genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85960094--85960339	29	8.4	29	76	4	206	37	15	24	22	1.93
85960096--85960339	58	4.2	58	77	6	249	36	15	25	22	1.93
85961167--85961216	21	2.4	21	93	6	84	28	12	24	36	1.91
85962657--85962737	40	2.0	40	87	0	117	16	27	19	37	1.93
85962679--85962797	60	2.0	60	93	0	202	16	27	16	38	1.91
85962679--85962797	20	5.9	20	67	6	80	16	27	16	38	1.91
85964013--85964088	37	2.1	37	97	0	143	38	5	22	34	1.77
86005681--86005793	46	2.5	45	84	9	133	25	29	17	27	1.98
86005719--86005843	46	2.7	45	79	10	128	23	29	20	27	1.98
86017711--86017743	13	2.5	13	100	0	66	6	45	18	30	1.73
86018858--86018966	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
86019112--86019296	48	3.8	48	89	4	291	30	26	7	35	1.83
86019112--86019295	98	1.9	97	91	4	300	30	26	7	35	1.83
86019266--86019506	47	5.1	47	91	0	374	26	29	11	33	1.91
86019406--86019477	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
86023353--86023781	40	10.8	40	93	1	720	25	28	21	24	1.99
86023353--86023781	79	5.4	80	94	0	720	25	28	21	24	1.99
86023353--86023781	119	3.6	119	93	2	711	25	28	21	24	1.99
86025047--86025155	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
86025300--86025484	48	3.8	48	91	4	300	30	27	7	35	1.83
86025300--86025483	98	1.9	97	92	4	309	30	27	7	35	1.83
86025454--86025694	47	5.1	47	91	0	374	26	29	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86025594--86025665	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
86029912--86030116	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
86029913--86030116	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
86038165--86038369	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
86038166--86038369	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
86041633--86042143	40	12.8	40	94	0	880	25	28	21	24	1.99
86041863--86041969	23	5.2	23	58	25	58	24	28	23	23	1.99
86043410--86043518	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
86043664--86043848	48	3.8	48	91	4	300	30	27	7	35	1.83
86043664--86043847	98	1.9	97	92	4	309	30	27	7	35	1.83
86043818--86044058	47	5.1	47	91	0	374	26	29	11	33	1.91
86043958--86044029	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
86047324--86047538	46	4.6	46	75	15	192	21	29	20	28	1.98
86047277--86047537	92	2.8	92	83	9	291	21	29	19	29	1.98
86050976--86051033	27	2.1	27	87	0	80	34	12	12	41	1.79
86051031--86051268	27	9.1	27	79	9	215	30	6	20	42	1.78
86051019--86051268	54	4.8	54	77	11	243	31	6	20	42	1.78
86051589--86051643	28	2.0	28	85	0	74	23	34	20	21	1.97
86055620--86055788	45	3.8	44	77	12	182	28	27	20	22	1.99
86055625--86055792	92	1.8	91	92	3	284	28	28	20	22	1.98
86056211--86056269	30	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
86063190--86063360	93	1.8	93	92	2	290	28	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86063185--86063357	46	3.7	46	75	14	185	29	26	20	23	1.99
86071092--86071182	27	3.4	26	86	3	119	32	17	14	35	1.90
86071135--86071526	27	14.7	26	78	10	309	32	8	18	40	1.81
86071161--86071526	54	6.8	53	82	7	402	32	8	18	40	1.80
86071161--86071527	81	4.6	81	85	6	435	32	8	18	40	1.81
86071842--86071905	28	2.3	28	88	0	101	28	35	15	20	1.93
86075511--86075560	26	1.9	26	95	0	91	22	18	22	38	1.94
86078570--86078645	36	2.1	35	83	7	91	30	10	23	35	1.89
86080288--86080327	20	2.0	20	100	0	80	65	10	5	20	1.42
86081265--86081316	25	2.1	25	81	0	59	26	23	21	28	1.99
86083271--86083353	43	1.9	43	87	0	121	22	19	31	26	1.98
86084600--86084733	42	3.2	41	88	2	169	15	27	37	19	1.92
86086329--86086623	29	10.0	29	82	5	288	37	15	25	21	1.92
86086329--86086593	122	2.2	115	84	6	341	38	15	24	21	1.92
86088108--86088150	15	2.7	16	82	7	52	65	4	9	20	1.40
86090220--86090298	35	2.3	35	86	0	104	30	11	15	43	1.82
