genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11803392--11803453	31	2.0	31	87	0	88	41	16	16	25	1.88
11806739--11806920	93	2.0	92	84	7	244	24	20	30	24	1.98
11806738--11806960	49	4.7	48	75	9	172	26	20	30	23	1.99
11809758--11809941	67	2.8	64	76	11	187	28	17	30	22	1.97
11813132--11813192	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
11816634--11816973	39	8.6	39	87	4	440	25	22	27	25	2.00
11816686--11817006	78	4.1	79	88	4	332	26	21	27	25	1.99
11822226--11822270	14	3.3	14	80	20	51	57	8	8	24	1.57
11826722--11826752	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
11826719--11826758	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
11826942--11827090	49	2.9	52	85	7	187	21	24	16	36	1.94
11827031--11827297	134	2.0	134	98	0	516	24	26	12	36	1.91
11834252--11834282	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
11834249--11834288	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
11834475--11834620	49	2.8	52	85	6	181	21	24	16	37	1.93
11847961--11848050	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
11847961--11848075	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
11848514--11848552	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
11849890--11850068	49	3.7	49	84	1	225	24	26	20	29	1.99
11853092--11853242	27	5.6	27	85	1	176	24	15	29	30	1.95
11853091--11853242	55	2.8	55	84	2	182	24	15	29	30	1.96
11855683--11855856	85	2.1	85	98	1	341	30	20	28	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11862669--11862701	17	1.9	17	93	0	57	24	15	18	42	1.88
11865563--11865827	40	6.6	40	87	1	325	37	17	27	16	1.92
11865606--11865674	20	3.5	20	72	7	68	30	20	33	15	1.94
11865726--11865791	20	3.3	20	65	0	60	34	16	30	18	1.93
11865591--11865826	120	2.0	120	89	0	364	37	18	27	16	1.93
11872587--11872619	17	1.9	17	93	0	57	24	15	18	42	1.88
11873481--11873554	38	2.0	37	92	5	123	55	10	12	21	1.67
11874926--11875108	39	4.6	40	81	6	221	25	22	26	25	2.00
11874926--11875115	79	2.4	79	94	1	328	25	22	26	25	2.00
11874929--11875141	79	2.7	80	85	8	294	26	22	26	24	2.00
11879864--11879896	14	2.2	16	89	10	52	18	12	0	69	1.18
11882418--11882593	50	3.5	49	82	7	203	25	17	28	28	1.97
11882418--11882604	99	1.9	99	82	7	218	25	18	27	28	1.98
11885092--11885151	30	2.0	30	84	12	79	30	23	6	40	1.80
11892501--11892558	30	2.0	29	86	3	80	29	22	6	41	1.80
11893812--11894069	40	6.5	40	89	0	356	36	17	29	17	1.92
11893838--11894007	20	8.6	19	64	14	67	37	17	30	15	1.91
11893812--11894067	80	3.2	80	91	1	397	36	17	29	17	1.92
11893806--11894069	119	2.2	120	87	0	368	37	17	28	17	1.92
11895701--11895783	36	2.3	36	85	0	112	36	26	8	28	1.86
11896279--11896352	37	2.0	37	97	0	139	37	28	5	28	1.79
11896745--11896802	28	2.1	28	96	0	107	43	6	25	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11899955--11900029	20	3.8	20	87	6	102	36	9	18	36	1.83
11900079--11900208	52	2.6	51	91	4	203	29	22	20	27	1.99
11900079--11900214	26	5.3	26	84	3	172	28	22	22	27	1.99
11902421--11902524	53	2.0	53	84	0	136	20	25	17	37	1.93
11909721--11909825	53	2.0	53	83	3	131	22	24	15	37	1.93
11921351--11921489	51	2.7	51	83	2	145	25	15	29	29	1.96
11926850--11926901	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
11928671--11928738	28	2.4	28	85	0	91	33	8	26	30	1.87
11928676--11928749	28	2.6	28	80	0	76	36	8	22	32	1.84
11940564--11940672	56	1.9	56	96	0	200	30	23	3	42	1.72
11944862--11945087	50	4.5	49	83	7	258	30	25	17	26	1.97
11952361--11952443	26	3.3	26	64	24	68	33	24	14	27	1.94
11952934--11953988	216	4.9	216	98	0	2033	37	20	16	25	1.94
11958270--11958482	71	3.0	71	97	0	390	35	16	6	41	1.74
11959840--11959864	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
11963064--11963208	50	2.8	51	80	3	139	23	18	26	31	1.98
