genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  249  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84527599--84527769	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
84550824--84550970	29	5.2	28	72	11	95	31	29	16	23	1.96
84550842--84550970	29	4.5	29	80	12	133	31	29	16	22	1.96
84550842--84551002	57	2.8	57	89	0	232	30	29	18	22	1.97
84551008--84551283	40	6.9	40	95	1	484	27	28	22	21	1.99
84556235--84556408	46	3.8	45	75	11	172	23	19	26	30	1.98
84556232--84556402	93	1.8	93	88	2	263	23	19	26	29	1.98
84563803--84563974	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
84563800--84563969	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
84577354--84577529	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
84577351--84577522	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
84590881--84591056	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
84590878--84591049	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
84596184--84596232	24	2.0	24	100	0	98	28	28	4	38	1.75
84609214--84609263	23	2.2	23	92	7	84	38	8	12	42	1.71
84612672--84612725	27	2.0	27	100	0	108	14	7	40	37	1.74
84618254--84618384	46	2.8	48	76	16	157	23	19	26	29	1.98
84622225--84622414	40	4.8	40	89	1	256	24	27	22	26	2.00
84630703--84630889	40	4.7	40	86	2	227	24	27	20	27	1.99
84632598--84632629	17	1.9	16	93	6	55	9	15	0	75	1.05
84644689--84644747	29	2.0	29	100	0	118	42	13	6	37	1.71
84651659--84651781	42	2.9	42	75	11	117	29	26	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84658971--84659082	43	2.6	42	80	5	136	30	24	13	32	1.93
84663195--84663268	37	2.0	37	100	0	148	29	2	18	48	1.62
84663738--84663768	14	2.1	15	94	5	55	29	16	19	35	1.93
84672250--84672416	39	4.3	39	92	0	253	24	19	27	28	1.99
84672269--84672454	78	2.4	78	80	6	200	24	20	26	27	1.99
84681526--84681568	18	2.4	18	96	0	77	30	20	11	37	1.89
84693622--84693758	48	2.8	48	81	9	163	26	19	29	24	1.98
84702188--84702354	46	3.7	45	81	4	185	25	20	29	23	1.99
84703323--84703380	28	2.1	28	80	6	64	18	10	15	55	1.68
84709498--84709541	23	2.0	22	86	4	61	54	20	0	25	1.45
84710184--84710292	43	2.6	43	82	5	125	32	28	18	21	1.96
84710837--84710888	28	1.9	28	84	7	72	28	23	3	44	1.71
84711507--84711547	20	2.0	20	100	0	82	46	14	4	34	1.66
84714950--84715170	40	5.6	40	87	2	304	29	25	20	23	1.99
84714950--84715170	79	2.8	80	88	3	322	29	25	20	23	1.99
84720104--84720232	40	3.2	40	89	3	190	26	28	21	23	1.99
84738195--84738342	63	2.3	63	77	12	147	24	29	15	31	1.96
84745713--84745808	29	3.3	29	89	1	149	31	29	13	26	1.94
84751012--84751075	26	2.4	27	89	2	94	37	25	9	28	1.87
84751181--84751291	27	4.1	27	76	10	93	22	23	18	35	1.96
84758772--84759079	39	7.9	39	90	0	481	23	29	24	22	1.99
84764652--84764962	39	8.1	39	92	2	531	23	30	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84770927--84771109	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
84770906--84771109	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
84772272--84772450	85	2.1	85	98	0	349	25	27	8	37	1.85
84778918--84779101	40	4.6	40	77	10	189	25	27	22	25	2.00
84778920--84779102	79	2.3	80	83	7	221	25	27	22	25	2.00
84780263--84780441	85	2.1	85	100	0	358	26	27	8	37	1.85
84782185--84782246	26	2.3	27	81	10	83	38	25	8	27	1.84
84782351--84782403	28	1.9	27	96	3	97	22	26	15	35	1.93
84786975--84787018	23	2.0	22	86	4	61	54	20	0	25	1.45
84789077--84789198	42	2.8	44	80	15	132	34	24	17	23	1.96
84791349--84791604	55	4.8	54	79	5	229	35	17	25	22	1.95
84791357--84791557	108	1.8	110	87	4	300	33	17	24	23	1.96
84793022--84793103	18	4.6	19	72	14	84	63	3	1	31	1.19
84792997--84793125	52	2.5	52	77	15	124	59	2	3	34	1.28
84798274--84798321	25	1.9	25	86	0	69	39	22	6	31	1.79
