	15	0	33	1.45
76794875--76794946	21	3.3	21	76	16	74	50	13	0	36	1.43
76794898--76794964	23	2.9	23	84	4	89	50	8	0	40	1.34
76794821--76795023	96	2.1	95	93	1	343	49	15	0	34	1.45
76794854--76795233	52	7.3	49	69	21	238	47	18	0	33	1.54
76794994--76795023	12	2.6	11	90	10	51	46	10	0	43	1.37
76794849--76795043	96	2.0	97	93	3	331	49	15	0	34	1.46
76794879--76795040	32	5.0	32	70	21	115	48	16	0	35	1.46
76795068--76795143	16	4.6	16	79	6	89	50	22	0	27	1.50
76795040--76795385	9	40.9	9	66	21	128	45	19	1	32	1.61
76795040--76795150	25	4.4	25	73	8	100	46	23	1	27	1.62
76795129--76795272	52	2.7	51	81	13	141	45	17	0	36	1.53
76795192--76795216	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76795117--76795240	61	2.0	62	81	10	148	47	17	0	33	1.54
76795201--76795243	12	4.0	11	80	14	54	46	11	0	41	1.40
76795192--76795267	32	2.3	31	82	15	89	43	14	0	42	1.45
76794921--76795371	220	2.1	218	92	3	753	46	19	1	33	1.57
76795260--76795372	25	4.5	25	84	0	145	46	20	1	31	1.61
76795260--76795382	50	2.4	50	87	2	174	44	21	2	31	1.65
76797792--76797850	21	2.8	21	94	0	100	32	15	45	6	1.72
76798202--76798437	43	5.5	43	83	5	282	21	20	31	26	1.98
76798497--76798540	22	2.0	22	90	0	70	43	25	20	11	1.85
76799494--76799526	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
76800181--76800260	27	3.0	27	90	1	126	20	22	35	22	1.96
76800315--76800368	22	2.5	21	88	5	90	66	1	31	0	1.02
76805224--76805461	22	11.0	22	72	17	171	55	12	0	31	1.40
76805227--76805327	49	2.1	49	92	0	166	52	11	0	34	1.45
76805635--76805664	3	10.3	3	92	7	53	0	33	0	66	0.92
76805627--76805665	14	2.8	15	92	7	57	0	33	0	66	0.92
76805631--76805675	17	2.7	17	89	3	65	0	37	0	62	0.96
76805642--76805681	14	2.9	14	88	0	53	0	45	0	55	0.99
76805633--76805690	17	3.6	16	75	15	57	0	41	0	58	0.98
76811886--76811922	17	2.1	18	90	5	58	37	5	10	45	1.62
76814895--76814952	27	2.1	28	84	9	75	60	13	8	17	1.58
76817641--76817746	42	2.5	42	80	3	124	25	14	23	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76817834--76817947	24	4.8	24	72	16	85	31	20	22	25	1.98
76817833--76817947	48	2.4	48	78	8	128	32	20	22	25	1.98
76819070--76819099	15	2.0	15	100	0	60	46	13	20	20	1.83
76821285--76821333	26	2.0	24	84	11	64	61	12	10	16	1.57
76824856--76824907	24	2.2	24	86	6	70	46	5	32	15	1.70
76828789--76828849	26	2.3	26	83	5	79	39	14	13	32	1.85
76830553--76830582	14	2.2	13	94	5	51	46	6	0	46	1.29
76838678--76838731	20	2.7	20	82	0	63	48	0	25	25	1.52
76841395--76841437	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
76841675--76841715	21	2.0	21	95	0	73	31	53	14	0	1.41
76844935--76845199	126	2.1	126	84	6	349	27	16	18	38	1.91
76845445--76845509	29	2.3	28	89	5	105	50	21	0	27	1.49
76846743--76846774	4	8.0	4	92	0	55	0	71	0	28	0.86
76846744--76846782	12	3.2	12	88	0	60	0	66	0	33	0.92
76846744--76846787	12	3.7	12	87	0	52	0	63	0	36	0.95
76846801--76847034	99	2.4	94	90	5	301	29	40	16	13	1.86
76846827--76847034	99	2.1	99	95	0	371	31	39	15	12	1.85
76855913--76855956	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
76856053--76856089	9	4.1	9	100	0	74	56	10	0	32	1.34
76856021--76856223	68	2.8	77	83	14	302	44	9	5	39	1.61
76856062--76856241	68	2.7	68	94	1	319	46	8	5	40	1.57
76856130--76856157	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76856230--76856271	16	2.6	16	92	0	66	42	7	0	50	1.30
76856245--76856300	23	2.5	23	82	2	69	44	1	0	53	1.11
76856062--76856263	68	3.1	66	88	7	274	46	8	4	40	1.55
76860382--76860465	44	1.9	43	92	2	141	34	8	39	17	1.80
76862548--76862594	22	2.1	23	84	4	60	31	2	0	65	1.04
76866475--76866516	22	1.9	22	90	0	66	52	0	4	42	1.22
76870833--76870890	19	3.4	19	68	26	65	39	10	5	44	1.61
76873243--76873283	21	2.0	21	90	0	64	63	4	0	31	1.15
76875209--76875278	36	1.9	36	88	11	108	10	4	28	57	1.50
76875524--76875567	22	2.0	22	90	0	70	9	13	27	50	1.72
76875598--76875810	43	5.0	43	87	1	322	23	29	18	28	1.98
76878773--76878873	28	3.6	28	87	1	150	34	11	21	31	1.90
76879578--76879852	23	11.7	24	72	11	178	26	13	16	44	1.84
76879576--76879905	70	4.7	70	85	2	383	27	12	16	43	1.84
76884433--76884705	25	11.0	25	75	12	167	32	2	19	45	1.63
76884449--76884530	34	2.4	34	89	0	119	26	1	25	46	1.60
76884433--76884710	9	32.3	9	72	15	178	32	2	19	45	1.63
76884558--76884765	34	6.3	34	70	19	129	37	1	15	45	1.56
76884631--76884741	30	3.6	29	74	21	100	37	0	14	46	1.51
76884617--76884765	64	2.3	65	87	5	214	38	0	14	46	1.50
76884680--76884787	48	2.2	48	87	6	148	38	0	12	47	1.49
76884890--76884948	30	1.9	31	93	3	102	40	5	13	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76890056--76890142	45	1.9	45	95	0	156	25	19	21	33	1.97
76892518--76892678	7	22.1	7	67	13	67	37	37	3	20	1.71
76892587--76892667	29	2.8	30	78	14	89	35	38	4	20	1.75
76892611--76892678	22	3.1	21	77	6	64	35	41	4	19	1.71
76892697--76892741	13	3.4	13	84	6	63	53	33	0	13	1.40
76893345--76893665	167	1.9	166	83	5	416	25	22	19	32	1.97
76896298--76896469	44	3.9	44	86	0	227	38	10	25	25	1.88
76896687--76896760	27	2.7	27	79	8	78	40	17	24	17	1.91
76899515--76899566	28	1.9	27	84	7	70	38	21	1	38	1.64
76899726--76899906	57	3.1	57	84	1	236	28	19	6	45	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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