genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  104  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34351045--34351295	41	6.1	41	79	2	245	34	15	27	22	1.95
34354911--34354961	25	2.1	23	82	7	57	56	3	11	27	1.52
34355124--34355156	11	3.0	11	83	16	50	63	12	15	9	1.51
34360461--34360497	20	1.9	20	88	5	58	54	10	5	29	1.57
34361532--34361772	114	2.1	114	99	0	473	23	35	18	23	1.96
34362700--34362873	47	3.7	46	81	6	183	24	28	18	28	1.98
34368247--34368283	16	2.3	16	95	0	65	59	18	18	2	1.50
34371576--34371686	47	2.4	46	80	8	127	37	23	13	25	1.91
34378847--34378949	47	2.2	47	80	3	127	38	21	14	25	1.91
34385447--34385488	17	2.5	17	85	11	52	35	9	0	54	1.33
34394953--34395025	26	2.8	26	89	0	101	31	17	9	41	1.82
34418442--34418558	45	2.6	44	84	7	148	24	23	27	24	2.00
34426571--34426636	32	2.1	32	100	0	132	24	12	39	24	1.89
34428876--34429001	47	2.7	46	80	16	143	24	29	18	27	1.98
34428832--34429001	94	1.8	93	84	5	236	24	30	18	27	1.98
34436404--34436577	46	3.8	46	75	13	169	22	29	20	28	1.98
34441959--34442017	26	2.4	24	83	10	75	66	1	0	32	1.02
34447727--34447759	17	1.9	17	100	0	66	18	30	9	42	1.81
34450157--34450473	48	6.6	48	82	6	344	26	17	30	25	1.97
34450063--34450475	48	8.7	48	81	9	324	26	17	31	25	1.97
34450058--34450515	146	3.2	141	76	11	418	25	17	31	25	1.97
34460343--34460596	55	4.8	55	78	7	242	35	17	25	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34460457--34460594	49	2.7	50	86	6	172	35	18	26	20	1.95
34460783--34460813	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
34467912--34468166	55	4.8	54	78	8	240	36	17	24	21	1.94
34468235--34468279	23	1.9	24	86	4	65	46	8	20	24	1.78
34468358--34468388	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
34479681--34479754	36	2.1	36	100	0	148	29	22	18	28	1.98
34484277--34484336	30	2.0	30	90	0	93	40	5	25	30	1.77
34485062--34485099	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
34490254--34490379	63	2.0	63	92	0	207	3	30	15	49	1.63
34491061--34491112	22	2.3	23	93	6	90	65	7	7	19	1.43
34500738--34500776	18	2.2	17	90	4	60	20	7	0	71	1.10
34509728--34509812	26	3.2	26	75	9	82	30	12	16	40	1.86
34509740--34510032	27	11.0	27	75	7	161	30	10	20	38	1.86
34509740--34510030	53	5.5	53	82	4	316	30	9	20	38	1.86
34509768--34510033	80	3.3	79	80	6	304	29	9	21	39	1.85
34509767--34510030	107	2.5	106	87	3	352	29	9	21	39	1.85
34525883--34525929	23	2.1	21	81	14	51	27	0	25	46	1.53
34532045--34532084	19	2.1	19	95	0	71	27	32	15	25	1.95
34539238--34539286	23	2.1	23	92	0	80	42	20	16	20	1.89
34542588--34542682	33	2.9	32	83	7	120	32	22	12	32	1.91
34542698--34542760	33	1.9	33	93	0	108	30	22	11	36	1.89
34547489--34547660	46	3.7	46	80	8	204	29	19	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34547489--34547700	48	4.5	48	83	7	229	28	18	28	24	1.98
34547489--34547700	94	2.3	94	84	1	264	28	18	28	24	1.98
34554579--34554658	18	4.4	18	87	3	99	36	26	8	28	1.86
34554579--34554672	36	2.7	35	80	8	102	37	24	8	29	1.85
34554579--34554657	27	2.9	27	73	0	68	36	26	8	27	1.86
34556735--34556792	29	2.0	29	93	0	98	41	3	20	34	1.69
34564869--34565054	41	4.6	41	89	3	261	24	24	26	24	2.00
34564871--34565024	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
34567409--34567567	78	2.0	78	97	0	300	30	13	21	35	1.91
34568756--34568871	61	1.9	58	84	8	153	42	3	2	51	1.32
34572421--34572450	4	7.2	4	92	7	51	73	0	3	23	0.98
34572421--34572450	13	2.4	13	94	5	53	73	0	3	23	0.98
34579697--34579762	33	2.2	28	82	17	73	33	3	19	43	1.66
34582505--34582586	27	3.1	26	75	7	85	41	12	3	42	1.60
34585307--34585361	18	3.1	18	78	19	62	56	1	0	41	1.10
34592032--34592064	17	1.9	17	93	0	57	54	12	12	21	1.69
