genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101087352--101087439	8	11.0	8	80	0	104	22	38	34	4	1.75
101094427--101094489	27	2.3	27	86	0	81	41	19	14	25	1.89
101094438--101094516	27	2.9	27	86	0	104	36	17	18	26	1.94
101095156--101095239	27	3.1	27	84	6	107	20	26	20	33	1.97
101097309--101097714	75	5.4	75	89	0	598	28	16	20	33	1.95
101099801--101099867	30	2.2	30	81	0	80	20	31	22	25	1.98
101103010--101103232	48	4.8	48	74	11	201	29	19	22	29	1.98
101107285--101107526	50	4.9	49	77	6	236	26	18	24	30	1.98
101114734--101114961	49	4.6	48	77	9	203	25	17	26	30	1.98
101119895--101120060	40	4.2	40	93	1	271	28	25	22	22	1.99
101122678--101122789	27	4.2	26	80	7	125	35	23	25	15	1.94
101122678--101122789	54	2.1	54	84	3	145	35	23	25	15	1.94
101124212--101124258	24	2.0	24	86	0	67	23	36	2	38	1.67
101130532--101130636	27	3.9	26	83	7	129	36	21	25	16	1.94
101132059--101132129	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
101135434--101135661	48	4.9	48	79	7	279	25	21	25	28	1.99
101135434--101135661	91	2.4	92	85	7	284	25	21	25	28	1.99
101138689--101138740	23	2.3	23	100	0	104	34	15	13	36	1.87
101149297--101149473	39	4.5	39	91	1	273	28	28	23	19	1.98
101149487--101149597	39	2.8	39	94	0	195	26	23	20	29	1.99
101149352--101149590	78	3.1	78	80	7	220	27	25	21	25	2.00
101153771--101154618	47	17.6	47	89	6	1238	33	7	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101154071--101154098	13	2.2	13	100	0	56	39	0	14	46	1.44
101153924--101154618	142	4.7	158	89	6	850	32	7	28	30	1.86
101154021--101154147	62	2.0	62	98	0	245	35	6	24	33	1.81
101153971--101154188	111	1.9	111	96	1	400	33	7	26	32	1.84
101154736--101154870	37	3.7	37	95	2	231	24	18	31	25	1.98
101156134--101156438	40	7.7	40	89	0	441	23	20	28	26	1.99
101156134--101156442	159	1.9	160	88	0	458	23	20	29	26	1.99
101159991--101160542	47	11.6	47	89	3	825	33	8	28	29	1.87
101160661--101160798	37	3.7	37	97	0	249	24	18	31	25	1.98
101167546--101167604	27	2.2	27	84	0	73	37	6	16	38	1.76
101178545--101178594	26	1.9	26	84	8	66	34	4	2	60	1.27
101185484--101185569	27	3.2	27	88	1	129	22	18	16	43	1.88
101185564--101185770	27	7.7	27	89	1	308	38	15	14	31	1.88
101198657--101198736	27	3.0	27	86	0	106	20	10	28	41	1.84
101198657--101198848	54	3.5	55	79	2	183	17	14	32	35	1.90
101198663--101198848	27	6.9	28	74	4	98	18	13	32	34	1.90
101202733--101202800	34	2.0	34	100	0	136	47	14	17	20	1.83
101203662--101203811	49	3.0	50	82	2	203	26	18	25	29	1.98
101206789--101206842	15	3.7	15	75	20	51	7	12	18	61	1.54
101209301--101209488	49	3.8	49	80	5	234	28	18	25	28	1.98
101209296--101209483	100	1.9	100	93	0	322	27	19	25	28	1.99
101212492--101212526	8	4.4	8	89	10	54	77	0	2	20	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101218684--101218765	41	2.0	41	90	0	128	35	14	17	32	1.90
101226813--101226987	46	3.8	45	74	13	167	21	19	28	30	1.97
101226810--101226980	93	1.8	93	88	2	263	21	19	28	30	1.98
101233373--101233513	53	2.6	53	80	2	147	37	17	21	22	1.94
101235367--101235426	21	2.8	21	97	2	111	11	23	46	18	1.81
101236469--101236541	37	2.0	37	100	0	146	23	8	32	35	1.84
101243333--101243510	84	2.1	85	97	1	340	37	8	28	26	1.85
101244775--101245320	47	11.6	47	91	1	778	32	9	29	27	1.89
101256711--101256794	30	2.8	30	92	0	141	30	9	27	32	1.88
101257131--101257347	46	4.7	46	77	12	189	28	20	28	22	1.98
101269173--101269212	21	2.0	20	85	5	53	15	40	25	20	1.90
101271024--101271061	18	2.0	21	85	15	55	2	21	2	73	1.07
101271210--101271259	21	2.5	20	84	9	75	46	4	0	50	1.20
101273898--101273959	24	2.6	24	89	2	90	17	4	0	77	0.94
101273900--101273965	30	2.2	29	86	7	89	18	3	0	78	0.87
101273900--101273990	12	7.6	11	75	17	67	19	4	0	75	0.96
101286700--101286726	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
101291127--101291159	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
