genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11414131--11414243	54	2.1	54	96	3	212	31	0	3	63	1.17
11414984--11415013	15	2.0	15	100	0	60	26	0	6	66	1.16
11417907--11417938	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
11423003--11423034	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
11424916--11425014	35	2.8	34	77	8	92	42	17	10	30	1.82
11425679--11425728	24	2.1	24	96	0	91	30	26	0	44	1.55
11430970--11431131	81	2.0	81	98	0	315	26	39	6	27	1.81
11432835--11432874	8	4.8	8	82	11	53	17	12	25	45	1.83
11433309--11433425	34	3.4	33	82	7	126	39	16	0	43	1.54
11433439--11433516	34	2.3	35	86	4	106	48	20	1	29	1.57
11434568--11434610	19	2.2	20	84	12	54	39	0	2	58	1.11
11435146--11435178	17	1.9	17	93	0	57	36	18	12	33	1.88
11435875--11435954	32	2.5	32	84	6	110	23	11	15	50	1.76
11435996--11436102	49	2.2	48	79	11	119	29	9	11	49	1.70
11437365--11437400	5	7.6	5	87	12	58	22	0	0	77	0.76
11437367--11437406	18	2.2	18	86	8	55	25	0	0	75	0.81
11440649--11440794	39	3.7	39	89	0	220	29	23	22	23	1.99
11443585--11443629	12	3.6	13	77	16	51	55	0	4	40	1.20
11444731--11444923	100	1.9	100	80	2	226	29	11	20	38	1.87
11444758--11444947	100	1.9	100	80	2	220	30	11	19	38	1.87
11454048--11454117	35	2.0	35	91	0	113	48	17	18	15	1.81
11455535--11455577	5	8.6	5	94	0	77	18	0	2	79	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11455851--11455882	17	1.9	17	93	6	57	28	18	9	43	1.81
11458597--11458661	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
11458880--11458909	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
11466245--11466334	28	3.2	26	74	16	74	32	23	23	21	1.98
11466440--11466504	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
11466723--11466753	16	2.0	15	93	6	53	9	19	19	51	1.74
11471349--11471381	15	2.2	15	94	0	57	27	6	3	63	1.32
11472186--11472232	24	2.0	24	91	8	78	68	4	4	23	1.26
11477519--11477559	21	2.0	21	85	0	55	31	2	26	39	1.70
11479839--11479887	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
11485620--11485681	25	2.5	25	91	0	97	25	30	16	27	1.96
11485667--11485714	25	1.9	25	82	0	60	27	22	14	35	1.93
11486463--11486493	15	2.1	15	100	0	62	38	25	12	22	1.90
11486502--11486543	20	2.1	20	90	0	66	30	16	11	40	1.85
11489911--11489945	18	1.9	18	88	0	52	20	20	28	31	1.97
11491183--11491213	15	2.1	15	100	0	62	38	25	12	22	1.90
11491222--11491263	20	2.1	20	90	0	66	30	16	11	40	1.85
11491594--11491678	32	2.8	30	82	12	93	52	10	0	36	1.36
11495265--11495354	44	2.0	44	100	0	180	51	22	13	13	1.75
11496399--11496435	16	2.2	16	90	4	56	8	5	2	83	0.88
11496555--11496594	19	2.0	20	90	4	64	65	0	0	35	0.93
11498356--11498387	15	2.1	15	100	0	64	53	0	15	31	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11499858--11499903	21	2.2	21	100	0	92	39	30	4	26	1.75
11500502--11500628	43	3.0	43	78	4	123	32	25	13	28	1.94
11507303--11507341	18	2.1	19	85	4	53	58	0	12	28	1.34
11508645--11508680	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
11516157--11516216	25	2.4	25	88	0	84	23	31	16	28	1.96
11516202--11516249	25	1.9	25	82	0	60	27	22	14	35	1.93
11518563--11518832	96	2.8	96	80	4	294	28	18	27	25	1.98
11518550--11518817	48	5.6	48	77	6	238	27	18	27	25	1.98
11518551--11518832	144	2.0	144	80	5	320	28	18	27	25	1.98
11520682--11520767	29	3.0	29	74	5	86	38	13	5	41	1.69
11522864--11522904	18	2.3	18	100	0	82	19	26	19	34	1.96
11523555--11523723	51	3.3	51	86	0	230	29	22	10	37	1.87
11524947--11525023	32	2.5	30	78	13	77	58	2	0	38	1.12
11525222--11525280	30	1.9	31	93	3	102	28	20	3	47	1.66
11526320--11526428	26	4.2	26	90	0	173	33	6	22	36	1.80
11527912--11527964	26	2.0	26	85	7	72	35	22	13	28	1.92
11530282--11530353	25	3.0	25	84	8	78	47	0	2	50	1.15
11533902--11533934	15	2.2	15	94	0	57	15	0	24	60	1.35
