genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88400988--88401212	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
88400952--88401212	80	3.3	80	83	3	303	23	26	24	25	2.00
88406854--88407237	50	7.7	50	77	4	364	29	25	17	27	1.98
88406859--88407237	101	3.8	100	77	7	387	29	25	17	26	1.98
88406859--88407237	151	2.5	151	87	2	561	29	25	17	26	1.98
88411021--88411086	25	2.6	25	87	4	87	18	4	9	68	1.34
88411174--88411199	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
88420401--88420570	44	3.8	43	78	9	162	28	24	18	28	1.98
88420403--88420575	91	1.9	92	84	3	233	27	23	19	28	1.98
88421531--88421633	51	2.0	51	84	3	136	10	31	22	35	1.88
88426550--88426774	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
88426514--88426774	80	3.3	80	83	3	303	24	26	23	25	2.00
88429838--88429926	17	4.9	19	82	10	116	38	10	15	35	1.81
88429846--88429933	35	2.5	36	87	7	128	38	10	15	35	1.82
88430231--88430264	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
88430232--88430340	21	5.3	21	66	20	61	36	2	0	59	1.18
88430229--88430259	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
88430280--88430386	7	15.7	7	69	18	50	38	4	0	57	1.20
88430721--88430758	3	13.3	3	89	10	62	31	0	0	68	0.90
88436240--88436305	14	4.6	14	74	18	55	84	0	12	3	0.72
88436240--88436305	22	3.2	20	82	14	80	84	0	12	3	0.72
88437160--88437353	44	4.4	44	74	6	169	35	14	22	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88437345--88437938	119	5.0	119	94	0	1001	34	17	18	29	1.94
88437862--88438144	83	3.4	83	95	1	489	32	19	21	27	1.97
88438719--88438834	35	3.3	35	96	1	205	37	12	13	36	1.82
88438719--88438834	17	6.6	17	87	5	160	37	12	13	36	1.82
88439139--88439172	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
88439137--88439167	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
88439214--88439296	21	4.1	20	68	12	53	37	4	1	56	1.28
88442259--88442299	21	1.9	22	85	5	57	26	21	7	43	1.79
88476700--88476744	22	2.1	22	87	4	65	80	0	8	11	0.92
88476693--88476744	14	3.9	12	78	14	50	78	0	9	11	0.95
88483241--88483416	39	4.5	38	82	7	158	25	20	28	25	1.99
88483194--88483416	40	5.7	39	80	8	204	25	21	28	25	1.99
88483247--88483416	78	2.2	78	81	5	200	24	21	28	25	1.99
88491165--88491336	79	2.2	78	83	7	213	25	22	28	24	1.99
88491112--88491334	40	5.6	39	79	7	207	25	21	27	24	1.99
88491192--88491369	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
88493697--88493738	20	2.2	20	82	4	50	7	2	21	69	1.25
88496196--88496368	93	1.9	93	93	0	301	27	30	21	21	1.98
88496189--88496364	46	3.8	46	78	10	196	28	29	21	21	1.98
88496240--88496383	46	3.1	45	73	12	112	29	27	20	23	1.99
88498087--88498131	22	2.0	22	83	8	56	40	4	13	42	1.64
88498096--88498138	21	2.0	21	82	8	52	41	9	9	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88512389--88512426	16	2.4	16	86	4	60	55	2	7	34	1.43
88522077--88522110	16	2.0	18	88	11	54	44	0	14	41	1.45
88522484--88522524	20	2.1	19	86	4	55	39	7	7	46	1.60
88527176--88527276	43	2.3	43	86	0	121	32	17	15	33	1.92
88530649--88530683	4	8.8	4	100	0	70	22	0	25	51	1.48
88531412--88531847	218	2.0	218	99	0	854	33	18	13	34	1.90
88531836--88531886	26	2.0	26	88	0	75	54	15	1	27	1.52
88536849--88536970	46	2.7	46	87	2	165	23	19	25	31	1.98
88544336--88544504	46	3.7	46	77	12	197	22	20	27	29	1.98
88548221--88548276	27	2.1	27	100	0	112	50	17	0	32	1.47
88557907--88557946	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
88557895--88557961	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
88559219--88559263	20	2.3	20	84	3	56	31	17	24	26	1.97
88560178--88560210	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
88563741--88563784	22	2.0	22	86	0	61	25	4	54	15	1.60
88563819--88563863	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