86090245--86090381	70	2.0	70	80	2	159	33	9	16	40	1.80
86091882--86092044	40	4.1	40	86	1	220	15	28	19	36	1.92
86091918--86092022	20	5.2	20	68	8	70	14	31	18	36	1.90
86091896--86092043	80	1.9	80	92	0	251	13	29	19	37	1.90
86094365--86094442	29	2.7	29	93	0	129	21	17	26	33	1.96
86100583--86100766	93	2.0	93	92	2	307	35	18	23	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86115185--86115287	28	3.7	28	85	0	143	26	33	14	26	1.95
86119181--86119352	23	7.4	23	76	4	159	28	22	16	33	1.95
86119181--86119351	46	3.7	45	83	9	193	28	22	16	32	1.95
86121461--86121651	40	4.8	40	78	7	176	26	22	26	25	2.00
86121514--86121678	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
86132711--86132738	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
86133503--86133545	12	3.4	12	75	12	50	41	4	4	48	1.44
86134145--86134390	40	6.2	39	90	4	334	26	21	23	28	1.99
86134129--86134390	80	3.3	79	87	6	370	27	21	23	28	1.99
86134129--86134390	120	2.2	120	90	3	404	27	21	23	28	1.99
86150541--86150598	23	2.5	23	91	0	98	41	17	20	20	1.90
86151213--86151247	18	1.9	18	88	0	52	11	37	28	22	1.89
86156105--86156136	14	2.4	13	90	10	55	62	9	9	18	1.52
86158963--86159034	33	2.1	34	87	2	101	29	26	20	23	1.99
86159852--86159876	10	2.5	10	100	0	50	20	44	28	8	1.79
86166431--86166486	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
86166420--86166486	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
86166536--86166612	23	3.2	24	90	5	120	29	18	20	31	1.96
86166821--86166883	31	2.0	31	84	0	81	38	12	22	26	1.90
86167877--86167954	37	2.1	37	100	0	156	35	26	7	29	1.84
86168423--86168503	42	1.9	42	97	0	153	41	23	14	19	1.89
86168502--86168642	33	4.2	33	86	2	167	40	35	9	14	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86172113--86172311	38	5.2	38	86	1	240	32	24	20	22	1.98
86172113--86172311	76	2.6	76	85	1	265	32	24	20	22	1.98
86177337--86177538	38	5.3	37	88	4	228	31	23	20	23	1.98
86182539--86182733	38	5.1	38	86	3	250	31	23	21	23	1.98
86187103--86187132	6	5.0	6	100	0	60	16	0	16	66	1.25
86188151--86188196	23	2.0	23	86	0	65	47	19	15	17	1.82
86188470--86188529	30	2.0	30	93	0	102	31	16	15	36	1.90
86188472--86188537	30	2.2	30	88	0	96	36	16	13	33	1.88
86190236--86190383	43	3.4	43	87	3	192	24	15	25	35	1.94
86193327--86193495	49	3.6	45	79	7	169	29	27	18	24	1.98
86193328--86193541	93	2.3	96	85	3	274	28	27	18	25	1.98
86193472--86193639	48	3.6	47	87	4	223	23	26	21	29	1.99
86194220--86194270	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
86196047--86196091	14	3.0	15	83	6	56	60	15	15	8	1.59
86197171--86197279	40	2.7	40	88	0	155	29	16	21	33	1.95
86197171--86197296	40	3.2	40	82	6	148	30	16	20	31	1.95
86197377--86197588	40	5.2	40	70	10	151	29	18	21	29	1.97
86197756--86197818	29	2.2	29	94	0	108	74	3	4	17	1.12
86197941--86197994	21	2.6	21	72	0	54	22	1	25	50	1.59
86199398--86199469	28	2.6	29	89	8	105	27	13	26	31	1.94
86201062--86201143	14	5.9	14	81	2	94	23	0	40	36	1.55
86209210--86209320	3	36.7	3	73	12	75	57	1	10	29	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86209215--86209365	20	7.7	20	68	20	68	57	2	11	28	1.47
86209217--86209275	23	2.6	23	83	0	73	59	3	8	28	1.43
86209683--86209761	3	27.7	3	71	14	60	60	1	6	31	1.29
86211363--86212386	88	11.8	88	85	4	1317	28	21	23	27	1.99
86211363--86212394	264	3.9	264	86	3	1458	28	21	23	27	1.99
86212408--86212651	44	5.7	43	73	7	172	26	22	21	29	1.99
86212408--86212656	130	1.9	130	89	0	381	26	21	21	30	1.99
86219374--86219604	3	77.7	3	69	16	81	59	1	9	29	1.37
86219968--86220028	3	21.7	3	71	18	51	62	1	3	32	1.21
86219969--86220015	8	6.0	8	82	12	62	61	0	2	36	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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