genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26425521--26425688	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
26425544--26425688	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
26433495--26433634	40	3.5	40	79	1	131	24	27	23	25	2.00
26444018--26444059	21	2.0	21	86	9	59	23	4	23	47	1.70
26446840--26446881	15	2.8	15	81	0	57	61	2	4	30	1.29
26446913--26446943	15	2.1	15	93	0	53	64	0	3	32	1.09
26447029--26447070	20	2.2	20	82	4	50	50	7	7	35	1.57
26450199--26450355	83	1.9	83	82	10	196	50	4	1	43	1.33
26451769--26451801	10	3.4	10	87	8	50	21	0	9	69	1.15
26454758--26454845	16	5.1	16	69	17	52	59	5	1	34	1.29
26454775--26454868	26	3.5	28	81	12	108	59	7	1	31	1.32
26454765--26454868	54	1.9	55	90	2	165	58	6	0	33	1.31
26458645--26458710	23	2.8	23	80	13	80	66	13	1	18	1.32
26460951--26460992	11	3.8	11	78	9	50	59	11	11	16	1.61
26462854--26462911	25	2.3	25	80	14	66	32	13	24	29	1.94
26465866--26465900	12	2.9	12	84	16	54	42	0	0	57	0.99
26465867--26465900	8	4.2	8	85	14	52	41	0	0	58	0.98
26473670--26473707	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
26473967--26473999	6	5.7	6	89	3	50	63	0	36	0	0.95
26477496--26477667	44	3.8	44	77	10	175	26	18	30	25	1.98
26480373--26480410	19	2.0	20	89	5	60	65	5	18	10	1.41
26496761--26496979	40	5.6	41	81	10	253	24	23	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26504882--26505065	40	4.6	40	86	2	262	26	23	26	23	2.00
26514293--26514327	16	2.2	16	94	0	61	48	20	22	8	1.76
26520313--26520370	29	1.9	31	83	13	77	34	18	0	46	1.50
26523660--26523720	14	4.4	14	73	8	61	50	0	1	47	1.10
26525355--26525513	35	4.6	35	86	0	203	30	12	24	32	1.92
26532822--26532987	35	4.7	35	85	1	217	30	10	24	34	1.89
26538982--26539006	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
26540929--26541086	43	3.7	43	76	10	153	24	18	25	31	1.97
26550382--26550503	55	2.2	55	79	0	136	27	28	26	18	1.98
26550985--26551029	23	2.0	22	83	12	56	24	31	6	37	1.81
26552397--26552436	6	6.8	6	91	5	55	25	5	0	70	1.08
26552390--26552437	17	2.9	17	84	6	55	25	4	0	70	1.04
26552390--26552451	23	2.8	22	79	13	65	24	3	1	70	1.10
26562763--26562804	22	1.9	22	85	9	59	26	7	21	45	1.77
26579982--26580031	21	2.4	21	89	0	82	24	40	16	20	1.91
26585835--26585884	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
26588228--26588401	46	3.8	46	79	1	186	21	19	28	30	1.98
26588224--26588395	93	1.8	93	89	0	272	21	19	29	29	1.98
26592862--26593082	40	5.6	40	85	4	288	26	26	22	24	2.00
26600836--26600879	22	2.0	22	86	8	63	45	13	9	31	1.75
26601106--26601324	40	5.6	40	84	6	279	26	26	21	24	2.00
26601106--26601324	79	2.8	80	85	8	281	26	26	21	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26601106--26601324	119	1.8	118	90	4	352	26	26	21	24	2.00
26601922--26601952	16	1.9	16	93	0	53	29	38	9	22	1.86
26604375--26604404	5	5.8	5	96	4	51	43	0	0	56	0.99
26606176--26606249	29	2.5	29	82	4	85	22	14	10	51	1.74
26625841--26625992	67	2.2	68	80	10	177	32	16	29	21	1.95
26629718--26630059	48	7.1	48	95	1	605	35	6	26	30	1.81
26630206--26630276	36	1.9	37	91	2	117	23	18	29	28	1.98
26633621--26633652	16	1.9	17	93	6	57	37	12	0	50	1.41
26635557--26635617	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
26643245--26643270	13	2.0	13	100	0	52	46	23	15	15	1.83
26659609--26660071	229	2.0	232	92	6	782	30	20	6	43	1.76
26666389--26666580	40	4.8	40	91	1	287	22	21	27	27	1.99
26668271--26668355	6	14.0	6	82	7	55	14	7	1	77	1.03
26668275--26668355	13	6.2	12	69	27	51	13	7	1	77	1.03
26668271--26668355	20	4.3	18	73	16	71	14	7	1	77	1.03
26675276--26675314	20	1.9	21	89	5	62	28	0	25	46	1.53
26681159--26681211	23	2.3	23	83	6	63	67	0	1	30	1.01