88568651--88568695	20	2.3	20	84	3	56	31	15	26	26	1.96
88574761--88574797	18	2.1	18	100	0	74	16	32	5	45	1.70
88582184--88582321	36	3.9	36	83	2	172	28	17	11	42	1.84
88583782--88583833	16	3.5	14	79	15	52	48	13	3	34	1.61
88583771--88583833	29	2.2	29	82	0	72	46	14	4	34	1.66
88586372--88586488	48	2.4	48	88	0	162	23	13	22	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88591839--88591889	20	2.5	20	83	6	57	62	9	0	27	1.26
88592544--88592576	16	2.1	16	100	0	66	48	0	0	51	1.00
88592528--88592591	13	4.6	14	74	18	62	46	0	0	53	1.00
88592528--88592620	17	5.5	16	70	24	57	46	0	0	53	1.00
88592588--88592623	19	1.9	18	88	5	54	41	0	0	58	0.98
88592811--88592846	14	2.6	14	95	0	63	63	5	5	25	1.38
88594079--88594118	21	2.0	21	90	5	64	22	22	40	15	1.91
88595281--88595550	94	2.9	94	80	9	293	23	29	19	28	1.98
88602607--88602636	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
88605467--88605563	48	2.0	48	100	0	194	36	35	10	18	1.85
88615249--88615403	43	3.6	42	78	9	161	28	23	20	27	1.99
88615253--88615411	86	1.9	85	84	6	214	29	23	18	28	1.98
88621866--88621914	24	1.9	26	88	12	75	48	10	4	36	1.56
88622242--88622274	17	1.9	17	100	0	66	24	21	18	36	1.95
88623052--88623089	20	2.0	19	90	10	60	23	26	0	50	1.50
88627344--88627440	39	2.4	42	84	6	128	31	1	10	56	1.40
88627373--88627441	19	3.6	19	65	18	52	36	0	8	55	1.31
88627872--88627942	20	3.7	20	69	16	60	63	1	4	30	1.22
88627871--88627946	39	1.9	39	82	10	93	64	1	3	30	1.20
88627969--88628054	26	3.4	26	88	4	115	58	11	2	27	1.46
88627980--88628031	14	3.9	14	77	10	63	55	11	1	30	1.46
88628220--88628287	19	3.6	19	80	2	66	27	4	2	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88628306--88628343	19	2.0	20	89	5	60	34	0	2	63	1.09
88628228--88628372	9	15.4	9	66	14	62	31	2	2	63	1.20
88628464--88628624	85	1.9	85	84	2	216	33	9	19	36	1.85
88635455--88635615	55	2.9	55	87	2	234	26	27	20	26	1.99
88639807--88639998	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
88639778--88639997	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
88647977--88648107	40	3.3	40	81	1	147	28	27	21	22	1.99
88654422--88654581	55	2.9	55	85	1	214	28	28	18	24	1.98
88657371--88657410	18	2.3	17	86	4	53	75	0	20	5	0.99
88660813--88660851	20	2.0	20	85	10	53	15	41	23	20	1.90
88667052--88667323	46	5.8	47	77	9	245	27	19	30	22	1.98
88667096--88667407	46	6.6	47	71	13	124	28	18	29	23	1.98
88673408--88673568	46	3.5	44	80	8	137	28	16	28	26	1.97
88673492--88673674	48	3.8	48	74	13	160	26	18	29	25	1.98
88692994--88693258	49	5.6	49	72	17	177	25	28	18	27	1.98
88692994--88693258	94	2.8	95	79	9	272	25	28	18	27	1.98
88696941--88697005	22	2.9	22	81	4	67	24	32	16	26	1.96
88700590--88700675	38	2.2	39	83	6	113	34	2	11	51	1.51
88707719--88707756	16	2.4	16	95	0	67	31	2	36	28	1.71
88711834--88711963	45	2.8	48	79	13	164	21	20	28	30	1.98
88714880--88714948	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
88714871--88714958	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88717337--88717512	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
88717333--88717504	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	27	1.98
88720335--88720382	23	2.1	22	84	3	60	22	0	4	72	1.01
88724231--88724415	40	4.7	40	79	7	191	24	21	27	26	1.99
88724232--88724415	79	2.3	81	81	7	216	25	21	27	26	1.99
88724284--88724438	79	2.0	79	82	7	190	26	19	27	27	1.99
88732437--88732644	39	5.3	40	85	6	282	24	20	28	26	1.99
88737738--88737777	12	3.3	12	78	0	53	22	10	35	32	1.87
88743537--88743583	21	2.3	20	82	10	60	55	2	2	40	1.24
88746043--88746212	46	3.7	46	83	7	204	28	20	30	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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