11966656--11966825	46	3.7	45	76	10	173	21	18	28	31	1.97
11969771--11969826	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
11972223--11972396	46	3.8	46	73	13	158	22	20	26	31	1.98
11972220--11972390	93	1.8	93	87	0	252	22	20	27	29	1.98
11975675--11975712	18	2.1	19	85	5	51	18	5	2	73	1.14
11979155--11979502	176	2.0	175	98	0	678	36	9	18	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11997877--11998096	37	5.9	37	88	4	327	25	29	19	25	1.98
11997882--11998107	74	3.1	74	97	0	416	25	29	18	26	1.98
11998237--11998578	48	7.1	48	91	4	544	30	27	6	35	1.81
12008424--12008646	94	2.4	94	80	7	238	27	19	28	24	1.98
12010140--12010460	46	6.8	47	74	14	204	27	15	31	25	1.96
12010100--12010310	46	4.6	45	78	11	180	28	15	29	26	1.96
12010149--12010310	45	3.5	44	82	10	175	27	14	30	27	1.95
12012104--12013105	41	24.5	41	97	1	1738	28	29	22	20	1.98
12013727--12014304	65	8.9	65	100	0	1156	36	17	14	32	1.89
12014581--12015063	242	2.0	242	99	0	957	44	22	9	24	1.82
12018601--12019117	132	3.9	134	82	3	543	34	17	19	28	1.95
12019460--12019489	14	2.1	14	93	0	51	56	6	16	20	1.62
12023273--12023316	20	2.2	20	83	0	52	38	15	2	43	1.60
12023366--12023413	21	2.2	21	82	10	53	33	14	0	52	1.42
12024893--12024932	8	5.1	8	93	6	73	47	0	25	27	1.52
12024897--12024929	15	2.2	15	100	0	66	51	0	24	24	1.48
12026272--12026340	34	2.0	34	97	0	129	24	2	28	43	1.69
12031190--12031330	68	2.1	69	94	1	248	32	7	19	40	1.79
12049967--12050144	45	4.0	45	79	6	177	30	26	17	25	1.98
12056960--12057123	40	4.1	40	84	3	213	28	28	20	22	1.99
12064753--12064808	25	2.2	25	84	6	78	33	3	1	60	1.24
12073356--12073535	49	3.7	49	75	8	177	27	18	26	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12078519--12078694	47	3.7	47	95	2	307	30	8	30	30	1.87
12078519--12078694	96	1.8	95	93	3	309	30	8	30	30	1.87
12078812--12078890	37	2.1	37	85	0	104	25	17	30	26	1.97
12081220--12081255	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
12083485--12083596	27	4.1	27	82	7	129	15	25	23	36	1.93
12083485--12083596	54	2.1	54	86	3	154	15	25	23	36	1.93
12094236--12094309	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
12094620--12094880	40	6.5	40	82	3	287	24	22	27	24	2.00
12100981--12101092	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
12100981--12101092	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
12107458--12107642	79	2.3	82	81	7	220	25	27	22	24	2.00
12107439--12107642	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
12114900--12115084	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
12114881--12115084	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
12116621--12116705	43	2.0	43	95	0	152	22	30	27	20	1.98
12136133--12136276	39	3.7	40	81	11	156	24	27	22	25	2.00
12149944--12150014	29	2.4	29	92	0	115	32	25	11	30	1.91
12153674--12153769	29	3.3	29	85	1	131	23	13	32	30	1.93
12161640--12161705	25	2.6	25	92	0	105	28	25	19	25	1.99
12161640--12161722	25	3.4	25	88	1	96	31	21	20	26	1.98
12168948--12168995	20	2.3	21	89	3	71	35	10	16	37	1.83
12169042--12169137	25	3.9	25	91	1	158	27	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12169042--12169150	25	4.4	24	86	6	130	29	23	21	25	1.99
12169054--12169162	50	2.2	50	81	6	123	26	25	22	25	2.00
12169383--12169447	31	2.1	32	88	5	98	30	15	24	29	1.96
12199437--12199675	118	2.0	118	98	0	460	29	38	12	18	1.88
12200187--12200329	29	5.0	29	76	4	121	26	30	12	30	1.93
12204781--12204928	29	5.2	29	80	4	149	26	31	14	27	1.95
12205003--12205041	9	4.3	9	86	0	60	12	38	20	28	1.89
12214765--12215022	40	6.5	40	84	2	315	23	22	26	26	2.00
12214766--12215022	120	2.2	119	85	2	354	23	22	26	26	2.00
12220895--12220981	27	3.2	27	86	3	113	36	19	22	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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