genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81375798--81376050	140	1.8	134	79	8	285	30	20	15	33	1.94
81375888--81376105	44	4.9	45	72	5	156	27	22	17	33	1.96
81375888--81376105	89	2.5	88	78	3	195	27	22	17	33	1.96
81375938--81376099	44	3.6	45	80	3	159	27	24	19	29	1.98
81375951--81376455	255	2.0	255	82	3	622	29	21	18	30	1.97
81383087--81383161	37	2.0	37	100	0	150	25	10	26	37	1.89
81386532--81386575	14	3.4	13	84	9	54	70	0	6	22	1.11
81388730--81388933	89	2.3	88	78	6	207	26	25	17	30	1.97
81389035--81389079	23	2.0	23	86	0	63	48	15	13	22	1.79
81388793--81389256	255	1.8	255	84	1	635	29	21	17	31	1.97
81389306--81389432	45	2.9	43	85	3	155	29	28	15	26	1.96
81391890--81391914	13	1.9	13	100	0	50	56	28	0	16	1.41
81396489--81396663	47	3.8	45	77	9	156	27	19	29	23	1.98
81404083--81404304	46	4.7	46	78	9	193	28	17	29	24	1.97
81406492--81406535	14	3.4	13	84	9	54	70	0	6	22	1.11
81406767--81406809	21	2.0	22	82	17	54	51	2	20	25	1.60
81406948--81406985	19	2.0	19	100	0	76	68	5	5	21	1.29
81407580--81407679	50	2.0	50	96	0	182	24	12	10	54	1.67
81408517--81408964	44	9.9	45	68	10	160	28	22	16	32	1.96
81408736--81409244	231	2.2	232	86	2	700	26	21	18	33	1.96
81408978--81409071	44	2.1	44	78	3	100	30	21	17	30	1.96
81409062--81409187	44	2.8	45	76	2	128	24	19	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81423321--81423528	81	2.6	81	82	2	229	38	19	20	21	1.93
81423291--81423528	41	5.8	40	84	5	221	38	19	21	21	1.93
81427480--81427516	14	2.6	15	83	12	51	43	8	0	48	1.32
81427531--81427718	61	3.1	61	68	14	181	43	2	5	48	1.39
81427592--81427637	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
81427487--81427755	120	2.2	120	93	3	454	42	2	4	49	1.37
81427532--81427715	57	3.1	58	66	25	139	42	2	5	48	1.39
81427712--81427753	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
81427703--81427744	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
81427879--81427988	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
81427969--81428036	16	4.2	16	94	0	118	35	36	0	27	1.58
81432482--81432627	43	3.4	42	85	2	186	19	16	29	34	1.94
81434088--81434126	20	2.0	20	89	0	60	35	12	2	48	1.55
81434778--81434874	42	2.3	43	87	1	142	31	26	15	25	1.96
81434818--81434922	54	1.9	54	84	7	142	31	28	17	22	1.96
81434778--81434964	96	1.9	96	81	6	227	29	28	17	24	1.97
81434873--81435023	42	3.6	43	79	12	152	31	26	17	25	1.97
81435034--81435090	22	2.6	21	71	17	53	36	3	1	57	1.26
81439673--81439844	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
81439666--81439841	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	19	1.98
81447243--81447413	92	1.9	92	92	0	288	28	28	21	21	1.98
81447236--81447410	46	3.8	46	80	8	194	29	28	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81449584--81449643	21	2.7	22	75	19	70	31	0	3	65	1.09
81449581--81449668	8	10.9	8	76	20	67	32	0	4	62	1.15
81450369--81450470	50	2.0	50	96	0	186	47	14	4	33	1.66
81450938--81451065	40	3.2	39	82	4	139	25	21	21	32	1.98
81450671--81451044	154	2.4	152	84	2	489	28	20	21	29	1.98
81451425--81451481	27	2.1	27	96	0	105	33	5	12	49	1.63
81451568--81451653	43	2.0	43	100	0	172	32	9	11	46	1.72
81456010--81456047	20	1.9	20	84	10	51	10	36	0	52	1.36
81456964--81456994	10	3.2	10	90	9	55	70	0	0	29	0.87
81456964--81456998	9	3.9	9	88	11	54	65	0	0	34	0.93
81457033--81457084	23	2.3	23	87	9	72	50	5	3	40	1.45
81460205--81460321	33	3.5	33	85	4	137	40	35	8	15	1.78
81472871--81472972	49	2.1	49	85	5	134	37	17	23	21	1.94
81472849--81472983	50	2.6	49	77	9	128	37	18	23	20	1.94
81472849--81473040	53	3.6	54	77	11	218	35	18	25	20	1.95
81489475--81489649	43	4.1	43	77	8	185	34	26	16	22	1.95
81496127--81496163	2	18.5	2	88	0	56	45	0	51	2	1.15
