genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  272  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92659981--92660128	41	3.6	41	81	7	176	22	20	28	27	1.99
92663289--92663561	87	3.1	88	74	7	241	31	21	11	34	1.90
92666600--92666727	48	2.7	46	84	4	166	29	18	29	21	1.97
92666746--92667005	140	1.8	142	89	1	407	29	19	26	24	1.98
92666703--92667012	49	6.5	47	71	15	176	29	20	26	23	1.99
92670256--92670402	31	4.7	31	86	0	186	27	19	25	27	1.98
92670421--92670559	47	3.0	46	83	3	161	30	12	25	31	1.93
92670563--92670645	42	2.0	43	85	2	114	34	13	26	25	1.93
92677534--92677698	44	3.6	47	74	11	128	27	18	29	24	1.98
92677537--92677904	141	2.6	140	85	2	488	28	17	28	24	1.98
92677626--92677938	141	2.3	138	87	4	425	28	18	28	24	1.98
92682183--92682341	87	1.8	87	91	2	266	19	8	23	47	1.77
92683999--92684047	24	2.2	22	82	13	57	28	24	8	38	1.84
92693311--92693359	16	2.9	16	90	6	71	53	0	32	14	1.41
92702198--92702282	41	2.1	41	95	0	152	27	23	10	38	1.87
92718225--92718258	18	1.9	18	88	5	52	23	0	23	52	1.47
92719873--92719925	25	2.1	25	85	0	70	33	16	9	39	1.81
92719934--92720122	75	2.5	75	87	0	261	41	10	15	32	1.81
92723038--92723114	26	3.0	26	92	3	120	42	24	14	18	1.87
92729806--92729863	26	2.2	26	100	0	116	44	15	6	32	1.73
92731679--92731741	22	2.6	24	80	19	78	19	20	17	42	1.89
92735791--92735971	40	4.6	39	84	9	224	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92735791--92735970	79	2.3	80	84	7	233	24	22	27	25	2.00
92735844--92736008	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	25	1.99
92738267--92738309	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
92757902--92758086	40	4.6	40	80	3	219	24	24	27	23	2.00
92760392--92760434	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
92766055--92766239	40	4.6	40	83	4	230	24	25	27	22	2.00
92766055--92766239	80	2.3	81	91	2	293	24	25	27	22	2.00
92771001--92771129	50	2.6	50	84	8	165	24	30	18	26	1.98
92770993--92771129	49	2.8	49	82	7	170	25	29	18	26	1.98
92775020--92775109	44	2.0	46	89	4	139	50	3	4	42	1.39
92779343--92779371	13	2.2	13	100	0	58	31	13	10	44	1.78
92779465--92779951	54	9.1	54	79	4	448	28	23	10	36	1.89
92779466--92779886	162	2.6	161	83	3	499	28	22	10	38	1.88
92780014--92780121	47	2.3	46	79	9	119	28	19	13	37	1.90
92781054--92781101	21	2.4	21	79	6	55	58	0	12	29	1.35
92782354--92782400	24	2.0	23	84	16	60	53	4	4	38	1.40
92784622--92784881	44	6.0	44	73	11	239	18	24	20	36	1.95
92784633--92784889	86	2.9	89	87	3	353	19	23	21	36	1.95
92797124--92797189	25	2.6	24	74	11	60	54	3	7	34	1.44
92797838--92797890	26	2.0	26	100	0	106	49	7	3	39	1.49
92798656--92798697	21	2.0	21	85	0	57	33	21	19	26	1.97
92799247--92799292	24	2.0	22	83	8	56	54	0	6	39	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92800218--92800251	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
92802320--92802353	13	2.7	13	95	4	61	64	0	0	35	0.94
92807828--92807904	38	2.0	38	94	0	136	32	19	25	22	1.97
92810145--92810273	46	2.8	46	77	7	118	28	21	28	20	1.98
92819192--92819221	14	2.1	15	93	6	53	56	13	10	20	1.65
92821360--92821413	24	2.2	24	93	0	90	18	20	40	20	1.91
92829218--92829308	45	2.0	45	84	0	119	25	12	24	38	1.90
92831997--92832035	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
92832284--92832356	36	2.0	36	94	0	128	45	1	15	38	1.54
92834403--92834442	19	2.1	19	90	0	62	30	0	45	25	1.54
92834879--92834913	19	1.9	19	88	11	56	42	0	2	54	1.15
92834922--92834965	18	2.6	17	82	7	54	68	0	13	18	1.22
92839751--92839782	7	4.6	7	100	0	64	71	0	15	12	1.14
92846401--92846429	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
92847558--92847584	14	1.9	14	100	0	54	44	0	14	40	1.46