34595362--34595417	21	2.6	21	77	8	60	62	1	8	26	1.35
34596514--34596550	13	2.8	13	95	0	65	24	45	21	8	1.78
34602834--34602912	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
34603029--34603301	49	5.6	49	96	1	446	30	30	8	30	1.88
34603211--34603289	25	3.3	25	64	10	74	32	30	6	30	1.82
34603285--34603317	16	2.1	16	100	0	66	24	33	24	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34603238--34603364	63	2.0	63	95	0	227	28	30	13	27	1.94
34611428--34611613	42	4.4	42	90	0	282	30	13	23	32	1.93
34611428--34611671	42	5.8	42	84	4	264	30	14	23	31	1.94
34611428--34611671	84	2.9	83	85	4	312	30	14	23	31	1.94
34611435--34611671	126	1.9	126	83	3	307	30	13	23	31	1.94
34614189--34614241	16	3.3	16	91	0	79	20	9	18	50	1.74
34629930--34629975	23	2.0	23	91	4	76	23	4	23	47	1.69
34634058--34634204	42	3.6	41	75	7	118	28	24	16	30	1.96
34634101--34634202	41	2.5	41	77	4	107	29	24	13	32	1.94
34635532--34635563	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
34635620--34635727	20	5.3	19	78	10	90	52	1	6	38	1.38
34635620--34635727	10	10.6	10	68	24	57	52	1	6	38	1.38
34636088--34636113	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
34641870--34641951	33	2.4	34	85	2	121	20	39	17	23	1.92
34642428--34642562	47	2.9	45	84	4	128	25	23	15	34	1.94
34642465--34642562	47	2.1	47	92	0	160	26	23	13	36	1.92
34642512--34642695	91	2.0	91	84	2	235	28	21	15	34	1.94
34643665--34643717	18	2.8	18	83	11	54	39	5	0	54	1.24
34643665--34643755	38	2.3	39	83	7	114	36	5	1	57	1.29
34650994--34651158	48	3.4	48	88	0	222	30	18	23	28	1.97
34656136--34656241	48	2.2	48	81	0	122	31	20	13	34	1.91
34658819--34658893	26	2.9	26	81	0	87	41	10	16	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34668250--34668591	27	12.6	27	75	7	142	37	20	9	31	1.86
34668155--34668437	27	10.4	27	80	7	180	32	22	8	36	1.85
34668209--34668455	137	1.8	135	81	3	307	33	21	9	35	1.86
34669009--34669068	25	2.4	25	97	0	111	30	18	21	30	1.97
34669026--34669083	25	2.3	25	84	0	71	29	25	18	25	1.98
34669119--34669204	20	4.3	20	89	5	131	40	10	17	31	1.83
34669119--34669204	39	2.2	40	89	6	131	40	10	17	31	1.83
34669254--34669401	52	2.9	51	90	4	228	24	23	24	27	2.00
34669254--34669401	25	5.8	26	89	0	212	24	23	24	27	2.00
34669547--34669638	42	2.2	42	88	0	130	31	14	19	34	1.91
34669653--34669740	31	2.8	31	89	1	122	30	20	23	25	1.98
34678373--34678509	40	3.4	40	84	0	148	30	13	21	35	1.91
34678474--34678703	78	2.9	78	94	0	388	33	14	21	30	1.93
34680867--34680938	24	3.0	24	89	4	101	22	13	29	34	1.93
34687216--34687353	40	3.5	40	84	0	186	30	12	21	36	1.90
34687318--34687547	78	2.9	78	96	0	415	32	14	21	31	1.93
34688910--34688954	22	2.0	22	100	0	90	64	8	0	26	1.23
34690478--34690515	6	6.7	6	82	11	53	73	0	0	26	0.83
34690527--34690594	9	7.6	9	80	6	75	26	8	19	45	1.79
34696539--34696700	88	1.8	88	84	5	220	31	12	14	41	1.82
34700651--34700836	39	4.8	39	95	0	345	38	25	25	10	1.87
34700867--34700908	20	2.1	20	82	8	50	42	14	16	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34702973--34703029	28	2.0	28	86	6	80	36	3	3	56	1.34
34705745--34705776	16	2.0	16	93	0	55	34	0	18	46	1.49
34709780--34709804	8	3.1	8	100	0	50	12	0	28	60	1.32
34711097--34711265	86	2.0	87	91	1	277	34	17	11	35	1.87
34711732--34711777	21	2.2	21	96	0	83	45	4	6	43	1.49
34716357--34716417	24	2.4	26	81	10	72	55	0	0	44	0.99
34716352--34716411	22	2.8	22	82	7	61	50	0	0	50	1.00
34716965--34717018	27	2.0	29	85	10	78	24	11	5	59	1.53
34724166--34724201	12	3.0	12	83	0	54	44	19	19	16	1.87
34729856--34730002	76	1.9	76	100	0	294	28	22	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345