84798438--84798511	23	3.1	23	90	5	112	29	20	18	31	1.97
84798437--84798532	25	4.0	25	84	11	121	29	20	20	29	1.98
84798722--84798784	31	2.0	31	90	0	99	36	14	25	23	1.93
84806347--84806402	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
84806336--84806402	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
84806336--84806410	40	1.9	39	86	5	107	36	12	18	33	1.88
84806449--84806550	53	1.9	53	100	0	204	27	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84806450--84806595	23	6.0	24	81	17	176	28	21	21	28	1.99
84806450--84806595	53	3.0	47	87	11	172	28	21	21	28	1.99
84806784--84806846	30	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
84811242--84811475	50	4.7	50	78	8	219	32	25	16	25	1.96
84811240--84811475	100	2.4	101	81	6	275	32	25	16	25	1.96
84811391--84811517	49	2.5	49	93	3	209	36	26	11	25	1.90
84811240--84811502	101	2.6	100	79	5	246	33	25	15	25	1.95
84811440--84811519	25	3.2	25	63	16	67	37	27	11	23	1.89
84815624--84815743	62	1.9	62	84	0	159	23	24	18	34	1.96
84820534--84822281	1	1748.0	1	80	0	1489	10	1	1	87	0.67
84823345--84823795	19	22.7	19	69	22	102	5	14	1	78	1.02
84823420--84823656	36	6.5	35	69	21	96	3	16	1	78	0.99
84823423--84824035	33	17.7	34	67	18	109	5	15	2	76	1.06
84823466--84823907	50	8.9	47	70	22	171	4	15	2	77	1.03
84823433--84823646	63	3.6	56	68	23	68	3	17	1	77	0.99
84823714--84823792	1	79.0	1	84	0	104	0	7	0	92	0.39
84823349--84824065	14	49.4	14	67	19	160	5	15	2	76	1.06
84823756--84823924	93	1.8	94	79	15	201	6	15	1	76	1.05
84823935--84823991	23	2.4	23	85	8	71	1	21	1	75	0.98
84823356--84824064	6	112.7	6	66	22	81	5	15	2	76	1.06
84824324--84824907	1	584.0	1	85	0	673	6	1	1	90	0.56
84824323--84824907	208	2.8	203	87	6	800	6	1	1	90	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84827344--84827381	17	2.3	17	90	4	60	76	0	0	23	0.79
84827344--84827380	18	2.2	16	90	9	56	78	0	0	21	0.75
84827425--84827582	1	158.0	1	75	0	136	10	0	1	87	0.66
84827422--84827600	29	6.2	28	77	13	143	10	1	3	84	0.78
84827422--84827582	75	2.1	77	87	8	233	10	0	1	86	0.67
84840403--84840514	28	4.0	29	81	4	97	28	31	14	25	1.95
84852505--84852530	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
84856199--84856362	43	3.8	43	71	18	126	24	15	25	34	1.95
84860554--84860618	25	2.6	25	85	4	78	38	12	16	32	1.86
84867690--84867884	41	4.5	42	78	11	157	24	29	20	25	1.99
84867689--84867897	44	4.8	45	83	8	240	24	29	20	24	1.99
84867731--84867903	89	2.0	87	88	2	256	25	28	21	24	1.99
84872931--84872970	13	3.1	13	85	0	53	17	27	35	20	1.95
84891981--84892022	15	2.8	15	81	0	57	23	0	11	64	1.27
84895733--84895789	25	2.2	26	81	3	71	21	15	19	43	1.87
84916815--84916883	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
84916806--84916893	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
84919278--84919450	46	3.7	46	77	13	201	22	20	26	30	1.99
84919275--84919445	93	1.8	93	94	0	306	22	21	27	29	1.99
84926406--84926630	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
84926370--84926630	80	3.3	80	83	3	312	23	26	24	25	2.00
84930238--84930273	17	2.1	17	100	0	72	27	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84930085--84930406	169	1.9	169	98	1	619	26	19	18	35	1.95
84934525--84934628	40	2.6	40	87	0	145	23	27	25	23	2.00
84942499--84942721	40	5.6	40	79	4	225	23	25	24	26	2.00
84945820--84945852	17	1.9	17	88	11	50	15	3	18	63	1.43
84949320--84949475	42	3.7	43	70	11	133	24	18	25	31	1.98
84977282--84977370	6	17.0	5	72	21	51	74	1	5	19	1.08
84977309--84977371	6	10.5	6	76	6	65	79	1	3	15	0.94
84977309--84977373	24	2.7	24	81	9	78	80	1	3	15	0.92
84977325--84977373	13	3.8	13	75	22	50	81	0	2	16	0.78
84977326--84977373	18	2.5	20	90	6	73	81	0	2	16	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345