11533901--11533933	8	4.2	8	88	7	50	15	0	21	63	1.30
11534098--11534411	131	2.4	130	85	2	427	28	16	18	35	1.93
11536820--11536859	3	13.7	3	94	5	73	67	0	0	32	0.91
11564799--11564828	13	2.3	13	100	0	60	56	6	10	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11571239--11571308	31	2.3	31	92	0	113	28	24	10	37	1.88
11571385--11571440	22	2.7	22	81	8	64	64	3	7	25	1.35
11571797--11571850	19	3.0	17	75	19	56	29	1	3	64	1.21
11572709--11572745	18	2.0	19	94	5	67	72	5	0	21	1.04
11572696--11572749	22	2.7	20	80	16	58	70	7	0	22	1.12
11573298--11573363	20	3.3	19	73	10	60	66	3	4	25	1.25
11573330--11573383	19	2.9	18	76	13	56	68	3	1	25	1.16
11573963--11574008	19	2.3	20	85	3	67	26	2	4	67	1.21
11575297--11575430	66	2.0	65	84	5	171	12	26	18	42	1.86
11588452--11588484	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
11594597--11594850	55	4.8	53	79	8	259	36	17	24	21	1.95
11594604--11594804	108	1.8	110	88	4	309	34	17	24	22	1.96
11594920--11594964	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
11596984--11597017	4	8.2	4	87	6	50	73	0	2	23	0.97
11597245--11597621	191	2.0	190	94	0	664	31	10	15	42	1.80
11597933--11597974	6	7.0	6	84	10	59	19	0	2	78	0.86
11600108--11600332	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
11600108--11600365	80	3.2	80	82	7	233	25	21	28	24	1.99
11600108--11600365	119	2.2	119	80	6	274	25	21	28	24	1.99
11606911--11606976	35	1.9	34	84	9	89	54	1	3	40	1.25
11610233--11610280	25	1.9	25	83	8	62	35	0	10	54	1.35
11610256--11610325	31	2.3	29	83	9	79	41	0	5	52	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11610600--11610636	2	18.5	2	94	0	65	51	0	2	45	1.15
11611049--11611092	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
11613044--11613105	25	2.5	25	78	0	70	29	11	41	17	1.84
11613765--11613991	114	2.0	113	96	1	420	35	13	18	31	1.90
11613904--11614087	98	1.9	98	94	0	323	35	14	15	34	1.89
11615397--11615436	20	2.0	20	85	9	55	37	5	27	30	1.78
11625518--11625586	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
11625518--11625586	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
11625567--11625657	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
11625709--11626025	157	2.0	157	94	1	555	43	3	5	47	1.41
11625959--11626000	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
11625968--11626009	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
11625962--11626252	120	2.4	119	94	2	496	50	4	2	42	1.38
11626088--11626129	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
11645558--11645840	18	15.3	18	68	11	115	37	15	12	35	1.84
11645545--11645840	36	8.0	36	69	11	170	37	15	11	35	1.84
11645638--11645840	54	3.8	54	73	6	187	37	15	11	35	1.83
11646004--11646112	45	2.4	45	87	0	155	44	20	17	18	1.88
11646090--11646114	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
11647700--11647732	13	2.5	14	85	14	52	0	18	0	81	0.68
11647705--11647736	16	2.0	16	93	0	55	0	15	0	84	0.63
11651984--11652035	21	2.5	21	84	6	61	38	0	19	42	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11652162--11652217	22	2.5	23	77	16	64	32	3	19	44	1.68
11652487--11652560	25	2.9	25	82	7	87	18	21	21	37	1.94
11652522--11652700	25	7.4	24	70	22	108	17	23	22	36	1.95
11652666--11652739	25	3.0	25	93	0	121	22	28	20	28	1.99
11652595--11652700	49	2.2	49	83	10	128	18	24	21	34	1.96
11654571--11654612	14	2.9	15	83	16	54	19	4	21	54	1.62
11656859--11656984	47	2.7	47	85	4	148	30	24	15	30	1.95
11656988--11657030	7	6.1	7	100	0	86	13	27	13	44	1.83
11657036--11657204	31	5.5	31	90	0	266	27	24	18	29	1.98
11657224--11657360	50	2.7	50	93	0	238	28	21	15	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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