92853445--92853469	10	2.5	10	100	0	50	60	0	20	20	1.37
92853520--92853645	57	2.2	57	85	4	173	50	6	15	26	1.68
92853807--92853858	28	1.9	26	85	14	70	44	0	13	42	1.44
92854934--92854968	15	2.4	15	90	4	54	31	0	2	65	1.07
92861235--92861337	42	2.5	42	85	3	118	44	17	20	17	1.87
92861798--92861826	9	3.2	9	100	0	58	34	24	0	41	1.55
92865684--92865731	20	2.4	20	100	0	96	50	14	4	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92880914--92881106	40	4.8	40	89	2	291	23	20	29	26	1.99
92880916--92881106	79	2.4	80	89	3	296	23	20	29	26	1.99
92885075--92885196	47	2.6	47	92	0	199	36	13	22	26	1.92
92885175--92885281	54	2.0	55	88	1	162	37	14	23	25	1.92
92886816--92887070	55	4.8	53	76	9	202	36	16	24	22	1.94
92890507--92890550	21	2.1	21	100	0	88	45	18	13	22	1.84
92891566--92891604	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
92891701--92891739	21	1.9	19	90	10	60	71	12	2	12	1.24
92894168--92894286	42	2.8	42	78	2	114	24	16	27	31	1.97
92902019--92902052	14	2.4	14	90	0	50	38	23	23	14	1.92
92904867--92904897	15	2.1	15	94	5	55	22	6	29	41	1.78
92910349--92910430	42	2.0	42	82	0	101	26	19	25	28	1.99
92916969--92917242	94	2.9	93	80	9	283	32	18	12	36	1.89
92917003--92917245	94	2.6	92	83	7	287	31	18	13	36	1.89
92917358--92917402	19	2.3	20	84	3	56	57	4	6	31	1.44
92917628--92917783	10	16.4	10	70	18	75	32	5	1	61	1.26
92917628--92917779	9	16.1	9	72	15	94	30	5	1	62	1.25
92917628--92917779	19	8.1	19	72	16	86	30	5	1	62	1.25
92917909--92917952	7	6.3	7	81	0	52	45	27	0	27	1.54
92917913--92917952	21	1.9	21	94	0	71	42	27	0	30	1.56
92919262--92919327	21	3.2	21	81	8	73	40	31	1	25	1.65
92919281--92919334	21	2.5	21	84	3	72	44	35	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92921009--92921062	25	2.2	25	89	0	81	62	0	0	37	0.95
92921028--92921071	19	2.4	19	92	3	72	65	0	0	34	0.93
92922500--92922650	45	3.4	45	79	1	160	38	17	19	24	1.93
92922595--92922666	21	3.3	21	66	17	56	41	16	19	22	1.90
92922572--92922666	45	2.1	45	94	0	163	42	14	20	23	1.89
92922717--92922791	34	2.2	34	78	4	80	45	17	10	26	1.81
92929433--92929543	42	2.6	42	75	2	107	28	14	24	32	1.94
92932155--92932277	49	2.5	49	86	0	174	28	19	28	23	1.98
92934831--92935053	40	5.7	40	84	8	280	24	21	27	26	1.99
92956271--92956328	28	2.0	30	86	6	84	29	25	6	37	1.82
92959101--92959138	17	2.3	17	86	4	51	36	5	7	50	1.54
92959303--92959430	25	5.3	24	74	19	106	35	5	3	55	1.41
92959353--92959452	11	8.4	12	67	17	57	36	3	3	58	1.29
92959761--92959866	49	2.2	47	82	12	119	33	7	5	53	1.53
92959855--92959888	17	2.0	17	94	0	59	29	2	2	64	1.22
92972087--92972420	91	3.6	92	86	5	419	29	15	15	39	1.88
92972375--92972671	77	4.0	74	82	10	370	30	13	21	34	1.92
92972381--92972770	77	5.0	77	80	9	366	29	14	21	35	1.92
92972608--92972837	89	2.6	87	82	6	277	24	16	24	33	1.96
92972880--92972931	21	2.5	21	87	0	68	28	13	34	23	1.92
92978412--92978512	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
92984946--92985038	40	2.3	40	90	0	141	22	16	26	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92985019--92985078	28	2.1	28	87	0	84	25	13	31	30	1.93
92991344--92991514	39	4.4	39	90	1	245	26	25	19	28	1.99
92999130--92999280	39	3.9	39	86	5	123	23	25	21	28	1.99
92999148--92999318	39	4.4	39	90	1	236	26	23	19	29	1.98
93001959--93002017	29	2.0	29	90	0	91	44	0	6	49	1.29
93002182--93002213	12	2.6	13	85	14	50	71	0	3	25	1.00
93002183--93002226	21	2.1	21	83	8	54	72	0	6	20	1.07
93004066--93004248	49	3.7	49	80	3	204	29	26	18	25	1.98
93004058--93004246	100	1.9	101	87	1	281	29	25	19	25	1.98
93009966--93010103	38	3.6	38	80	9	145	21	18	26	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345