genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14283841--14284583	120	6.2	120	94	2	1323	47	5	2	43	1.41
14284338--14284371	17	2.0	17	88	0	50	50	0	2	47	1.16
14283841--14284583	239	3.1	239	96	1	1339	47	5	2	43	1.41
14283841--14284583	359	2.1	361	97	0	1409	47	5	2	43	1.41
14289395--14289742	40	8.7	40	93	1	599	30	20	27	22	1.98
14298317--14298664	40	8.7	40	93	0	597	30	20	27	22	1.98
14300636--14300711	33	2.3	33	97	0	143	35	5	15	43	1.70
14300754--14300835	37	2.2	37	91	0	128	35	8	15	40	1.78
14310874--14310952	28	2.8	28	92	0	131	32	15	15	36	1.88
14312574--14312611	16	2.4	16	100	0	76	50	10	15	23	1.75
14313133--14313198	33	2.0	33	96	0	123	40	15	10	33	1.81
14316013--14316158	51	2.9	49	81	4	175	27	26	19	26	1.99
14320448--14320493	3	15.7	3	82	17	53	69	0	4	26	1.07
14332960--14333132	46	3.7	46	76	13	183	21	20	27	30	1.98
14332957--14333127	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	29	1.98
14335391--14335427	13	2.8	13	95	0	65	51	13	18	16	1.76
14339565--14339615	6	8.5	6	80	0	57	76	0	7	15	1.00
14343773--14343809	14	2.6	14	100	0	74	59	10	8	21	1.56
14344172--14344210	13	3.0	13	100	0	78	15	38	30	15	1.88
14345459--14345612	43	3.6	43	72	16	115	31	21	19	27	1.97
14345471--14345612	42	3.3	43	71	18	100	32	22	19	26	1.97
14353031--14353133	42	2.4	42	82	9	120	32	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14354362--14354470	43	2.6	42	76	11	107	25	20	25	28	1.99
14360177--14360388	46	4.7	45	81	9	236	24	30	18	26	1.98
14360176--14360441	94	2.9	93	78	12	273	23	29	18	27	1.98
14365298--14365869	288	2.0	285	87	3	826	38	11	22	28	1.88
14367212--14367332	43	2.8	42	83	7	129	24	17	26	31	1.97
14373082--14373419	48	7.0	48	95	0	577	31	27	5	35	1.81
14380651--14380831	40	4.6	40	86	3	233	23	23	27	24	2.00
14380651--14380831	80	2.3	80	88	2	258	23	23	27	24	2.00
14385215--14385315	25	4.0	25	80	1	94	19	34	19	25	1.96
14385289--14385397	18	5.6	19	76	16	89	20	36	19	23	1.95
14385264--14385359	44	2.2	43	88	1	138	20	35	18	25	1.95
14385215--14385337	25	5.2	25	72	16	73	19	35	18	26	1.95
14390920--14390944	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
14392835--14392922	43	2.0	43	100	0	176	31	25	4	38	1.76
14396013--14396053	20	2.0	20	85	0	55	56	4	4	34	1.42
14399183--14399357	40	4.4	40	95	0	314	21	19	30	29	1.97
14402834--14403242	46	8.9	46	90	0	557	40	13	24	21	1.89
14403523--14403555	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
14412343--14412470	46	2.8	46	93	2	213	28	30	21	18	1.97
14417684--14417812	37	3.5	37	82	3	125	30	14	18	36	1.91
14417707--14417812	37	2.8	38	82	4	144	29	16	19	34	1.93
14418634--14418689	22	2.5	23	82	11	71	42	16	5	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14420724--14420771	23	2.0	24	92	4	80	29	16	29	25	1.97
14423194--14423241	21	2.4	20	86	10	71	50	0	4	45	1.21
14425421--14425925	46	11.0	46	91	1	690	39	14	24	21	1.91
14448496--14448531	18	2.0	18	100	0	72	50	16	11	22	1.77
14449641--14449690	25	2.0	25	92	0	82	48	18	6	28	1.71
14451582--14451632	17	2.9	17	78	18	59	60	0	3	35	1.15
14451561--14451632	36	1.9	38	83	13	96	56	1	4	37	1.27
14451561--14451636	20	3.9	20	79	20	74	56	1	3	38	1.26
14451606--14451729	11	12.0	10	69	17	60	54	3	4	37	1.38
14451614--14451723	21	5.3	20	71	14	64	54	2	5	37	1.38
14451647--14451697	22	2.3	23	82	3	68	50	3	7	37	1.50
14454636--14454743	23	4.7	24	85	6	152	23	15	21	39	1.91
14454637--14454752	46	2.5	46	88	0	178	22	15	20	41	1.90
14454637--14454771	46	2.9	46	84	4	148	22	14	22	41	1.89
14454632--14454777	69	2.1	69	83	7	181	21	13	21	43	1.87
14458648--14458989	47	7.1	47	89	4	459	31	12	29	26	1.92
14458799--14458873	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