101292727--101292772	20	2.3	20	84	0	56	17	19	4	58	1.55
101292847--101292893	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
101296624--101296768	70	2.1	71	97	1	274	33	15	17	33	1.92
101298302--101298345	21	2.1	21	95	0	79	20	18	4	56	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101305340--101305399	25	2.4	26	76	15	63	60	0	3	36	1.14
101318122--101318227	54	2.0	53	83	5	133	16	22	34	26	1.95
101326213--101326476	46	5.6	47	75	12	188	23	29	18	28	1.98
101333837--101334101	134	2.0	133	88	2	397	39	15	14	30	1.88
101345072--101345098	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
101353202--101354937	220	7.9	220	92	0	2853	34	17	20	27	1.95
101353858--101354041	87	2.1	89	80	4	212	34	16	20	28	1.94
101354091--101354261	87	1.9	89	83	6	224	32	18	20	28	1.96
101353214--101354937	881	2.0	881	92	0	2892	34	17	20	27	1.95
101354797--101355076	130	2.1	131	89	1	420	31	17	22	29	1.96
101356811--101356881	27	2.5	29	77	8	76	29	2	5	61	1.33
101369062--101369123	17	3.8	17	79	12	67	74	1	8	16	1.13
101374511--101374543	16	2.0	17	88	5	50	39	27	0	33	1.57
101379286--101379328	21	2.0	21	100	0	86	13	9	27	48	1.73
101382008--101382099	29	3.2	29	63	17	75	27	18	21	32	1.97
101381989--101382100	56	2.0	56	98	0	215	25	22	21	31	1.98
101384971--101385023	26	2.1	24	83	13	63	49	0	3	47	1.19
101385361--101385456	48	2.0	48	97	0	183	30	18	21	29	1.97
101386746--101386794	10	4.8	10	78	11	55	34	2	2	61	1.19
101387859--101388037	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
101389286--101389407	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
101389289--101389435	47	3.1	47	93	1	215	34	9	30	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101401576--101401640	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
101403878--101403911	16	2.1	16	88	0	50	26	20	8	44	1.81
101409644--101409708	32	2.0	32	96	0	121	38	24	7	29	1.83
101412604--101412682	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
101412604--101412676	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
101412605--101412692	36	2.4	35	85	14	117	35	15	10	38	1.82
101415858--101415956	34	3.0	34	71	12	89	32	24	20	23	1.98
101416348--101416669	27	12.0	27	79	3	274	20	15	21	42	1.89
101416406--101416669	134	2.0	135	85	2	361	18	15	22	43	1.88
101419997--101420114	27	4.4	27	83	1	121	24	16	17	40	1.90
101420025--101420298	27	10.2	27	78	3	221	18	16	21	42	1.89
101420024--101420168	53	2.7	53	81	2	155	22	17	18	41	1.90
101420053--101420298	81	3.0	81	78	5	257	17	16	22	43	1.88
101423960--101424023	30	2.1	30	88	0	92	18	20	35	25	1.95
101426157--101426298	27	5.3	26	86	4	113	37	22	21	18	1.94
101426157--101426296	54	2.6	54	85	2	156	37	22	22	18	1.95
101427905--101427985	26	3.2	26	82	10	114	37	24	6	32	1.80
101431967--101432104	27	5.2	26	84	7	170	35	23	24	16	1.95
101431967--101432104	52	2.6	55	88	4	194	35	23	24	16	1.95
101433718--101433770	26	2.0	26	88	0	79	37	28	1	32	1.68
101439151--101439195	19	2.3	19	84	3	54	26	6	4	62	1.39
101441609--101441743	67	2.0	67	95	0	243	33	9	28	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101443607--101443667	21	2.8	21	80	5	68	37	26	21	14	1.92
101443594--101443681	44	2.1	41	82	6	104	39	21	20	18	1.92
101444551--101444588	17	2.2	17	86	9	51	36	21	0	42	1.53
101445010--101445038	14	2.0	15	93	6	51	3	20	13	62	1.46
101445074--101445098	9	2.8	9	100	0	50	56	0	8	36	1.29
101453425--101453455	12	2.5	13	94	5	55	16	25	0	58	1.38
101455343--101455381	18	2.0	20	85	14	55	48	0	5	46	1.24
101459413--101459443	13	2.4	13	100	0	62	54	22	0	22	1.44
101461166--101461233	33	2.1	33	97	0	127	29	22	8	39	1.84
101464255--101464359	23	4.3	25	71	18	71	33	20	20	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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