genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  1  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6907--6962	28	2.0	29	82	3	69	53	1	1	42	1.21
7721--7750	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
7901--7960	24	2.4	25	84	15	72	41	0	28	30	1.56
8104--8199	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
18372--18419	24	1.9	26	87	8	73	45	2	10	41	1.50
22838--22870	16	2.0	17	88	5	50	30	3	0	66	1.06
25969--26051	26	3.2	26	66	6	78	32	2	12	53	1.51
50887--50935	24	2.0	24	100	0	98	16	28	16	38	1.90
54983--55030	23	2.1	23	100	0	96	27	20	25	27	1.99
56312--56355	23	2.0	22	82	13	54	38	9	2	50	1.47
63387--63431	22	2.0	22	83	8	56	24	13	6	55	1.62
64694--64720	13	2.1	13	100	0	54	22	14	37	25	1.93
71797--71837	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
77824--77855	6	5.3	6	96	0	55	0	34	12	53	1.39
78272--78322	26	2.0	26	100	0	102	25	7	15	50	1.71
79359--79390	3	10.7	3	100	0	64	31	0	34	34	1.58
81665--81708	23	1.9	23	86	9	63	31	2	2	63	1.19
82939--82967	13	2.1	14	93	6	51	37	6	0	55	1.27
92957--92991	16	2.1	17	89	5	54	48	5	14	31	1.67
96531--96609	38	2.1	38	97	0	149	31	22	26	18	1.97
104501--104530	15	2.0	15	100	0	60	6	20	33	40	1.78
107844--107901	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108239--108480	50	4.7	50	84	4	279	26	24	29	19	1.99
108239--108488	100	2.4	103	86	6	346	26	24	29	20	1.99
114906--114953	22	2.2	22	85	7	62	58	10	0	31	1.32
129519--129552	17	2.0	17	88	11	52	44	0	2	52	1.16
140526--140574	24	2.0	25	88	4	73	30	0	6	63	1.19
142078--142145	34	2.0	34	97	0	127	54	8	10	26	1.63
150079--150106	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
152133--152179	19	2.4	21	76	23	57	46	4	6	42	1.48
155350--155398	23	2.1	23	84	0	62	57	4	6	32	1.42
162179--162207	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
166247--166305	27	2.2	27	87	0	82	20	23	32	23	1.98
170789--170834	21	2.2	21	96	0	83	10	6	13	69	1.35
171683--171716	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
174515--174555	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
176460--176493	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
184642--184666	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
199252--199298	18	2.5	19	79	6	51	55	0	0	44	0.99
199541--199579	17	2.2	19	86	9	55	35	0	0	64	0.94
207177--207213	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
221621--221660	20	2.0	20	85	9	55	32	10	17	40	1.83
229437--229467	16	2.0	15	93	6	53	70	0	3	25	1.02
231866--231899	16	2.1	16	88	0	50	44	23	2	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240512--240574	30	2.1	30	100	0	126	20	19	25	34	1.96
242082--242106	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
253072--253215	51	2.8	50	78	6	137	40	5	13	40	1.67
254771--254849	37	2.1	37	95	0	140	45	15	12	26	1.82
265059--265089	15	2.1	15	100	0	62	38	25	12	22	1.90
268398--268495	32	2.8	37	75	15	116	24	15	9	51	1.72
278477--278506	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
280724--280778	15	3.6	15	74	13	58	50	1	3	43	1.30
280717--280779	31	2.0	31	100	0	126	47	3	3	46	1.34
280717--280763	16	3.0	16	73	14	53	44	4	4	46	1.42
290231--290296	31	2.1	31	83	5	80	28	18	19	33	1.95
290305--290427	59	2.1	59	85	5	162	40	17	17	25	1.90
294934--294983	3	16.7	3	79	8	57	30	6	2	62	1.31
295420--295458	20	2.1	18	90	9	60	33	5	5	56	1.43
295422--295458	18	2.1	18	89	0	56	32	5	5	56	1.45
307846--308491	99	6.6	100	90	4	849	33	21	18	26	1.96