26686612--26686670	7	8.0	7	88	7	82	13	0	38	47	1.43
26686610--26686669	8	7.9	8	92	7	90	13	0	40	46	1.43
26686610--26686670	15	4.1	15	87	8	88	14	0	39	45	1.45
26686610--26686669	23	2.7	22	89	7	86	13	0	40	46	1.43
26697356--26697435	40	2.0	40	95	0	142	40	10	16	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26703627--26703710	42	2.0	42	97	0	159	27	14	15	42	1.85
26705286--26705326	20	2.0	20	86	9	57	24	4	2	68	1.22
26706868--26706968	14	7.2	14	75	4	78	37	11	16	33	1.86
26706854--26706961	42	2.6	42	80	5	128	37	12	14	35	1.84
26713300--26713663	46	7.8	45	77	10	315	27	19	30	22	1.98
26713304--26713664	94	3.8	93	78	12	339	27	19	30	22	1.98
26713261--26713663	140	2.9	139	89	2	567	27	19	29	22	1.98
26715691--26715909	46	4.7	46	74	12	169	22	27	18	31	1.97
26722066--26722210	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
26725905--26725943	18	2.2	18	90	0	60	53	0	38	7	1.30
26731381--26731585	48	4.4	48	75	10	208	25	22	24	27	2.00
26731456--26731608	48	3.2	48	81	1	182	26	22	24	26	2.00
26736791--26736836	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
26736829--26736965	60	2.3	59	85	8	170	27	20	26	26	1.99
26738959--26739017	30	2.0	30	96	0	109	30	18	3	47	1.65
26757478--26757635	84	1.9	84	85	5	221	24	17	27	30	1.97
26757479--26757635	43	3.7	43	81	6	194	24	17	27	29	1.98
26760613--26760642	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
26763452--26763478	12	2.2	12	100	0	54	51	33	0	14	1.43
26765349--26765435	29	3.0	29	91	1	131	31	26	12	29	1.93
26765652--26765683	16	2.0	16	93	0	55	15	25	15	43	1.86
26765656--26765694	8	4.9	8	90	0	51	12	25	20	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26766753--26766922	84	2.0	84	98	0	331	35	17	12	34	1.88
26769425--26769509	29	3.0	29	91	1	127	30	30	12	25	1.93
26769730--26769774	8	5.6	8	86	0	63	8	20	24	46	1.78
26769722--26769774	16	3.3	16	86	0	70	9	20	22	47	1.79
26774120--26774146	14	1.9	14	100	0	54	48	7	7	37	1.59
26776792--26776921	60	2.1	61	83	4	156	44	10	1	43	1.47
26778580--26778755	46	3.8	46	77	5	167	28	20	28	21	1.98
26781875--26781905	15	2.1	15	100	0	62	25	12	12	48	1.77
26785057--26785108	21	2.4	22	83	3	70	57	9	1	30	1.42
26786642--26786752	45	2.5	45	78	7	111	27	24	14	34	1.94
26786884--26787034	42	3.5	42	72	11	126	22	19	21	35	1.96
26786925--26787070	42	3.3	43	70	12	118	19	22	21	36	1.95
26786827--26787081	86	2.9	86	80	7	275	20	22	21	35	1.96
26786958--26787078	44	2.8	41	73	12	102	22	19	21	36	1.95
26786884--26787106	86	2.6	85	80	8	209	21	22	20	35	1.96
26787262--26787517	43	5.9	44	69	9	132	19	19	23	37	1.95
26787263--26787505	129	1.9	130	83	7	316	19	19	23	37	1.94
26798634--26798708	36	2.1	36	100	0	150	38	20	16	25	1.92
26801721--26801804	44	1.9	44	95	0	150	36	17	17	27	1.93
26802088--26802191	26	3.8	26	67	12	64	40	1	4	52	1.33
26802360--26802398	16	2.4	16	86	0	60	33	25	5	35	1.78
26803053--26803096	20	2.2	20	84	8	54	75	2	2	20	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26803391--26803423	17	1.9	17	88	11	50	27	3	0	69	1.03
26803453--26803501	20	2.4	20	75	3	53	40	2	0	57	1.10
26803535--26803750	88	2.4	87	85	7	276	32	8	20	38	1.83
26811736--26811820	37	2.3	37	83	0	107	20	12	24	42	1.87
26813602--26813646	20	2.3	19	81	11	54	20	4	0	75	0.97
26817847--26818023	72	2.5	72	83	3	205	24	17	25	32	1.97
26822406--26822488	43	1.9	43	85	4	114	30	16	27	25	1.97
26825251--26825388	57	2.4	58	86	6	183	28	17	21	33	1.96
26840165--26840216	15	3.4	15	76	23	63	46	5	9	38	1.61
26840157--26840218	31	2.0	31	100	0	124	45	6	9	38	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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