14458963--14459053	46	2.0	46	82	0	110	34	9	31	24	1.88
14458648--14459038	141	2.7	140	85	7	367	32	12	29	25	1.92
14459187--14459343	37	4.2	37	93	0	251	23	16	31	28	1.96
14461208--14461340	69	1.9	70	89	1	205	32	14	15	37	1.88
14463625--14463894	137	2.0	133	94	2	477	28	17	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14466491--14466724	64	3.6	64	81	5	256	32	15	27	24	1.96
14469021--14469096	22	3.3	22	65	13	62	47	2	14	35	1.58
14469017--14469110	48	2.0	48	97	0	179	43	5	15	35	1.70
14472634--14472690	28	2.0	28	100	0	114	54	7	17	21	1.66
14488390--14488554	43	3.9	43	82	1	143	30	27	16	24	1.97
14500063--14500141	37	2.1	37	88	0	113	24	31	18	25	1.98
14500260--14500761	47	10.5	47	93	3	833	28	29	8	32	1.87
14502974--14503037	31	2.1	31	93	0	110	23	20	15	40	1.90
14503334--14503380	20	2.3	20	89	7	69	31	19	12	36	1.89
14524490--14524534	17	2.6	17	96	0	81	26	6	15	51	1.68
14533464--14533636	27	6.4	27	83	2	222	36	17	19	26	1.94
14533465--14533636	81	2.1	81	89	0	254	36	18	18	26	1.94
14534273--14534317	19	2.4	19	96	0	81	8	33	31	26	1.87
14541528--14541585	18	3.4	18	73	22	70	29	0	6	63	1.20
14541528--14541591	33	1.9	33	100	0	128	28	0	6	65	1.16
14543352--14543395	11	4.2	11	80	8	56	59	18	22	0	1.38
14554180--14554221	22	2.0	22	85	4	59	11	35	35	16	1.86
14558812--14558904	46	2.0	46	89	0	141	19	37	8	34	1.82
14563237--14563320	41	2.0	41	97	0	150	33	13	17	35	1.89
14569041--14569065	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
14570712--14570750	12	3.2	12	77	0	51	35	33	10	20	1.86
14571461--14571528	29	2.4	30	80	14	81	52	7	10	29	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14573756--14573794	18	2.2	18	90	9	62	12	35	5	46	1.65
14577595--14577626	9	3.4	10	87	12	50	34	0	0	65	0.93
14578374--14578417	21	2.1	21	82	0	52	34	25	2	38	1.68
14583683--14584436	126	6.0	126	88	2	1066	28	16	16	37	1.91
14583683--14584437	379	2.0	379	88	2	1140	28	16	16	38	1.91
14584618--14584682	17	3.9	17	71	15	64	46	18	0	35	1.50
14584623--14584682	32	1.9	32	93	3	104	48	20	0	31	1.50
14584658--14584704	22	2.1	23	96	4	87	42	19	0	38	1.51
14584673--14584748	35	2.3	34	79	18	90	43	21	0	35	1.53
14584682--14584751	35	2.0	35	89	8	108	41	18	0	40	1.51
14584685--14584767	34	2.4	35	82	11	100	44	14	0	40	1.45
14584685--14584787	36	2.9	34	80	15	95	43	15	0	40	1.47
14595069--14595108	21	1.9	21	100	0	80	15	32	10	42	1.79
14595225--14595396	93	1.8	93	92	0	290	28	30	20	20	1.98
14595217--14595392	46	3.8	46	79	10	196	29	29	19	21	1.98
14602182--14602261	40	2.0	40	100	0	160	30	7	7	55	1.56
14602186--14602250	21	3.2	21	66	16	64	30	7	6	55	1.53
14602187--14602252	22	3.2	22	65	30	63	30	7	6	56	1.52
14602284--14602324	18	2.2	19	86	4	57	39	0	2	58	1.11
14602534--14602594	28	2.2	28	91	2	97	50	3	11	34	1.55
14624151--14624212	31	2.0	31	100	0	124	22	19	25	32	1.97
14625761--14625830	25	2.8	25	95	0	131	25	24	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14626962--14626991	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
14628434--14628478	22	2.0	24	86	8	67	53	6	8	31	1.58
14628922--14628962	20	2.1	19	86	4	55	68	0	31	0	0.90
14630030--14630157	53	2.4	53	88	1	184	19	19	18	42	1.90
14630284--14630333	18	2.7	19	75	6	57	32	8	10	50	1.65
14636195--14636219	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
14636260--14636373	53	2.2	53	80	3	131	18	14	21	45	1.85
14636500--14636551	18	2.8	19	72	16	54	32	7	9	50	1.64
14636573--14636656	36	2.3	36	81	0	87	35	9	15	39	1.80
14639041--14639099	26	2.3	26	90	0	91	44	10	11	33	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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