307846--308491	199	3.3	199	88	5	872	33	21	18	26	1.96
307846--308497	50	13.3	46	65	17	192	33	21	18	26	1.96
312886--313541	100	6.6	100	92	2	918	33	21	18	26	1.96
312886--313541	199	3.3	200	89	3	929	33	21	18	26	1.96
312878--313356	50	9.6	50	74	11	435	34	20	17	27	1.95
312878--313465	50	11.8	50	72	10	341	34	20	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315246--315306	3	20.3	3	83	6	79	31	4	1	62	1.26
315436--315515	35	2.2	36	80	12	94	36	8	2	52	1.46
315742--315780	20	2.1	19	85	9	53	30	7	5	56	1.49
322841--322884	23	2.0	23	95	4	81	47	6	0	45	1.29
330713--330764	25	2.1	25	85	7	70	30	5	3	59	1.39
334557--334620	29	2.2	31	83	13	82	29	1	6	62	1.29
336627--336684	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
336896--336927	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
337022--337317	50	5.8	50	90	3	450	25	22	31	19	1.98
337022--337317	103	2.9	100	91	3	450	25	22	31	19	1.98
348067--348102	16	2.3	16	90	4	56	55	2	0	41	1.14
357360--357425	31	2.1	31	85	0	87	42	7	15	34	1.75
360186--360240	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
372391--372595	108	1.9	108	89	2	322	30	17	12	40	1.86
380773--380823	23	2.2	22	80	10	57	60	3	3	31	1.33
395439--395470	11	2.8	12	90	9	50	21	37	6	34	1.79
396016--396094	18	4.4	18	85	0	104	30	20	15	34	1.93
400034--400086	11	4.9	11	86	4	72	20	47	1	30	1.61
400034--400087	22	2.5	22	87	3	83	20	46	3	29	1.68
405484--405551	31	2.2	31	94	2	118	38	14	5	41	1.70
407445--407539	48	2.0	48	85	0	127	23	18	21	36	1.95
414810--414908	6	16.5	6	100	0	198	50	16	0	33	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
424037--424076	20	2.0	20	90	0	62	27	10	20	42	1.83
425451--425482	16	2.0	16	93	0	55	46	25	15	12	1.81
430782--430839	28	2.0	29	86	3	82	48	10	24	17	1.78
431061--431095	18	1.9	18	100	0	70	65	28	0	5	1.15
431216--431300	36	2.4	36	100	0	170	54	10	10	24	1.66
431876--431903	13	2.2	13	100	0	56	7	50	14	28	1.69
432310--432357	22	2.2	22	82	14	55	27	6	0	66	1.15
432477--432553	30	2.6	30	80	10	86	36	2	5	55	1.36
432637--432673	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
432744--432783	20	2.1	18	86	9	53	35	0	5	60	1.19
433007--433076	37	1.9	35	81	18	81	30	12	0	57	1.36
436808--436843	14	2.6	14	100	0	72	25	16	11	47	1.79
444638--446165	72	20.7	74	83	9	1787	30	16	19	33	1.94
444953--446160	146	8.3	146	86	7	1450	31	16	19	32	1.94
447794--447821	13	2.2	13	100	0	56	7	50	14	28	1.69
448271--448363	24	4.0	23	76	14	84	33	2	6	58	1.36
448301--448372	12	6.2	12	70	15	53	33	1	8	56	1.38
448301--448364	22	2.7	23	80	11	60	34	0	7	57	1.27
448558--448594	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
448849--448918	37	1.9	35	81	18	81	30	12	0	57	1.36
451174--451200	11	2.5	11	100	0	54	0	25	7	66	1.17
452464--452504	20	2.0	20	90	0	64	48	12	12	26	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
456587--456618	16	2.0	16	100	0	64	18	12	31	37	1.88
458750--458777	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
459082--459145	27	2.4	26	75	17	60	45	0	3	51	1.17
460713--460847	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
475164--475195	16	2.0	16	100	0	64	18	12	25	43	1.85
476658--476718	30	2.1	30	87	6	90	63	1	1	32	1.13
482832--482871	20	2.0	20	85	9	55	55	25	17	2	1.55
490700--490738	12	3.2	12	85	0	51	76	12	0	10	1.01
492476--492790	44	7.2	44	66	11	196	28	23	23	25	2.00
492420--492900	88	5.5	88	91	2	695	28	22	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345