81510311--81510455	49	3.0	50	82	8	181	23	26	20	30	1.98
81510273--81510455	97	1.9	97	84	6	246	22	26	20	30	1.98
81510275--81510592	48	6.7	47	76	9	209	22	25	20	31	1.98
81510233--81510592	94	3.8	96	77	8	296	23	25	20	30	1.98
81515967--81516092	46	2.7	46	97	0	234	30	27	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81516515--81516574	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
81519638--81519774	49	2.8	49	80	2	143	26	24	18	30	1.98
81519792--81519963	48	3.6	48	79	13	208	22	26	19	31	1.97
81526068--81526291	40	5.6	40	84	3	279	24	22	27	25	2.00
81526072--81526291	83	2.7	80	84	5	266	23	23	27	25	2.00
81527170--81527258	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
81527170--81527238	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
81534530--81534713	40	4.6	40	85	6	239	23	23	27	25	2.00
81537128--81537349	121	1.8	121	84	5	306	41	9	26	22	1.83
81545882--81545947	33	2.0	33	93	0	114	34	9	13	42	1.76
81548964--81549033	35	2.0	35	94	0	122	42	8	20	28	1.81
81550403--81550430	13	2.2	13	100	0	56	21	35	32	10	1.88
81553364--81553588	40	5.6	40	85	7	280	24	21	26	27	1.99
81553360--81553588	120	1.9	120	86	7	331	25	21	26	27	1.99
81553367--81553620	80	3.2	78	82	8	289	25	20	25	27	1.99
81553846--81553889	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
81561088--81561392	40	7.6	40	90	2	445	24	21	27	26	1.99
81561650--81561693	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
81562692--81562833	70	2.0	71	98	1	277	27	19	23	28	1.99
81563300--81563481	90	2.0	91	98	1	357	29	32	15	22	1.95
81569283--81569321	17	2.4	17	95	4	71	64	10	5	20	1.44
81585612--81585877	133	2.0	133	97	0	505	39	19	12	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81592465--81592631	46	3.6	47	76	6	162	23	27	18	30	1.98
81597820--81597880	17	3.5	18	70	14	56	52	0	6	40	1.27
81601232--81601284	13	4.2	12	76	9	52	45	9	0	45	1.36
81611871--81611897	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
81616924--81617044	50	2.5	49	86	2	172	27	17	25	29	1.97
81622498--81622554	20	2.8	20	94	0	96	40	10	15	33	1.82
81622480--81622554	11	7.5	10	71	14	57	38	10	16	34	1.83
81622602--81622671	25	2.8	25	95	0	131	27	25	22	24	2.00
81622890--81622973	31	2.7	31	90	1	134	32	17	26	23	1.97
81623911--81624037	48	2.6	48	77	0	128	26	26	17	29	1.97
81627151--81627429	48	5.8	48	78	1	308	26	27	17	27	1.98
81627124--81627429	96	3.2	96	86	3	463	27	27	16	28	1.97
81639811--81639858	18	2.5	20	76	13	55	22	39	27	10	1.87
81639821--81639858	18	2.1	18	90	0	58	21	42	26	10	1.85
81645784--81645862	27	2.9	27	90	0	122	40	18	20	20	1.92
81645850--81645907	22	2.6	22	80	0	62	39	24	20	15	1.91
81653773--81653803	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
81653770--81653809	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
81653995--81654249	55	4.8	54	80	7	265	21	24	17	36	1.94
81654042--81654242	108	1.8	110	86	4	291	22	24	17	35	1.95
81667422--81667646	49	4.5	49	79	5	254	26	20	25	28	1.99
81674115--81674303	50	3.8	49	83	4	227	25	15	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81679639--81679686	19	2.6	19	87	6	64	25	16	10	47	1.78
81685532--81685575	16	2.7	17	86	10	65	61	4	2	31	1.28
81686805--81686850	22	2.1	22	95	0	83	41	10	4	43	1.59
81690309--81690496	55	3.5	53	85	5	243	35	18	23	22	1.95
81690300--81690507	53	3.9	54	82	8	235	35	17	24	23	1.95
81696214--81696463	40	6.3	41	82	5	257	24	22	27	25	2.00
81726052--81726107	21	2.7	21	94	0	94	26	28	33	10	1.90
81726382--81726450	30	2.3	30	89	0	102	18	33	26	21	1.97
81727695--81727918	46	4.7	46	77	11	154	28	17	28	25	1.98
81731347--81731592	49	5.0	49	76	3	240	30	26	17	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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